GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 51 - 75 of 252 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▲
Receptor-type tyrosine-protein phosphatases
  • ppfia1
  • ptprf
Danio rerio (zebrafish)
Estrogen-dependent gene expression
  • LOC100150038
  • LOC100329358
  • LOC100331412
  • LOC100332229
  • LOC103908680
  • LOC108181627
  • LOC562770
  • LOC570661
  • LOC794549
  • carm1
  • cited1
  • erbb4
  • erbb4a
  • esr
  • esr1
  • fc15h02
  • fi05d05
  • fj36b10
  • fkd7
  • forkhead-7
  • foxa1
  • gata3
  • gb:dq017620
  • gro1
  • groucho1
  • gta3
  • gtf2a1
  • gtf2a2
  • h2af1al
  • h2afvb
  • h2afvl
  • h2afx1
  • h2afza
  • h2av
  • h2ax1
  • h2az2a
  • h2az2b
  • h3-5
  • h3f3a
  • h3f3b.1
  • h3f3c
  • h3f3d
  • hist2h2l
  • im:6896397
  • jmjd2b
  • kat2b
  • kat5a
  • kdm4b
  • nr3a1
  • nrip1a
  • pg
  • pgr
  • pr
  • si:ch211-113a14.17
  • si:ch211-113a14.29
  • si:ch211-113a14.6
  • si:ch211-124a3.4
  • si:ch211-227n20.1
  • si:ch73-36p18.4
  • si:dkey-108k21.12
  • si:dkey-108k21.18
  • si:dkey-108k21.28
  • si:dkey-23a13.7
  • tbp
  • tf2a
  • tle3b
  • wu:fc15h02
  • wu:fi05d05
  • wu:fj36b10
  • zgc:112234
  • zgc:113984
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:55847
  • zgc:56685
Danio rerio (zebrafish)
NoRC negatively regulates rRNA expression
  • LOC100150038
  • LOC100329358
  • LOC100331412
  • LOC100332229
  • LOC103908680
  • LOC108181627
  • LOC562770
  • LOC570661
  • LOC794549
  • MBD3
  • h2af1al
  • h2afvb
  • h2afvl
  • h2afx1
  • h2afza
  • h2av
  • h2ax1
  • h2az2a
  • h2az2b
  • h3-5
  • h3f3a
  • h3f3b.1
  • h3f3c
  • h3f3d
  • hist2h2l
  • im:6896397
  • mbd1
  • mbd1b
  • mbd2
  • mbd3a
  • si:ch211-113a14.17
  • si:ch211-113a14.29
  • si:ch211-113a14.6
  • si:ch73-36p18.4
  • si:dkey-108k21.12
  • si:dkey-108k21.18
  • si:dkey-108k21.28
  • si:dkey-23a13.7
  • wu:fa97f06
  • wu:fa98f07
  • wu:fi45g12
  • zK13A21.11
  • zK13A21.17
  • zgc:111862
  • zgc:112234
  • zgc:113984
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:56685
Danio rerio (zebrafish)
Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse
  • arhgef11
  • erbb2
  • plxnb1b
  • rhoac
  • rnd1a
  • rnd1b
  • rnd1l
  • rock2
  • rock2a
  • rok2
  • wu:fk50c04
  • wu:fv70f10
  • zgc:153089
  • zgc:63601
Danio rerio (zebrafish)
Glycerophospholipid biosynthesis
  • agk
  • cpne7
  • mulk
Danio rerio (zebrafish)
FGFR3c ligand binding and activation
  • dob
  • fc89b01
  • fgf-1
  • fgf-8
  • fgf1
  • fgf16
  • fgf17
  • fgf17b
  • fgf18
  • fgf18a
  • fgf2
  • fgf20a
  • fgf23
  • fgf4
  • fgf5
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgfr3
  • id:ibd5158
  • wu:fb05c08
  • wu:fc89b01
Danio rerio (zebrafish)
FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling
  • fb14c08
  • fc89b01
  • fgf-10
  • fgf-3
  • fgf-8
  • fgf10
  • fgf10a
  • fgf17
  • fgf17b
  • fgf18
  • fgf18a
  • fgf2
  • fgf22
  • fgf23
  • fgf3
  • fgf4
  • fgf5
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgfrl1
  • fgfrl1a
  • fj51c03
  • id:ibd5158
  • si:dkey-21e2.2
  • si:dkeyp-74c5.3
  • spred1
  • spred2
  • wu:fb14c08
  • wu:fc89b01
  • wu:fd11d03
  • wu:fj51c03
  • zgc:109774
  • zgc:64084
  • zgc:85707
Danio rerio (zebrafish)
Metal ion SLC transporters
  • DMT1
  • cb426
  • cp
  • ctr-1
  • ctr1
  • fa07b10
  • fpn1
  • slc11a2
  • slc30a10
  • slc31a1
  • slc39a1
  • slc40a1
  • slc41a1
  • slc41a2b
  • wu:fa07b10
  • wu:fi23f10
  • zgc:136699
  • zgc:76839
Danio rerio (zebrafish)
VEGFR2 mediated cell proliferation
  • fb09d10
  • fj46f04
  • flk1b
  • fv43b11
  • kdr
  • kdrb
  • pdpk1b
  • plcg1
  • prkcb1
  • prkcbb
  • prkcd
  • prkcda
  • src
  • vegf
  • vegfa
  • vegfaa
  • wu:fb09d10
  • wu:fj46f04
  • wu:fj57a05
  • wu:fv43b11
  • zgc:56558
  • zgc:77318
Danio rerio (zebrafish)
TCF dependent signaling in response to WNT
  • ctnnb1
Danio rerio (zebrafish)
Regulation of FZD by ubiquitination
  • NgR
  • ZG06
  • Zfz8b
  • Zwnt[a]
  • fz2
  • fz5
  • fz6
  • fz8a
  • fz8b
  • fz8c
  • fzA
  • fzc
  • fzd5
  • fzd6
  • fzd8a
  • fzd8b
  • fzd8c
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1e1
  • ik:tdsubc_1f2
  • lrp6
  • ngr
  • rps27a
  • rspo1
  • rspo2
  • rspo3
  • rspo4
  • rtn4r
  • si:ch211-149p10.1
  • si:dkey-107i16.4
  • tdsubc_1f2
  • uba52
  • wnt3
  • wnt3 l
  • wnt3a
  • wnt3l
  • wnt[a]
  • wu:fa91f08
  • wu:fd02c05
  • xx:tdsubc_1e1
  • xx:tdsubc_1f2
  • zfzA
  • zg02
  • zg05
  • zgc:123344
  • zgc:65879
  • zgc:66168
  • zgc:77440
  • znrf3
Danio rerio (zebrafish)
PRC2 methylates histones and DNA
  • LOC100150038
  • LOC100329358
  • LOC100331412
  • LOC100332229
  • LOC103908680
  • LOC108181627
  • LOC562770
  • LOC570661
  • LOC794549
  • aebp2
  • cb633
  • dnmt3b
  • dnmt3bb.1
  • dnmt4
  • eed
  • ezh2
  • h2af1al
  • h2afvb
  • h2afvl
  • h2afx1
  • h2afza
  • h2av
  • h2ax1
  • h2az2a
  • h2az2b
  • h3-5
  • h3f3a
  • h3f3b.1
  • h3f3c
  • h3f3d
  • hist2h2l
  • im:6896397
  • jarid2b
  • jmj
  • mtf2
  • rbb4
  • rbb4l
  • rbbp4
  • rbbp7
  • si:ch211-113a14.17
  • si:ch211-113a14.29
  • si:ch211-113a14.6
  • si:ch73-36p18.4
  • si:dkey-108k21.12
  • si:dkey-108k21.18
  • si:dkey-108k21.28
  • si:dkey-23a13.7
  • suz12
  • suz12b
  • wu:cegs2813
  • zgc:112234
  • zgc:113984
  • zgc:136399
  • zgc:152758
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:56685
Danio rerio (zebrafish)
Hedgehog 'on' state
  • CH211-265P12.8
  • LMP7
  • PA28-gamma
  • PSMA5
  • PSMB9A
  • PSMD10
  • Psma2
  • Su(fu)
  • Y
  • beta1
  • beta1ia
  • beta2i
  • beta5
  • beta5ia
  • cos2
  • cul3
  • cul3b
  • dre
  • dzip1
  • etID309919.2
  • fa93g07
  • fb17c09
  • fb20g04
  • fb49a10
  • fc34f08
  • fc85b05
  • fi39e05
  • fj42d12
  • fk89d05
  • gankyrin
  • gli2
  • gli2a
  • gli3
  • gpr161
  • hm:zeh0386
  • igu
  • ik:tdsubc_1f2
  • im:6909944
  • im:7137515
  • im:7142603
  • itch
  • itcha
  • itchb
  • kif7
  • lmp2
  • lmp7
  • macropain
  • numb
  • prosome
  • psma1
  • psma2
  • psma2a
  • psma2b
  • psma3
  • psma4
  • psma5
  • psma6b
  • psmb1
  • psmb10
  • psmb12
  • psmb13a
  • psmb2
  • psmb3
  • psmb5
  • psmb6
  • psmb8
  • psmb8a
  • psmb9
  • psmb9a
  • psmc1
  • psmc1a
  • psmc1b
  • psmc2
  • psmc4
  • psmc5
  • psmc6
  • psmd1
  • psmd10
  • psmd11b
  • psmd12
  • psmd13
  • psmd14
  • psmd3
  • psmd4
  • psmd4a
  • psmd6
  • psmd7
  • psmd8
  • psme1
  • psme2
  • psme3
  • rbx1
  • rps27a
  • sb:eu762
  • si:rp71-45k5.4
  • si:zc14a17.13
  • spop
  • spopl
  • spopla
  • sufu
  • tdsubc_1f2
  • uba52
  • ulk3
  • unp309
  • unp310
  • wu:fa14g03
  • wu:fa66f04
  • wu:fa91f08
  • wu:fa93g07
  • wu:faa49c06
  • wu:fb05d04
  • wu:fb11d10
  • wu:fb17c09
  • wu:fb19c08
  • wu:fb20g04
  • wu:fb23a11
  • wu:fb38a06
  • wu:fb49a10
  • wu:fb59c07
  • wu:fb98h03
  • wu:fc34f08
  • wu:fc49f02
  • wu:fc85b05
  • wu:fc85c10
  • wu:fe05d10
  • wu:fe38b10
  • wu:fi03c01
  • wu:fi39e05
  • wu:fj14c10
  • wu:fj22d05
  • wu:fj42d12
  • wu:fk89d05
  • wu:fu88b08
  • x
  • xx:tdsubc_1f2
  • y
  • yot
  • you-too
  • zgc:109707
  • zgc:109823
  • zgc:110363
  • zgc:110710
  • zgc:114044
  • zgc:123344
  • zgc:136444
  • zgc:162272
  • zgc:55284
  • zgc:55818
  • zgc:56176
  • zgc:56374
  • zgc:56377
  • zgc:56471
  • zgc:56516
  • zgc:63709
  • zgc:63995
  • zgc:65867
  • zgc:66168
  • zgc:77369
  • zgc:77482
  • zgc:86762
  • zgc:86820
  • zgc:86833
  • zgc:86851
  • zgc:86923
  • zgc:91842
  • zgc:92282
  • zgc:92464
  • zgc:92596
  • zgc:92716
  • zgc:92726
  • zgc:92791
Danio rerio (zebrafish)
Atorvastatin ADME
  • CYP3A
  • abcc2
  • cyp3a65
  • cyp3c1
  • cyp3c4
  • fk84f07
  • im:7158298
  • pon1
  • pon2
  • si:dkey-217k21.8
  • slco1c1
  • slco1e1
  • slco2b1
  • wu:fa96d12
  • wu:fc26b04
  • wu:fi40d02
  • wu:fk84f07
  • zgc:123110
  • zgc:123236
  • zgc:153269
  • zgc:56626
  • zgc:66072
  • zgc:77556
  • zgc:91887
Danio rerio (zebrafish)
PI Metabolism
  • tnfaip8
  • tnfaip8l
  • tnfaip8l1
  • tnfaip8l2
  • tnfaip8l2b
  • tnfaip8l3
Danio rerio (zebrafish)
Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds
  • UT
  • ctl2
  • ctl4
  • fe01a06
  • mate1
  • mate7
  • si:dkey-175a17.4
  • slc14a2
  • slc44a2
  • slc44a4
  • slc47a1
  • slc47a4
  • wu:fe01a06
Danio rerio (zebrafish)
Synthesis of PC
  • CH1073-272H17.1
  • LOC566726
  • PEMT
  • abhd3
  • aytl2
  • cbe
  • cept1
  • cept1b
  • ces2
  • ces2a
  • chat
  • chkb
  • chpt1
  • ctl2
  • ctl4
  • fc21g05
  • im:6908784
  • lpcat1
  • mfsd2ab
  • nls1b
  • pctp
  • pcyt1aa
  • pcyt1b
  • pcyt1ba
  • pemt
  • phospho1
  • si:ch211-218c17.2
  • si:dkey-38l12.2
  • slc44a2
  • slc44a4
  • stard10
  • wu:fc21g05
  • zgc:110237
  • zgc:123305
  • zgc:153863
  • zgc:195139
  • zgc:195150
  • zgc:55479
  • zgc:92800
Danio rerio (zebrafish)
TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors
  • fb48g05
  • fb49c04
  • jarid1b
  • jarid1bb
  • kdm5bb
  • mycb
  • tfap2c
  • wu:fb48g05
  • wu:fb49c04
  • zgc:92088
Danio rerio (zebrafish)
Signaling by SCF-KIT
  • JAK2bCA
  • Stat5
  • ZFMMP-9
  • fb18e12
  • fj05a08
  • fj21h04
  • fj59e07
  • fynb
  • grap
  • grap2a
  • grapa
  • grb10
  • grb10a
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • hrasb
  • hrasl
  • jak2
  • jak2b
  • kit
  • kita
  • kitla
  • kitlga
  • lck
  • mmp9
  • nras
  • pik3ca
  • pik3r1
  • pik3r2
  • pik3r3a
  • ptpru
  • rptppsi
  • sb:eu508
  • sb:eu615
  • sos1
  • sparse
  • src
  • stat1
  • stat1a
  • stat5
  • stat5.1
  • stat5.2
  • stat5a
  • stat5b
  • stat6
  • stat7
  • tec
  • wu:fb02g06
  • wu:fb07b05
  • wu:fb16a12
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fb65b05
  • wu:fi98c09
  • wu:fj05a08
  • wu:fj21h04
  • wu:fj59e07
  • wu:fj66g07
  • wu:fk56b03
  • yes
  • yes1
  • zgc:103549
  • zgc:110202
  • zgc:110734
  • zgc:112091
  • zgc:136695
  • zgc:158274
  • zgc:64165
  • zgc:73077
  • zgc:73230
  • zgc:91987
Danio rerio (zebrafish)
Negative regulation of the PI3K/AKT network
  • akt2
  • akt3b
  • cb945
  • fa11a08
  • fb73f10
  • fc83f12
  • fd16b10
  • fk90e11
  • pten
  • ptenb
  • si:bz1g13.4
  • trib3
  • wu:fa11a08
  • wu:fb73f10
  • wu:fc83f12
  • wu:fd16b10
  • wu:fk90e11
  • zgc:76966
Danio rerio (zebrafish)
HS-GAG degradation
  • Gpc2
  • Gpc5a
  • Gpc6a
  • SDC4
  • cb440
  • chunp6920
  • fc47a08
  • fe05f10
  • gal3st4
  • gpc1
  • gpc2
  • gpc3
  • gpc4
  • gpc4/6
  • gpc5
  • gpc5a
  • gpc6
  • gpc6a
  • gpc6l
  • hpse
  • ids
  • im:6970974
  • im:7144134
  • kny
  • knypek
  • sdc2
  • sdc4
  • sdc4l
  • si:ch1073-86a3.1
  • wu:fc47a08
  • wu:fc47g09
  • wu:fe05f10
  • zgc:103676
  • zgc:158245
  • zgc:194854
Danio rerio (zebrafish)
Ub-specific processing proteases
  • CH211-129M12.3
  • CH211-265P12.8
  • CycA2
  • LMP7
  • LOC100332229
  • LOC559473
  • LOC570661
  • MDA5a
  • MDA5b
  • NR3C4
  • PA28-gamma
  • PSMA5
  • PSMB9A
  • PSMD10
  • Psma2
  • Psmb11b
  • TOM70
  • VDAC1
  • Y
  • ada3
  • adrb2b
  • adrm1b
  • ar
  • atxn7
  • becn1
  • beta1
  • beta1ia
  • beta2i
  • beta5
  • beta5ia
  • beta5tb
  • cb671
  • ccna1
  • ccna2
  • cdc20
  • chunp6924
  • cylda
  • drp53
  • etID309919.2
  • fa13f11
  • fa93g07
  • fb17c09
  • fb20g04
  • fb49a10
  • fc34f08
  • fd14f08
  • fj33c07
  • fj42d12
  • fj60c10
  • fk89d05
  • fkbp8
  • gankyrin
  • h2af1al
  • h2afx1
  • h2ax1
  • hist2h2l
  • hm:zeh0386
  • ide
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Danio rerio (zebrafish)
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Danio rerio (zebrafish)
Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein
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Danio rerio (zebrafish)

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Last updated: August 19, 2024