GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 401 - 425 of 557 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID ▼ Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Hedgehog 'off' state
  • ADCY1
  • ADCY2
  • ADCY3
  • ADCY4
  • ADCY5
  • ADCY6
  • ADCY8
  • ADCY9
  • FUZ
  • GLI1
  • GLI2
  • GLI3
  • GPR161
  • IFT122
  • IFT140
  • IFT52
  • IFT57
  • IFT88
  • INTU
  • KIF3A
  • KIF7
  • OFD1
  • PDZD6
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PRKAR1A
  • PRKAR1B
  • PRKAR2A
  • PTCH1
  • RPGRIP1L
  • SMO
  • SUFU
  • TTC21B
  • TULP3
  • WDR19
  • WDR35
Bos taurus (cattle)
Physiological factors
  • CES1
  • CORIN
  • MME
  • NPPA
  • NPPC
  • NPR1
  • NPR2
Bos taurus (cattle)
Mitotic Prometaphase
  • AHCTF1
  • APITD1
  • AURKB
  • B9D2
  • BIRC5
  • BUB1
  • BUB1B
  • BUB3
  • CCDC99
  • CDC20
  • CDCA8
  • CENPC
  • CENPE
  • CENPF
  • CENPH
  • CENPI
  • CENPK
  • CENPL
  • CENPM
  • CENPO
  • CENPP
  • CENPQ
  • CENPS
  • CENPT
  • CKAP5
  • CLASP1
  • CLASP2
  • CLIP1
  • DNCL1
  • DSN1
  • DYNC1H1
  • DYNC1I1
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • ERCC6L
  • FAAP16
  • INCENP
  • ITGB3BP
  • KIF2B
  • KNL1
  • KNTC1
  • LIS1
  • MAD1L1
  • MAD2L1
  • MAPRE1
  • MCM21R
  • MHF1
  • MIS12
  • NDC80
  • NDE1
  • NDEL1
  • NSL1
  • NUDC
  • NUF2
  • NUP107
  • NUP133
  • NUP160
  • NUP37
  • NUP43
  • NUP85
  • NUP98
  • PAFAH1B1
  • PLK1
  • PMF1
  • PPP1CC
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • RANBP2
  • RANGAP1
  • RCC2
  • RPS27
  • SEC13
  • SEC13L1
  • SEH1L
  • SGO1
  • SGO2
  • SKA1
  • SKA2
  • SPBC25
  • SPC24
  • SPC25
  • SPDL1
  • TAOK1
  • XPO1
  • ZW10
  • ZWILCH
  • ZWINT
Bos taurus (cattle)
Separation of Sister Chromatids
  • AHCTF1
  • ANAPC1
  • ANAPC10
  • ANAPC11
  • ANAPC15
  • ANAPC16
  • ANAPC2
  • ANAPC4
  • ANAPC5
  • ANAPC7
  • ANAPC8
  • APITD1
  • AURKB
  • B9D2
  • BIRC5
  • BUB1
  • BUB1B
  • BUB3
  • CCDC99
  • CDC16
  • CDC20
  • CDC23
  • CDC26
  • CDC27
  • CDCA5
  • CDCA8
  • CENPC
  • CENPE
  • CENPF
  • CENPH
  • CENPI
  • CENPK
  • CENPL
  • CENPM
  • CENPO
  • CENPP
  • CENPQ
  • CENPS
  • CENPT
  • CKAP5
  • CLASP1
  • CLASP2
  • CLIP1
  • DNCL1
  • DSN1
  • DYNC1H1
  • DYNC1I1
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • ERCC6L
  • ESPL1
  • FAAP16
  • HDAC8
  • INCENP
  • ITGB3BP
  • KIF2B
  • KNL1
  • KNTC1
  • LIS1
  • MAD1L1
  • MAD2L1
  • MAPRE1
  • MCM21R
  • MHF1
  • MIS12
  • NDC80
  • NDE1
  • NDEL1
  • NSL1
  • NUDC
  • NUF2
  • NUP107
  • NUP133
  • NUP160
  • NUP37
  • NUP43
  • NUP85
  • NUP98
  • PAFAH1B1
  • PDS5A
  • PDS5B
  • PLK1
  • PMF1
  • PPP1CC
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RAD21
  • RANBP2
  • RANGAP1
  • RCC2
  • RPS27
  • RPS27A
  • SCC1
  • SEC13
  • SEC13L1
  • SEH1L
  • SGO1
  • SGO2
  • SKA1
  • SKA2
  • SMC1
  • SMC1A
  • SMC1L1
  • SMC3
  • SPBC25
  • SPC24
  • SPC25
  • SPDL1
  • STAG1
  • STAG2
  • SUG1
  • TAOK1
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH10
  • UBE2C
  • UBE2D1
  • UBE2E1
  • UBE2S
  • WAPL
  • XPO1
  • ZW10
  • ZWILCH
  • ZWINT
Bos taurus (cattle)
IFNG signaling activates MAPKs
  • ERK2
  • IFNG
  • IFNGR1
  • IFNGR2
  • JAK1
  • JAK2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • PRKM1
Bos taurus (cattle)
Interferon gamma signaling
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • ERK2
  • IFNG
  • IFNGR1
  • IFNGR2
  • JAK1
  • JAK2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • PRKCD
  • PRKM1
  • PTPN6
  • SOCS1
  • SOCS3
  • STAT1
  • YB1
  • YBX1
Bos taurus (cattle)
Regulation of IFNG signaling
  • IFNG
  • IFNGR1
  • IFNGR2
  • JAK1
  • JAK2
  • PIAS1
  • PTPN2
  • SOCS1
  • SOCS3
  • STAT1
Bos taurus (cattle)
RHOD GTPase cycle
  • ACTN1
  • ADD3
  • AKAP12
  • ANKFY1
  • ARHGAP1
  • ARHGAP12
  • ARHGAP17
  • ARHGAP26
  • ARHGAP32
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP5
  • CAV1
  • CPNE8
  • DEPDC1B
  • DIAPH1
  • DIAPH2
  • DIAPH3
  • EFHD2
  • EMD
  • ESYT1
  • FAM62A
  • FILIP1
  • GOLGA2
  • HINT2
  • LBR
  • LMAN1
  • LMNB1
  • MCAM
  • MOSPD2
  • PAK5
  • PAK6
  • PGRMC2
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLXNA1
  • PLXNB1
  • RACGAP1
  • RBM39
  • RHOD
  • SLC4A7
  • STBD1
  • STEAP3
  • SWS1
  • TOR1AIP1
  • VANGL1
  • VAPB
  • VRK2
Bos taurus (cattle)
RHOQ GTPase cycle
  • ARHGAP1
  • ARHGAP17
  • ARHGAP26
  • ARHGAP32
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • ARL13B
  • ASCT2
  • BORG1
  • BORG5
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPB
  • CDC42EP1
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP4
  • CEP2
  • CFTR
  • CPNE8
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • FNBP1
  • GIT1
  • GIT2
  • GJA1
  • GOPC
  • IQGAP1
  • IQGAP3
  • ITSN1
  • JUP
  • LAMTOR1
  • MPP7
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK4
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • RHOQ
  • SCRIB
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • SNAP23
  • SRGAP2
  • STEAP3
  • STOM
  • SYDE1
  • TFRC
  • TRIP10
  • VANGL1
  • WASL
  • WWP2
Bos taurus (cattle)
Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity
  • AIMP2
  • CREBBP
  • DARS1
  • EEF1E1
  • EPRS1
  • ERK2
  • GSK3B
  • HINT1
  • IARS
  • IARS1
  • JTV1
  • KARS1
  • KIT
  • KITLG
  • LARS1
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MARS1
  • MITF
  • PRKM1
  • QARS
  • QARS1
  • RARS
  • RARS1
  • RPS6KA1
  • SCF
  • WNT3A
  • XPO1
Bos taurus (cattle)
Stimuli-sensing channels
  • ACCN1
  • ANO10
  • ANO2
  • ANO3
  • ANO4
  • ANO5
  • ANO6
  • ANO8
  • ANO9
  • ASIC1
  • ASIC2
  • ASIC4
  • ASIC5
  • ASPH
  • BEST1
  • BEST2
  • BEST3
  • BEST4
  • CALM
  • CLCA1
  • CLCA4
  • CLCN1
  • CLCN2
  • CLCN3
  • CLCN5
  • CLCN6
  • CLCN7
  • CLCNKA
  • CLIC2
  • FKBP12.6
  • FKBP1B
  • NALCN
  • NHEDC1
  • OSTM1
  • RYR2
  • SCNN1A
  • SCNN1B
  • SCNN1D
  • SCNN1G
  • SLC17A3
  • SLC9B2
  • SRI
  • STOM
  • STOML3
  • TMEM16D
  • TPCN1
  • TPCN2
  • TTYH1
  • TTYH2
  • TTYH3
  • UNC79
  • UNC80
Bos taurus (cattle)
RHOBTB2 GTPase cycle
  • ACTG
  • ACTG1
  • ACTN1
  • BAT1
  • CCT2
  • CCT6A
  • CCT7
  • CDC37
  • CUL3
  • DDX39B
  • HNRPC
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPC3
  • HSPCA
  • HSPCB
  • MYO6
  • PHIP
  • RBMX
  • RHOBTB2
  • SFRS10
  • SRRM1
  • STK38
  • TMOD3
  • TRA2B
  • TWF1
  • TXNL1
  • UAP56
Bos taurus (cattle)
Striated Muscle Contraction
  • ACTN2
  • ACTN3
  • DES
  • DMD
  • MYBPC1
  • MYBPC3
  • MYH3
  • MYH6
  • MYH8
  • MYL1
  • MYL2
  • MYL4
  • NEB
  • TCAP
  • TMOD1
  • TMOD2
  • TMOD3
  • TMOD4
  • TNNC
  • TNNC1
  • TNNC2
  • TNNI1
  • TNNI2
  • TNNT1
  • TNNT2
  • TNNT3
  • TPM1
  • TPM2
  • TPM3
  • VIM
Bos taurus (cattle)
Endogenous sterols
  • ADX
  • AHR
  • ARNT
  • ARNT2
  • CYP11A1
  • CYP11B1
  • CYP19A1
  • CYP1B1
  • CYP21
  • CYP21A1
  • CYP21A2
  • CYP27A1
  • CYP39A1
  • CYP46A1
  • CYP4V2
  • CYP51A1
  • CYP7A1
  • FDX1
  • FDX1L
  • FDX2
  • FDXR
  • LOC112449566
  • NCOA1
  • NCOA2
  • NR1H4
  • POMC
  • RXRA
Bos taurus (cattle)
Aryl hydrocarbon receptor signalling
  • AHR
  • AIP
  • ARNT
  • ARNT2
  • HSP90AB1
  • HSPC3
  • HSPCB
  • PTGES3
Bos taurus (cattle)
Fc epsilon receptor (FCERI) signaling
  • FCER1A
  • FCER1G
  • LAT
  • LYN
  • MS4A2
  • SYK
Bos taurus (cattle)
CD22 mediated BCR regulation
  • CD22
  • CD79A
  • CD79B
  • IGA
  • LYN
  • MB-1
  • PTPN6
Bos taurus (cattle)
Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers
  • BLNK
  • BTK
  • CD19
  • CD22
  • CD79A
  • CD79B
  • DAPP1
  • GRB2
  • IGA
  • ITPR1
  • ITPR2
  • ITPR3
  • MB-1
  • NCK1
  • PIK3AP1
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PLCG2
  • PTPN6
  • SH3KBP1
  • SOS1
  • STIM1
  • SYK
  • TRPC1
  • VAV1
Bos taurus (cattle)
FCERI mediated NF-kB activation
  • BCL10
  • CARD11
  • CDC34
  • CHUK
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • LYN
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PRKCQ
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TRAF6
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
FCGR activation
  • CD247
  • CD3G
  • FCGR1A
  • FCGR2B
  • FCGR3
  • FCGR3A
  • FCGRIII
  • FGR
  • FYN
  • LYN
  • SRC
  • SYK
  • YES1
Bos taurus (cattle)
CLEC7A (Dectin-1) signaling
  • BCL10
  • CARD9
  • CDC34
  • CHUK
  • CLEC7A
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PLCG2
  • PRKCD
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SRC
  • SUG1
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TRAF6
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
EPHB-mediated forward signaling
  • ACTB
  • ACTG
  • ACTG1
  • ACTR2
  • ACTR3
  • ARHA
  • ARHGEF28
  • ARP2
  • ARP3
  • ARPC1A
  • ARPC1B
  • ARPC2
  • ARPC3
  • ARPC4
  • ARPC5
  • CDC42
  • ITSN1
  • PAK1
  • PTK2
  • RASA1
  • RHO12
  • RHOA
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SDC2
  • WASL
Bos taurus (cattle)
Triglyceride biosynthesis
  • AGMO
  • DGAT1
  • GK
  • GK2
  • GPAM
  • GPAT2
  • LOC538702
  • LPIN1
  • LPIN2
  • LPIN3
  • MOGAT1
  • MOGAT3
Bos taurus (cattle)
Synthesis of PC
  • ABHD3
  • CEPT1
  • CHAT
  • CHKA
  • CHKB
  • CHPT1
  • CK2A1
  • CK2N
  • CPT1
  • CSNK2A1
  • CSNK2A2
  • CSNK2B
  • CTL2
  • CTL3
  • CTL4
  • LPCAT1
  • LPIN1
  • LPIN2
  • LPIN3
  • MFSD2
  • MFSD2A
  • PCTP
  • PCYT1A
  • PCYT1B
  • PEMT
  • PEMT2
  • PHOSPHO1
  • SLC44A1
  • SLC44A2
  • SLC44A3
  • SLC44A4
  • SLC44A5
  • STARD10
  • STARD2
  • STARD7
  • TPPT1
Bos taurus (cattle)
N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle
  • AMFR
  • DERL1
  • ENGASE
  • NGLY1
  • RAD23B
  • RPS27A
  • SAKS1
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBXN1
  • VCP
Bos taurus (cattle)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: August 19, 2024