GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 126 - 150 of 360 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▲
Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell
  • B2M
  • C3
  • CD1.1
  • CD1B
  • CD1D
  • CD200
  • CD200R1
  • CD22
  • CD226
  • CD247
  • CD300A
  • CD300C
  • CD300LF
  • CD300LG
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD40
  • CD40LG
  • CD81
  • CD8A
  • CD8B
  • CD96
  • CLEC2B
  • CLEC4G
  • CRTAM
  • CXADR
  • DAP10
  • DAP12
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • HCST
  • ICAM1
  • ICAM2
  • ICAM4
  • ICAM5
  • IFITM1
  • IFITM3
  • IGKV5-2
  • ITGA4
  • ITGAL
  • ITGB1
  • ITGB2
  • ITGB7
  • JAML
  • KIR2DL1
  • KLRB1
  • KLRF1
  • KLRK1
  • LOC100125542
  • LOC100513601
  • LOC100513863
  • LOC100515551
  • LOC100515837
  • LOC100515852
  • LOC100519082
  • LOC100521998
  • LOC100523213
  • LOC100626247
  • LOC102161418
  • LOC110260307
  • LOC110261034
  • MADCAM1
  • NCR2
  • NECTIN2
  • NPDC1
  • OSCAR
  • PIANP
  • PILRA
  • PVR
  • SIGLEC1
  • SIGLEC5
  • SLA-2
  • SLA-3
  • SLA-6
  • SLA-7
  • SLA-8
  • SLAMF7
  • TNFRSF5
  • TREM1
  • TREM2
  • TREML2
  • TYROBP
  • ULBP1
  • VCAM1
  • cd1d
  • pCD1A
Sus scrofa (pig)
Detoxification of Reactive Oxygen Species
  • APAH1
  • CCS
  • CYBA
  • CYC
  • CYCS
  • ERO1A
  • ERO1L
  • GP91-PHOX
  • GPX3
  • GPX5
  • GPX7
  • GPX8
  • GSR
  • LOC100519295
  • LOC100522842
  • LOC100621347
  • LOC100739163
  • LOC100739590
  • NCF1
  • NCF2
  • NCF4
  • NOX4
  • NOX5
  • NUDT2
  • P4HB
  • PRDX1
  • PRDX2
  • PRDX3
  • PRDX6
  • SOD1
  • SOD2
  • SOD3
  • TXN
  • TXN2
Sus scrofa (pig)
RHOA GTPase cycle
  • ABCD3
  • ABR
  • ACBD5
  • ACTC1
  • AKAP13
  • ANLN
  • ARAP1
  • ARAP2
  • ARAP3
  • ARHGAP1
  • ARHGAP10
  • ARHGAP18
  • ARHGAP19
  • ARHGAP20
  • ARHGAP21
  • ARHGAP22
  • ARHGAP23
  • ARHGAP24
  • ARHGAP26
  • ARHGAP28
  • ARHGAP29
  • ARHGAP30
  • ARHGAP31
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP4
  • ARHGAP44
  • ARHGAP45
  • ARHGAP5
  • ARHGAP6
  • ARHGAP8
  • ARHGAP9
  • ARHGDIA
  • ARHGEF1
  • ARHGEF10
  • ARHGEF10L
  • ARHGEF11
  • ARHGEF12
  • ARHGEF15
  • ARHGEF17
  • ARHGEF18
  • ARHGEF19
  • ARHGEF2
  • ARHGEF25
  • ARHGEF28
  • ARHGEF3
  • ARHGEF5
  • ARHGEF7
  • ATP6AP1
  • BCAP31
  • BCR
  • C1QBP
  • CAV1
  • CAVIN1
  • CCDC115
  • CIT
  • DAAM1
  • DDRGK1
  • DEF6
  • DEPDC1B
  • DIAPH1
  • DIAPH3
  • DLC1
  • DOCK2
  • ECT2
  • FAF2
  • FAM13A
  • FARP1
  • FLOT1
  • FLOT2
  • FMNL3
  • GMIP
  • IQGAP3
  • JUP
  • Jup
  • KTN1
  • LBR
  • LMAN1
  • MACO1
  • MCAM
  • MCF2
  • MCF2L
  • MYO9A
  • MYO9B
  • NET1
  • NGEF
  • OPHN1
  • PCDH7
  • PGRMC2
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKN1
  • PKN2
  • PKN3
  • PLD1
  • PLEKHG3
  • PLEKHG5
  • PLEKHG6
  • PREX1
  • PREX2
  • RACGAP1
  • RASGRF2
  • RHOA
  • RHPN1
  • RHPN2
  • ROCK1
  • ROCK2
  • RTKN
  • SCFD1
  • SLK
  • SNAP23
  • SRGAP1
  • STARD8
  • STOM
  • TAGAP
  • TEX2
  • TFRC
  • TIAM1
  • TJP2
  • TMEM57
  • TRIO
  • VAMP3
  • VANGL1
  • VAPB
  • VAV1
  • VAV2
  • YKT6
Sus scrofa (pig)
RHOQ GTPase cycle
  • ARHGAP1
  • ARHGAP17
  • ARHGAP21
  • ARHGAP26
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • ARL13B
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPA
  • CDC42BPB
  • CDC42EP1
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP4
  • CFTR
  • CPNE8
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • FNBP1
  • GFOD1
  • GIT1
  • GIT2
  • GJA1
  • GOPC
  • IQGAP3
  • ITSN1
  • JUP
  • Jup
  • LAMTOR1
  • MPP7
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • RAB7A
  • RHOQ
  • SCRIB
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • SNAP23
  • SRGAP2
  • STEAP3
  • STOM
  • SYDE1
  • TFRC
  • TRIP10
  • VAMP3
  • VANGL1
  • WASL
  • WWP2
Sus scrofa (pig)
Interleukin-2 signaling
  • IL2
  • IL2RA
  • IL2RB
  • IL2RG
  • JAK1
  • JAK3
  • LCK
  • PTK2B
  • SHC1
  • STAT5A
  • STAT5B
  • stat5B
Sus scrofa (pig)
PD-1 signaling
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CSK
  • DRA
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100153139
  • PDCD1
  • PDCD1LG2
  • PTPN11
  • SLA-DQA
  • SLA-DQA1
  • SLA-DQB1
  • SLA-DR
  • SLA-DRA
  • SLA-DRA1
  • SLA-DRB1
Sus scrofa (pig)
MET activates STAT3
  • HGF
  • MET
  • STAT3
Sus scrofa (pig)
Dimerization of procaspase-8
  • APT1
  • CASP8
  • CASP9
  • FADD
  • FAS
  • LOC100624226
  • LOC100737977
  • RIPK1
  • TNFRSF6
  • TRADD
  • TRAF2
Sus scrofa (pig)
Vitamin B2 (riboflavin) metabolism
  • ACP5
  • ENPP1
  • FLAD1
  • RFK
  • SLC52A1
  • SLC52A2
  • SLC52A3
Sus scrofa (pig)
IRS-mediated signalling
  • IRS1
  • IRS2
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
Sus scrofa (pig)
Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP)
  • CD26
  • DPP4
  • GIP
  • GPR119
Sus scrofa (pig)
FGFR1c ligand binding and activation
  • ANOS1
  • FGF1
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF23
  • FGF4
  • FGF5
  • FGF6
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFR1
  • Fgf4
  • TGFBR3
Sus scrofa (pig)
FGFR1b ligand binding and activation
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF2
  • FGF22
  • FGF3
  • FGFR1
  • TGFBR3
Sus scrofa (pig)
Clathrin-mediated endocytosis
  • AAK1
  • ACTR3
  • ADRB2
  • AGTR1
  • AMPH
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2M1
  • AP2S1
  • APOB
  • AREG
  • ARF6
  • ARFGAP1
  • ARPC1A
  • ARPC2
  • ARPC3
  • ARPC5
  • ARRB1
  • ARRB2
  • AVP
  • AVPR2
  • BIN1
  • BTC
  • CBL
  • CD3D
  • CD3G
  • CD4
  • CFTR
  • CHRM2
  • CLTA
  • CLTB
  • CLTC
  • DNAJC6
  • DNM1
  • DNM2
  • DNM3
  • DTR
  • DVL2
  • EGF
  • EGFR
  • EPN1
  • EPN2
  • EPS15
  • EPS15L1
  • EREG
  • FCHO1
  • FCHO2
  • FNBP1
  • FNBP1L
  • FZD4
  • GAK
  • GAPVD1
  • GRB2
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HGS
  • HIP1
  • HIP1R
  • HSPA8
  • IGF2R
  • IL7R
  • ITSN1
  • ITSN2
  • KIAA0319
  • LDLR
  • LDLRAP1
  • M6PR
  • NECAP1
  • NECAP2
  • OCRL
  • PACSIN1
  • PACSIN2
  • PACSIN3
  • PICALM
  • PIK3C2A
  • PIP5K1C
  • RAB5A
  • RAB5B
  • REPS1
  • REPS2
  • RPS27A
  • SCARB2
  • SH3GL1
  • SH3GL3
  • SH3KBP1
  • SLC18A3
  • SLC2A8
  • SNAP91
  • SNX18
  • SNX9
  • STAM
  • STAM2
  • STON1
  • SYNJ1
  • SYNJ2
  • SYT1
  • SYT2
  • SYT8
  • SYT9
  • TACR1
  • TF
  • TFRC
  • TGFA
  • TRIP10
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • VAMP2
  • VAMP3
  • VAMP4
  • VAMP8
  • WASL
  • WNT5A
Sus scrofa (pig)
COPII-mediated vesicle transport
  • ANKRD28
  • AREG
  • CD59
  • CNIH1
  • CNIH3
  • COL7A1
  • CTSZ
  • F5
  • FOLR1
  • FOLR3
  • GOLGA2
  • GORASP1
  • GOSR2
  • GRIA1
  • LMAN1
  • LMAN1L
  • LMAN2
  • LMAN2L
  • MCFD2
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NSF
  • PPP6C
  • PPP6R1
  • PPP6R3
  • PREB
  • SAR1B
  • SCFD1
  • SEC13
  • SEC16A
  • SEC16B
  • SEC22C
  • SEC23A
  • SEC23IP
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • SERPINA1
  • TFG
  • TGFA
  • TMED10
  • TMED2
  • TRAPPC10
  • TRAPPC2
  • TRAPPC2L
  • TRAPPC3
  • TRAPPC4
  • TRAPPC5
  • TRAPPC6A
  • TRAPPC9
  • UABP-2
  • USO1
  • YKT6
Sus scrofa (pig)
RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes
  • CTSK
  • CTSL
Sus scrofa (pig)
O-glycosylation of TSR domain-containing proteins
  • ADAMTS1
  • ADAMTS10
  • ADAMTS12
  • ADAMTS13
  • ADAMTS14
  • ADAMTS15
  • ADAMTS16
  • ADAMTS17
  • ADAMTS18
  • ADAMTS19
  • ADAMTS2
  • ADAMTS20
  • ADAMTS3
  • ADAMTS4
  • ADAMTS5
  • ADAMTS6
  • ADAMTS7
  • ADAMTS8
  • ADAMTS9
  • ADAMTSL1
  • ADAMTSL2
  • ADAMTSL3
  • ADAMTSL4
  • ADAMTSL5
  • B3GLCT
  • CFP
  • POFUT2
  • SBSPON
  • SEMA5A
  • SEMA5B
  • SPON2
  • SSPOP
  • THBS1
  • THBS2
  • THSD1
  • THSD4
  • THSD7A
  • THSD7B
Sus scrofa (pig)
Generic Transcription Pathway
  • CCNC
  • CDK8
  • CRSP8
  • CRSP9
  • KRBA1
  • LOC100513362
  • LOC100513741
  • LOC100516085
  • LOC100516355
  • LOC100517149
  • LOC100517161
  • LOC100517751
  • LOC100519853
  • LOC100520720
  • LOC100520903
  • LOC100521069
  • LOC100525433
  • LOC100620238
  • LOC100626048
  • LOC100627241
  • LOC100737756
  • LOC100737823
  • LOC100738050
  • LOC100739480
  • LOC102164547
  • LOC102167305
  • LOC102167351
  • LOC110259370
  • LOC110261311
  • LOC110261312
  • LOC110261313
  • LOC110261321
  • MED1
  • MED10
  • MED12
  • MED13
  • MED14
  • MED15
  • MED16
  • MED17
  • MED20
  • MED23
  • MED24
  • MED25
  • MED26
  • MED27
  • MED30
  • MED4
  • MED6
  • MED7
  • MED8
  • PRDM7
  • TRIM28
  • ZBTB41
  • ZBTB48
  • ZFP1
  • ZFP14
  • ZFP2
  • ZFP28
  • ZFP37
  • ZFP69B
  • ZKSCAN1
  • ZKSCAN4
  • ZKSCAN5
  • ZKSCAN7
  • ZKSCAN8
  • ZNF10
  • ZNF112
  • ZNF114
  • ZNF133
  • ZNF140
  • ZNF16
  • ZNF175
  • ZNF18
  • ZNF180
  • ZNF181
  • ZNF184
  • ZNF189
  • ZNF200
  • ZNF202
  • ZNF205
  • ZNF213
  • ZNF23
  • ZNF235
  • ZNF248
  • ZNF25
  • ZNF26
  • ZNF263
  • ZNF274
  • ZNF282
  • ZNF286A
  • ZNF3
  • ZNF300
  • ZNF311
  • ZNF317
  • ZNF333
  • ZNF33B
  • ZNF34
  • ZNF354B
  • ZNF354C
  • ZNF383
  • ZNF394
  • ZNF397
  • ZNF445
  • ZNF446
  • ZNF45
  • ZNF471
  • ZNF483
  • ZNF484
  • ZNF496
  • ZNF529
  • ZNF546
  • ZNF550
  • ZNF555
  • ZNF558
  • ZNF565
  • ZNF566
  • ZNF567
  • ZNF568
  • ZNF569
  • ZNF577
  • ZNF582
  • ZNF583
  • ZNF594
  • ZNF596
  • ZNF599
  • ZNF606
  • ZNF614
  • ZNF619
  • ZNF621
  • ZNF624
  • ZNF658
  • ZNF662
  • ZNF664
  • ZNF668
  • ZNF672
  • ZNF684
  • ZNF688
  • ZNF689
  • ZNF697
  • ZNF70
  • ZNF703
  • ZNF704
  • ZNF706
  • ZNF71
  • ZNF713
  • ZNF74
  • ZNF75D
  • ZNF770
  • ZNF772
  • ZNF782
  • ZNF786
  • ZNF79
  • ZNF791
  • ZNF792
  • ZNF793
  • ZNF804B
  • ZNF839
  • ZNF883
  • ZSCAN25
Sus scrofa (pig)
Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade
  • CALM3
  • CAMKMT
  • CNGA1
  • CNGB1
  • GNB5
  • GRK1
  • GRK4
  • GRK7
  • GUCA1B
  • GUCY2D
  • METAP1
  • METAP2
  • NMT1
  • NMT2
  • PDE6A
  • PDE6G
  • PPEF1
  • RCVRN
  • RGS9
  • RGS9BP
  • RHO
  • RHO1
Sus scrofa (pig)
Muscarinic acetylcholine receptors
  • CHRM1
  • CHRM2
  • CHRM3
  • CHRM4
  • CHRM5
Sus scrofa (pig)
MET Receptor Activation
  • HGF
  • HGFAC
  • HPN
  • MET
  • SPINT1
  • SPINT2
Sus scrofa (pig)
G alpha (12/13) signalling events
  • ABR
  • ADRA1A
  • ADRA1B
  • ADRA1D
  • AKAP13
  • ARHGEF1
  • ARHGEF10
  • ARHGEF10L
  • ARHGEF11
  • ARHGEF12
  • ARHGEF15
  • ARHGEF16
  • ARHGEF17
  • ARHGEF18
  • ARHGEF19
  • ARHGEF2
  • ARHGEF25
  • ARHGEF26
  • ARHGEF3
  • ARHGEF33
  • ARHGEF37
  • ARHGEF38
  • ARHGEF39
  • ARHGEF5
  • ARHGEF6
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • BTK
  • ECT2
  • FGD1
  • FGD2
  • FGD3
  • FGD4
  • GNA12
  • GNA13
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • ITSN1
  • LOC100621431
  • LOC110255211
  • MCF2
  • MCF2L
  • NET1
  • NGEF
  • PLEKHG2
  • PLEKHG5
  • PLXNB1
  • PREX1
  • RASGRF2
  • RHOA
  • RHOB
  • RHOC
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SOS1
  • SOS2
  • TBXA2R
  • TIAM1
  • TIAM2
  • TRIO
  • VAV1
  • VAV2
  • alpha-1A
Sus scrofa (pig)
ERBB2 Regulates Cell Motility
  • BTC
  • DIAPH1
  • DTR
  • EGF
  • EGFR
  • ERBB2
  • ERBB3
  • ERBB4
  • EREG
  • HBEGF
  • HEGFL
  • MEMO1
  • NRG1
  • NRG2
  • NRG3
  • RHOA
Sus scrofa (pig)
MET activates RAS signaling
  • GRB2
  • HGF
  • HRAS
  • KRAS
  • MET
  • MUC20
  • NRAS
  • RANBP10
  • RANBP9
  • SHC1
  • SOS1
Sus scrofa (pig)
Arachidonic acid metabolism
  • FAAH
  • FAAH1
Sus scrofa (pig)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: August 19, 2024