GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 176 - 200 of 360 in total
Pathway Name Protein Name ▼ UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Regulation of necroptotic cell death
  • BIRC2
  • CASP8
  • CDC37
  • FADD
  • FLOT1
  • FLOT2
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPCA
  • MLKL
  • PDCD6IP
  • PIAP
  • RIPK1
  • RIPK3
  • RPS27A
  • SDCBP
  • STUB1
  • TNFRSF6
  • TRADD
  • TRAF2
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • UBE2L3
Sus scrofa (pig)
Regulation of TNFR1 signaling
  • BIRC2
  • CASP8
  • CASP9
  • CHUK
  • CLIP3
  • CYLD
  • FADD
  • GNB2L1
  • IKBKB
  • IKBKE
  • IKBKG
  • MADD
  • MAPKAPK2
  • MIB2
  • OPTN
  • OTUD1
  • OTUD7B
  • PIAP
  • RACK1
  • RBCK1
  • RIPK1
  • RNF31
  • RPS27A
  • SPATA2
  • SPPL2A
  • SPPL2B
  • STUB1
  • TAX1BP1
  • TBK1
  • TNF
  • TNFA
  • TNFAIP3
  • TNFRSF1A
  • TNFRSF6
  • TNFSF2
  • TRADD
  • TRAF1
  • TRAF2
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • UBE2D3
  • UBE2L3
  • ULK1
  • USP2
  • USP21
  • USP4
Sus scrofa (pig)
RND3 GTPase cycle
  • ARHGAP21
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • CAV1
  • CCDC88A
  • CKAP4
  • CKB
  • CPD
  • DEPDC1B
  • DLG5
  • DSG1
  • DSP
  • DST
  • EPHA2
  • FAM83B
  • FLOT2
  • KCTD13
  • KTN1
  • LOC100516390
  • MUC13
  • NISCH
  • PICALM
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKP4
  • PLEKHG5
  • PTPN13
  • RASAL2
  • RBM39
  • RND3
  • ROCK1
  • SCRIB
  • SEMA4F
  • TMOD3
  • TNFAIP1
  • TXNL1
  • UBXN11
  • VANGL1
  • VANGL2
  • WDR6
Sus scrofa (pig)
Downregulation of TGF-beta receptor signaling
  • BAMBI
  • MADH3
  • MTMR4
  • PMEPA1
  • RPS27A
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD7
  • SMURF2
  • STUB1
  • Smad7
  • TGFB1
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • bambi
Sus scrofa (pig)
Pyroptosis
  • BAX
  • CASP1
  • CHMP2A
  • CHMP2B
  • CHMP4C
  • CHMP6
  • CHMP7
  • CYC
  • CYCS
  • GSDMD
  • GSDME
  • GZMB
  • IGIF
  • IL18
  • IL1A
  • IL1B
  • IL1B2
  • LOC100519295
  • LOC100522842
  • LOC100522887
  • LOC100621347
  • LOC100739590
  • LOC110255300
  • LOC110258125
  • LOC110258578
  • LOC110259156
Sus scrofa (pig)
Apoptotic execution phase
  • BCAP31
  • CASP8
  • DNM1L
  • STK24
Sus scrofa (pig)
TNFs bind their physiological receptors
  • CD27
  • CD70
  • EDA
  • EDAR
  • EDARADD
  • LTA
  • TNFB
  • TNFRSF11B
  • TNFRSF13B
  • TNFRSF17
  • TNFRSF18
  • TNFRSF1A
  • TNFRSF1B
  • TNFRSF25
  • TNFRSF4
  • TNFRSF9
  • TNFSF1
  • TNFSF11
  • TNFSF13
  • TNFSF13B
  • TNFSF15
  • TNFSF18
  • TNFSF4
  • TNFSF9
Sus scrofa (pig)
TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway
  • BIRC2
  • CD40
  • CD40LG
  • LTA
  • LTB
  • LTBR
  • MAP3K14
  • PIAP
  • TNFB
  • TNFRSF11A
  • TNFRSF12A
  • TNFRSF13C
  • TNFRSF5
  • TNFSF1
  • TNFSF11
  • TNFSF12
  • TNFSF13B
  • TRAF2
  • TRAF3
Sus scrofa (pig)
SUMOylation of DNA replication proteins
  • AURKB
  • BIRC5
  • CDCA8
  • CEP192
  • INCENP
  • LOC100627016
  • LOC110258677
  • MRNP41
  • NDC1
  • NUP107
  • NUP133
  • NUP153
  • NUP155
  • NUP160
  • NUP188
  • NUP205
  • NUP210
  • NUP214
  • NUP35
  • NUP37
  • NUP42
  • NUP43
  • NUP50
  • NUP58
  • NUP62
  • NUP85
  • NUP88
  • NUP93
  • NUP98
  • PCNA
  • PIAS3
  • PIAS4
  • POM121C
  • RAE1
  • RANBP2
  • RANGAP1
  • SEH1L
  • SMT3A
  • SMT3H2
  • SUMO1
  • SUMO2
  • SUMO3
  • TOP1
  • TOP2A
  • TOP2B
  • TPR
  • UBE2I
Sus scrofa (pig)
Asparagine N-linked glycosylation
  • ASGR1
  • ASGR2
  • LOC110255214
  • UMOD
Sus scrofa (pig)
Basigin interactions
  • ATP1B1
  • ATP1B2
  • ATP1B3
  • BSG
  • CAV1
  • ITGA3
  • ITGA6
  • ITGB1
  • MAG
  • MMP1
  • PPIA
  • PPIL2
  • SLC16A3
  • SLC16A8
  • SLC3A2
  • SLC7A10
  • SLC7A11
  • SLC7A5
  • SLC7A7
  • SLC7A8
  • SLC7A9
  • SPN
Sus scrofa (pig)
RNA polymerase II transcribes snRNA genes
  • CCNK
  • CCNT1
  • CCNT2
  • CDK7
  • CDK9
  • ELL2
  • ELL3
  • GTF2A1
  • GTF2A2
  • GTF2B
  • GTF2E1
  • GTF2E2
  • GTF2F1
  • ICE1
  • ICE2
  • INTS1
  • INTS10
  • INTS11
  • INTS12
  • INTS13
  • INTS2
  • INTS3
  • INTS4
  • INTS5
  • INTS6
  • INTS7
  • INTS8
  • INTS9
  • NABP2
  • NCBP1
  • NCBP2
  • PCF11
  • PHAX
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2L
  • POU2F1
  • POU2F2
  • RPAP2
  • RPRD1A
  • RPRD2
  • SNAPC1
  • SNAPC2
  • SNAPC3
  • SNAPC4
  • SNAPC5
  • SP1
  • SRRT
  • SSU72
  • SUPT4H1
  • SUPT5H
  • TAF11
  • TAF13
  • TAF5
  • TAF6
  • TAF8
  • TAF9
Sus scrofa (pig)
Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids
  • ALOX5
  • LTC4S
  • PON1
  • PON2
  • PON3
Sus scrofa (pig)
Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX)
  • ABCC1
  • ALOX15
  • ALOX5
  • CYP4A21
  • CYP4A23
  • CYP4A24
  • CYP4A90
  • CYP4B1
  • CYP4F22
  • CYP4F3
  • CYP4F52
  • DPEP1
  • DPEP2
  • DPEP3
  • GGT1
  • LOC110255311
  • LOC110259328
  • LOC110259329
  • LTA4H
  • LTC4S
  • MAPKAPK2
  • RDP
Sus scrofa (pig)
Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins
  • AQP1
  • AQP2
  • AQP3
  • AQP4
  • AVP
  • AVPR2
  • GNAS
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • LOC100621431
  • LOC110255211
  • MYO5B
  • PRKAR1B
  • PRKAR2A
  • RAB11
  • RAB11A
  • RAB11FIP2
Sus scrofa (pig)
Passive transport by Aquaporins
  • AQP1
  • AQP10
  • AQP12
  • AQP2
  • AQP3
  • AQP4
  • AQP5
  • AQP7
  • AQP8
  • AQP9
Sus scrofa (pig)
Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin
  • GCG
  • GH1
  • GHRL
  • IGF1
  • INS
  • LEP
  • MBOAT4
  • OB
  • OBS
  • PLA2G7
  • SPCS1
  • SPCS2
  • SPCS3
Sus scrofa (pig)
Transport of fatty acids
  • APOD
  • LCN1
  • LCN12
  • LCN15
  • LCN9
  • OBP2B
  • SLC27A1
  • SLC27A4
  • SLC27A6
Sus scrofa (pig)
Scavenging by Class H Receptors
  • APOB
  • SPARC
  • STAB1
  • STAB2
Sus scrofa (pig)
Platelet sensitization by LDL
  • APOB
  • ApoER2
  • LRP8
  • MAPK14
  • PECAM1
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PTPN11
Sus scrofa (pig)
Cell surface interactions at the vascular wall
  • APOB
  • CD177
  • CD2
  • CD244
  • CD44
  • CD47
  • CD48
  • CD58
  • CD74
  • CD84
  • CEACAM1
  • CEACAM21
  • CXADR
  • EPCAM
  • F11R
  • F2
  • FCAMR
  • FCER1G
  • FN1
  • FYN
  • GAS6
  • GLG1
  • GP6
  • GPC1
  • IGHM
  • IGKV5-2
  • ITGA4
  • ITGA5
  • ITGAL
  • ITGAM
  • ITGB1
  • ITGB2
  • JAM2
  • JAM3
  • JAML
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • LOC100624226
  • LOC100736623
  • LOC100737977
  • LOC100739707
  • LOC102161654
  • LOX1
  • LYN
  • MERTK
  • MIF
  • OLR1
  • PECAM1
  • PROC
  • PROS1
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SELE
  • SIRPA
  • SPN
  • TACSTD1
  • TGFB1
  • THBD
  • TREM1
Sus scrofa (pig)
HDL clearance
  • APOA1
  • HDLBP
  • SCARB1
Sus scrofa (pig)
Scavenging by Class B Receptors
  • APOA1
  • APOB
  • CD36
  • SCARB1
Sus scrofa (pig)
Scavenging by Class A Receptors
  • APOA1
  • APOB
  • APOE
  • CALR
  • COLEC11
  • HSP90B1
  • MASP1
Sus scrofa (pig)
Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell
  • B2M
  • C3
  • CD1.1
  • CD1B
  • CD1D
  • CD200
  • CD200R1
  • CD22
  • CD226
  • CD247
  • CD300A
  • CD300C
  • CD300LF
  • CD300LG
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD40
  • CD40LG
  • CD81
  • CD8A
  • CD8B
  • CD96
  • CLEC2B
  • CLEC4G
  • CRTAM
  • CXADR
  • DAP10
  • DAP12
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • HCST
  • ICAM1
  • ICAM2
  • ICAM4
  • ICAM5
  • IFITM1
  • IFITM3
  • IGKV5-2
  • ITGA4
  • ITGAL
  • ITGB1
  • ITGB2
  • ITGB7
  • JAML
  • KIR2DL1
  • KLRB1
  • KLRF1
  • KLRK1
  • LOC100125542
  • LOC100513601
  • LOC100513863
  • LOC100515551
  • LOC100515837
  • LOC100515852
  • LOC100519082
  • LOC100521998
  • LOC100523213
  • LOC100626247
  • LOC102161418
  • LOC110260307
  • LOC110261034
  • MADCAM1
  • NCR2
  • NECTIN2
  • NPDC1
  • OSCAR
  • PIANP
  • PILRA
  • PVR
  • SIGLEC1
  • SIGLEC5
  • SLA-2
  • SLA-3
  • SLA-6
  • SLA-7
  • SLA-8
  • SLAMF7
  • TNFRSF5
  • TREM1
  • TREM2
  • TREML2
  • TYROBP
  • ULBP1
  • VCAM1
  • cd1d
  • pCD1A
Sus scrofa (pig)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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Last updated: August 19, 2024