GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1 - 25 of 252 in total
Pathway Name ▼ Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
p75NTR recruits signalling complexes
  • RICK
  • hal
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • myd88
  • ngf
  • ngfb
  • ngfrb
  • ngfrl
  • p62
  • prkci
  • ripk2
  • rps27a
  • sb:cb621
  • sqstm1
  • tdsubc_1f2
  • traf6
  • uba52
  • wu:fa91f08
  • xx:tdsubc_1f2
  • zgc:123344
  • zgc:66168
  • zgc:85784
Danio rerio (zebrafish)
mTORC1-mediated signalling
  • RRAGB
  • S6K1
  • eif4ea
  • eif4ebp1
  • fc04h09
  • fc51h01
  • fkbp1b
  • frap1
  • gbl
  • lamtor2
  • lamtor3
  • lamtor4
  • lamtor5
  • lst8
  • mapksp1
  • mlst8
  • mtor
  • rheb
  • rps6
  • rps6kb1
  • rps6kb1b
  • rptor
  • rraga
  • rragc
  • rragca
  • si:dkey-176g4.2
  • si:dkeyp-115a10.1
  • slc38a9
  • tor
  • wu:fa92e06
  • wu:fb64g06
  • wu:fc04h09
  • wu:fc22h08
  • wu:fc51h01
  • wu:fc68h09
  • ywhab
  • ywhab2
  • ywhabb
  • zgc:111971
  • zgc:55713
  • zgc:56499
  • zgc:73144
  • zgc:73381
Danio rerio (zebrafish)
Zinc influx into cells by the SLC39 gene family
  • liv1
  • slc39a1
  • slc39a14
  • slc39a6
  • zip1
  • zip14
  • zip6
Danio rerio (zebrafish)
WNT ligand biogenesis and trafficking
  • Zwnt[a]
  • cgi100
  • cgi1000
  • int-1
  • tmed5
  • wnt-1
  • wnt-10a
  • wnt-2
  • wnt-4
  • wnt-5
  • wnt-8
  • wnt-8b
  • wnt1
  • wnt10a
  • wnt10b
  • wnt2
  • wnt2bb
  • wnt3
  • wnt3 l
  • wnt3a
  • wnt3l
  • wnt4
  • wnt4a
  • wnt5
  • wnt5a
  • wnt5b
  • wnt7a
  • wnt7aa
  • wnt8
  • wnt8a
  • wnt8b
  • wnt9a
  • wnt9b
  • wnt[a]
  • zgc:153617
  • zgc:63936
Danio rerio (zebrafish)
VxPx cargo-targeting to cilium
  • arf4a
  • pkd2
  • rab11a
  • rab11fip3
  • rab3ip
  • rab8
  • rab8a
  • rho
  • wu:fi15h09
  • zfo2
  • zgc:101030
  • zgc:103679
  • zgc:110270
  • zgc:162699
  • zgc:174360
Danio rerio (zebrafish)
Vitamin B2 (riboflavin) metabolism
  • TRAP
  • acp5
  • acp5a
  • enpp1
  • flad1
  • rft2a
  • sb:cb576
  • si:ch211-142e24.2
  • slc52a3a
  • wu:fb19f01
  • wu:fb30b03
  • wu:fi14e01
  • wu:fj66f03
  • zgc:136238
  • zgc:63825
Danio rerio (zebrafish)
VEGFR2 mediated cell proliferation
  • fb09d10
  • fj46f04
  • flk1b
  • fv43b11
  • kdr
  • kdrb
  • pdpk1b
  • plcg1
  • prkcb1
  • prkcbb
  • prkcd
  • prkcda
  • src
  • vegf
  • vegfa
  • vegfaa
  • wu:fb09d10
  • wu:fj46f04
  • wu:fj57a05
  • wu:fv43b11
  • zgc:56558
  • zgc:77318
Danio rerio (zebrafish)
VEGFA-VEGFR2 Pathway
  • CH1073-57O22.1
  • Prkacb
  • cb153
  • cb422
  • cb660
  • cb893
  • cdc42
  • cdc42a
  • cyba
  • cybb
  • fd20h08
  • fj62g06
  • flk1b
  • fynb
  • hsp1
  • hsp25
  • hsp27
  • hspb1
  • id:ibd2821
  • im:6900512
  • im:7147817
  • itgav
  • itgb3.1
  • itgb3b
  • kdr
  • kdrb
  • kinase
  • mapk11
  • mapk12b
  • mapk14
  • mapk14b
  • mapkapk2
  • mapkapk2a
  • mapkapk3
  • ncf1
  • ncf2
  • nck1b
  • nck2b
  • pak2
  • pak2a
  • pik3ca
  • pik3cb
  • pik3r1
  • pik3r2
  • prkacab
  • prkacba
  • ptk2b
  • ptk2bb
  • ptk2bl
  • pyk2
  • rac1
  • rac1a
  • rhoac
  • rock2
  • rock2a
  • rok2
  • sb:cb660
  • si:ch211-147g19.3
  • si:dkey-14d8.5
  • si:dz198m22.1
  • src
  • vegf
  • vegfa
  • vegfaa
  • wu:fb07d08
  • wu:fb30e10
  • wu:fb65b05
  • wu:fb71h01
  • wu:fc56c10
  • wu:fd16e02
  • wu:fd20h08
  • wu:fi03a01
  • wu:fj62g06
  • zgc:103437
  • zgc:136222
  • zgc:158342
  • zgc:158405
  • zgc:55823
  • zgc:55917
  • zgc:63918
  • zgc:64054
  • zgc:64144
  • zgc:66077
  • zgc:86905
  • zgc:86934
  • zgc:91798
  • zgc:91856
  • zgc:92024
Danio rerio (zebrafish)
VEGF ligand-receptor interactions
  • figf
  • vegf
  • vegf-d
  • vegfa
  • vegfaa
  • vegfc
  • vegfd
Danio rerio (zebrafish)
VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization
  • figf
  • flk1b
  • flt-4
  • flt4
  • kdr
  • kdrb
  • vegf
  • vegf-d
  • vegfa
  • vegfaa
  • vegfc
  • vegfd
  • vegfr3
Danio rerio (zebrafish)
Ub-specific processing proteases
  • CH211-129M12.3
  • CH211-265P12.8
  • CycA2
  • LMP7
  • LOC100332229
  • LOC559473
  • LOC570661
  • MDA5a
  • MDA5b
  • NR3C4
  • PA28-gamma
  • PSMA5
  • PSMB9A
  • PSMD10
  • Psma2
  • Psmb11b
  • TOM70
  • VDAC1
  • Y
  • ada3
  • adrb2b
  • adrm1b
  • ar
  • atxn7
  • becn1
  • beta1
  • beta1ia
  • beta2i
  • beta5
  • beta5ia
  • beta5tb
  • cb671
  • ccna1
  • ccna2
  • cdc20
  • chunp6924
  • cylda
  • drp53
  • etID309919.2
  • fa13f11
  • fa93g07
  • fb17c09
  • fb20g04
  • fb49a10
  • fc34f08
  • fd14f08
  • fj33c07
  • fj42d12
  • fj60c10
  • fk89d05
  • fkbp8
  • gankyrin
  • h2af1al
  • h2afx1
  • h2ax1
  • hist2h2l
  • hm:zeh0386
  • ide
  • ifih1
  • ik:tdsubc_1f2
  • ikbkg
  • im:6899389
  • im:6909944
  • im:7146383
  • kat2a
  • keap1b
  • lmp2
  • lmp7
  • macropain
  • madh1
  • madh2
  • madh3
  • madh3a
  • madh7
  • mat2b
  • mul1b
  • nemo
  • prosome
  • psma1
  • psma2
  • psma2a
  • psma2b
  • psma3
  • psma4
  • psma5
  • psma6b
  • psma7
  • psma8
  • psmb1
  • psmb10
  • psmb11b
  • psmb12
  • psmb13a
  • psmb2
  • psmb3
  • psmb5
  • psmb6
  • psmb8
  • psmb8a
  • psmb9
  • psmb9a
  • psmc1
  • psmc1a
  • psmc1b
  • psmc2
  • psmc4
  • psmc5
  • psmc6
  • psmd1
  • psmd10
  • psmd11b
  • psmd12
  • psmd13
  • psmd14
  • psmd3
  • psmd4
  • psmd4a
  • psmd6
  • psmd7
  • psmd8
  • psme1
  • psme2
  • psme3
  • psme4b
  • ptrh2
  • rhot1a
  • rps27a
  • ruvbl1
  • si:ch211-113a14.29
  • si:dkey-72l14.8
  • si:dkey-81j5.2
  • si:rp71-11b17.7
  • si:rp71-45k5.4
  • si:zc14a17.13
  • siah2
  • siah2l
  • siaz
  • smad1
  • smad2
  • smad3
  • smad3a
  • smad7
  • smurf2
  • suds3
  • tada2b
  • tada3
  • tada3l
  • taf10
  • tdsubc_1f2
  • tgfbr1b
  • tomm20b
  • tomm70a
  • tp53
  • traf2b
  • traf6
  • trrap
  • uba52
  • unp309
  • unp310
  • usp13
  • usp14
  • usp16
  • usp20
  • usp22
  • usp30
  • usp33
  • usp37
  • usp42
  • usp44
  • usp49
  • usp5
  • vdac1
  • vdac2
  • wu:fa01a08
  • wu:fa06b05
  • wu:fa13f11
  • wu:fa14g03
  • wu:fa66f04
  • wu:fa91f08
  • wu:fa93g07
  • wu:fa98a10
  • wu:fa99e03
  • wu:faa49c06
  • wu:fb05d04
  • wu:fb11d10
  • wu:fb17c09
  • wu:fb19c08
  • wu:fb20g04
  • wu:fb23a11
  • wu:fb36d11
  • wu:fb38a06
  • wu:fb49a10
  • wu:fb50g11
  • wu:fb59c07
  • wu:fb98h03
  • wu:fc21h02
  • wu:fc34f08
  • wu:fc49f02
  • wu:fc61g08
  • wu:fc85c10
  • wu:fd14f08
  • wu:fe05d10
  • wu:fe38b10
  • wu:fe49f10
  • wu:fi03c01
  • wu:fi20d12
  • wu:fi36f03
  • wu:fi41g10
  • wu:fj09f02
  • wu:fj14c10
  • wu:fj22d05
  • wu:fj33c07
  • wu:fj42d12
  • wu:fj58b04
  • wu:fj60c10
  • wu:fk28c01
  • wu:fk63d09
  • wu:fk89d05
  • wu:fu88b08
  • x
  • xx:tdsubc_1f2
  • y
  • zgc:109707
  • zgc:109823
  • zgc:109954
  • zgc:110363
  • zgc:110710
  • zgc:111869
  • zgc:112234
  • zgc:113492
  • zgc:114044
  • zgc:123344
  • zgc:162188
  • zgc:162272
  • zgc:162603
  • zgc:165594
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:55284
  • zgc:55795
  • zgc:55818
  • zgc:55949
  • zgc:56176
  • zgc:56235
  • zgc:56374
  • zgc:56377
  • zgc:56471
  • zgc:56516
  • zgc:56685
  • zgc:63536
  • zgc:63709
  • zgc:63995
  • zgc:65867
  • zgc:66168
  • zgc:73188
  • zgc:76990
  • zgc:77139
  • zgc:77369
  • zgc:77482
  • zgc:77621
  • zgc:77672
  • zgc:85830
  • zgc:86762
  • zgc:86820
  • zgc:86833
  • zgc:86851
  • zgc:86923
  • zgc:91842
  • zgc:92021
  • zgc:92282
  • zgc:92464
  • zgc:92596
  • zgc:92716
  • zgc:92726
  • zgc:92791
  • zom
  • zombie
Danio rerio (zebrafish)
Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides
  • EAAT3
  • EAAT5A
  • SLC1A2a
  • SLC1A7
  • ctns
  • samc
  • si:ch211-284b7.1
  • si:ch73-116b16.2
  • si:dkey-21n12.2
  • slc1a1
  • slc1a2a
  • slc1a3b
  • slc1a7
  • slc1a7a
  • slc1a7b
  • slc25a26
  • slc32a1
  • zgc:110194
  • zgc:158324
  • zgc:91959
Danio rerio (zebrafish)
Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds
  • UT
  • ctl2
  • ctl4
  • fe01a06
  • mate1
  • mate7
  • si:dkey-175a17.4
  • slc14a2
  • slc44a2
  • slc44a4
  • slc47a1
  • slc47a4
  • wu:fe01a06
Danio rerio (zebrafish)
Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity
  • hint1
  • kit
  • kita
  • kitla
  • kitlga
  • mapk1
  • mitfb
  • sparse
  • zERK2
Danio rerio (zebrafish)
Trafficking and processing of endosomal TLR
  • UNC93B1
  • lrrc33
  • nrros
  • unc93b1
Danio rerio (zebrafish)
Tie2 Signaling
  • ang1
  • ang2-1
  • angpt1
  • angpt2a
  • fb18e12
  • fj59e07
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • hrasb
  • hrasl
  • nras
  • pik3ca
  • pik3cb
  • pik3r1
  • pik3r2
  • sos1
  • tek
  • tie-2
  • tie2
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fb65b05
  • wu:fc76g06
  • wu:fj59e07
  • zgc:103549
  • zgc:110734
  • zgc:158274
  • zgc:73077
Danio rerio (zebrafish)
The retinoid cycle in cones (daylight vision)
  • CRALBPb
  • dgat2
  • dhrs3b
  • ik:tdsubc_1f3
  • lws1
  • lws2
  • opn1lw1
  • opn1lw2
  • opn1sw1
  • opn1sw2
  • rdops
  • rlbp1
  • rlbp1b
  • sws1
  • tdsubc_1f3
  • uvops
  • xx:tdsubc_1f3
  • zgc:101705
  • zgc:77766
Danio rerio (zebrafish)
The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision)
  • CRALBPb
  • RDHA
  • RDHB
  • cyp4v2
  • cyp4v2a
  • dhrs9
  • im:6901729
  • im:7136890
  • lrat
  • lrata
  • rbp1
  • rbp1.1
  • rbp1b
  • rdh1
  • rdh10a
  • rdh12
  • rdh1l
  • rdh5
  • rho
  • rlbp1
  • rlbp1b
  • rpe65a
  • rpepa
  • sb:eu611
  • si:dkey-102c8.5
  • wu:fb64b07
  • wu:fd50b03
  • wu:fj43a10
  • zfo2
  • zgc:100825
  • zgc:154161
  • zgc:73286
  • zgc:77766
  • zgc:92430
Danio rerio (zebrafish)
The NLRP3 inflammasome
  • TXN
  • asc
  • asc1
  • fb15h09
  • hsp90ab1
  • hsp90b
  • hspc3
  • nlrp1
  • p2rx7
  • p2xr7
  • panx1
  • panx1a
  • pstpip1b
  • pycard
  • sb:cb368
  • sgut1
  • sugt1
  • txn
  • txnip
  • txnipa
  • wu:fb15h09
  • wu:fd45a02
  • zgc:123255
  • zgc:194990
  • zgc:55631
  • zgc:92903
Danio rerio (zebrafish)
Termination of O-glycan biosynthesis
  • heg
  • im:7151092
  • siat4
  • siat4c
  • siat7D
  • siat7c
  • st3gal1l
  • st3gal2l
  • st3gal4
  • st3gal8
  • st6GalNAc III
  • st6GalNAc-III
  • st6galnac3
  • st6galnac4
  • wu:fb67c12
  • zgc:111788
  • zgc:153237
  • zgc:158162
  • zgc:73301
Danio rerio (zebrafish)
Tandem of pore domain in a weak inwardly rectifying K+ channels (TWIK)
  • im:7150627
  • kcnk1
  • kcnk1a
Danio rerio (zebrafish)
TRP channels
  • ANKTM1
  • TRPM4a
  • TRPV1
  • bZ1P14.9
  • cb495
  • ecac
  • mcoln1.2
  • mcoln1b
  • mcoln2
  • si:dkey-9e15.2
  • si:rp71-1p14.9
  • tap1A
  • tap1a
  • tct
  • trpa1
  • trpa1a
  • trpa1b
  • trpa1l
  • trpa2
  • trpc1
  • trpc4a
  • trpc4apa
  • trpc4b
  • trpc6
  • trpc6a
  • trpc7b
  • trpm2
  • trpm4
  • trpm4a
  • trpm6
  • trpm7
  • trpv1
  • trpv5-6
  • trpv6
  • wu:fb15d09
  • zgc:109818
  • zgc:55310
Danio rerio (zebrafish)
TP53 Regulates Metabolic Genes
  • COX4I1
  • D244
  • PGI
  • RRAGB
  • TXN
  • cb116
  • cb58
  • coi
  • coii
  • coiii
  • cox1
  • cox11
  • cox16
  • cox19
  • cox2
  • cox20
  • cox3
  • cox4i1
  • cox5a
  • cox5aa
  • cox5ba
  • cox6a1
  • cox6b1
  • cox7a2l
  • cox7a3
  • cox7b
  • cox7c
  • coxi
  • coxii
  • coxiii
  • cyc
  • ddit4
  • fa92g05
  • fam36a
  • fb15h09
  • fb93e02
  • fe38c12
  • fk47c09
  • frap1
  • gbl
  • glsl
  • gpi
  • gpib
  • hm:zeh0438
  • hm:zehl0637
  • hm:zehn0976
  • im:6898613
  • im:6904550
  • im:7154392
  • lamtor2
  • lamtor3
  • lamtor4
  • lamtor5
  • lst8
  • mapksp1
  • mg:bb02d03
  • mlst8
  • mt-co1
  • mt-co2
  • mt-co3
  • mtco1
  • mtco2
  • mtco3
  • mtor
  • ndufa4
  • ndufa4a
  • ndufa4l
  • ns:zf-e250
  • pgi-2
  • prdx1
  • prdx2
  • prdx5
  • prkaa1
  • prkab1a
  • prkag1
  • rheb
  • rptor
  • rraga
  • rragc
  • rragca
  • sb:cb130
  • sco2
  • sesn2
  • si:dkey-161j23.2
  • si:dkey-176g4.2
  • si:dkey-222f2.8
  • slc38a9
  • surf1
  • tigara
  • tor
  • txn
  • wu:fa91b01
  • wu:fa92g05
  • wu:fa94c10
  • wu:fa94d09
  • wu:fb02e12
  • wu:fb15h09
  • wu:fb33b01
  • wu:fb36f06
  • wu:fb48f06
  • wu:fb51h04
  • wu:fb93e02
  • wu:fc22h08
  • wu:fc68h09
  • wu:fd12h04
  • wu:fe38c12
  • wu:fi22e10
  • wu:fj32b09
  • wu:fj35d07
  • wu:fj49c05
  • wu:fj56d06
  • wu:fk47c09
  • wu:fk86h02
  • wu:fp89f04
  • wu:fq19b09
  • ywhab
  • ywhab2
  • ywhabb
  • ywhabl
  • ywhae
  • ywhae1
  • ywhag
  • ywhag2
  • ywhah
  • ywhaq
  • ywhaq1
  • ywhaq2
  • ywhaqa
  • ywhaqb
  • ywhaz
  • zeh0438
  • zgc:103782
  • zgc:109989
  • zgc:110058
  • zgc:110300
  • zgc:110343
  • zgc:111971
  • zgc:112318
  • zgc:114165
  • zgc:158646
  • zgc:162286
  • zgc:55377
  • zgc:55499
  • zgc:56499
  • zgc:56564
  • zgc:63883
  • zgc:63896
  • zgc:66312
  • zgc:73065
  • zgc:73144
  • zgc:73316
  • zgc:77062
  • zgc:77351
  • zgc:92228
  • zgc:92631
  • zgc:92891
  • zgc:92903
Danio rerio (zebrafish)
TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition)
  • JAM
  • ai39657
  • arhgef18
  • arhgef18a
  • asip
  • bazooka
  • cb537
  • cgn
  • f11r
  • f11r.1
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • par-3
  • par3
  • pard3
  • pard3ab
  • pard6a
  • pard6alpha
  • rhoac
  • rps27a
  • si:ch73-186j5.3
  • smurf1
  • tdsubc_1f2
  • tgfb1
  • tgfb1a
  • tgfbr1b
  • tgfbr2
  • tgfbr2b
  • uba52
  • wu:fa91f08
  • wu:fb13a07
  • wu:fb30b12
  • wu:fc07c05
  • wu:fc21e04
  • wu:fj05c10
  • wu:fj05f11
  • wwp1
  • xx:ai39657
  • xx:tdsubc_1f2
  • zgc:103642
  • zgc:110498
  • zgc:123344
  • zgc:66168
  • zgc:66401
  • zgc:85686
Danio rerio (zebrafish)
TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors
  • fb48g05
  • fb49c04
  • jarid1b
  • jarid1bb
  • kdm5bb
  • mycb
  • tfap2c
  • wu:fb48g05
  • wu:fb49c04
  • zgc:92088
Danio rerio (zebrafish)

About Release Notes Help Feedback

Click here to visit the beta site.


International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


Logo License Policies Site Map

Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024