GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 301 - 325 of 360 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism ▼ GlyTouCan ID
Activation of Matrix Metalloproteinases
  • COL18A1
  • CTSK
  • CTSL
  • CTSL1
  • FURIN
  • KLK1
  • LOC100154047
  • MMP1
  • MMP11
  • MMP13
  • MMP15
  • MMP16
  • MMP17
  • MMP24
  • MMP25
  • MMP3
  • MMP7
  • MMP8
  • MMP9
  • PLG
  • PRSS2
  • SPOCK3
  • TIMP1
  • TIMP2
  • try
Sus scrofa (pig)
Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes
  • ANGPTL3
  • ANGPTL4
  • ANGPTL8
  • FURIN
  • LIPC
  • LMF1
  • LMF2
  • LPL
  • PCSK6
  • PGAR
Sus scrofa (pig)
Sphingolipid de novo biosynthesis
  • ABCC1
  • ABCG2
  • ABCG2A
  • BMDP
  • CERS1
  • CERS2
  • CERS4
  • CERS5
  • CYB5B
  • DEGS1
  • DEGS2
  • FA2H
  • GDF1
  • KDSR
  • LASS4
  • MFSD2B
  • ORMDL1
  • SAMD8
  • SGMS1
  • SGMS2
  • SPHK1
  • SPHK2
  • SPNS2
  • SPTLC1
  • SPTLC2
  • SPTLC3
  • SPTSSA
  • SPTSSB
Sus scrofa (pig)
VEGFA-VEGFR2 Pathway
  • ABI1
  • ABI2
  • AXL
  • BAIAP2
  • BCAR1
  • BRK1
  • CDC42
  • CRK
  • CYBA
  • CYFIP1
  • CYFIP2
  • DOCK1
  • ELMO2
  • FYN
  • GP91-PHOX
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPB1
  • HSPCA
  • ITGAV
  • ITGB3
  • KDR
  • MAPK11
  • MAPK12
  • MAPK13
  • MAPK14
  • MAPKAPK2
  • MAPKAPK3
  • NCF1
  • NCF2
  • NCF4
  • NCK1
  • NCK2
  • NCKAP1
  • NCKAP1L
  • PAK2
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PTK2B
  • PXN
  • RAC1
  • RHOA
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SH2D2A
  • SHB
  • SHC2
  • SRC
  • VAV1
  • VAV2
  • VEGFA
  • WASF2
  • WASF3
Sus scrofa (pig)
Peptide ligand-binding receptors
  • ACKR1
  • AGT
  • AGTR1
  • APLN
  • C3
  • C5
  • C5AR1
  • C5AR2
  • CCK
  • CCKAR
  • CXCL8
  • ECE1
  • ECE2
  • EDN1
  • EDN2
  • EDN3
  • EDNRA
  • EDNRB
  • F2
  • F2R
  • F2RL1
  • F2RL2
  • F2RL3
  • GALR2
  • GALR3
  • GPER1
  • GPR37
  • GPR37L1
  • GRP
  • GRPR
  • IL8
  • KEL
  • MC1R
  • MC2R
  • MC3R
  • MC4R
  • MC5R
  • MCHR2
  • MLN
  • MLNR
  • NLN
  • NMB
  • NMBR
  • NMU
  • NMUR1
  • NPB
  • NPBWR1
  • NPBWR2
  • NPS
  • NPSR1
  • NPW
  • NPY
  • NPY Y4
  • NPY2R
  • NPY4R
  • NPY5R
  • NPYR5
  • NTS
  • NTSR1
  • NTSR2
  • OPRD1
  • OPRK1
  • OPRL1
  • OPRM1
  • PDYN
  • PMCH
  • PNOC
  • POMC
  • PPL8
  • PPYR1
  • PRLH
  • PRLHR
  • PROK1
  • PROK2
  • PROKR1
  • PROKR2
  • PSAP
  • PYY
  • SST
  • SSTR2
  • SSTR3
  • SSTR5
  • TRH
  • TRHR
  • UTS2
  • UTS2R
  • XK
Sus scrofa (pig)
Role of phospholipids in phagocytosis
  • CD247
  • CD3G
  • FCGR1A
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • IGKV5-2
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLA2G6
  • PLCG1
  • PLCG2
  • PLD1
  • PLD2
  • PLD3
  • PLD4
  • PLPP4
  • PLPP5
  • PRKCD
  • PRKCE
Sus scrofa (pig)
Cellular hexose transport
  • FGF21
  • GLUT1
  • GLUT2
  • GLUT3
  • MFSD4B
  • SAAT1
  • SGLT3
  • SLC2A1
  • SLC2A10
  • SLC2A11
  • SLC2A12
  • SLC2A2
  • SLC2A3
  • SLC2A4
  • SLC2A6
  • SLC2A7
  • SLC2A8
  • SLC2A9
  • SLC45A3
  • SLC50A1
  • SLC5A1
  • SLC5A10
  • SLC5A2
  • SLC5A4
  • SLC5A9
Sus scrofa (pig)
SHC1 events in EGFR signaling
  • AREG
  • BTC
  • DTR
  • EGF
  • EGFR
  • EREG
  • GRB2
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HRAS
  • KRAS
  • NRAS
  • SHC1
  • SOS1
  • TGFA
Sus scrofa (pig)
Synthesis of PC
  • ABHD3
  • ACHE
  • CEPT1
  • CHAT
  • CHKA
  • CHKB
  • CHPT1
  • CK2N
  • CSNK2A1
  • CSNK2A2
  • CSNK2B
  • CTL2
  • CTL4
  • LPCAT1
  • LPIN1
  • LPIN2
  • LPIN3
  • MFSD2A
  • PCTP
  • PCYT1A
  • PCYT1B
  • PEMT
  • PHOSPHO1
  • SLC44A1
  • SLC44A2
  • SLC44A3
  • SLC44A4
  • STARD10
  • STARD7
  • TPPT1
Sus scrofa (pig)
Regulation of IGF Activity by IGFBP
  • A4
  • AD1
  • ADAM10
  • AFP
  • AHSG
  • ALB
  • AMBN
  • AMEL
  • ANO8
  • APLP2
  • APOA1
  • APOA2
  • APOA5
  • APOB
  • APOE
  • APP
  • ATGL
  • BMP15
  • BMP4
  • BPIFB2
  • C3
  • C4A
  • CCN1
  • CDH2
  • CHGB
  • CHRDL1
  • CKAP4
  • CSF1
  • CST3
  • DMP1
  • DNAJC3
  • F5
  • FAM20A
  • FAM20C
  • FGA
  • FGF23
  • FGG
  • FN1
  • FSTL1
  • FUCA2
  • GAS6
  • GOLM1
  • GPC3
  • HRC
  • HSP90B1
  • IGF1
  • IGF2
  • IGFBP1
  • IGFBP2
  • IGFBP3
  • IGFBP4
  • IGFBP5
  • IGFBP6
  • IGFBP7
  • IL-6
  • IL6
  • ITIH2
  • KNG1
  • KTN1
  • LGALS1
  • LOC100156062
  • LOC100738836
  • LOC106510284
  • LTBP1
  • MATN3
  • MBTPS1
  • MEGF6
  • MELTF
  • MEN1
  • MEPE
  • MGAT4A
  • MIA3
  • MXRA8
  • NOTUM
  • NUCB1
  • OPN
  • P4HB
  • PAPPA
  • PAPPA2
  • PCSK9
  • PDIA6
  • PNPLA2
  • PRKCSH
  • PROC
  • PRSS23
  • QSOX1
  • RCN1
  • SCG2
  • SCG3
  • SDC2
  • SERPINA1
  • SERPINC1
  • SERPIND1
  • SPARCL1
  • SPP1
  • SPP2
  • STC2
  • TF
  • TIMP1
  • TMEM132A
  • TNC
  • TNN
  • UABP-2
  • VCAN
  • VGF
  • VWA1
  • WFS1
  • bmp4
Sus scrofa (pig)
SUMOylation of DNA replication proteins
  • AURKB
  • BIRC5
  • CDCA8
  • CEP192
  • INCENP
  • LOC100627016
  • LOC110258677
  • MRNP41
  • NDC1
  • NUP107
  • NUP133
  • NUP153
  • NUP155
  • NUP160
  • NUP188
  • NUP205
  • NUP210
  • NUP214
  • NUP35
  • NUP37
  • NUP42
  • NUP43
  • NUP50
  • NUP58
  • NUP62
  • NUP85
  • NUP88
  • NUP93
  • NUP98
  • PCNA
  • PIAS3
  • PIAS4
  • POM121C
  • RAE1
  • RANBP2
  • RANGAP1
  • SEH1L
  • SMT3A
  • SMT3H2
  • SUMO1
  • SUMO2
  • SUMO3
  • TOP1
  • TOP2A
  • TOP2B
  • TPR
  • UBE2I
Sus scrofa (pig)
Glycosphingolipid biosynthesis
  • A4GALT
  • B3GALNT1
  • B3GALT3
  • B3GALT4
  • B3GNT5
  • B4GALNT1
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • CERK
  • FUT1
  • FUT2
  • GAL3ST1
  • ST3GAL-III
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL5
  • ST6GALNAC5
  • ST6GALNAC6
  • ST8SIA5
  • UGCG
  • UGT8
Sus scrofa (pig)
Ciprofloxacin ADME
  • ABCG2
  • ABCG2A
  • ALB
  • BMDP
  • SLC22A1
  • SLCO1A2
Sus scrofa (pig)
Surfactant metabolism
  • A2AR
  • ABCA3
  • ADA2
  • ADGRF5
  • ADORA2A
  • ADORA2B
  • ADRA2A
  • ADRA2C
  • CCDC59
  • CKAP4
  • CTSH
  • GATA6
  • LMCD1
  • NAPSA
  • P2RY2
  • PGA
  • SFTPB
  • SFTPC
  • SFTPD
  • SLC34A1
  • SLC34A2
  • SP-C
  • TTF1
  • ZDHHC2
Sus scrofa (pig)
FMO oxidises nucleophiles
  • FMO-1
  • FMO1
  • FMO2
  • FMO3
Sus scrofa (pig)
O-linked glycosylation
  • B3GALNT2
  • B4GAT1
  • DAG1
  • LARGE1
  • LARGE2
  • POMGNT1
  • POMGNT2
  • POMK
  • POMT1
  • POMT2
Sus scrofa (pig)
FCGR activation
  • CD247
  • CD3G
  • FCGR1A
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • FYN
  • HCK
  • IGKV5-2
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • LYN
  • SRC
  • YES1
Sus scrofa (pig)
Intestinal hexose absorption
  • GLUT2
  • SLC2A2
  • SLC2A5
  • SLC5A1
Sus scrofa (pig)
Collagen degradation
  • COL12A1
  • COL13A1
  • COL15A1
  • COL18A1
  • COL19A1
  • COL25A1
  • CTSB
  • CTSD
  • CTSK
  • CTSL
  • FURIN
  • MMP1
  • MMP11
  • MMP12
  • MMP13
  • MMP15
  • MMP20
  • MMP3
  • MMP7
  • MMP8
  • MMP9
  • PHYKPL
  • PRSS2
  • TMPRSS6
  • try
Sus scrofa (pig)
RNA polymerase II transcribes snRNA genes
  • CCNK
  • CCNT1
  • CCNT2
  • CDK7
  • CDK9
  • ELL2
  • ELL3
  • GTF2A1
  • GTF2A2
  • GTF2B
  • GTF2E1
  • GTF2E2
  • GTF2F1
  • ICE1
  • ICE2
  • INTS1
  • INTS10
  • INTS11
  • INTS12
  • INTS13
  • INTS2
  • INTS3
  • INTS4
  • INTS5
  • INTS6
  • INTS7
  • INTS8
  • INTS9
  • NABP2
  • NCBP1
  • NCBP2
  • PCF11
  • PHAX
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2L
  • POU2F1
  • POU2F2
  • RPAP2
  • RPRD1A
  • RPRD2
  • SNAPC1
  • SNAPC2
  • SNAPC3
  • SNAPC4
  • SNAPC5
  • SP1
  • SRRT
  • SSU72
  • SUPT4H1
  • SUPT5H
  • TAF11
  • TAF13
  • TAF5
  • TAF6
  • TAF8
  • TAF9
Sus scrofa (pig)
A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis
  • AGRN
  • B3GALT6
  • B3GAT1
  • B3GAT2
  • B3GAT3
  • B4GALT7
  • BCAN
  • BGN
  • CSPG4
  • CSPG5
  • DCN
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • NCAN
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • VCAN
  • XYLT1
  • XYLT2
Sus scrofa (pig)
Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin
  • GCG
  • GH1
  • GHRL
  • IGF1
  • INS
  • LEP
  • MBOAT4
  • OB
  • OBS
  • PLA2G7
  • SPCS1
  • SPCS2
  • SPCS3
Sus scrofa (pig)
Cargo concentration in the ER
  • AREG
  • CD59
  • CNIH1
  • CNIH3
  • COL7A1
  • CTSZ
  • F5
  • FOLR1
  • FOLR3
  • GOSR2
  • GRIA1
  • LMAN1
  • LMAN1L
  • LMAN2
  • LMAN2L
  • MCFD2
  • MIA2
  • MIA3
  • PREB
  • SAR1B
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SERPINA1
  • TGFA
  • TMED10
  • TMED2
  • UABP-2
Sus scrofa (pig)
Extra-nuclear estrogen signaling
  • CALM3
  • CAV1
  • CAV2
  • DTR
  • ESR
  • ESR1
  • ESR2
  • GNAI1
  • GNAI2
  • GNAI3
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPCA
  • IGF1R
  • LOC100621431
  • LOC110255211
  • MMP3
  • MMP7
  • MMP9
  • NOS3
  • NR3A1
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PRMT1
  • S1PR3
  • SHC1
  • SPHK1
  • SRC
  • STRN
Sus scrofa (pig)
TNFR2 non-canonical NF-kB pathway
  • BIRC2
  • CD40
  • CD40LG
  • LMP2
  • LTA
  • LTB
  • LTBR
  • MAP3K14
  • PIAP
  • PRORP
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB11
  • PSMB3
  • PSMB7
  • PSMB9
  • PSMC1
  • PSMC3
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME3
  • PSME4
  • PSMF1
  • TNF
  • TNFA
  • TNFB
  • TNFRSF11A
  • TNFRSF12A
  • TNFRSF13C
  • TNFRSF1B
  • TNFRSF5
  • TNFSF1
  • TNFSF11
  • TNFSF12
  • TNFSF13B
  • TNFSF2
  • TRAF2
  • TRAF3
Sus scrofa (pig)

About Release Notes Help Feedback

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024