GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 176 - 200 of 252 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID ▼ Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides
  • EAAT3
  • EAAT5A
  • SLC1A2a
  • SLC1A7
  • ctns
  • samc
  • si:ch211-284b7.1
  • si:ch73-116b16.2
  • si:dkey-21n12.2
  • slc1a1
  • slc1a2a
  • slc1a3b
  • slc1a7
  • slc1a7a
  • slc1a7b
  • slc25a26
  • slc32a1
  • zgc:110194
  • zgc:158324
  • zgc:91959
Danio rerio (zebrafish)
Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds
  • UT
  • ctl2
  • ctl4
  • fe01a06
  • mate1
  • mate7
  • si:dkey-175a17.4
  • slc14a2
  • slc44a2
  • slc44a4
  • slc47a1
  • slc47a4
  • wu:fe01a06
Danio rerio (zebrafish)
Adherens junctions interactions
  • E-cad
  • R-cadherin
  • cadm1b
  • cb903
  • cdh1
  • cdh10
  • cdh10a
  • cdh11
  • cdh17
  • cdh2
  • cdh4
  • cdh5
  • cdh6
  • cdhvn
  • fb65d02
  • nectin1b
  • nectin3
  • pac
  • pvrl1b
  • pvrl3l
  • rcad
  • rnasel2
  • rnasel3
  • rnasel4
  • sc:d0664
  • si:ch211-139g14.6
  • vnc
  • wu:fb65d02
  • zgc:103673
  • zgc:136316
Danio rerio (zebrafish)
WNT ligand biogenesis and trafficking
  • Zwnt[a]
  • cgi100
  • cgi1000
  • int-1
  • tmed5
  • wnt-1
  • wnt-10a
  • wnt-2
  • wnt-4
  • wnt-5
  • wnt-8
  • wnt-8b
  • wnt1
  • wnt10a
  • wnt10b
  • wnt2
  • wnt2bb
  • wnt3
  • wnt3 l
  • wnt3a
  • wnt3l
  • wnt4
  • wnt4a
  • wnt5
  • wnt5a
  • wnt5b
  • wnt7a
  • wnt7aa
  • wnt8
  • wnt8a
  • wnt8b
  • wnt9a
  • wnt9b
  • wnt[a]
  • zgc:153617
  • zgc:63936
Danio rerio (zebrafish)
Oxidative Stress Induced Senescence
  • ERK1
  • LOC100150038
  • LOC100329358
  • LOC100331412
  • LOC100332229
  • LOC103908680
  • LOC108181627
  • LOC562770
  • LOC570661
  • LOC794549
  • MKK4
  • MKK4A-l
  • MKK7
  • bmi1
  • bmi1a
  • c-Jun
  • cb1065
  • cbx2
  • cbx7a
  • cbx8b
  • drp53
  • edr2
  • eed
  • ezh2
  • fi06b09
  • fj36h07
  • fos
  • fosab
  • h2af1al
  • h2afvb
  • h2afvl
  • h2afx1
  • h2afza
  • h2av
  • h2ax1
  • h2az2a
  • h2az2b
  • h3-5
  • h3f3a
  • h3f3b.1
  • h3f3c
  • h3f3d
  • hist2h2l
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • im:6896397
  • im:7138386
  • jnk1
  • jun
  • map2k3
  • map2k4
  • map2k4A
  • map2k4a
  • map2k6
  • map2k7
  • mapk1
  • mapk11
  • mapk14
  • mapk14b
  • mapk3
  • mapk8
  • mapkapk2
  • mapkapk2a
  • mapkapk3
  • mapkapk5
  • mdm2
  • mdm4
  • mdmx
  • pc1
  • pcgf4a
  • ph2
  • phc2
  • psc1
  • rbb4
  • rbb4l
  • rbbp4
  • rbbp7
  • ring1b
  • rnf2
  • rps27a
  • si:ch211-113a14.17
  • si:ch211-113a14.29
  • si:ch211-113a14.6
  • si:ch211-254d18.2
  • si:ch73-36p18.4
  • si:dkey-108k21.12
  • si:dkey-108k21.18
  • si:dkey-108k21.28
  • si:dkey-23a13.7
  • suz12
  • suz12b
  • tdsubc_1f2
  • tp53
  • uba52
  • wu:fa91f08
  • wu:fb30e10
  • wu:fc56c10
  • wu:fd20e09
  • wu:fi03a01
  • wu:fi06b09
  • wu:fj36h07
  • xx:tdsubc_1f2
  • zERK1
  • zERK2
  • zgc:103563
  • zgc:110152
  • zgc:111978
  • zgc:112234
  • zgc:113984
  • zgc:123344
  • zgc:136500
  • zgc:152758
  • zgc:158342
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:56685
  • zgc:65863
  • zgc:66168
  • zgc:77885
  • zgc:86905
  • zgc:92197
Danio rerio (zebrafish)
VEGFA-VEGFR2 Pathway
  • CH1073-57O22.1
  • Prkacb
  • cb153
  • cb422
  • cb660
  • cb893
  • cdc42
  • cdc42a
  • cyba
  • cybb
  • fd20h08
  • fj62g06
  • flk1b
  • fynb
  • hsp1
  • hsp25
  • hsp27
  • hspb1
  • id:ibd2821
  • im:6900512
  • im:7147817
  • itgav
  • itgb3.1
  • itgb3b
  • kdr
  • kdrb
  • kinase
  • mapk11
  • mapk12b
  • mapk14
  • mapk14b
  • mapkapk2
  • mapkapk2a
  • mapkapk3
  • ncf1
  • ncf2
  • nck1b
  • nck2b
  • pak2
  • pak2a
  • pik3ca
  • pik3cb
  • pik3r1
  • pik3r2
  • prkacab
  • prkacba
  • ptk2b
  • ptk2bb
  • ptk2bl
  • pyk2
  • rac1
  • rac1a
  • rhoac
  • rock2
  • rock2a
  • rok2
  • sb:cb660
  • si:ch211-147g19.3
  • si:dkey-14d8.5
  • si:dz198m22.1
  • src
  • vegf
  • vegfa
  • vegfaa
  • wu:fb07d08
  • wu:fb30e10
  • wu:fb65b05
  • wu:fb71h01
  • wu:fc56c10
  • wu:fd16e02
  • wu:fd20h08
  • wu:fi03a01
  • wu:fj62g06
  • zgc:103437
  • zgc:136222
  • zgc:158342
  • zgc:158405
  • zgc:55823
  • zgc:55917
  • zgc:63918
  • zgc:64054
  • zgc:64144
  • zgc:66077
  • zgc:86905
  • zgc:86934
  • zgc:91798
  • zgc:91856
  • zgc:92024
Danio rerio (zebrafish)
HS-GAG degradation
  • Gpc2
  • Gpc5a
  • Gpc6a
  • SDC4
  • cb440
  • chunp6920
  • fc47a08
  • fe05f10
  • gal3st4
  • gpc1
  • gpc2
  • gpc3
  • gpc4
  • gpc4/6
  • gpc5
  • gpc5a
  • gpc6
  • gpc6a
  • gpc6l
  • hpse
  • ids
  • im:6970974
  • im:7144134
  • kny
  • knypek
  • sdc2
  • sdc4
  • sdc4l
  • si:ch1073-86a3.1
  • wu:fc47a08
  • wu:fc47g09
  • wu:fe05f10
  • zgc:103676
  • zgc:158245
  • zgc:194854
Danio rerio (zebrafish)
CS/DS degradation
  • DC
  • bcan
  • bgn
  • bgna
  • cspg2b
  • dcan
  • dcn
  • decorin
  • fb99b07
  • fi32a12
  • hyal1
  • ids
  • ncanb
  • vcanb
  • wu:fb99b07
  • wu:fi32a12
  • zgc:158245
  • zgc:91989
Danio rerio (zebrafish)
EPHA-mediated growth cone collapse
  • fynb
  • rhoac
  • src
  • yes
  • yes1
Danio rerio (zebrafish)
Regulation of KIT signaling
  • cbl
  • fb18e12
  • fj59e07
  • fynb
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • kit
  • kita
  • kitla
  • kitlga
  • lck
  • sos1
  • sparse
  • src
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fd16a12
  • wu:fj59e07
  • yes
  • yes1
  • zgc:103549
  • zgc:136695
  • zgc:158274
  • zgc:73077
  • zgc:92560
Danio rerio (zebrafish)
Lysosphingolipid and LPA receptors
  • Lpar3
  • edg1
  • edg2
  • edg5
  • lpar1
  • lpar2a
  • lpar3
  • lpar5a
  • lpar6
  • lpar6l
  • p2ry5
  • s1pr1
  • s1pr2
  • s1pr5b
  • si:dz22b13.1
  • si:dz46m7.1
  • wu:fb62d01
  • zgc:101053
  • zgc:158362
  • zgc:66034
  • zgc:92157
Danio rerio (zebrafish)
Collagen degradation
  • MMPLf
  • ZFMMP-9
  • col27a1
  • col27a1b
  • fj05a08
  • mmp2
  • mmp30
  • mmp9
  • phykpl
  • prss1
  • prss2a
  • prss59.1
  • prss59.2
  • si:ch73-103b2.3
  • si:dkey-33m11.8
  • try
  • tryl
  • wu:fa99h12
  • wu:fb02g06
  • wu:fb07b05
  • wu:fb57g08
  • wu:fb61f11
  • wu:fd14c02
  • wu:fi98c09
  • wu:fj05a08
  • wu:fk89d01
  • zgc:109701
  • zgc:136396
  • zgc:64165
  • zgc:66382
Danio rerio (zebrafish)
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures
  • COL11A1b
  • COL5A3a
  • alpha2(I)
  • alpha3(I)
  • col11a1
  • col11a1b
  • col1a1b
  • col1a2
  • col1a3
  • col27a1
  • col27a1b
  • col2a1
  • col2a1a
  • col5a3
  • col5a3a
  • coll2a1
  • fb38c06
  • fc10c01
  • fj59a10
  • hm:zeh0348
  • hm:zehn2357
  • si:dkey-87l9.2
  • wu:fa95h05
  • wu:fa98d05
  • wu:fa99g10
  • wu:fb04c08
  • wu:fb11d06
  • wu:fb38c06
  • wu:fb54e07
  • wu:fc10c01
  • wu:fd02a10
  • wu:fj59a10
  • zehn2357
Danio rerio (zebrafish)
Ovarian tumor domain proteases
  • cdc48
  • drp53
  • esr
  • esr1
  • fa11a08
  • fb17f04
  • fb73f10
  • fc83f12
  • fd16b10
  • fk90e11
  • nr3a1
  • otub1a
  • otub1l
  • otud3
  • pten
  • ptenb
  • rhoac
  • rnf128
  • rnf128a
  • si:bz1g13.4
  • tp53
  • traf3
  • traf6
  • ube2d1
  • ube2d1b
  • vcp
  • wu:fa11a08
  • wu:fb17f04
  • wu:fb57h05
  • wu:fb73f10
  • wu:fc16h06
  • wu:fc83f12
  • wu:fd16b10
  • wu:fk90e11
  • yod1
  • zgc:73096
  • zgc:77843
  • zgc:85911
  • zgc:92367
  • zgc:92685
  • zranb1
  • zranb1b
Danio rerio (zebrafish)
The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision)
  • CRALBPb
  • RDHA
  • RDHB
  • cyp4v2
  • cyp4v2a
  • dhrs9
  • im:6901729
  • im:7136890
  • lrat
  • lrata
  • rbp1
  • rbp1.1
  • rbp1b
  • rdh1
  • rdh10a
  • rdh12
  • rdh1l
  • rdh5
  • rho
  • rlbp1
  • rlbp1b
  • rpe65a
  • rpepa
  • sb:eu611
  • si:dkey-102c8.5
  • wu:fb64b07
  • wu:fd50b03
  • wu:fj43a10
  • zfo2
  • zgc:100825
  • zgc:154161
  • zgc:73286
  • zgc:77766
  • zgc:92430
Danio rerio (zebrafish)
Condensation of Prophase Chromosomes
  • LOC100150038
  • LOC100329358
  • LOC100331412
  • LOC100332229
  • LOC103908680
  • LOC108181627
  • LOC562770
  • LOC570661
  • LOC794549
  • SMC2L1
  • cb267
  • cb525
  • cb636
  • ccnb
  • ccnb1
  • cdc2
  • cdk1
  • cycb
  • cycb1
  • fb92e05
  • h2af1al
  • h2afvb
  • h2afvl
  • h2afx1
  • h2afza
  • h2av
  • h2ax1
  • h2az2a
  • h2az2b
  • hist2h2l
  • id:ibd2253
  • ik:tdsubc_2d1
  • im:6896397
  • kmt5aa
  • ncapd3
  • ncapg2
  • ncaph2
  • phf8
  • plk
  • plk1
  • rb1
  • set8a
  • setd8
  • setd8a
  • si:ch211-113a14.17
  • si:ch211-113a14.29
  • si:ch211-113a14.6
  • si:ch73-36p18.4
  • si:dkey-108k21.12
  • si:dkey-108k21.18
  • si:dkey-108k21.28
  • si:dkey-23a13.7
  • smc2
  • wu:fa19g04
  • wu:fb16d01
  • wu:fb16e07
  • wu:fb37g11
  • wu:fb76g03
  • wu:fb92e05
  • wu:fc30e01
  • wu:fi21c01
  • xx:tdsubc_2d1
  • zeh1628
  • zgc:112234
  • zgc:154147
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:55326
  • zgc:55549
  • zgc:56685
  • zgc:92032
Danio rerio (zebrafish)
Glycosphingolipid catabolism
  • NSMase
  • asah2
  • gba2
  • gba3
  • im:6912336
  • im:6912508
  • nSMase2
  • neu3.2
  • neu3.3
  • neu3.5
  • neu4
  • neuc.1
  • sb:eu489
  • si:ch73-316n6.2
  • si:dkey-11j5.6
  • smpd2
  • smpd2a
  • smpd3
  • smpd4
  • zgc:100806
  • zgc:109998
  • zgc:153998
Danio rerio (zebrafish)
Synthesis of PA
  • Gpd1
  • acp6
  • agpat2
  • agpat3
  • agpat4
  • agpat6
  • agpat8
  • agpat9
  • alp3
  • alpi
  • alpi.1
  • alpi.2
  • aytl2
  • cpla2
  • fam73a
  • fam73b
  • fb68b10
  • fc21c07
  • fd13g09
  • fj78c06
  • gpat2
  • gpat3
  • gpat4
  • gpd1b
  • gpd1h
  • gpd1l
  • im:7147584
  • im:7149526
  • im:7149588
  • lclat1
  • liph
  • lpcat1
  • lycat
  • miga1
  • miga2
  • pla2g10
  • pla2g12a
  • pla2g4
  • pla2g4a
  • pld6
  • si:ch211-262h13.1
  • si:ch211-262h13.2
  • wu:fa16h03
  • wu:fa95f04
  • wu:fb68b10
  • wu:fc21c07
  • wu:fc25a07
  • wu:fc58b05
  • wu:fd13g09
  • wu:fi89e03
  • wu:fj78c06
  • wu:fq33b10
  • zgc:110409
  • zgc:110794
  • zgc:136875
  • zgc:153984
  • zgc:162119
  • zgc:162485
  • zgc:56524
  • zgc:63605
  • zgc:66051
  • zgc:85742
Danio rerio (zebrafish)
Glycolysis
  • ENO1
  • PGI
  • adpgk
  • aldoa
  • aldoaa
  • aldob
  • aldoc
  • aldocb
  • bpgm
  • cb1029
  • cb79
  • cb883
  • eno1
  • eno1a
  • eno2
  • eno3
  • eno4
  • fc09h05
  • fi09d05
  • fi17h06
  • fj24f12
  • fj33f03
  • gapdh
  • gapdh-2
  • gnpda1
  • gpi
  • gpib
  • hk1
  • hk2
  • im:7140576
  • im:7148527
  • pfkm
  • pfkma
  • pgam1
  • pgam1a
  • pgam2
  • pgi-2
  • pgk1
  • pgm2l1
  • pklr
  • pkm2
  • pkm2a
  • pkma
  • sb:cb79
  • tpi1b
  • wu:fa28b10
  • wu:fb10b11
  • wu:fb81h05
  • wu:fc09d08
  • wu:fc09h05
  • wu:fc16e02
  • wu:fc21e02
  • wu:fd15e01
  • wu:fd59b07
  • wu:fi09d05
  • wu:fi17h06
  • wu:fi31b04
  • wu:fi32b03
  • wu:fi37e08
  • wu:fj24f12
  • wu:fj33f03
  • wu:fj36g06
  • wu:fk58e02
  • wu:fq14b11
  • zgc:110691
  • zgc:153956
  • zgc:198285
  • zgc:55790
  • zgc:55926
  • zgc:56252
  • zgc:63876
  • zgc:73152
  • zgc:77618
  • zgc:77899
  • zgc:92230
  • zgc:92344
  • zgc:92418
Danio rerio (zebrafish)
Degradation of the extracellular matrix
  • Capn1
  • DC
  • E-cad
  • MMPLf
  • ZFMMP-9
  • bcan
  • capn1
  • capn1a
  • capn2a
  • capn5a
  • capn7
  • capn9
  • capns1
  • capns1a
  • capns1b
  • cb386
  • cb536
  • cb545
  • cb616
  • cdh1
  • ctsk
  • ctsl
  • ctsl.1
  • dcn
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Danio rerio (zebrafish)
Stimuli-sensing channels
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Danio rerio (zebrafish)
Glycosphingolipid biosynthesis
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Danio rerio (zebrafish)
PCP/CE pathway
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  • rac3b
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Danio rerio (zebrafish)
Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins
  • E-cad
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  • casp3a
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Danio rerio (zebrafish)
Formation of the cornified envelope
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  • dsc2
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  • dsg2
  • dsg2.1
  • dsga
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  • fb73g06
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Danio rerio (zebrafish)

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Last updated: August 19, 2024