GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 251 - 275 of 360 in total
Pathway Name ▲ Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
RHOB GTPase cycle
  • ABR
  • ACTC1
  • AKAP13
  • ANLN
  • ARHGAP1
  • ARHGAP21
  • ARHGAP26
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP5
  • ARHGDIG
  • ARHGEF1
  • ARHGEF10
  • ARHGEF10L
  • ARHGEF11
  • ARHGEF12
  • ARHGEF17
  • ARHGEF2
  • ARHGEF25
  • ARHGEF28
  • ARHGEF3
  • ARHGEF5
  • BCR
  • CAV1
  • CAVIN1
  • CIT
  • DAAM1
  • DEPDC1B
  • DIAPH1
  • DIAPH3
  • DLC1
  • ECT2
  • FLOT1
  • FLOT2
  • IQGAP3
  • JUP
  • Jup
  • MCAM
  • MCF2
  • MCF2L
  • MYO9A
  • MYO9B
  • NET1
  • OPHN1
  • PCDH7
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKN1
  • PKN2
  • PKN3
  • PREX1
  • RACGAP1
  • RHOB
  • RHPN2
  • ROCK1
  • ROCK2
  • RTKN
  • SLK
  • SNAP23
  • STARD8
  • STOM
  • TFRC
  • TJP2
  • VAMP3
  • VANGL1
  • VAV2
Sus scrofa (pig)
RHOBTB1 GTPase cycle
  • CCT2
  • COPS2
  • COPS4
  • CPSF7
  • CUL3
  • GPS1
  • HNRNPC
  • MYO6
  • PDE5A
  • RBBP6
  • RHOBTB1
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SRRM1
  • STK38
  • TRA2B
  • TXNL1
  • VIM
Sus scrofa (pig)
RHOC GTPase cycle
  • ABCD3
  • ABR
  • ACBD5
  • AKAP13
  • ANLN
  • ARHGAP1
  • ARHGAP18
  • ARHGAP21
  • ARHGAP26
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP5
  • ARHGDIA
  • ARHGEF1
  • ARHGEF10
  • ARHGEF10L
  • ARHGEF11
  • ARHGEF12
  • ARHGEF17
  • ARHGEF25
  • ARHGEF28
  • ARHGEF5
  • BCR
  • C1QBP
  • CAV1
  • CAVIN1
  • CIT
  • DAAM1
  • DEPDC1B
  • DIAPH1
  • DIAPH3
  • DLC1
  • FLOT1
  • FLOT2
  • FMNL2
  • FMNL3
  • IQGAP3
  • JUP
  • Jup
  • LBR
  • LMAN1
  • MACO1
  • MCAM
  • MCF2
  • MCF2L
  • MYO9B
  • OPHN1
  • PIK3R1
  • PKN1
  • PKN2
  • PKN3
  • PREX1
  • RACGAP1
  • RHOA
  • RHOC
  • ROCK1
  • ROCK2
  • RTKN
  • SLK
  • STOM
  • TFRC
  • TJP2
  • TMEM57
  • VAMP3
  • VANGL1
  • VAPB
  • VAV2
Sus scrofa (pig)
RHOG GTPase cycle
  • ANKLE2
  • ARFGAP3
  • ARHGAP1
  • ARHGAP21
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP5
  • ARHGDIA
  • ARHGDIG
  • ARHGEF16
  • ARHGEF26
  • ARHGEF5
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42EP1
  • CYFIP1
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DOCK1
  • DOCK2
  • DOCK3
  • DOCK4
  • DOCK5
  • DSG2
  • ELMO2
  • EMD
  • EPHA2
  • ESYT1
  • GARRE1
  • HSPE1
  • IQGAP2
  • ITGB1
  • ITSN1
  • KIAA0355
  • KTN1
  • LAMTOR1
  • LBR
  • LETM1
  • LMAN1
  • MAP3K11
  • MCAM
  • MCF2
  • MCF2L
  • MPP7
  • NDUFA5
  • NDUFS3
  • OPHN1
  • PAK2
  • PGRMC2
  • PIK3R1
  • PLD1
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • RAB7A
  • RBM39
  • RHOG
  • SHMT2
  • TFRC
  • TRIO
  • VAMP3
  • VANGL1
  • VAPB
  • VAV1
  • VAV2
  • YKT6
Sus scrofa (pig)
RHOH GTPase cycle
  • ARHGDIA
  • ARHGDIG
  • CAV1
  • CSK
  • DBT
  • FAM91A1
  • JUP
  • Jup
  • LAMTOR1
  • LCK
  • MTR
  • NIPSNAP2
  • NSFL1C
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK5
  • PAK6
  • RAB7A
  • RALGAPA1
  • RHOH
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • STOM
  • TFRC
  • TMEM59
  • TUBA1B
  • UACA
  • VAMP3
  • VANGL1
  • WDR11
Sus scrofa (pig)
RHOQ GTPase cycle
  • ARHGAP1
  • ARHGAP17
  • ARHGAP21
  • ARHGAP26
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • ARL13B
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPA
  • CDC42BPB
  • CDC42EP1
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP4
  • CFTR
  • CPNE8
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • FNBP1
  • GFOD1
  • GIT1
  • GIT2
  • GJA1
  • GOPC
  • IQGAP3
  • ITSN1
  • JUP
  • Jup
  • LAMTOR1
  • MPP7
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • RAB7A
  • RHOQ
  • SCRIB
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • SNAP23
  • SRGAP2
  • STEAP3
  • STOM
  • SYDE1
  • TFRC
  • TRIP10
  • VAMP3
  • VANGL1
  • WASL
  • WWP2
Sus scrofa (pig)
RIPK1-mediated regulated necrosis
  • FLOT1
  • FLOT2
  • MLKL
  • PDCD6IP
  • RIPK1
  • RIPK3
  • SDCBP
Sus scrofa (pig)
RNA polymerase II transcribes snRNA genes
  • CCNK
  • CCNT1
  • CCNT2
  • CDK7
  • CDK9
  • ELL2
  • ELL3
  • GTF2A1
  • GTF2A2
  • GTF2B
  • GTF2E1
  • GTF2E2
  • GTF2F1
  • ICE1
  • ICE2
  • INTS1
  • INTS10
  • INTS11
  • INTS12
  • INTS13
  • INTS2
  • INTS3
  • INTS4
  • INTS5
  • INTS6
  • INTS7
  • INTS8
  • INTS9
  • NABP2
  • NCBP1
  • NCBP2
  • PCF11
  • PHAX
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2L
  • POU2F1
  • POU2F2
  • RPAP2
  • RPRD1A
  • RPRD2
  • SNAPC1
  • SNAPC2
  • SNAPC3
  • SNAPC4
  • SNAPC5
  • SP1
  • SRRT
  • SSU72
  • SUPT4H1
  • SUPT5H
  • TAF11
  • TAF13
  • TAF5
  • TAF6
  • TAF8
  • TAF9
Sus scrofa (pig)
RND1 GTPase cycle
  • ALDH3A2
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • CAV1
  • CCDC88A
  • CPD
  • DEPDC1B
  • DLG5
  • DSP
  • DST
  • EPHA2
  • EPSTI1
  • FAM135A
  • FAM83B
  • FLOT2
  • FRS3
  • GRB7
  • KIDINS220
  • LOC100516390
  • MUC13
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKP4
  • PLEKHG5
  • PLXNA1
  • PTPN13
  • RASAL2
  • RBM39
  • RRAS2
  • TFRC
  • TMEM59
  • TXNL1
  • UBXN11
  • VANGL1
  • VANGL2
  • WDR6
Sus scrofa (pig)
RND2 GTPase cycle
  • ALDH3A2
  • ARHGAP1
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • BLTP3B
  • CAV1
  • CKAP4
  • DEPDC1B
  • DLG5
  • DSG1
  • DST
  • EPHA2
  • FAM83B
  • FNBP1
  • FRS3
  • GOLGA3
  • KCTD13
  • KIDINS220
  • KTN1
  • LOC100516390
  • LRRC1
  • MUC13
  • NISCH
  • NUDC
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKP4
  • PLXND1
  • PTPN13
  • RBM39
  • RND2
  • SCRIB
  • TFRC
  • TNFAIP1
  • TXNL1
  • UBXN11
  • VANGL1
  • VANGL2
  • WDR6
Sus scrofa (pig)
RND3 GTPase cycle
  • ARHGAP21
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • CAV1
  • CCDC88A
  • CKAP4
  • CKB
  • CPD
  • DEPDC1B
  • DLG5
  • DSG1
  • DSP
  • DST
  • EPHA2
  • FAM83B
  • FLOT2
  • KCTD13
  • KTN1
  • LOC100516390
  • MUC13
  • NISCH
  • PICALM
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKP4
  • PLEKHG5
  • PTPN13
  • RASAL2
  • RBM39
  • RND3
  • ROCK1
  • SCRIB
  • SEMA4F
  • TMOD3
  • TNFAIP1
  • TXNL1
  • UBXN11
  • VANGL1
  • VANGL2
  • WDR6
Sus scrofa (pig)
RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription
  • CBFB
  • ESR
  • ESR1
  • NR3A1
  • RUNX1
Sus scrofa (pig)
RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes
  • CTSK
  • CTSL
Sus scrofa (pig)
RUNX3 regulates CDKN1A transcription
  • MADH3
  • MADH4
  • P53
  • RUNX3
  • SMAD3
  • SMAD4
  • TGFB1
  • TP53
  • ZFHX3
Sus scrofa (pig)
RUNX3 regulates p14-ARF
  • CBFB
  • CCND1
  • EP300
  • HDAC4
  • RUNX3
  • TGFB1
Sus scrofa (pig)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
  • CGA
  • CHST10
  • CHST8
  • FUCA1
  • FUT8
  • LHB
  • LOC100513844
  • MAN2A1
  • MAN2A2
  • MGAT2
Sus scrofa (pig)
Regulation by c-FLIP
  • APT1
  • CASP8
  • CASP9
  • FADD
  • FAS
  • LOC100624226
  • LOC100737977
  • RIPK1
  • TNFRSF6
  • TRADD
  • TRAF2
Sus scrofa (pig)
Regulation of CDH11 function
  • ADAM19
  • ADAM33
  • AMOT
  • ANGPTL4
  • CDH11
  • CTNNB1
  • CTNND1
  • JUP
  • Jup
  • PGAR
Sus scrofa (pig)
Regulation of Complement cascade
  • C1QA
  • C1QB
  • C1QC
  • C1R
  • C1S
  • C2
  • C3
  • C4A
  • C5
  • C5AR1
  • C5AR2
  • C6
  • C7
  • C8A
  • C8B
  • C8G
  • C9
  • CD55
  • CD59
  • CD81
  • CFB
  • CFH
  • CFI
  • CLU
  • CPB2
  • CPN1
  • CPN2
  • F2
  • IGKV5-2
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • SERPING1
  • VTN
Sus scrofa (pig)
Regulation of IFNG signaling
  • IFNG
  • IFNGR1
  • IFNGR2
  • JAK1
  • JAK2
  • PIAS1
  • PTPN2
  • SOCS1
  • SOCS3
  • STAT1
  • SUMO1
  • socs1
Sus scrofa (pig)
Regulation of IGF Activity by IGFBP
  • A4
  • AD1
  • ADAM10
  • AFP
  • AHSG
  • ALB
  • AMBN
  • AMEL
  • ANO8
  • APLP2
  • APOA1
  • APOA2
  • APOA5
  • APOB
  • APOE
  • APP
  • ATGL
  • BMP15
  • BMP4
  • BPIFB2
  • C3
  • C4A
  • CCN1
  • CDH2
  • CHGB
  • CHRDL1
  • CKAP4
  • CSF1
  • CST3
  • DMP1
  • DNAJC3
  • F5
  • FAM20A
  • FAM20C
  • FGA
  • FGF23
  • FGG
  • FN1
  • FSTL1
  • FUCA2
  • GAS6
  • GOLM1
  • GPC3
  • HRC
  • HSP90B1
  • IGF1
  • IGF2
  • IGFBP1
  • IGFBP2
  • IGFBP3
  • IGFBP4
  • IGFBP5
  • IGFBP6
  • IGFBP7
  • IL-6
  • IL6
  • ITIH2
  • KNG1
  • KTN1
  • LGALS1
  • LOC100156062
  • LOC100738836
  • LOC106510284
  • LTBP1
  • MATN3
  • MBTPS1
  • MEGF6
  • MELTF
  • MEN1
  • MEPE
  • MGAT4A
  • MIA3
  • MXRA8
  • NOTUM
  • NUCB1
  • OPN
  • P4HB
  • PAPPA
  • PAPPA2
  • PCSK9
  • PDIA6
  • PNPLA2
  • PRKCSH
  • PROC
  • PRSS23
  • QSOX1
  • RCN1
  • SCG2
  • SCG3
  • SDC2
  • SERPINA1
  • SERPINC1
  • SERPIND1
  • SPARCL1
  • SPP1
  • SPP2
  • STC2
  • TF
  • TIMP1
  • TMEM132A
  • TNC
  • TNN
  • UABP-2
  • VCAN
  • VGF
  • VWA1
  • WFS1
  • bmp4
Sus scrofa (pig)
Regulation of RUNX3 expression and activity
  • CBFB
  • EP300
  • LMP2
  • MDM2
  • PRORP
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB3
  • PSMB7
  • PSMB9
  • PSMC1
  • PSMC3
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME3
  • PSMF1
  • RPS27A
  • RUNX3
  • SMURF1
  • SMURF2
  • SRC
  • TGFB1
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
Sus scrofa (pig)
Regulation of TNFR1 signaling
  • BIRC2
  • CASP8
  • CASP9
  • CHUK
  • CLIP3
  • CYLD
  • FADD
  • GNB2L1
  • IKBKB
  • IKBKE
  • IKBKG
  • MADD
  • MAPKAPK2
  • MIB2
  • OPTN
  • OTUD1
  • OTUD7B
  • PIAP
  • RACK1
  • RBCK1
  • RIPK1
  • RNF31
  • RPS27A
  • SPATA2
  • SPPL2A
  • SPPL2B
  • STUB1
  • TAX1BP1
  • TBK1
  • TNF
  • TNFA
  • TNFAIP3
  • TNFRSF1A
  • TNFRSF6
  • TNFSF2
  • TRADD
  • TRAF1
  • TRAF2
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • UBE2D3
  • UBE2L3
  • ULK1
  • USP2
  • USP21
  • USP4
Sus scrofa (pig)
Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation
  • ABI1
  • ABI2
  • ABL1
  • ACTB
  • ACTG1
  • ACTR3
  • ARPC1A
  • ARPC1B
  • ARPC2
  • ARPC3
  • ARPC5
  • BAIAP2
  • BRK1
  • CD247
  • CD3G
  • CDC42
  • CRK
  • CYFIP1
  • CYFIP2
  • DOCK1
  • ELMO2
  • FCGR1A
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • GRB2
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPCA
  • IGKV5-2
  • LIMK1
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MYH9
  • MYO10
  • MYO1C
  • MYO9B
  • NCK1
  • NCKAP1
  • NCKAP1L
  • NCKIPSD
  • NF2
  • PAK1
  • RAC1
  • VAV1
  • VAV2
  • WASF2
  • WASF3
  • WASL
  • WIPF1
Sus scrofa (pig)
Regulation of insulin secretion
  • ABCC8
  • CACNA1D
  • CACNA1E
  • CACNA2D2
  • CACNB2
  • CACNB3
  • GLUT1
  • GLUT2
  • RAPGEF3
  • RAPGEF4
  • SLC2A1
  • SLC2A2
Sus scrofa (pig)

About Release Notes Help Feedback

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.0.0

Last updated: August 19, 2024