GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 276 - 300 of 557 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▲ Organism GlyTouCan ID
Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin
  • BCHE
  • GCG
  • GH1
  • GHRL
  • IGF1
  • INS
  • LEP
  • MBOAT4
  • PCSK1
  • PLA2G7
  • SEC11A
  • SEC11C
  • SEC11L1
  • SPC18
  • SPCS1
  • SPCS2
  • SPCS3
  • ob
Bos taurus (cattle)
Downstream TCR signaling
  • BCL10
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CARD11
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CDC34
  • CHUK
  • CUL1
  • DYB
  • FBXW11
  • HLA-DRA
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • INPP5D
  • LCK
  • LOC100848815
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PDPK1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PRKCQ
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • PTEN
  • RELA
  • RIPK2
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • TAB2
  • TRAF6
  • TRAP2
  • TRAT1
  • TRAV29-1
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
FCERI mediated NF-kB activation
  • BCL10
  • CARD11
  • CDC34
  • CHUK
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • LYN
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PRKCQ
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TRAF6
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
Activation of NF-kappaB in B cells
  • BCL10
  • CARD11
  • CHUK
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • MALT1
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • NFKBIB
  • NFKBIE
  • PRKCB
  • PRKCB1
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • REL
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
CLEC7A (Dectin-1) signaling
  • BCL10
  • CARD9
  • CDC34
  • CHUK
  • CLEC7A
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PLCG2
  • PRKCD
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SRC
  • SUG1
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TRAF6
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
The retinoid cycle in cones (daylight vision)
  • BCP
  • CRALBP
  • DHRS3
  • OPN1LW
  • OPN1SW
  • RBP3
  • RCP
  • RLBP1
Bos taurus (cattle)
Opsins
  • BCP
  • OPN1LW
  • OPN1SW
  • OPN4
  • OPN5
  • RCP
  • RGR
  • RHO
  • RRH
Bos taurus (cattle)
Activation of C3 and C5
  • BF
  • C2
  • C3
  • C4A
  • C5
  • CFB
  • LOC107131209
Bos taurus (cattle)
Alternative complement activation
  • BF
  • C3
  • CFB
  • CFD
  • GZMM
Bos taurus (cattle)
Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins
  • BGLAP
  • F10
  • F2
  • F7
  • F9
  • FURIN
  • GAS6
  • PROC
  • PROS
  • PROS1
Bos taurus (cattle)
Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus
  • BGLAP
  • F10
  • F2
  • F7
  • F9
  • GAS6
  • PROC
  • PROS
  • PROS1
Bos taurus (cattle)
Gamma-carboxylation of protein precursors
  • BGLAP
  • F10
  • F2
  • F7
  • F9
  • GC
  • GGCX
  • PROC
  • PROS
  • PROS1
Bos taurus (cattle)
TNFR2 non-canonical NF-kB pathway
  • BIRC2
  • BIRC3
  • CD40
  • CD40LG
  • LTA
  • LTB
  • LTBR
  • MAP3K14
  • NCR3
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • SUG1
  • TNF
  • TNFB
  • TNFRSF11A
  • TNFRSF12A
  • TNFRSF13C
  • TNFRSF1B
  • TNFRSF5
  • TNFSF1
  • TNFSF11
  • TNFSF12
  • TNFSF13B
  • TNFSF14
  • TNLG1D
  • TNLG7A
  • TRAF2
  • TRAF3
  • TRAP2
Bos taurus (cattle)
TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway
  • BIRC2
  • BIRC3
  • CD40
  • CD40LG
  • LTA
  • LTB
  • LTBR
  • MAP3K14
  • NCR3
  • TNFB
  • TNFRSF11A
  • TNFRSF12A
  • TNFRSF13C
  • TNFRSF5
  • TNFSF1
  • TNFSF11
  • TNFSF12
  • TNFSF13B
  • TNFSF14
  • TNLG1D
  • TNLG7A
  • TRAF2
  • TRAF3
Bos taurus (cattle)
Generation of second messenger molecules
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CD101
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • DYB
  • FYB
  • FYB1
  • GRAP2
  • HLA-DRA
  • ITK
  • LAT
  • LCK
  • LCP2
  • LOC100848815
  • NCK1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK3
  • PLCG1
  • PLCG2
  • TRAV29-1
  • ZAP70
Bos taurus (cattle)
PD-1 signaling
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CD247
  • CD274
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CSK
  • DYB
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100848815
  • PD-L1
  • PDCD1LG2
  • PTPN11
  • PTPN6
  • TRAV29-1
Bos taurus (cattle)
Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CSK
  • DYB
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100848815
  • PAG1
  • PTPN22
  • PTPRC
  • PTPRJ
  • TRAV29-1
Bos taurus (cattle)
Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • DYB
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100848815
  • PTPN22
  • TRAV29-1
  • ZAP70
Bos taurus (cattle)
Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers
  • BLNK
  • BTK
  • CD19
  • CD22
  • CD79A
  • CD79B
  • DAPP1
  • GRB2
  • IGA
  • ITPR1
  • ITPR2
  • ITPR3
  • MB-1
  • NCK1
  • PIK3AP1
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PLCG2
  • PTPN6
  • SH3KBP1
  • SOS1
  • STIM1
  • SYK
  • TRPC1
  • VAV1
Bos taurus (cattle)
Crosslinking of collagen fibrils
  • BMP1
  • LOX
  • LOXL1
  • LOXL2
  • LOXL3
  • LOXL4
  • PCOLCE
  • PXDN
  • TLL1
  • TLL2
Bos taurus (cattle)
Molecules associated with elastic fibres
  • BMP10
  • BMP2
  • BMP4
  • BMP7
  • EFEMP2
  • FBLN5
  • GDF5
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • ITGB8
  • LTBP1
  • LTBP2
  • LTBP3
  • LTBP4
  • MFAP3
  • MFAP4
  • MFAP5
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFB3
  • VTN
Bos taurus (cattle)
MAPK6/MAPK4 signaling
  • BORG1
  • CCND3
  • CDC14A
  • CDC14B
  • CDC2
  • CDC42
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP5
  • CDK1
  • CDKN1
  • CEP2
  • DNAJB1
  • ETV4
  • FOXO1
  • FOXO3
  • HSP27
  • HSPB1
  • MAPK4
  • MAPK6
  • MAPKAPK5
  • NCOA3
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK3
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RPS27A
  • SEPTIN7
  • SUG1
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • XPO1
Bos taurus (cattle)
Generic Transcription Pathway
  • BORIS
  • CCNC
  • CDK8
  • CRSP6
  • CRSP8
  • ELOVL1
  • GLI4
  • KRBA1
  • LOC100124429
  • LOC100125304
  • LOC100139104
  • LOC100139345
  • LOC100299712
  • LOC100336208
  • LOC100336448
  • LOC100336984
  • LOC100847180
  • LOC100847773
  • LOC100848895
  • LOC101907883
  • LOC104968476
  • LOC104970105
  • LOC107131241
  • LOC506495
  • LOC508131
  • LOC509810
  • LOC516156
  • LOC523461
  • LOC530973
  • LOC615112
  • LOC616720
  • LOC789258
  • MED1
  • MED10
  • MED12
  • MED13
  • MED14
  • MED15
  • MED16
  • MED17
  • MED20
  • MED23
  • MED24
  • MED25
  • MED26
  • MED27
  • MED30
  • MED31
  • MED4
  • MED6
  • MED7
  • MED8
  • RHIT
  • SOH1
  • THRAP6
  • TRAP25
  • TRIM28
  • ZFP1
  • ZFP2
  • ZFP28
  • ZFP37
  • ZFP69
  • ZFP82
  • ZFP90
  • ZIM3
  • ZKSCAN1
  • ZKSCAN4
  • ZKSCAN5
  • ZKSCAN7
  • ZKSCAN8
  • ZNF10
  • ZNF112
  • ZNF114
  • ZNF135
  • ZNF140
  • ZNF157
  • ZNF169
  • ZNF175
  • ZNF18
  • ZNF180
  • ZNF181
  • ZNF189
  • ZNF19
  • ZNF192
  • ZNF200
  • ZNF202
  • ZNF205
  • ZNF212
  • ZNF214
  • ZNF226
  • ZNF227
  • ZNF23
  • ZNF235
  • ZNF24
  • ZNF248
  • ZNF25
  • ZNF250
  • ZNF26
  • ZNF263
  • ZNF268
  • ZNF274
  • ZNF275
  • ZNF286A
  • ZNF300
  • ZNF304
  • ZNF311
  • ZNF331
  • ZNF33B
  • ZNF345
  • ZNF350
  • ZNF354A
  • ZNF354B
  • ZNF354C
  • ZNF382
  • ZNF383
  • ZNF41
  • ZNF432
  • ZNF436
  • ZNF445
  • ZNF45
  • ZNF454
  • ZNF484
  • ZNF496
  • ZNF500
  • ZNF514
  • ZNF529
  • ZNF548
  • ZNF550
  • ZNF554
  • ZNF555
  • ZNF557
  • ZNF565
  • ZNF566
  • ZNF568
  • ZNF569
  • ZNF570
  • ZNF584
  • ZNF596
  • ZNF599
  • ZNF605
  • ZNF613
  • ZNF614
  • ZNF619
  • ZNF621
  • ZNF624
  • ZNF641
  • ZNF642
  • ZNF667
  • ZNF668
  • ZNF684
  • ZNF688
  • ZNF689
  • ZNF70
  • ZNF703
  • ZNF704
  • ZNF706
  • ZNF710
  • ZNF713
  • ZNF74
  • ZNF746
  • ZNF750
  • ZNF75A
  • ZNF770
  • ZNF772
  • ZNF774
  • ZNF782
  • ZNF786
  • ZNF791
  • ZNF792
  • ZNF793
  • ZNF804B
  • ZNF805
  • ZNF839
  • ZNF892
  • ZSCAN25
  • znf496
Bos taurus (cattle)
Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade
  • BPI
  • CD14
  • CD18
  • CD180
  • DNM1
  • DNM3
  • ITGAM
  • ITGB2
  • LBP
  • LY86
  • LY96
  • MD-2
  • PLCG2
  • PTPN4
  • TICAM2
  • TLR4
  • TRAM
Bos taurus (cattle)
RHOBTB1 GTPase cycle
  • BRE1A
  • CCT2
  • CCT7
  • COPS2
  • COPS4
  • CPSF7
  • CUL3
  • GPS1
  • HNRPC
  • LOC782101
  • MYO6
  • PDE5
  • PDE5A
  • RBBP6
  • RBMX
  • RHOBTB1
  • RNF20
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SFRS10
  • SRRM1
  • STK38
  • TRA2B
  • TXNL1
  • VIM
Bos taurus (cattle)

About Release Notes Help Feedback

Click here to visit the beta site.


International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


Logo License Policies Site Map

Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024