GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 26 - 50 of 252 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
TRP channels
  • ANKTM1
  • TRPM4a
  • TRPV1
  • bZ1P14.9
  • cb495
  • ecac
  • mcoln1.2
  • mcoln1b
  • mcoln2
  • si:dkey-9e15.2
  • si:rp71-1p14.9
  • tap1A
  • tap1a
  • tct
  • trpa1
  • trpa1a
  • trpa1b
  • trpa1l
  • trpa2
  • trpc1
  • trpc4a
  • trpc4apa
  • trpc4b
  • trpc6
  • trpc6a
  • trpc7b
  • trpm2
  • trpm4
  • trpm4a
  • trpm6
  • trpm7
  • trpv1
  • trpv5-6
  • trpv6
  • wu:fb15d09
  • zgc:109818
  • zgc:55310
Danio rerio (zebrafish)
Oleoyl-phe metabolism
  • pm20d1.2
Danio rerio (zebrafish)
Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors
  • LOC555747
  • LOC556619
  • chrna1
  • chrna2
  • chrna2a
  • chrna4
  • chrna4b
  • chrna5
  • chrna6
  • chrna7
  • chrna7a
  • chrnb3a
  • dZ70B1.1
  • nic1
  • si:dkey-234d14.1
  • zgc:110642
  • zgc:136717
Danio rerio (zebrafish)
Tie2 Signaling
  • ang1
  • ang2-1
  • angpt1
  • angpt2a
  • fb18e12
  • fj59e07
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • hrasb
  • hrasl
  • nras
  • pik3ca
  • pik3cb
  • pik3r1
  • pik3r2
  • sos1
  • tek
  • tie-2
  • tie2
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fb65b05
  • wu:fc76g06
  • wu:fj59e07
  • zgc:103549
  • zgc:110734
  • zgc:158274
  • zgc:73077
Danio rerio (zebrafish)
Fructose biosynthesis
  • akr1b1.2
  • si:dkey-180p18.9
  • zgc:153855
Danio rerio (zebrafish)
Detoxification of Reactive Oxygen Species
  • TXN
  • cat
  • cb356
  • cb463
  • cb58
  • cb718
  • cb893
  • cuzn
  • cyba
  • cybb
  • cyc
  • ero1a
  • ero1l
  • fa02f07
  • fb15h09
  • gpx7
  • gpx8
  • gpx9
  • gstp1
  • gstp1.2
  • hm:zehl0637
  • im:6902827
  • im:7151832
  • ncf1
  • ncf2
  • nudt2
  • p4hb
  • prdx1
  • prdx2
  • prdx3
  • prdx5
  • prdx6
  • psmb3
  • si:ch73-111m19.2
  • sod1
  • sod2
  • sod3a
  • txn
  • txn2
  • wu:fa02f07
  • wu:fb15h09
  • wu:fj23a02
  • wu:fj33b01
  • wu:fk49e09
  • wu:fq19b09
  • zgc:103706
  • zgc:110282
  • zgc:110343
  • zgc:112293
  • zgc:112318
  • zgc:112512
  • zgc:158405
  • zgc:64144
  • zgc:66077
  • zgc:73051
  • zgc:73360
  • zgc:77127
  • zgc:91915
  • zgc:92596
  • zgc:92891
  • zgc:92903
Danio rerio (zebrafish)
Antagonism of Activin by Follistatin
  • actbb
  • actbetaB
  • fst
  • fst1
  • fsta
  • fstl3
  • inhbab
  • inhbal
  • inhbb
  • si:dkey-28h18.3
  • zgc:114170
  • zgc:158348
Danio rerio (zebrafish)
O-linked glycosylation of mucins
  • B3GNT1
  • Galnt4
  • b3gnt2b
  • b3gnt3
  • b3gnt3.4
  • b3gnt5
  • b3gnt5a
  • b3gnt7
  • b3gntl1
  • b4galt5
  • b4galt6
  • cb543
  • fc23d02
  • fc56f12
  • galnt1
  • galnt11
  • galnt6
  • galnt7
  • galntl6
  • gcnt4
  • heg
  • im:7139488
  • poc1bl
  • qtgal
  • sb:cb921
  • si:ch211-15e22.3
  • ssp1
  • ssp5
  • wdr51bl
  • wu:fa55h04
  • wu:fc01a10
  • wu:fc23d02
  • wu:fc39c01
  • wu:fc56f12
  • wu:fk30b12
  • zgc:112011
  • zgc:113219
  • zgc:113947
  • zgc:153274
  • zgc:55730
Danio rerio (zebrafish)
Signaling by BMP
  • ActrIIB
  • BMP2b
  • BMPR-IA
  • BMPR-IB
  • BR1a
  • BR1b
  • LOC564395
  • actr2b
  • actrIIb
  • acvr2b
  • acvr2ba
  • alk3
  • alk3tr
  • alk6tr
  • amh
  • bmp-2
  • bmp2
  • bmp2-4
  • bmp2b
  • bmpr-IB
  • bmpr1a
  • bmpr1aa
  • bmpr1b
  • bmpr1ba
  • bmpr2b
  • cb670
  • cha
  • charon
  • dand5
  • fa95c03
  • fc25c04
  • fj60c10
  • fstl1b
  • madh1
  • madh5
  • madh7
  • nog3
  • sbn
  • si:dkey-288j18.1
  • sma8
  • smad1
  • smad5
  • smad6b
  • smad7
  • smad9
  • smurf1
  • smurf2
  • swr
  • wu:fa95c03
  • wu:fb30b12
  • wu:fc25c04
  • wu:fj60c10
  • wu:fj97d11
  • wwp1
  • zALK-6
  • zbmp-2
  • zbmp2
  • zfyve16
  • zgc:103407
  • zgc:136731
  • zgc:66401
  • zgc:92220
Danio rerio (zebrafish)
Antimicrobial peptides
  • INTL1
  • INTL2
  • INTL3
  • LOC793075
  • PGRP-SC1a
  • im:7150573
  • intl2
  • intl3
  • itln1
  • itln2
  • itln3
  • leap2
  • lys-C
  • lyz
  • nkl.4
  • nkld
  • pglyrp2
  • pglyrp5
  • pgrp-l
  • rnasel2
  • rnasel3
  • rnasel4
  • si:ch211-139g14.6
  • si:ch211-194p6.4
  • si:ch211-202c21.3
  • si:dkey-113g17.4
  • si:rp71-40n14.1
  • wu:fj22b05
  • zgc:136734
  • zgc:153267
  • zgc:194626
  • zgc:194647
Danio rerio (zebrafish)
Amino acid transport across the plasma membrane
  • fa11f11
  • fc26e12
  • fc51c07
  • id:ibd1327
  • sb:cb519
  • si:ch211-132b12.1
  • si:ch211-154h20.4
  • si:zc101n13.5
  • slc16a10
  • slc1a4
  • slc1a5
  • slc25a29
  • slc36a4
  • slc38a2
  • slc38a3
  • slc38a5b
  • slc3a2b
  • slc43a1b
  • slc6a11
  • slc6a11a
  • slc6a15
  • slc6a18
  • slc6a19
  • slc6a19b
  • slc6a6
  • slc6a6b
  • slc7a1
  • slc7a1a
  • slc7a2
  • slc7a6
  • slc7a7
  • snat2
  • tau
  • taut
  • wu:fa01a01
  • wu:fa11f11
  • wu:fc26e12
  • wu:fc31c02
  • wu:fc48a10
  • wu:fc51c07
  • wu:fd58f10
  • wu:fe14a07
  • wu:fq18d12
  • zgc:114094
  • zgc:123300
  • zgc:158383
  • zgc:158423
  • zgc:172267
  • zgc:55813
  • zgc:66050
  • zgc:92015
  • zgc:92817
Danio rerio (zebrafish)
LDL remodeling
  • mtp
  • mttp
  • p4hb
  • psmb3
  • zgc:92596
Danio rerio (zebrafish)
Regulation of KIT signaling
  • cbl
  • fb18e12
  • fj59e07
  • fynb
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • kit
  • kita
  • kitla
  • kitlga
  • lck
  • sos1
  • sparse
  • src
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fd16a12
  • wu:fj59e07
  • yes
  • yes1
  • zgc:103549
  • zgc:136695
  • zgc:158274
  • zgc:73077
  • zgc:92560
Danio rerio (zebrafish)
Dectin-2 family
  • asgr1a
  • cd247l
  • cldc1
  • fynb
  • heg
  • illr1
  • illr4
  • illrL
  • im:7156386
  • si:ch211-125e6.12
  • si:ch211-125e6.13
  • si:ch211-154o6.6
  • si:ch73-361h17.1
  • si:ch73-86n18.1
  • zgc:152681
  • zgc:174904
Danio rerio (zebrafish)
Methylation
  • AHCY
  • CYP1A
  • D150
  • MAT2AA
  • ahcy
  • as3mt
  • cb1079
  • comta
  • cyp1A1
  • cyp1a
  • cyp1a1
  • ducttrip
  • fd12a12
  • fd58h04
  • gsto1
  • hm:zeh1173
  • hm:zeh1364
  • mat1a
  • mat2a
  • mat2aa
  • mat2b
  • n6amt1
  • si:ch73-340n8.1
  • si:ch73-345a19.3
  • tpmt
  • tpmt.2
  • trmt112
  • wu:fb63b04
  • wu:fb95e01
  • wu:fd12a12
  • wu:fd58h04
  • wu:fi35e01
  • wu:fj67b02
  • zfCYP1A
  • zgc:109747
  • zgc:110652
  • zgc:136933
  • zgc:55442
  • zgc:64002
  • zgc:92254
  • zgc:92834
Danio rerio (zebrafish)
Regulation of insulin secretion
  • fc29a02
  • glut1
  • glut1a
  • glut1b
  • glut2
  • slc2a1
  • slc2a1a
  • slc2a2
  • wu:fb62h10
  • wu:fc29a02
Danio rerio (zebrafish)
Asparagine N-linked glycosylation
  • asgr1a
  • cldc1
  • si:ch211-125e6.12
  • si:ch211-125e6.13
  • si:ch211-154o6.6
  • si:ch73-361h17.1
  • si:ch73-86n18.1
Danio rerio (zebrafish)
Tandem of pore domain in a weak inwardly rectifying K+ channels (TWIK)
  • im:7150627
  • kcnk1
  • kcnk1a
Danio rerio (zebrafish)
N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle
  • amfra
  • cdc48
  • engase
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • ngly1
  • psmc1
  • psmc1a
  • psmc1b
  • rad23ab
  • rps27a
  • saks1
  • tdsubc_1f2
  • uba52
  • ubxn1
  • vcp
  • wu:fa91f08
  • wu:fb05d04
  • wu:fj14c10
  • xx:tdsubc_1f2
  • zgc:123344
  • zgc:56516
  • zgc:66168
  • zgc:86923
Danio rerio (zebrafish)
Zinc influx into cells by the SLC39 gene family
  • liv1
  • slc39a1
  • slc39a14
  • slc39a6
  • zip1
  • zip14
  • zip6
Danio rerio (zebrafish)
Synthesis of glycosylphosphatidylinositol (GPI)
  • pigb
  • pign
  • zgc:172324
Danio rerio (zebrafish)
FRS-mediated FGFR1 signaling
  • dob
  • fb18e12
  • fc89b01
  • fgf-1
  • fgf-10
  • fgf-3
  • fgf-8
  • fgf1
  • fgf10
  • fgf10a
  • fgf17
  • fgf17b
  • fgf2
  • fgf20a
  • fgf22
  • fgf23
  • fgf3
  • fgf4
  • fgf5
  • fgf6b
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgfr1
  • fgfr1a
  • fj59e07
  • frs3
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • hrasb
  • hrasl
  • id:ibd5158
  • kl
  • nras
  • si:dkey-21e2.2
  • si:dkeyp-74c5.3
  • sos1
  • wu:fb05c08
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fc89b01
  • wu:fd11d03
  • wu:fj59e07
  • zgc:103549
  • zgc:109774
  • zgc:110734
  • zgc:158274
  • zgc:194535
  • zgc:73077
Danio rerio (zebrafish)
SHC-mediated cascade:FGFR2
  • dob
  • fb18e12
  • fc89b01
  • fgf-1
  • fgf-10
  • fgf-3
  • fgf-8
  • fgf1
  • fgf10
  • fgf10a
  • fgf16
  • fgf17
  • fgf17b
  • fgf18
  • fgf18a
  • fgf2
  • fgf20a
  • fgf22
  • fgf23
  • fgf3
  • fgf4
  • fgf5
  • fgf6b
  • fgf7
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgfr2
  • fj59e07
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • hrasb
  • hrasl
  • id:ibd5158
  • nras
  • si:dkey-21e2.2
  • si:dkeyp-74c5.3
  • sos1
  • wu:fb05c08
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fc89b01
  • wu:fd11d03
  • wu:fj59e07
  • zgc:103549
  • zgc:109774
  • zgc:110734
  • zgc:158274
  • zgc:194535
  • zgc:73077
Danio rerio (zebrafish)
Iron uptake and transport
  • Cul1
  • DMT1
  • LOC555483
  • aco1
  • cand1
  • cb141
  • cb193
  • cb426
  • cp
  • cul1a
  • cybrd1
  • fa07b10
  • fb06g09
  • fb78a05
  • fbxl5
  • fc27c04
  • fj01a11
  • fj24b11
  • fpn1
  • fth
  • fth1
  • fth1a
  • fth1b
  • fthl
  • fthl27
  • fthl28
  • fthl29
  • fthl31
  • hm:zeh0800
  • hm:zeh1145
  • hmox1
  • hmox1a
  • hmox2b
  • id:ibd5130
  • id:ibd5159
  • im:7160217
  • irp1
  • lcn15
  • nedd8l
  • pcft
  • ptgds
  • ptgdsa
  • ptgdsb
  • ptgdsb.1
  • ptgdsb.2
  • ptgdsl
  • sb:cb141
  • si:ch211-14a17.5
  • si:zc14a17.5
  • skp1
  • skp1a
  • slc11a2
  • slc39a1
  • slc40a1
  • slc46a1
  • wu:fa07b10
  • wu:fb06g09
  • wu:fb10b10
  • wu:fb11h03
  • wu:fb15e12
  • wu:fb78a05
  • wu:fc13a10
  • wu:fc27c04
  • wu:fi23f10
  • wu:fj01a11
  • wu:fj24b11
  • wu:fj24c01
  • wu:fo75b03
  • wu:fq18c10
  • zeh1145
  • zgc:136699
  • zgc:153704
  • zgc:153919
  • zgc:158768
  • zgc:194505
  • zgc:194526
  • zgc:198419
  • zgc:55729
  • zgc:55747
  • zgc:65984
  • zgc:73186
  • zgc:77500
  • zgc:92245
  • zgc:92768
Danio rerio (zebrafish)
Lewis blood group biosynthesis
  • LOC565422
  • LOC796410
  • LOC798349
  • b3galt10.1
  • b3galt11
  • b3galt2
  • fe05b03
  • fut10
  • fut11
  • fut7
  • fut9a
  • im:7151092
  • siat4c
  • st3gal4
  • wu:fe05b03
  • zgc:152705
  • zgc:158162
  • zgc:194168
  • zgc:194170
  • zgc:194313
  • zgc:194330
  • zgc:76904
Danio rerio (zebrafish)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

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Last updated: August 19, 2024