GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 301 - 325 of 557 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID ▼ Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Lewis blood group biosynthesis
  • B3GALT2
  • B3GALT4
  • B4GALNT2
  • FUT10
  • FUT11
  • FUT2
  • FUT4
  • FUT6
  • FUT7
  • FUT9
  • SIAT10
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST3GAL6
  • ST6GALNAC6
Bos taurus (cattle)
Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes
  • ANGPTL3
  • ANGPTL4
  • ANGPTL8
  • FURIN
  • GPIHBP1
  • LIPC
  • LMF1
  • LMF2
  • LPL
  • PCSK5
  • PCSK6
Bos taurus (cattle)
Chemokine receptors bind chemokines
  • ACKR2
  • ACKR3
  • ACKR4
  • CCL1
  • CCL11
  • CCL19
  • CCL2
  • CCL20
  • CCL21
  • CCL22
  • CCL25
  • CCL27
  • CCL28
  • CCL4
  • CCL5
  • CCR1
  • CCR10
  • CCR11
  • CCR3
  • CCR4
  • CCR5
  • CCR6
  • CCR8
  • CCR9
  • CCRL1
  • CCRL2
  • CMKBR5
  • CX3CR1
  • CXCL10
  • CXCL11
  • CXCL12
  • CXCL13
  • CXCL16
  • CXCL3
  • CXCL6
  • CXCL8
  • CXCL9
  • CXCR1
  • CXCR2
  • CXCR3
  • CXCR4
  • CXCR5
  • CXCR6
  • CXCR7
  • GCP2
  • IL8
  • LOC100297044
  • LOC525415
  • LOC616364
  • MIP3A
  • PPBP
  • SCY4A
  • SCYA2
  • SCYA20
  • SCYA5
  • SCYB6
  • XCL1
  • XCL2
  • XCR1
Bos taurus (cattle)
Regulation of FZD by ubiquitination
  • FZD5
  • FZD6
  • FZD8
  • LGR5
  • LRP5
  • LRP6
  • RNF43
  • RPS27A
  • RSPO1
  • RSPO2
  • RSPO3
  • RSPO4
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • USP8
  • WNT3A
Bos taurus (cattle)
TCF dependent signaling in response to WNT
  • AXIN1
  • AXIN2
  • CTNNB1
  • RNF146B
  • RPS27A
  • TNKS
  • TNKS2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • USP34
  • WNT1
  • WNT3
  • WNT3A
  • WNT5A
Bos taurus (cattle)
ADP signalling through P2Y purinoceptor 1
  • CPLA2
  • GNA11
  • GNA14
  • GNA15
  • GNAQ
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB4
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • GNGT1
  • GNGT12
  • GNGT2
  • GNGT3
  • GNGT5
  • GNGT7
  • GNGT8
  • MAPK14
  • P2RY1
  • PLA2G4
  • PLA2G4A
  • SRC
Bos taurus (cattle)
Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation
  • AIK
  • AIRK1
  • ARK1
  • ATM
  • ATR
  • ATRIP
  • AURA
  • AURKA
  • AURKB
  • AYK1
  • BARD1
  • BLM
  • BRCA1
  • BRIP1
  • BTAK
  • CCNA1
  • CCNA2
  • CDK2
  • CDK5
  • CDK5R
  • CDK5R1
  • CDKN2
  • CDKN5
  • CHEK2
  • CK2A1
  • CK2N
  • CSNK2A1
  • CSNK2A2
  • CSNK2B
  • DNA2
  • DYRK2
  • EXO1
  • HIPK1
  • HIPK2
  • HUS1
  • IAK1
  • KAT5
  • MAPK11
  • MAPK14
  • MAPKAPK5
  • MDM2
  • MRE11
  • NBN
  • NCK5A
  • NIR
  • NOC2L
  • NUAK1
  • PIN1
  • PLK3
  • PRKAA1
  • PRKAA2
  • PRKAB1
  • PRKAB2
  • PRKAG1
  • PRKAG2
  • PRKAG3
  • PSSALRE
  • RAD1
  • RAD17
  • RAD50
  • RAD9A
  • RAD9B
  • RBBP8
  • RFC2
  • RFC3
  • RFC5
  • RHNO1
  • RMI1
  • RMI2
  • RPA1
  • RPA2
  • RPA3
  • RPS27A
  • SSRP1
  • STK11
  • STK15
  • STK6
  • SUPT16H
  • TAF1
  • TAF10
  • TAF11
  • TAF12
  • TAF15
  • TAF2
  • TAF3
  • TAF4
  • TAF4B
  • TAF5
  • TAF6
  • TAF7L
  • TAF9
  • TAF9B
  • TBP
  • TOP3A
  • TOPBP1
  • TP53
  • TP53INP1
  • TP53RK
  • TPX2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • WRN
Bos taurus (cattle)
VEGFA-VEGFR2 Pathway
  • ABI1
  • ABI2
  • ARHA
  • AXL
  • BAIAP2
  • BCAR1
  • BRK1
  • C22H3ORF10
  • CDC42
  • CRK
  • CYBA
  • CYBB
  • CYFIP1
  • CYFIP2
  • DOCK1
  • ELMO2
  • FYN
  • HSP27
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPB1
  • HSPCA
  • ITGAV
  • ITGB3
  • KDR
  • MAPK11
  • MAPK13
  • MAPK14
  • MAPKAPK2
  • MAPKAPK3
  • NCF1
  • NCF2
  • NCF4
  • NCK1
  • NCK2
  • NCKAP1L
  • PAK2
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PTK2
  • PTK2B
  • PXN
  • RHO12
  • RHOA
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SH2D2A
  • SHB
  • SHC2
  • SRC
  • VAV1
  • VAV2
  • VAV3
  • VEGF
  • VEGFA
  • WASF1
  • WASF2
  • WASF3
Bos taurus (cattle)
Elevation of cytosolic Ca2+ levels
  • ITPR1
  • ITPR2
  • ITPR3
  • P2RX1
  • P2RX2
  • P2RX3
  • P2RX4
  • P2RX5
  • P2RX6
  • P2RX7
  • TRP6
  • TRPC3
  • TRPC6
  • TRPC7
Bos taurus (cattle)
Effects of PIP2 hydrolysis
  • DGKA
  • DGKB
  • DGKD
  • DGKE
  • DGKI
  • DGKK
  • DGKQ
  • DGKZ
  • ITPR1
  • ITPR2
  • ITPR3
  • PRKCD
  • PRKCH
  • PRKCQ
  • TRP6
  • TRPC3
  • TRPC6
  • TRPC7
Bos taurus (cattle)
TRP channels
  • MCOLN1
  • MCOLN2
  • MCOLN3
  • TRP6
  • TRPA1
  • TRPC1
  • TRPC3
  • TRPC4
  • TRPC4AP
  • TRPC5
  • TRPC6
  • TRPC7
  • TRPM4
  • TRPM5
  • TRPM7
  • TRPM8
  • TRPV1
  • TRPV2
  • TRPV3
  • TRPV4
  • TRPV5
  • TRPV6
Bos taurus (cattle)
Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins
  • ACE2
  • AGT
  • ATP6AP2
  • ATP6IP2
  • CES1
  • CPA3
  • CPB
  • CPB1
  • CPB2
  • CTSD
  • CTSZ
  • ENPEP
  • LOC100139881
  • LOC509956
  • LOC540321
  • LOC617313
  • MME
  • REN
  • SERPINA8
Bos taurus (cattle)
Sema3A PAK dependent Axon repulsion
  • FES
  • FYN
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPC3
  • HSPCA
  • HSPCB
  • LIMK1
  • NRP1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK3
  • PLXNA1
  • PLXNA2
  • PLXNA3
  • PLXNA4
  • SEMA3A
Bos taurus (cattle)
MAPK6/MAPK4 signaling
  • BORG1
  • CCND3
  • CDC14A
  • CDC14B
  • CDC2
  • CDC42
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP5
  • CDK1
  • CDKN1
  • CEP2
  • DNAJB1
  • ETV4
  • FOXO1
  • FOXO3
  • HSP27
  • HSPB1
  • MAPK4
  • MAPK6
  • MAPKAPK5
  • NCOA3
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK3
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RPS27A
  • SEPTIN7
  • SUG1
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • XPO1
Bos taurus (cattle)
Generation of second messenger molecules
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CD101
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • DYB
  • FYB
  • FYB1
  • GRAP2
  • HLA-DRA
  • ITK
  • LAT
  • LCK
  • LCP2
  • LOC100848815
  • NCK1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK3
  • PLCG1
  • PLCG2
  • TRAV29-1
  • ZAP70
Bos taurus (cattle)
RHOH GTPase cycle
  • ARHGDIA
  • ARHGDIG
  • ASCT2
  • BRWD2
  • CAV1
  • CSK
  • DBT
  • ERP27
  • FAM91A1
  • GBAS
  • JUP
  • LAMTOR1
  • LCK
  • MTR
  • NIPSNAP2
  • NSFL1C
  • OSBPL11
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK4
  • PAK5
  • PAK6
  • RALGAPA1
  • RHOH
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • STOM
  • TFRC
  • TMEM59
  • VANGL1
  • VCP
  • WDR11
  • ZAP70
Bos taurus (cattle)
Voltage gated Potassium channels
  • EAG
  • KCNA10
  • KCNA2
  • KCNA3
  • KCNA4
  • KCNA5
  • KCNA6
  • KCNA7
  • KCNAB1
  • KCNAB2
  • KCNAB3
  • KCNB1
  • KCNB2
  • KCNC1
  • KCNC3
  • KCNC4
  • KCND1
  • KCND2
  • KCND3
  • KCNF1
  • KCNG1
  • KCNG2
  • KCNG3
  • KCNG4
  • KCNH1
  • KCNH2
  • KCNH3
  • KCNH4
  • KCNH5
  • KCNH6
  • KCNH7
  • KCNH8
  • KCNQ1
  • KCNQ2
  • KCNQ3
  • KCNQ4
  • KCNQ5
  • KCNS1
  • KCNS2
  • KCNV2
  • KVB2
Bos taurus (cattle)
COPII-mediated vesicle transport
  • ANKRD28
  • AREG
  • BET1
  • CD59
  • CNIH
  • CNIH1
  • CSNK1D
  • CTSC
  • CTSZ
  • F5
  • F8
  • FOLR3
  • GOLGA2
  • GORASP1
  • GOSR2
  • GRIA1
  • HCKID
  • LMAN1
  • LMAN1L
  • LMAN2
  • LMAN2L
  • MCFD2
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NSF
  • PI
  • PPP6C
  • PPP6R1
  • PPP6R3
  • PREB
  • RAB1A
  • RAB1B
  • SAPS3
  • SAR1B
  • SCFD1
  • SEC13
  • SEC13L1
  • SEC16A
  • SEC16B
  • SEC22A
  • SEC22B
  • SEC22C
  • SEC23A
  • SEC23IP
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • SERPINA1
  • SNAPB
  • STX17
  • STX5
  • TBC1D20
  • TFG
  • TGFA
  • TMED10
  • TMP21
  • TRAPPC1
  • TRAPPC10
  • TRAPPC2
  • TRAPPC2L
  • TRAPPC3
  • TRAPPC4
  • TRAPPC5
  • TRAPPC6A
  • TRAPPC6B
  • TRAPPC9
  • USO1
  • VDP
  • VIPL
  • YKT6
Bos taurus (cattle)
Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network
  • ARFIP2
  • ARFRP1
  • ARL1
  • COG1
  • COG2
  • COG3
  • COG4
  • COG5
  • COG6
  • COG7
  • COG8
  • GCC1
  • GCC2
  • GOLGA1
  • GOLGA4
  • IGF2R
  • M6PR
  • M6PRBP1
  • NAPA
  • NAPB
  • NAPG
  • NSF
  • PLIN3
  • RAB6A
  • RAB6B
  • RAB9A
  • RAB9B
  • RABEPK
  • RGP1
  • RHOBTB3
  • RIC1
  • SCOC
  • SNAPB
  • STX10
  • STX16
  • STX6
  • SYS1
  • TMF1
  • VAMP4
  • VPS51
  • VPS52
  • VPS53
  • VPS54
  • VTI1A
Bos taurus (cattle)
Extra-nuclear estrogen signaling
  • AREG
  • BTC
  • CALM
  • CAV1
  • CAV2
  • EGFR
  • EPGN
  • EREG
  • ESR
  • ESR1
  • ESR2
  • GNAI1
  • GNAI2
  • GNAI3
  • GNAT3
  • GNB1
  • GNB2
  • GNB3
  • GNB4
  • GNB5
  • GNG10
  • GNG11
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG3
  • GNG4
  • GNG5
  • GNG7
  • GNG8
  • GNGT1
  • GNGT12
  • GNGT2
  • GNGT3
  • GNGT5
  • GNGT7
  • GNGT8
  • HBEGF
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPCA
  • IGF1R
  • MMP2
  • MMP3
  • MMP7
  • MMP9
  • NOS3
  • NR3A1
  • NR3A2
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PIK3R3
  • PRMT1
  • PTK2
  • S1PR3
  • SHC1
  • SPHK1
  • SRC
  • STRN
  • TGFA
  • ZDHHC21
  • ZDHHC7
Bos taurus (cattle)
ROS and RNS production in phagocytes
  • ATP6A1
  • ATP6B1
  • ATP6B2
  • ATP6C
  • ATP6D
  • ATP6E
  • ATP6G
  • ATP6G1
  • ATP6H
  • ATP6N1B
  • ATP6S14
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0A2
  • ATP6V0A4
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E
  • ATP6V0E1
  • ATP6V0E2
  • ATP6V1A
  • ATP6V1A1
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1B2
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1E2
  • ATP6V1F
  • ATP6V1G1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1G3
  • ATP6V1H
  • CYBA
  • CYBB
  • HVCN1
  • LOC101904667
  • NCF1
  • NCF2
  • NCF4
  • NOS1
  • NOS2
  • NOS3
  • RAC2
  • SLC11A1
  • TCIRG1
  • VATC
  • VATF
  • VPATPD
Bos taurus (cattle)
VEGFR2 mediated vascular permeability
  • CALM
  • CAV1
  • CDH5
  • CTNNA1
  • CTNNB1
  • CTNND1
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPCA
  • JUP
  • NOS3
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK3
  • PDPK1
  • VAV1
  • VAV2
  • VAV3
Bos taurus (cattle)
Tight junction interactions
  • F11R
  • JAM1
  • PARD3
  • PARD6A
  • PARD6B
  • PARD6G
  • PRKCI
Bos taurus (cattle)
HS-GAG biosynthesis
  • AGRN
  • EXT1
  • EXT2
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • HS2ST1
  • HS3ST1
  • HS3ST2
  • HS3ST3A1
  • HS3ST3B1
  • HS3ST5
  • HS3ST6
  • HS6ST2
  • HS6ST3
  • NDST1
  • NDST2
  • NDST4
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC4
  • SLC35D2
Bos taurus (cattle)
Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC
  • B2M
  • BOLA
  • BOLA-NC1
  • CALR
  • CANX
  • ERAP1
  • ERAP2
  • GRP78
  • HSPA5
  • PDIA3
  • SAR1B
  • SEC13
  • SEC13L1
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • TAP1
  • TAP2
  • TAPBP
  • canx
Bos taurus (cattle)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

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Last updated: August 19, 2024