GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 26 - 50 of 252 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▼
Keratan sulfate degradation
  • Lum
  • fmoda
  • gnsa
  • im:6910494
  • kera
  • lum
  • ogn
  • ogna
  • si:ch211-103f16.4
  • zgc:113456
  • zgc:113545
  • zgc:114066
  • zgc:86661
Danio rerio (zebrafish)
N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle
  • amfra
  • cdc48
  • engase
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • ngly1
  • psmc1
  • psmc1a
  • psmc1b
  • rad23ab
  • rps27a
  • saks1
  • tdsubc_1f2
  • uba52
  • ubxn1
  • vcp
  • wu:fa91f08
  • wu:fb05d04
  • wu:fj14c10
  • xx:tdsubc_1f2
  • zgc:123344
  • zgc:56516
  • zgc:66168
  • zgc:86923
Danio rerio (zebrafish)
Proton/oligopeptide cotransporters
  • PEPT1
  • fd47f07
  • slc15a1
  • slc15a1b
  • slc15a2
  • wu:fd47f07
Danio rerio (zebrafish)
Other interleukin signaling
  • IL-34
  • STX4A
  • csf1-2
  • csf1b
  • csf1r
  • fc21b12
  • fms
  • il34
  • im:7039434
  • si:ch211-239j19.3
  • si:dkey-220f10.3
  • stx4
  • txlna
  • wu:fc08c10
  • wu:fc21b12
  • zgc:158436
  • zgc:56272
Danio rerio (zebrafish)
Apoptotic cleavage of cellular proteins
  • IAP1
  • bcap31
  • birc2
  • birc3
  • casp10
  • casp3
  • casp3a
  • casp6
  • casp6a
  • casp7
  • casp8l2
  • fb09d10
  • fnta
  • fv43b11
  • im:6909421
  • mst4
  • prkcd
  • prkcda
  • satb1a
  • sb:cb955
  • si:bz30i22.4
  • si:ch211-195k18.2
  • si:rp71-30i22.4
  • stk24a
  • stk26
  • wu:fb09d10
  • wu:fb51d12
  • wu:fv43b11
  • wu:fz92f09
  • zgc:100890
  • zgc:110595
  • zgc:112960
  • zgc:158397
  • zgc:163071
  • zgc:175288
  • zgc:56389
  • zgc:56558
Danio rerio (zebrafish)
CREB3 factors activate genes
  • creb3l3
  • creb3l3b
  • fb72d02
  • goz1
  • mbtps1
  • mbtps2
  • s1p
  • s2p
  • wu:fb72d02
  • wu:fe06e05
  • wu:fk47a09
Danio rerio (zebrafish)
Aggrephagy
  • arl13b
  • arl2l1
  • cb741
  • cftr
  • dj1
  • dlc-1
  • dncli2
  • dnl2
  • dnl2l
  • dync1i2a
  • dync1li1
  • dynll2a
  • dynll2b
  • fc73a07
  • hdac6
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • im:7136154
  • park2
  • park7
  • prkn
  • rps27a
  • si:ch211-123f21.1
  • si:dkey-63j1.8
  • tdsubc_1f2
  • uba52
  • ube2n
  • ube2na
  • ube2v1
  • wu:fa91f08
  • wu:fb11b03
  • wu:fc08b06
  • wu:fc73a07
  • xx:tdsubc_1f2
  • zgc:110812
  • zgc:112390
  • zgc:123326
  • zgc:123344
  • zgc:55726
  • zgc:66081
  • zgc:66168
Danio rerio (zebrafish)
Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade
  • GRK1A
  • GUCA1D
  • METAP2
  • fk56b01
  • fk56e06
  • fnta
  • fntb
  • gcap1
  • gcap2
  • gcap3
  • gcap4
  • gcap5
  • gnat1
  • gng1
  • gngt1
  • grk1
  • grk1a
  • grk7-2
  • grk7b
  • guca1a
  • guca1aa
  • guca1ab.1
  • guca1b
  • guca1c
  • guca1d
  • guca1e
  • im:2601337
  • im:6909421
  • metap1
  • metap2
  • metap2b
  • nmt-1
  • nmt1
  • nmt1a
  • nmt2
  • rcv1a
  • rcvrna
  • rho
  • saga
  • si:rp71-1p14.1
  • wu:fb51d12
  • wu:fb98h06
  • wu:fb99h09
  • wu:fc15d01
  • wu:fc18a04
  • wu:fk53d06
  • wu:fk56b01
  • wu:fk56e06
  • wu:fz92f09
  • zfo2
  • zgc:110714
  • zgc:114180
  • zgc:158397
  • zgc:66109
  • zgc:66243
  • zgc:66250
  • zgc:73318
  • zgc:85885
  • zgc:86774
Danio rerio (zebrafish)
Organic anion transporters
  • MGC163045
  • blu
  • cb229
  • fa07h09
  • sb:cb229
  • sb:cb809
  • si:ch211-200a16.4
  • slc17a5
  • slc17a6
  • slc17a6b
  • slc17a7
  • slc17a7a
  • slc17a8
  • slc25a10
  • slc25a10b
  • slc25a11
  • slc25a18
  • slc25a1b
  • slc25a22
  • slc25a55a
  • slc25a55b
  • slc5a5
  • slc5a8
  • slc5a8l
  • smcte
  • vglut1
  • vglut2.1
  • vglut2a
  • vglut3
  • wu:fa07h09
  • wu:fa12h05
  • wu:fb72h03
  • zgc:153077
  • zgc:56592
  • zgc:56614
  • zgc:86898
Danio rerio (zebrafish)
PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases
  • LOC100004299
  • arhgap35a
  • crk
  • dock1
  • fb34h10
  • fc05a01
  • fi19g05
  • hrasb
  • hrasl
  • nras
  • ptk6b
  • pxn
  • pxna
  • rac1
  • rac1a
  • rasa1b
  • rhoac
  • wu:fb34h10
  • wu:fc05a01
  • wu:fc54a04
  • wu:fd16e02
  • wu:fi19g05
  • wu:fw71f12
  • zgc:100936
  • zgc:110734
  • zgc:153964
  • zgc:55823
  • zgc:55917
  • zgc:86934
Danio rerio (zebrafish)
Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3
  • LOC100150038
  • LOC100329358
  • LOC100331412
  • LOC100332229
  • LOC103908680
  • LOC108181627
  • LOC562770
  • LOC570661
  • LOC794549
  • NR3C4
  • ar
  • grip1
  • h2af1al
  • h2afvb
  • h2afvl
  • h2afx1
  • h2afza
  • h2av
  • h2ax1
  • h2az2a
  • h2az2b
  • h3-5
  • h3f3a
  • h3f3b.1
  • h3f3c
  • h3f3d
  • hist2h2l
  • im:6896397
  • jmjd2c
  • kdm4c
  • ncoa2
  • pkn1b
  • si:ch211-113a14.17
  • si:ch211-113a14.29
  • si:ch211-113a14.6
  • si:ch73-36p18.4
  • si:dkey-108k21.12
  • si:dkey-108k21.18
  • si:dkey-108k21.28
  • si:dkey-23a13.7
  • src2
  • tif2
  • wu:fd55d07
  • zgc:112234
  • zgc:113984
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:56685
Danio rerio (zebrafish)
Release of Hh-Np from the secreting cell
  • Gpc5a
  • disp2
  • gpc5
  • gpc5a
  • hha
  • ihh
  • ihha
  • notum1a
  • scube2
  • shh
  • shha
  • shhb
  • twhh
  • vhh1
  • you
Danio rerio (zebrafish)
Lysosphingolipid and LPA receptors
  • Lpar3
  • edg1
  • edg2
  • edg5
  • lpar1
  • lpar2a
  • lpar3
  • lpar5a
  • lpar6
  • lpar6l
  • p2ry5
  • s1pr1
  • s1pr2
  • s1pr5b
  • si:dz22b13.1
  • si:dz46m7.1
  • wu:fb62d01
  • zgc:101053
  • zgc:158362
  • zgc:66034
  • zgc:92157
Danio rerio (zebrafish)
Amino acids regulate mTORC1
  • RRAGB
  • atp6e
  • atp6v0cb
  • atp6v0d1
  • atp6v1ab
  • atp6v1ba
  • atp6v1c1
  • atp6v1c1a
  • atp6v1d
  • atp6v1e1
  • atp6v1e1b
  • atp6v1f
  • atp6v1g1
  • atp6v1h
  • atpv0e2
  • cb927
  • chunp6890
  • chunp6932
  • cto
  • fb52g11
  • fj35f08
  • frap1
  • gbl
  • lamtor2
  • lamtor3
  • lamtor4
  • lamtor5
  • lst8
  • mapksp1
  • mlst8
  • mtor
  • rheb
  • rptor
  • rraga
  • rragc
  • rragca
  • sh3bp4
  • sh3bp4a
  • si:dkey-176g4.2
  • slc38a9
  • tcirg1
  • tcirg1b
  • tor
  • vatB1
  • wu:fa12a02
  • wu:fb44e06
  • wu:fb52g11
  • wu:fc22h08
  • wu:fc68h09
  • wu:fc74d11
  • wu:fi46h07
  • wu:fj35f08
  • wu:fq38h02
  • zgc:109987
  • zgc:111904
  • zgc:111971
  • zgc:55524
  • zgc:56499
  • zgc:73144
  • zgc:73282
  • zgc:77708
  • zgc:92923
Danio rerio (zebrafish)
Nicotinate metabolism
  • cb1024
  • id:ibd5068
  • im:7144541
  • mibp
  • nadka
  • nadsyn1
  • nmnat1
  • nmnat2
  • nt5e
  • urk
  • zgc:110083
  • zgc:110243
  • zgc:63784
Danio rerio (zebrafish)
FRS-mediated FGFR3 signaling
  • dob
  • fb18e12
  • fc89b01
  • fgf-1
  • fgf-8
  • fgf1
  • fgf16
  • fgf17
  • fgf17b
  • fgf18
  • fgf18a
  • fgf2
  • fgf20a
  • fgf23
  • fgf4
  • fgf5
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgfr3
  • fj59e07
  • frs3
  • grb2
  • grb2a
  • grb2b
  • hrasb
  • hrasl
  • id:ibd5158
  • nras
  • sos1
  • wu:fb05c08
  • wu:fb18e12
  • wu:fb34e06
  • wu:fc89b01
  • wu:fj59e07
  • zgc:103549
  • zgc:110734
  • zgc:158274
  • zgc:73077
Danio rerio (zebrafish)
Collagen biosynthesis and modifying enzymes
  • COL11A1b
  • COL5A3a
  • LOC100003546x
  • LOC794872
  • alpha2(I)
  • alpha3(I)
  • bmp1a
  • cb216
  • cb479
  • cb816
  • col11a1
  • col11a1b
  • col1a1b
  • col1a2
  • col1a3
  • col27a1
  • col27a1b
  • col28a1
  • col28a1a
  • col28a1b
  • col28a1c
  • col28a1d
  • col2a1
  • col2a1a
  • col5a3
  • col5a3a
  • col8a1b
  • colgalt1
  • colgalt2
  • colgalt2b
  • coll2a1
  • diwanka
  • fb38c06
  • fb72h05
  • fc10c01
  • fc56b02
  • fj59a10
  • glt25d1
  • glt25d2
  • hm:zeh0348
  • hm:zehn2357
  • hsp
  • hsp47
  • id:ibd5060
  • im:6912725
  • lh2
  • mfn
  • p4ha1
  • p4ha1b
  • p4hb
  • pcolce2b
  • pcolceb
  • plod2
  • plod3
  • psmb3
  • serpinh1b
  • si:ch211-174d12.1
  • si:ch211-174d12.4
  • si:dkey-87l9.2
  • slc35c2
  • tld
  • tll1
  • tolloid
  • wu:fa95h05
  • wu:fa98d05
  • wu:fa99g10
  • wu:fb04c08
  • wu:fb11d06
  • wu:fb38c06
  • wu:fb54e07
  • wu:fb72f10
  • wu:fb72h05
  • wu:fb99e07
  • wu:fc10c01
  • wu:fc49g11
  • wu:fc56b02
  • wu:fc69d06
  • wu:fd02a10
  • wu:fi09e02
  • wu:fi27h11
  • wu:fj59a10
  • zehn2357
  • zgc:101868
  • zgc:194993
  • zgc:195010
  • zgc:55285
  • zgc:56058
  • zgc:63590
  • zgc:77328
  • zgc:92596
Danio rerio (zebrafish)
Downstream signaling of activated FGFR1
  • dob
  • fc89b01
  • fgf-1
  • fgf-10
  • fgf-3
  • fgf-8
  • fgf1
  • fgf10
  • fgf10a
  • fgf17
  • fgf17b
  • fgf2
  • fgf20a
  • fgf22
  • fgf23
  • fgf3
  • fgf4
  • fgf5
  • fgf6b
  • fgf8
  • fgf8a
  • fgfr1
  • fgfr1a
  • flrt1b
  • flrt2
  • id:ibd5158
  • kl
  • si:dkey-21e2.2
  • si:dkey-87k14.1
  • si:dkeyp-74c5.3
  • wu:fb05c08
  • wu:fc89b01
  • wu:fd11d03
  • zgc:109774
  • zgc:194535
Danio rerio (zebrafish)
Surfactant metabolism
  • NaPi-IIb2
  • a2aa
  • ada2a
  • adora2a.1
  • adora2aa
  • adora2b
  • cecr1
  • cecr1a
  • ckap4
  • dhhc2
  • etID42583.2
  • fb68b07
  • hbl3
  • hbl4
  • mbl
  • mbl2
  • scara5
  • si:ch211-284o19.5
  • si:dkey-13b16.1
  • slc34a2b
  • wu:fb68b07
  • wu:fi68d06
  • zdhhc2
  • zgc:109836
Danio rerio (zebrafish)
RAC2 GTPase cycle
  • CAV1
  • IQGAP1
  • LOC100004299
  • arhgap1
  • arhgap35a
  • arhgap42a
  • arhgdia
  • cav1
  • cb422
  • cb810
  • cb893
  • cdc42
  • cdc42a
  • cdc42ep4
  • cdc42ep4a
  • cyba
  • cybb
  • def6
  • dlg3
  • dock1
  • dsg2
  • dsg2.1
  • dsga
  • epha2
  • epha2a
  • fb55a05
  • fc45f07
  • fj62g06
  • fk03b12
  • fk61c06
  • hmp
  • id:ibd5152
  • im:7152854
  • im:7156663
  • iqgap1
  • itgb1
  • itgb1b
  • itgb1b.1
  • itgb1b.2
  • kinase
  • mpp7
  • mtx1
  • mtx1b
  • ncf1
  • ncf2
  • nckap1
  • ogr
  • ogre
  • pak2
  • pak2a
  • pik3ca
  • pik3r1
  • pik3r2
  • pik3r3a
  • rab-7
  • rab7
  • rab7a
  • rac2
  • racgap1
  • rtk6
  • samm50
  • samm50a
  • si:dkey-8l13.4
  • si:dz198m22.1
  • stb2
  • swap70b
  • swp70
  • tfr1a
  • trio
  • vamp3
  • vangl1
  • wu:cegs2891
  • wu:fa96g11
  • wu:fb07d08
  • wu:fb16a12
  • wu:fb55a05
  • wu:fb65b05
  • wu:fb71h01
  • wu:fb92c08
  • wu:fc07c04
  • wu:fc45f07
  • wu:fj62g06
  • wu:fk03b12
  • wu:fk56b03
  • wu:fk61c06
  • zgc:101675
  • zgc:110361
  • zgc:158405
  • zgc:55554
  • zgc:63918
  • zgc:64058
  • zgc:64144
  • zgc:66077
  • zgc:73230
  • zgc:77681
  • zgc:77839
  • zgc:85632
  • zgc:86686
  • zgc:86726
  • zgc:91798
  • zgc:91889
Danio rerio (zebrafish)
MAP2K and MAPK activation
  • ARAF
  • ERK1
  • araf
  • cb208
  • fa56c06
  • fi06b09
  • il17rd
  • lamtor2
  • lamtor3
  • map2k1
  • map2k2
  • map2k2a
  • mapk1
  • mapk3
  • mapksp1
  • mek1
  • mek2
  • morg1
  • sb:eu994
  • sef
  • si:ch211-242m18.2
  • wdr83
  • wu:fa56c06
  • wu:fi06b09
  • wu:fj56a12
  • wu:fj61b01
  • wu:fk45h07
  • zERK1
  • zERK2
  • zgc:123171
  • zgc:56557
  • zgc:92074
Danio rerio (zebrafish)
Apoptotic execution phase
  • bcap31
  • casp10
  • casp8l2
  • dnm1l
  • si:bz30i22.4
  • si:rp71-30i22.4
  • stk24a
  • zgc:163071
  • zgc:56389
Danio rerio (zebrafish)
Glycosphingolipid biosynthesis
  • B4GALNT1
  • b3gnt5
  • b3gnt5a
  • b4galnt1a
  • b4galt5
  • b4galt6
  • cb539
  • gal3st1
  • gal3st1a
  • sb:cb539
  • si:dkey-189j19.2
  • si:dkeyp-86g2.2
  • st3Gal-V
  • st3gal5
  • ugcg
  • ugt8
  • wu:fc08a12
  • zgc:112506
  • zgc:158609
  • zgc:55730
Danio rerio (zebrafish)
FRS-mediated FGFR4 signaling
  • dob
  • fb18e12
  • fc89b01
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  • fgf-8
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Danio rerio (zebrafish)
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Danio rerio (zebrafish)

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Last updated: August 19, 2024