GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 426 - 450 of 557 in total
Pathway Name Protein Name ▼ UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX)
  • AKR1C4
  • CBR1
  • CYP8
  • HPGDS
  • LOC506594
  • LOC538060
  • LOC782061
  • LOC782884
  • LOC785762
  • PTGDS
  • PTGES
  • PTGES2
  • PTGES3
  • PTGIS
  • PTGS1
  • PTGS2
  • TBXAS1
Bos taurus (cattle)
Retinoid metabolism and transport
  • AGRN
  • AKR1B10
  • AKR1C4
  • APOA1
  • APOA2
  • APOA4
  • APOB
  • APOC2
  • APOC3
  • APOE
  • BCO1
  • BCO2
  • CLPS
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPIHBP1
  • LOC101906939
  • LOC506594
  • LOC538060
  • LOC782061
  • LOC782884
  • LOC785762
  • LPL
  • LRAT
  • LRP1
  • LRP10
  • LRP12
  • LRP2
  • LRP8
  • PNLIP
  • RBP1
  • RBP2
  • RBP4
  • RDH11
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC4
  • TTR
Bos taurus (cattle)
Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane
  • AAC1
  • AAC3
  • ANT1
  • ANT2
  • ANT3
  • ARL2
  • ARL2BP
  • BART1
  • SLC25A4
  • SLC25A5
  • SLC25A6
  • SLC28A1
  • SLC28A2
  • SLC28A3
  • SLC29A1
  • SLC29A2
  • SLC29A3
  • SLC29A4
Bos taurus (cattle)
Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network
  • ARFIP2
  • ARFRP1
  • ARL1
  • COG1
  • COG2
  • COG3
  • COG4
  • COG5
  • COG6
  • COG7
  • COG8
  • GCC1
  • GCC2
  • GOLGA1
  • GOLGA4
  • IGF2R
  • M6PR
  • M6PRBP1
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NSF
  • PLIN3
  • RAB6A
  • RAB6B
  • RAB9A
  • RAB9B
  • RABEPK
  • RGP1
  • RHOBTB3
  • RIC1
  • SCOC
  • SNAPB
  • STX10
  • STX16
  • STX6
  • SYS1
  • TMF1
  • VAMP4
  • VPS51
  • VPS52
  • VPS53
  • VPS54
  • VTI1A
Bos taurus (cattle)
VxPx cargo-targeting to cilium
  • ARF4
  • CNGA2
  • CNGA4
  • CNGB1
  • EXOC1
  • EXOC2
  • EXOC3
  • EXOC4
  • EXOC5
  • EXOC6
  • EXOC7
  • EXOC8
  • GBF1
  • PKD2
  • RAB11A
  • RAB11FIP3
  • RAB3IP
  • RAB8A
  • RHO
  • SEC6
  • TRPP2
Bos taurus (cattle)
trans-Golgi Network Vesicle Budding
  • ARF1
  • GBF1
  • SNAP23
  • STX4
  • SYB2
  • VAMP2
  • VAMP8
Bos taurus (cattle)
MHC class II antigen presentation
  • ACTR10
  • ACTR1A
  • ACTR1B
  • AP1B1
  • AP1G1
  • AP1M1
  • AP1M2
  • AP1S1
  • AP1S2
  • AP1S3
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2B1
  • AP2M1
  • AP2S1
  • ARF1
  • ARP10
  • BLA-DQB
  • BOLA-DMA
  • BOLA-DMB
  • BOLA-DOA
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DOB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CANX
  • CAPZA1
  • CAPZA2
  • CAPZA3
  • CD74
  • CENPE
  • CLTA
  • CLTC
  • CTSA
  • CTSB
  • CTSC
  • CTSD
  • CTSF
  • CTSH
  • CTSK
  • CTSL
  • CTSL1
  • CTSO
  • CTSS
  • DCTN1
  • DCTN2
  • DCTN3
  • DCTN4
  • DCTN5
  • DCTN6
  • DMB
  • DNCL1
  • DNM1
  • DNM3
  • DYB
  • DYNC1H1
  • DYNC1I1
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • HLA-DMB
  • HLA-DRA
  • IFI30
  • KIF11
  • KIF15
  • KIF20A
  • KIF22
  • KIF23
  • KIF2B
  • KIF3A
  • KIF5A
  • KIF5B
  • KLC1
  • KLC2
  • KLC3
  • KLC4
  • LAG3
  • LGMN
  • LOC100848815
  • OSBPL1A
  • RACGAP1
  • RILP
  • SAR1B
  • SEC13
  • SEC13L1
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • SH3GL2
  • SPTBN2
  • canx
Bos taurus (cattle)
Lysosome Vesicle Biogenesis
  • AP1B1
  • AP1G1
  • AP1G2
  • AP1M1
  • AP1M2
  • AP1S1
  • AP1S2
  • AP1S3
  • AP4B1
  • AP4E1
  • AP4M1
  • AP4S1
  • APP
  • ARF1
  • ARRB1
  • BLOC1S1
  • CHMP2A
  • CLTA
  • CLTB
  • CLTC
  • CLTLB
  • CLVS1
  • CLVS2
  • CTSZ
  • DNASE2
  • GNS
  • HGS
  • M6PR
  • SH3GL2
  • SYB2
  • TXNDC5
  • VAMP2
  • VAMP8
Bos taurus (cattle)
Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins
  • ALPI
  • ALPL
  • ART3
  • ART4
  • BST1
  • C15H11orf34
  • CD52
  • CEACAM1
  • CNTN3
  • CNTN4
  • CNTN5
  • CPM
  • FCGR3
  • FCGR3A
  • FCGRIII
  • FOLR2
  • GP2
  • GPIHBP1
  • GPLD1
  • LOC100336941
  • LOC100850276
  • LOC516378
  • LOC528262
  • LOC783508
  • LSAMP
  • LY6D
  • LY6E
  • LY6G6C
  • LY6H
  • LYPD1
  • LYPD2
  • LYPD4
  • LYPD5
  • LYPD8
  • MDGA1
  • MELTF
  • NEGR1
  • NRN1
  • NT
  • NTM
  • OBCAM
  • OCAM
  • OPCML
  • OTOA
  • PRND
  • PRSS21
  • PSCA
  • RECK
  • RTN4RL2
  • SPACA4
  • SPRN
  • TECTA
  • TECTB
  • TEX101
  • THY1
  • ULBP13
  • ULBP17
  • ULBP21
  • VNN1
  • VNN2
  • XPNPEP2
Bos taurus (cattle)
Glycolysis
  • ADPGK
  • ALDOA
  • ALDOB
  • ALDOC
  • BPGM
  • ENO2
  • ENO3
  • ENO4
  • GAPD
  • GAPDH
  • GAPDHS
  • GCK
  • GNPDA1
  • GNPDA2
  • GPI
  • HK1
  • HK2
  • HK3
  • HKDC1
  • PFKL
  • PFKM
  • PFKP
  • PGAM1
  • PGAM2
  • PGK1
  • PGM2L1
  • PKLR
  • PKM
  • PKM2
  • TPI1
Bos taurus (cattle)
RHOQ GTPase cycle
  • ARHGAP1
  • ARHGAP17
  • ARHGAP26
  • ARHGAP32
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • ARL13B
  • ASCT2
  • BORG1
  • BORG5
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPB
  • CDC42EP1
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP4
  • CEP2
  • CFTR
  • CPNE8
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • FNBP1
  • GIT1
  • GIT2
  • GJA1
  • GOPC
  • IQGAP1
  • IQGAP3
  • ITSN1
  • JUP
  • LAMTOR1
  • MPP7
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK4
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • RHOQ
  • SCRIB
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • SNAP23
  • SRGAP2
  • STEAP3
  • STOM
  • SYDE1
  • TFRC
  • TRIP10
  • VANGL1
  • WASL
  • WWP2
Bos taurus (cattle)
Clathrin-mediated endocytosis
  • AAK1
  • ACTR2
  • ACTR3
  • ADRB2
  • AGTR1
  • AMPH
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2B1
  • AP2M1
  • AP2S1
  • APOB
  • AREG
  • ARFGAP1
  • ARP2
  • ARP3
  • ARPC1A
  • ARPC2
  • ARPC3
  • ARPC4
  • ARPC5
  • ARRB1
  • ARRB2
  • AVP
  • AVPR2
  • BIN1
  • BTC
  • CBL
  • CD3D
  • CD3G
  • CD4
  • CFTR
  • CHRM2
  • CLTA
  • CLTB
  • CLTC
  • CLTLB
  • DAB2
  • DNAJC6
  • DNM1
  • DNM3
  • DVL2
  • EGFR
  • EPGN
  • EPN1
  • EPN2
  • EPS15
  • EPS15L1
  • EREG
  • FCHO1
  • FCHO2
  • FNBP1
  • FNBP1L
  • GAK
  • GAPVD1
  • GRB2
  • HBEGF
  • HGS
  • HIP1
  • HIP1R
  • HSC70
  • HSPA8
  • IGF2R
  • IL7R
  • ITSN1
  • ITSN2
  • KIAA0319
  • LDLR
  • LDLRAP1
  • LRP2
  • M6PR
  • NECAP1
  • NECAP2
  • OCRL
  • PACSIN1
  • PACSIN2
  • PACSIN3
  • PIK3C2A
  • PIP5K1C
  • RAB5A
  • RAB5B
  • REPS1
  • RPS27A
  • SCARB2
  • SH3GL1
  • SH3GL2
  • SH3GL3
  • SH3KBP1
  • SLC18A3
  • SLC2A8
  • SNAP91
  • SNX18
  • SNX9
  • STAM
  • STAM2
  • STON1
  • STON2
  • SYB2
  • SYNJ2
  • SYT1
  • SYT11
  • SYT8
  • SYT9
  • TACR1
  • TF
  • TFRC
  • TGFA
  • TRIP10
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • VAMP2
  • VAMP4
  • VAMP8
  • WASL
  • WNT5A
Bos taurus (cattle)
COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic
  • ARCN1
  • ARF1
  • ARF3
  • ARF4
  • ARF5
  • ARFGAP1
  • ARFGAP2
  • ARFGAP3
  • BNIP1
  • CENPE
  • COPA
  • COPB1
  • COPB2
  • COPD
  • COPE
  • COPE1
  • COPG1
  • COPG2
  • COPZ
  • COPZ1
  • COPZ2
  • GBF1
  • KDELR
  • KDELR1
  • KDELR2
  • KDELR3
  • KIF11
  • KIF12
  • KIF13B
  • KIF15
  • KIF16B
  • KIF18B
  • KIF1B
  • KIF1C
  • KIF20A
  • KIF20B
  • KIF21A
  • KIF21B
  • KIF22
  • KIF23
  • KIF25
  • KIF26B
  • KIF28
  • KIF2B
  • KIF3A
  • KIF5A
  • KIF5B
  • KLC1
  • KLC2
  • KLC3
  • KLC4
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NBAS
  • NSF
  • RAB1A
  • RAB1B
  • RACGAP1
  • RINT1
  • SEC22B
  • SNAPB
  • STX18
  • SURF4
  • TMED10
  • TMED3
  • TMED7
  • TMED9
  • TMP21
  • USE1
  • ZW10
Bos taurus (cattle)
COPI-mediated anterograde transport
  • ACTR10
  • ACTR1A
  • ARCN1
  • ARF1
  • ARF3
  • ARF4
  • ARF5
  • ARFGAP1
  • ARFGAP2
  • ARFGAP3
  • ARP10
  • BET1
  • BET1L
  • CAPZA1
  • CAPZA2
  • CAPZA3
  • CD55
  • CD59
  • COG1
  • COG2
  • COG3
  • COG4
  • COG5
  • COG6
  • COG7
  • COG8
  • COPA
  • COPB1
  • COPB2
  • COPD
  • COPE
  • COPE1
  • COPG1
  • COPG2
  • COPZ
  • COPZ1
  • COPZ2
  • DCTN1
  • DCTN2
  • DCTN3
  • DCTN4
  • DCTN5
  • DCTN6
  • DNCL1
  • DYNC1H1
  • DYNC1I1
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • FOLR3
  • GBF1
  • GOLGA2
  • GOLGB1
  • GORASP1
  • GOSR1
  • GOSR2
  • INS
  • KDELR
  • KDELR1
  • KDELR2
  • KDELR3
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NSF
  • RAB1A
  • RAB1B
  • SNAPB
  • SPTA1
  • SPTAN1
  • SPTB
  • SPTBN2
  • SPTBN4
  • STX5
  • TMED10
  • TMED3
  • TMED7
  • TMED9
  • TMEM115
  • TMP21
  • USO1
  • VDP
  • YKT6
Bos taurus (cattle)
LGI-ADAM interactions
  • ADAM22
  • ADAM23
  • CACNG2
  • CACNG3
  • CACNG4
  • CACNG8
  • DLG4
  • LGI1
  • LGI2
  • LGI3
  • LGI4
  • STX1A
  • STX1B
  • STX1B2
Bos taurus (cattle)
Regulation of CDH11 function
  • ADAM19
  • ADAM33
  • AMOT
  • ANGPTL4
  • CDH11
  • CTNNB1
  • CTNND1
  • JUP
Bos taurus (cattle)
Regulated proteolysis of p75NTR
  • ADAM17
  • APH1A
  • APH1B
  • NCSTN
  • NFKB1
  • NGFR
  • PEN2
  • PSEN1
  • PSEN2
  • PSENEN
  • RELA
  • TRAF6
Bos taurus (cattle)
RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known
  • ACTL6
  • ACTL6A
  • ACTL6B
  • ARID1A
  • ARID1B
  • AUTS2
  • BAF190A
  • BAF47
  • BAF53B
  • BMI1
  • BRG1
  • CBFB
  • CBX2
  • CBX4
  • CBX6
  • CBX8
  • CK2A1
  • CK2N
  • CSNK2A1
  • CSNK2A2
  • CSNK2B
  • EP300
  • HIPK2
  • PBRM1
  • PCGF4
  • PCGF5
  • PHC1
  • PHC2
  • PHC3
  • RNF2
  • RUNX1
  • RYBP
  • SCMH1
  • SMARCA2
  • SMARCA4
  • SMARCB1
  • SMARCC1
  • SMARCD1
  • SMARCD2
  • SMARCD3
  • SMARCE1
  • SNF2B
  • SNF2L4
  • YAF2
Bos taurus (cattle)
ABO blood group biosynthesis
  • ABO
  • FUT1
  • FUT2
Bos taurus (cattle)
Interferon alpha/beta signaling
  • ABCE1
  • IF1AG1
  • IF1AG8
  • IFNAC
  • IFNAR
  • IFNAR1
  • IFNAR2
  • IRF9
  • ISGF3G
  • JAK1
  • KPNA1
  • KPNB1
  • LOC100335490
  • LOC523244
  • LOC618947
  • LOC783912
  • RNASEL
  • RPS27A
  • SOCS1
  • SOCS3
  • STAT1
  • STAT2
  • TYK2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Bos taurus (cattle)
Recycling of bile acids and salts
  • ABCB11
  • ABCC3
  • ALB
  • FABP6
  • NCOA1
  • NCOA2
  • NR1H4
  • OSTA
  • OSTB
  • RXRA
  • SLC10A1
  • SLC10A2
  • SLC27A5
  • SLC51A
  • SLC51B
  • SLCO1A2
  • SLCO1B3
  • STARD5
Bos taurus (cattle)
Heme degradation
  • ABCC1
  • ABCC2
  • ABCG2
  • ALB
  • BLVRA
  • BLVRB
  • FABP1
  • GSTA1
  • GSTA2
  • GSTA5
  • HMOX1
  • HMOX2
  • MRP1
  • SCAN
  • SLCO1B3
  • SLCO2B1
  • UGT1A6
Bos taurus (cattle)
Atorvastatin ADME
  • ABCB1
  • ABCC2
  • CYP3A28
  • CYP3A4
  • CYP3A5
  • CYP3A74
  • CYP3A76
  • PON1
  • PON3
  • SLCO1B3
  • SLCO2B1
  • UGT1A6
Bos taurus (cattle)
Aspirin ADME
  • ABCC2
  • ABCC3
  • ACSM2A
  • ACSM2B
  • ACSM4
  • ACSM5
  • ALB
  • BCHE
  • BSG
  • CES1
  • CES2
  • CYP2C85
  • CYP2C87
  • CYP2C88
  • CYP2C90
  • CYP2D14
  • CYP3A28
  • CYP3A4
  • CYP3A5
  • CYP3A74
  • CYP3A76
  • GLYAT
  • GLYATL2
  • GLYATL3
  • SLC16A1
  • SLC22A7
  • SLCO2B1
Bos taurus (cattle)
APAP ADME
  • ABCC1
  • ABCC2
  • ABCC3
  • ABCC5
  • ABCG2
  • ACY1
  • CNDP2
  • GGT1
  • GGT5
  • GGT7
  • GGTL3
  • GSTM4
  • GSTP1
  • GSTT1
  • LOC100138004
  • LOC100138908
  • LOC100296421
  • LOC100300896
  • LOC515333
  • MRP1
  • NAT1
  • STP
  • SULT1A1
  • SULT1E1
  • SULT2A1
  • UGT2B10
Bos taurus (cattle)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024