GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 276 - 300 of 360 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▼ Organism GlyTouCan ID
Sulfur amino acid metabolism
  • AHCY
  • BHMT
  • BHMT2
  • MAT1A
  • MTR
  • MTRR
  • bhmt
Sus scrofa (pig)
HS-GAG degradation
  • AGRN
  • GLB1
  • GLB1L
  • GLB1L2
  • GLB1L3
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • GUSB
  • HPSE
  • HPSE2
  • IDS
  • IDUA
  • NAGLU
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SGSH
Sus scrofa (pig)
HS-GAG biosynthesis
  • AGRN
  • EXT1
  • EXT2
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HS2ST1
  • HS3ST1
  • HS3ST2
  • HS3ST3A1
  • HS3ST3B1
  • HS3ST4
  • HS3ST5
  • HS3ST6
  • HS6ST1
  • HS6ST2
  • HS6ST3
  • NDST1
  • NDST2
  • NDST3
  • NDST4
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLC35D2
Sus scrofa (pig)
A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis
  • AGRN
  • B3GALT6
  • B3GAT1
  • B3GAT2
  • B3GAT3
  • B4GALT7
  • BCAN
  • BGN
  • CSPG4
  • CSPG5
  • DCN
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • NCAN
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • VCAN
  • XYLT1
  • XYLT2
Sus scrofa (pig)
Retinoid metabolism and transport
  • AGRN
  • AKR1C1
  • AKR1C2
  • APOA1
  • APOA2
  • APOA4
  • APOB
  • APOC2
  • APOC3
  • APOE
  • APOM
  • ApoER2
  • BCO1
  • BCO2
  • CLPS
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • LPL
  • LRAT
  • LRP10
  • LRP12
  • LRP8
  • PLB1
  • PNLIP
  • RBP1
  • RBP2
  • RBP4
  • RDH11
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • TTR
Sus scrofa (pig)
Glycerophospholipid biosynthesis
  • AGK
  • CPNE1
  • CPNE3
  • CPNE6
Sus scrofa (pig)
Adherens junctions interactions
  • AFDN
  • ANG
  • ANG1
  • CADM1
  • CADM2
  • CADM3
  • CDH1
  • CDH10
  • CDH11
  • CDH12
  • CDH15
  • CDH17
  • CDH18
  • CDH2
  • CDH24
  • CDH3
  • CDH4
  • CDH5
  • CDH6
  • CDH7
  • CDH9
  • CTNNA1
  • CTNNB1
  • CTNND1
  • JUP
  • Jup
  • NECTIN1
  • NECTIN2
  • NECTIN3
  • NECTIN4
Sus scrofa (pig)
Glycolysis
  • ADPGK
  • ALDOA
  • ALDOB
  • ALDOC
  • BPGM
  • ENO2
  • ENO3
  • ENO4
  • GAPD
  • GAPDH
  • GAPDHS
  • GNPDA1
  • GPI
  • HK1
  • HK2
  • HK3
  • HKDC1
  • PFKL
  • PFKM
  • PFKP
  • PGAM1
  • PGAM2
  • PGK1
  • PGK2
  • PKLR
  • PKM
  • TPI1
Sus scrofa (pig)
Degradation of cysteine and homocysteine
  • ADO
  • CDO1
  • FMO-1
  • FMO1
  • GADL1
  • MPST
  • TST
  • TXN2
Sus scrofa (pig)
Calcitonin-like ligand receptors
  • ADM
  • ADM2
  • AM
  • CALCB
  • CALCR
  • CRSP3
  • RAMP1
  • RAMP2
  • RAMP3
Sus scrofa (pig)
Class B/2 (Secretin family receptors)
  • ADGRE1
  • ADGRE3
  • ADGRE5
  • CD55
  • CRH
  • CRHBP
  • CRHR1
  • CRHR2
  • LOC100518417
  • LOC110259331
  • PTH
  • PTH1R
  • PTH2
  • PTH2R
  • PTHLH
  • PTHR
  • PTHR1
  • UCN
Sus scrofa (pig)
Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins
  • ADD1
  • CASP6
  • CASP7
  • CASP8
  • GAS2
  • GSN
  • MAPT
  • PLEC
  • SORBS2
  • SPTAN1
  • VIM
Sus scrofa (pig)
G alpha (s) signalling events
  • ADCYAP1
  • ADCYAP1R1
  • ADM
  • ADM2
  • ADORA2A
  • ADORA2B
  • ADRB1
  • ADRB2
  • ADRB3
  • AM
  • ARRB1
  • ARRB2
  • AVP
  • AVPR2
  • BAR3
  • CALCB
  • CALCR
  • CGA
  • CRH
  • CRHR1
  • CRHR2
  • CRSP3
  • DRD5
  • FSHB
  • FSHR
  • GCG
  • GCGR
  • GHRH
  • GHRHR
  • GIP
  • GIPR
  • GLP1R
  • GLP2R
  • GNAS
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • GPBAR1
  • GPR15
  • GPR150
  • GPR20
  • GPR27
  • GPR32
  • GPR39
  • GPR45
  • GPR83
  • GPR84
  • GRK2
  • GRK3
  • GRK5
  • GRK6
  • HRH2
  • HTR4
  • HTR6
  • HTR7
  • INSL3
  • INSL7
  • LHB
  • LHCGR
  • LOC100621431
  • LOC110255211
  • MC1R
  • MC2R
  • MC3R
  • MC4R
  • MC5R
  • NPS
  • NPSR1
  • P2RY11
  • PDE10A
  • PDE11A
  • PDE1A
  • PDE1B
  • PDE2A
  • PDE3A
  • PDE3B
  • PDE4A
  • PDE4C
  • PDE4D
  • PDE7A
  • PDE7B
  • PDE8A
  • PDE8B
  • POMC
  • PTGDR
  • PTGER2
  • PTGER4
  • PTGIR
  • PTH
  • PTH1R
  • PTH2
  • PTH2R
  • PTHLH
  • PTHR
  • PTHR1
  • RAMP1
  • RAMP2
  • RAMP3
  • RLF
  • RLN3
  • RXFP1
  • RXFP2
  • SCT
  • SCTR
  • TSHB
  • TSHR
  • VIP
  • VIPR1
  • VIPR2
Sus scrofa (pig)
O-glycosylation of TSR domain-containing proteins
  • ADAMTS1
  • ADAMTS10
  • ADAMTS12
  • ADAMTS13
  • ADAMTS14
  • ADAMTS15
  • ADAMTS16
  • ADAMTS17
  • ADAMTS18
  • ADAMTS19
  • ADAMTS2
  • ADAMTS20
  • ADAMTS3
  • ADAMTS4
  • ADAMTS5
  • ADAMTS6
  • ADAMTS7
  • ADAMTS8
  • ADAMTS9
  • ADAMTSL1
  • ADAMTSL2
  • ADAMTSL3
  • ADAMTSL4
  • ADAMTSL5
  • B3GLCT
  • CFP
  • POFUT2
  • SBSPON
  • SEMA5A
  • SEMA5B
  • SPON2
  • SSPOP
  • THBS1
  • THBS2
  • THSD1
  • THSD4
  • THSD7A
  • THSD7B
Sus scrofa (pig)
Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida
  • ADAM2
  • ADAM20
  • ADAM21
  • B4GALT1
  • FTNB
  • OVGP1
  • SPAM-1
  • SPAM1
  • ZP2
  • ZP3
  • ZP3A
  • ZP4
  • ZPA
  • ZPB
Sus scrofa (pig)
Regulation of CDH11 function
  • ADAM19
  • ADAM33
  • AMOT
  • ANGPTL4
  • CDH11
  • CTNNB1
  • CTNND1
  • JUP
  • Jup
  • PGAR
Sus scrofa (pig)
TNF signaling
  • ADAM17
  • BAG4
  • RIPK1
  • TNF
  • TNFA
  • TNFRSF1A
  • TNFSF2
  • TRADD
  • TRAF2
Sus scrofa (pig)
Aflatoxin activation and detoxification
  • ACY1
  • AKR7A2
  • CYP1A2
  • CYP2A19
  • CYP3A22
  • CYP3A227
  • CYP3A29
  • DPEP1
  • DPEP2
  • DPEP3
  • GGT1
  • GGT6
  • GGT7
  • GST12
  • MGST1
  • MGST2
  • MGST3
  • RDP
Sus scrofa (pig)
Signaling by BMP
  • ACVR2A
  • ACVR2B
  • ACVRL1
  • AMH
  • AMHR2
  • BMP10
  • BMP2
  • BMPR1A
  • BMPR1B
  • BMPR2
  • CER1
  • CHRDL1
  • FSTL1
  • GDF2
  • GREM2
  • INHA
  • INHBA
  • MADH1
  • MADH4
  • NOG
  • SKI
  • SMAD1
  • SMAD4
  • SMAD5
  • SMAD6
  • SMAD7
  • SMAD9
  • SMURF1
  • SMURF2
  • Smad7
  • TGFBR3
  • UBE2D1
  • UBE2D3
  • ZFYVE16
Sus scrofa (pig)
Signaling by Activin
  • ACVR1B
  • ACVR1C
  • ACVR2A
  • ACVR2B
  • INHA
  • INHBA
  • INHBB
  • MADH3
  • MADH4
  • MAPK1
  • MAPK3
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • TGFBR3
Sus scrofa (pig)
COPI-mediated anterograde transport
  • ACTR10
  • ACTR1A
  • ANK1
  • ARCN1
  • ARF1
  • ARF3
  • ARF4
  • ARF5
  • ARFGAP1
  • ARFGAP2
  • ARFGAP3
  • ARP11
  • B4GALT7
  • BET1L
  • CAPZA1
  • CAPZA2
  • CAPZB
  • CD55
  • CD59
  • COG1
  • COG2
  • COG3
  • COG4
  • COG5
  • COG6
  • COG7
  • COG8
  • COPA
  • COPB1
  • COPB2
  • COPE
  • COPG1
  • COPG2
  • COPZ1
  • COPZ2
  • DCTN1
  • DCTN2
  • DCTN3
  • DCTN4
  • DCTN5
  • DCTN6
  • DYNC1I1
  • DYNC1I2
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • FOLR1
  • FOLR3
  • GBF1
  • GOLGA2
  • GOLGB1
  • GORASP1
  • GOSR2
  • INS
  • KDELR1
  • KDELR2
  • LC8
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NSF
  • SPTA1
  • SPTAN1
  • SPTBN1
  • SPTBN2
  • SPTBN4
  • SPTBN5
  • TMED10
  • TMED2
  • TMED3
  • TMED7
  • TMED9
  • TMEM115
  • USO1
  • YKT6
Sus scrofa (pig)
MHC class II antigen presentation
  • ACTR10
  • ACTR1A
  • ACTR1B
  • AP1B1
  • AP1G1
  • AP1M1
  • AP1M2
  • AP1S1
  • AP1S3
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2M1
  • AP2S1
  • ARF1
  • ARP11
  • CANX
  • CAPZA1
  • CAPZA2
  • CAPZB
  • CD74
  • CENPE
  • CLTA
  • CLTC
  • CTSA
  • CTSB
  • CTSD
  • CTSF
  • CTSH
  • CTSK
  • CTSL
  • CTSO
  • DCTN1
  • DCTN2
  • DCTN3
  • DCTN4
  • DCTN5
  • DCTN6
  • DNM1
  • DNM2
  • DNM3
  • DRA
  • DYNC1I1
  • DYNC1I2
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • GILT
  • HLA-DOB
  • HLA-DRA
  • IFI30
  • KIF11
  • KIF15
  • KIF18A
  • KIF22
  • KIF23
  • KIF26A
  • KIF2A
  • KIF2B
  • KIF2C
  • KIF3A
  • KIF3C
  • KIF4A
  • KIF5A
  • KIF5B
  • KIFAP3
  • KLC1
  • KLC2
  • KLC3
  • KLC4
  • LAG3
  • LC8
  • LGMN
  • LOC100153139
  • OSBPL1A
  • RAB7A
  • RACGAP1
  • RILP
  • SAR1B
  • SEC13
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • SLA
  • SLA-DMB
  • SLA-DOA
  • SLA-DQA
  • SLA-DQA1
  • SLA-DQB1
  • SLA-DR
  • SLA-DRA
  • SLA-DRA1
  • SLA-DRB1
  • SPTBN2
Sus scrofa (pig)
RAF/MAP kinase cascade
  • ACTN2
  • ANGPT1
  • AREG
  • ARTN
  • BTC
  • CALM3
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • CDC25C
  • CSF2
  • CSF2RA
  • CSF2RB
  • DLG1
  • DLG3
  • DLG4
  • DTR
  • EGF
  • EGFR
  • ERBB2
  • ERBB3
  • ERBB4
  • EREG
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF16
  • FGF18
  • FGF19
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF22
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGF5
  • FGF6
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFR1
  • FGFR4
  • FLT3
  • FLT3LG
  • FRS3
  • FYN
  • Fgf4
  • GDNF
  • GFRA1
  • GFRA2
  • GFRA3
  • GFRA4
  • GRB2
  • GRIN1
  • GRIN2B
  • GRIN2D
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HGF
  • HRAS
  • IL2
  • IL2RA
  • IL2RB
  • IL2RG
  • IL5
  • IL5RA
  • IRS1
  • IRS2
  • JAK1
  • JAK2
  • JAK3
  • KIT
  • KITLG
  • KL
  • KLB
  • KRAS
  • LAT
  • LRRC7
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MET
  • NEFL
  • NRAS
  • NRG1
  • NRG2
  • NRG3
  • NRTN
  • ODAD3
  • PDGFA
  • PDGFB
  • PDGFRA
  • PDGFRB
  • PEA15
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PSPN
  • PTPRA
  • RALGDS
  • RANBP9
  • RASGEF1A
  • RASGRF1
  • RASGRF2
  • RASGRP1
  • RASGRP4
  • RET
  • RGL1
  • RGL2
  • RGL3
  • SHC1
  • SHC2
  • SHC3
  • SOS1
  • SPTA1
  • SPTAN1
  • SPTBN1
  • SPTBN2
  • SPTBN4
  • SPTBN5
  • TEK
  • TGFA
Sus scrofa (pig)
Striated Muscle Contraction
  • ACTN2
  • ACTN3
  • DES
  • DMD
  • MLC-2V
  • MLC2V
  • MYBPC2
  • MYBPC3
  • MYH3
  • MYH8
  • MYL1
  • MYL2
  • MYL3
  • MYL4
  • NEB
  • PALLD
  • TCAP
  • TMOD2
  • TMOD3
  • TMOD4
  • TNNC
  • TNNC1
  • TNNC2
  • TNNI1
  • TNNI2
  • TNNT1
  • TNNT2
  • TNNT3
  • TPM2
  • TPM4
  • VIM
Sus scrofa (pig)
UCH proteinases
  • ACTB
  • ACTL6A
  • ACTR5
  • ACTR8
  • ADRM1
  • ASXL1
  • ASXL2
  • BAP1
  • BARD1
  • FOXK1
  • FOXK2
  • H2AC10
  • H2AC11
  • H2AC12
  • H2AC14
  • H2AC17
  • H2AC18
  • H2AC19
  • H2AC20
  • H2AC25
  • H2AC4
  • H2AC6
  • H2AC7
  • H2AC8
  • HCFC1
  • INO80
  • INO80B
  • INO80C
  • INO80D
  • INO80E
  • KDM1B
  • LMP2
  • LOC110261482
  • MBD5
  • MBD6
  • MCRS1
  • NEDD8
  • NFRKB
  • PRORP
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB11
  • PSMB3
  • PSMB7
  • PSMB9
  • PSMC1
  • PSMC3
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME3
  • PSME4
  • PSMF1
  • RPS27A
  • RUVBL1
  • SENP8
  • TFPT
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • UCHL1
  • UCHL3
  • UCHL5
  • YY1
Sus scrofa (pig)

About Release Notes Help Feedback

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024