GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 401 - 425 of 557 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism ▼ GlyTouCan ID
MAPK1 (ERK2) activation
  • ERK2
  • IL6
  • IL6R
  • IL6ST
  • JAK1
  • JAK2
  • MAP2K2
  • MAPK1
  • PRKM1
  • PTPN11
  • TYK2
Bos taurus (cattle)
Metabolism of folate and pterines
  • ALDH1L1
  • ALDH1L2
  • DHFR
  • FOLR2
  • FPGS
  • HCP1
  • MTHFD1
  • MTHFD1L
  • MTHFD2
  • MTHFD2L
  • MTHFR
  • MTHFS
  • PCFT
  • SHMT1
  • SHMT2
  • SLC19A1
  • SLC25A32
  • SLC46A1
Bos taurus (cattle)
ECM proteoglycans
  • ACAN
  • AGRN
  • BCAN
  • BGN
  • COMP
  • CRTL1
  • CSPG2
  • DCN
  • DMP1
  • DSPP
  • HAPLN1
  • ITGA2
  • ITGA2B
  • ITGA7
  • ITGA9
  • ITGAV
  • ITGAX
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • MATN1
  • MATN3
  • MATN4
  • NCAN
  • SERPINE1
  • SPARC
  • TNC
  • TNN
  • TNR
  • TNXB
  • VCAN
  • VTN
Bos taurus (cattle)
Interleukin-9 signaling
  • IL2RG
  • IL9
  • JAK1
  • JAK3
  • MGF
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5A
  • STAT5B
Bos taurus (cattle)
Erythropoietin activates RAS
  • CRKL
  • EPO
  • EPOR
  • GRB2
  • IRS2
  • JAK2
  • LYN
  • RAPGEF1
  • SHC1
  • VAV1
Bos taurus (cattle)
FRS-mediated FGFR1 signaling
  • AFGF
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF17
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGF4A
  • FGF5
  • FGF5C
  • FGF6
  • FGF7B
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFA
  • FGFR1
  • FRS2
  • FRS3
  • Fgf4
  • GRB2
  • HBGF-1
  • KL
  • KRAS
  • NRAS
  • PTPN11
  • SOS1
Bos taurus (cattle)
Serine biosynthesis
  • PHGDH
  • PSAT1
  • PSPH
  • SERINC1
  • SERINC2
  • SERINC3
  • SERINC4
  • SERINC5
  • SRR
  • TDE2
  • TDE2L
Bos taurus (cattle)
Vasopressin-like receptors
  • AVP
  • AVPR1A
  • AVPR1B
  • AVPR2
  • OXT
  • OXTR
Bos taurus (cattle)
PD-1 signaling
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CD247
  • CD274
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CSK
  • DYB
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100848815
  • PD-L1
  • PDCD1LG2
  • PTPN11
  • PTPN6
  • TRAV29-1
Bos taurus (cattle)
FRS-mediated FGFR2 signaling
  • AFGF
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF16
  • FGF17
  • FGF18
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGF4A
  • FGF4C
  • FGF5
  • FGF5B
  • FGF5C
  • FGF6
  • FGF6A
  • FGF7
  • FGF7B
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFA
  • FGFR2
  • FRS2
  • FRS3
  • Fgf4
  • GRB2
  • HBGF-1
  • KRAS
  • NRAS
  • PTPN11
  • SOS1
Bos taurus (cattle)
Clathrin-mediated endocytosis
  • AAK1
  • ACTR2
  • ACTR3
  • ADRB2
  • AGTR1
  • AMPH
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2B1
  • AP2M1
  • AP2S1
  • APOB
  • AREG
  • ARFGAP1
  • ARP2
  • ARP3
  • ARPC1A
  • ARPC2
  • ARPC3
  • ARPC4
  • ARPC5
  • ARRB1
  • ARRB2
  • AVP
  • AVPR2
  • BIN1
  • BTC
  • CBL
  • CD3D
  • CD3G
  • CD4
  • CFTR
  • CHRM2
  • CLTA
  • CLTB
  • CLTC
  • CLTLB
  • DAB2
  • DNAJC6
  • DNM1
  • DNM3
  • DVL2
  • EGFR
  • EPGN
  • EPN1
  • EPN2
  • EPS15
  • EPS15L1
  • EREG
  • FCHO1
  • FCHO2
  • FNBP1
  • FNBP1L
  • GAK
  • GAPVD1
  • GRB2
  • HBEGF
  • HGS
  • HIP1
  • HIP1R
  • HSC70
  • HSPA8
  • IGF2R
  • IL7R
  • ITSN1
  • ITSN2
  • KIAA0319
  • LDLR
  • LDLRAP1
  • LRP2
  • M6PR
  • NECAP1
  • NECAP2
  • OCRL
  • PACSIN1
  • PACSIN2
  • PACSIN3
  • PIK3C2A
  • PIP5K1C
  • RAB5A
  • RAB5B
  • REPS1
  • RPS27A
  • SCARB2
  • SH3GL1
  • SH3GL2
  • SH3GL3
  • SH3KBP1
  • SLC18A3
  • SLC2A8
  • SNAP91
  • SNX18
  • SNX9
  • STAM
  • STAM2
  • STON1
  • STON2
  • SYB2
  • SYNJ2
  • SYT1
  • SYT11
  • SYT8
  • SYT9
  • TACR1
  • TF
  • TFRC
  • TGFA
  • TRIP10
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • VAMP2
  • VAMP4
  • VAMP8
  • WASL
  • WNT5A
Bos taurus (cattle)
Downstream signal transduction
  • BCAR1
  • CRK
  • CRKL
  • GRB2
  • GRB7
  • KRAS
  • MGF
  • NCK1
  • NCK2
  • NRAS
  • PDGFA
  • PDGFB
  • PDGFRA
  • PDGFRB
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLCG1
  • PTPN11
  • RAPGEF1
  • RASA1
  • SOS1
  • SRC
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5A
  • STAT5B
  • STAT6
Bos taurus (cattle)
Adherens junctions interactions
  • AFDN
  • ANG2
  • CADM1
  • CADM2
  • CADM3
  • CDH1
  • CDH10
  • CDH11
  • CDH12
  • CDH13
  • CDH15
  • CDH17
  • CDH18
  • CDH2
  • CDH24
  • CDH3
  • CDH4
  • CDH5
  • CDH6
  • CDH7
  • CDH8
  • CTNNA1
  • CTNNB1
  • CTNND1
  • JUP
  • NECTIN1
  • NECTIN2
  • NECTIN3
  • NECTIN4
  • PVRL4
  • RAA2
Bos taurus (cattle)
RAC3 GTPase cycle
  • ABI1
  • ABI2
  • ABL2
  • ABR
  • AMIGO2
  • ARAP2
  • ARAP3
  • ARHGAP1
  • ARHGAP15
  • ARHGAP17
  • ARHGAP26
  • ARHGAP32
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP42
  • ARHGAP5
  • ARHGAP6
  • ASCT2
  • BAIAP2
  • BAIAP2L1
  • BCR
  • BORG5
  • BRK1
  • C22H3ORF10
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42EP1
  • CYBA
  • CYBB
  • CYFIP1
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DOCK10
  • DSG2
  • EMD
  • EPHA2
  • ERP27
  • ESYT1
  • FAM62A
  • FERMT2
  • GARRE1
  • GIT1
  • GIT2
  • HSPC321
  • ITGB1
  • JAG1
  • LAMTOR1
  • LBR
  • LMAN1
  • MCAM
  • MPP7
  • NCF1
  • NCF2
  • NCF4
  • NCKAP1L
  • NHS
  • NOX1
  • NOX3
  • NOXO1
  • OCRL
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK4
  • PGRMC2
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PREX1
  • RAC3
  • RACGAP1
  • RAPGEF1
  • RBM39
  • SLC1A5
  • SLITRK3
  • SLITRK5
  • SNAP23
  • SRGAP2
  • STBD1
  • SWAP70
  • SYDE1
  • TAOK3
  • TFRC
  • TRIO
  • VANGL1
  • VAV2
  • VRK2
  • WASF1
  • WASF2
  • YKT6
Bos taurus (cattle)
Extracellular matrix organization
  • FN1
Bos taurus (cattle)
AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA
  • EIF4G1
  • HNRNPD
  • HSC70
  • HSP27
  • HSP70-1
  • HSPA1A
  • HSPA8
  • HSPB1
  • PABP1
  • PABPC1
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RPS27A
  • SUG1
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Bos taurus (cattle)
Signaling by Activin
  • ACTRII
  • ACVR1B
  • ACVR1C
  • ACVR2
  • ACVR2A
  • ACVR2B
  • ERK2
  • INHA
  • INHBA
  • INHBB
  • MAPK1
  • MAPK3
  • PRKM1
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • TGFBR3
Bos taurus (cattle)
O-linked glycosylation of mucins
  • B3GNT2
  • B3GNT4
  • B3GNT5
  • B3GNT6
  • B3GNT8
  • B3GNT9
  • B3GNTL1
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • C1GALT1
  • C1GALT1C1
  • CHST4
  • GALNT1
  • GALNT10
  • GALNT11
  • GALNT12
  • GALNT13
  • GALNT14
  • GALNT15
  • GALNT16
  • GALNT17
  • GALNT18
  • GALNT2
  • GALNT3
  • GALNT5
  • GALNT6
  • GALNT7
  • GALNT8
  • GALNTL1
  • GALNTL5
  • GCNT1
  • GCNT3
  • GCNT4
  • LOC789503
  • MUC1
  • MUC15
  • MUC2
  • MUC20
Bos taurus (cattle)
Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins
  • BGLAP
  • F10
  • F2
  • F7
  • F9
  • FURIN
  • GAS6
  • PROC
  • PROS
  • PROS1
Bos taurus (cattle)
RHOQ GTPase cycle
  • ARHGAP1
  • ARHGAP17
  • ARHGAP26
  • ARHGAP32
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • ARL13B
  • ASCT2
  • BORG1
  • BORG5
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPB
  • CDC42EP1
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP4
  • CEP2
  • CFTR
  • CPNE8
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • FNBP1
  • GIT1
  • GIT2
  • GJA1
  • GOPC
  • IQGAP1
  • IQGAP3
  • ITSN1
  • JUP
  • LAMTOR1
  • MPP7
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK4
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • RHOQ
  • SCRIB
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • SNAP23
  • SRGAP2
  • STEAP3
  • STOM
  • SYDE1
  • TFRC
  • TRIP10
  • VANGL1
  • WASL
  • WWP2
Bos taurus (cattle)
CD209 (DC-SIGN) signaling
  • CREBBP
  • EP300
  • NFKB1
  • PRKACA
  • PRKACB
  • RELA
  • RELB
  • RPS6KA5
Bos taurus (cattle)
APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins
  • ANAPC1
  • ANAPC10
  • ANAPC11
  • ANAPC15
  • ANAPC16
  • ANAPC2
  • ANAPC4
  • ANAPC5
  • ANAPC7
  • ANAPC8
  • BUB1B
  • BUB3
  • CDC16
  • CDC20
  • CDC23
  • CDC26
  • CDC27
  • MAD2L1
  • UBCH10
  • UBE2C
  • UBE2D1
  • UBE2E1
  • UBE2S
Bos taurus (cattle)
DAG and IP3 signaling
  • PRKCD
Bos taurus (cattle)
Scavenging by Class A Receptors
  • APOB
  • CLP1
  • COLEC11
  • COLEC12
  • MASP1
Bos taurus (cattle)
G2/M Checkpoints
  • GTSE1
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RPS27A
  • SUG1
  • TP53
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Bos taurus (cattle)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: August 19, 2024