GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 201 - 225 of 252 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▼ Organism GlyTouCan ID
Chondroitin sulfate biosynthesis
  • DC
  • bcan
  • bgn
  • bgna
  • chst11
  • chst12b.2
  • chst15
  • chst3b
  • chsy1
  • chys1
  • cspg2b
  • dcan
  • dcn
  • decorin
  • fb99b07
  • fi32a12
  • ncanb
  • si:dkey-26i13.3
  • vcanb
  • wu:fb99b07
  • wu:fc27h05
  • wu:fc27h06
  • wu:fi32a12
  • zgc:64191
  • zgc:91989
Danio rerio (zebrafish)
A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis
  • DC
  • Gpc2
  • Gpc5a
  • Gpc6a
  • SDC4
  • b3galt6
  • b3gat2
  • bcan
  • bgn
  • bgna
  • cb440
  • chunp6920
  • cspg2b
  • dcan
  • dcn
  • decorin
  • fb99b07
  • fc47a08
  • fe05f10
  • fi32a12
  • gal3st4
  • gpc1
  • gpc2
  • gpc3
  • gpc4
  • gpc4/6
  • gpc5
  • gpc5a
  • gpc6
  • gpc6a
  • gpc6l
  • im:6970974
  • kny
  • knypek
  • ncanb
  • sdc2
  • sdc4
  • sdc4l
  • si:ch1073-86a3.1
  • vcanb
  • wu:fb99b07
  • wu:fc47a08
  • wu:fc47g09
  • wu:fe05f10
  • wu:fi32a12
  • xylt1
  • zgc:103676
  • zgc:194854
  • zgc:91925
  • zgc:91989
Danio rerio (zebrafish)
EPH-Ephrin signaling
  • D160
  • EphA3
  • RTK2
  • al1
  • efna1
  • efna1b
  • efna2
  • efna3
  • efna3b
  • efna5
  • efna5b
  • efnb1
  • efnb2b
  • efnb3
  • efnb3b
  • ek1
  • ek2
  • epha2
  • epha2a
  • epha3
  • epha4
  • epha4a
  • epha4b
  • epha7
  • ephb4a
  • ephrin-A3
  • eplg6
  • eplg7
  • fc10d03
  • fc51g03
  • hm:zeh0344
  • id:ibd2782
  • id:ibd5049
  • id:ibd5152
  • lerk6
  • lerk7
  • rtk2
  • rtk5
  • rtk6
  • si:dkey-23k6.1
  • wu:fc10d03
  • wu:fc51g03
  • zeh0344
  • zek1
  • zek2
  • zgc:100772
  • zgc:111938
Danio rerio (zebrafish)
Iron uptake and transport
  • Cul1
  • DMT1
  • LOC555483
  • aco1
  • cand1
  • cb141
  • cb193
  • cb426
  • cp
  • cul1a
  • cybrd1
  • fa07b10
  • fb06g09
  • fb78a05
  • fbxl5
  • fc27c04
  • fj01a11
  • fj24b11
  • fpn1
  • fth
  • fth1
  • fth1a
  • fth1b
  • fthl
  • fthl27
  • fthl28
  • fthl29
  • fthl31
  • hm:zeh0800
  • hm:zeh1145
  • hmox1
  • hmox1a
  • hmox2b
  • id:ibd5130
  • id:ibd5159
  • im:7160217
  • irp1
  • lcn15
  • nedd8l
  • pcft
  • ptgds
  • ptgdsa
  • ptgdsb
  • ptgdsb.1
  • ptgdsb.2
  • ptgdsl
  • sb:cb141
  • si:ch211-14a17.5
  • si:zc14a17.5
  • skp1
  • skp1a
  • slc11a2
  • slc39a1
  • slc40a1
  • slc46a1
  • wu:fa07b10
  • wu:fb06g09
  • wu:fb10b10
  • wu:fb11h03
  • wu:fb15e12
  • wu:fb78a05
  • wu:fc13a10
  • wu:fc27c04
  • wu:fi23f10
  • wu:fj01a11
  • wu:fj24b11
  • wu:fj24c01
  • wu:fo75b03
  • wu:fq18c10
  • zeh1145
  • zgc:136699
  • zgc:153704
  • zgc:153919
  • zgc:158768
  • zgc:194505
  • zgc:194526
  • zgc:198419
  • zgc:55729
  • zgc:55747
  • zgc:65984
  • zgc:73186
  • zgc:77500
  • zgc:92245
  • zgc:92768
Danio rerio (zebrafish)
Myogenesis
  • Ctnna2
  • MEF2B
  • R-cadherin
  • boc
  • cb507
  • cb553
  • cb641
  • cdh2
  • cdh4
  • cdon
  • ctnna1
  • ctnnb1
  • etID309781.16
  • fa16d03
  • fk53b11
  • mapk11
  • mapk12b
  • mapk14
  • mapk14b
  • mef2D
  • mef2b
  • mef2d
  • mrf4
  • myf-5
  • myf5
  • myf6
  • myod
  • myod1
  • myog
  • pac
  • rcad
  • si:ch211-125m10.1
  • si:dkey-14d8.5
  • tcf12
  • tcf3a
  • tcf3b
  • wu:fa10c03
  • wu:fa16d03
  • wu:fb94b11
  • wu:fc50h03
  • wu:fk53b11
  • zgc:100763
  • zgc:109833
  • zgc:110509
  • zgc:136316
  • zgc:158240
  • zgc:86905
Danio rerio (zebrafish)
Degradation of the extracellular matrix
  • Capn1
  • DC
  • E-cad
  • MMPLf
  • ZFMMP-9
  • bcan
  • capn1
  • capn1a
  • capn2a
  • capn5a
  • capn7
  • capn9
  • capns1
  • capns1a
  • capns1b
  • cb386
  • cb536
  • cb545
  • cb616
  • cdh1
  • ctsk
  • ctsl
  • ctsl.1
  • dcn
  • decorin
  • fa18a08
  • fb77d06
  • fi32a12
  • fj05a08
  • fj67g01
  • im:6910535
  • mmp14a
  • mmp2
  • mmp30
  • mmp9
  • sb:cb386
  • si:ch211-202f3.4
  • si:dkey-239j18.2
  • si:dkey-269i1.3
  • si:dkey-46g23.4
  • spp1
  • wu:fa18a08
  • wu:fa95f03
  • wu:fa99h12
  • wu:fb02g06
  • wu:fb07b05
  • wu:fb08b05
  • wu:fb72b09
  • wu:fb77d06
  • wu:fb81g08
  • wu:fi32a12
  • wu:fi98c09
  • wu:fj05a08
  • wu:fj67g01
  • wu:fk89d01
  • wu:fl09e04
  • zgc:110367
  • zgc:110603
  • zgc:111821
  • zgc:113590
  • zgc:136396
  • zgc:136872
  • zgc:153446
  • zgc:162184
  • zgc:171446
  • zgc:171735
  • zgc:63788
  • zgc:64165
  • zgc:92089
  • zgc:92451
Danio rerio (zebrafish)
Atorvastatin ADME
  • CYP3A
  • abcc2
  • cyp3a65
  • cyp3c1
  • cyp3c4
  • fk84f07
  • im:7158298
  • pon1
  • pon2
  • si:dkey-217k21.8
  • slco1c1
  • slco1e1
  • slco2b1
  • wu:fa96d12
  • wu:fc26b04
  • wu:fi40d02
  • wu:fk84f07
  • zgc:123110
  • zgc:123236
  • zgc:153269
  • zgc:56626
  • zgc:66072
  • zgc:77556
  • zgc:91887
Danio rerio (zebrafish)
CRMPs in Sema3A signaling
  • CRMP-5a
  • DPYSL5
  • LOC568402
  • cdk5
  • cdk5r1a
  • crmp5.1
  • dpysl3
  • dpysl5a
  • fc28b06
  • fynb
  • im:7146614
  • np-1
  • nrp1
  • nrp1a
  • plxna1
  • plxna1b
  • plxna2
  • plxna3
  • plxna4
  • sema3ab
  • semaz1b
  • wu:fc28b06
  • zgc:101604
  • zgc:194104
  • zgc:194109
Danio rerio (zebrafish)
The retinoid cycle in cones (daylight vision)
  • CRALBPb
  • dgat2
  • dhrs3b
  • ik:tdsubc_1f3
  • lws1
  • lws2
  • opn1lw1
  • opn1lw2
  • opn1sw1
  • opn1sw2
  • rdops
  • rlbp1
  • rlbp1b
  • sws1
  • tdsubc_1f3
  • uvops
  • xx:tdsubc_1f3
  • zgc:101705
  • zgc:77766
Danio rerio (zebrafish)
The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision)
  • CRALBPb
  • RDHA
  • RDHB
  • cyp4v2
  • cyp4v2a
  • dhrs9
  • im:6901729
  • im:7136890
  • lrat
  • lrata
  • rbp1
  • rbp1.1
  • rbp1b
  • rdh1
  • rdh10a
  • rdh12
  • rdh1l
  • rdh5
  • rho
  • rlbp1
  • rlbp1b
  • rpe65a
  • rpepa
  • sb:eu611
  • si:dkey-102c8.5
  • wu:fb64b07
  • wu:fd50b03
  • wu:fj43a10
  • zfo2
  • zgc:100825
  • zgc:154161
  • zgc:73286
  • zgc:77766
  • zgc:92430
Danio rerio (zebrafish)
RHO GTPases activate PKNs
  • CPI-17
  • Pp1alpha-96A
  • im:7147597
  • mbs
  • mypt1
  • pdpk1b
  • pkn1b
  • pkn2
  • pkn3
  • ppp1cbl
  • ppp1r12a
  • ppp1r14a
  • ppp1r14aa
  • prk2
  • prkcl2
  • rac1
  • rac1a
  • rhoac
  • wu:fa14b10
  • wu:fd16e02
  • zgc:110700
  • zgc:55823
  • zgc:55917
  • zgc:64169
  • zgc:77318
  • zgc:86934
Danio rerio (zebrafish)
TP53 Regulates Metabolic Genes
  • COX4I1
  • D244
  • PGI
  • RRAGB
  • TXN
  • cb116
  • cb58
  • coi
  • coii
  • coiii
  • cox1
  • cox11
  • cox16
  • cox19
  • cox2
  • cox20
  • cox3
  • cox4i1
  • cox5a
  • cox5aa
  • cox5ba
  • cox6a1
  • cox6b1
  • cox7a2l
  • cox7a3
  • cox7b
  • cox7c
  • coxi
  • coxii
  • coxiii
  • cyc
  • ddit4
  • fa92g05
  • fam36a
  • fb15h09
  • fb93e02
  • fe38c12
  • fk47c09
  • frap1
  • gbl
  • glsl
  • gpi
  • gpib
  • hm:zeh0438
  • hm:zehl0637
  • hm:zehn0976
  • im:6898613
  • im:6904550
  • im:7154392
  • lamtor2
  • lamtor3
  • lamtor4
  • lamtor5
  • lst8
  • mapksp1
  • mg:bb02d03
  • mlst8
  • mt-co1
  • mt-co2
  • mt-co3
  • mtco1
  • mtco2
  • mtco3
  • mtor
  • ndufa4
  • ndufa4a
  • ndufa4l
  • ns:zf-e250
  • pgi-2
  • prdx1
  • prdx2
  • prdx5
  • prkaa1
  • prkab1a
  • prkag1
  • rheb
  • rptor
  • rraga
  • rragc
  • rragca
  • sb:cb130
  • sco2
  • sesn2
  • si:dkey-161j23.2
  • si:dkey-176g4.2
  • si:dkey-222f2.8
  • slc38a9
  • surf1
  • tigara
  • tor
  • txn
  • wu:fa91b01
  • wu:fa92g05
  • wu:fa94c10
  • wu:fa94d09
  • wu:fb02e12
  • wu:fb15h09
  • wu:fb33b01
  • wu:fb36f06
  • wu:fb48f06
  • wu:fb51h04
  • wu:fb93e02
  • wu:fc22h08
  • wu:fc68h09
  • wu:fd12h04
  • wu:fe38c12
  • wu:fi22e10
  • wu:fj32b09
  • wu:fj35d07
  • wu:fj49c05
  • wu:fj56d06
  • wu:fk47c09
  • wu:fk86h02
  • wu:fp89f04
  • wu:fq19b09
  • ywhab
  • ywhab2
  • ywhabb
  • ywhabl
  • ywhae
  • ywhae1
  • ywhag
  • ywhag2
  • ywhah
  • ywhaq
  • ywhaq1
  • ywhaq2
  • ywhaqa
  • ywhaqb
  • ywhaz
  • zeh0438
  • zgc:103782
  • zgc:109989
  • zgc:110058
  • zgc:110300
  • zgc:110343
  • zgc:111971
  • zgc:112318
  • zgc:114165
  • zgc:158646
  • zgc:162286
  • zgc:55377
  • zgc:55499
  • zgc:56499
  • zgc:56564
  • zgc:63883
  • zgc:63896
  • zgc:66312
  • zgc:73065
  • zgc:73144
  • zgc:73316
  • zgc:77062
  • zgc:77351
  • zgc:92228
  • zgc:92631
  • zgc:92891
  • zgc:92903
Danio rerio (zebrafish)
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures
  • COL11A1b
  • COL5A3a
  • alpha2(I)
  • alpha3(I)
  • col11a1
  • col11a1b
  • col1a1b
  • col1a2
  • col1a3
  • col27a1
  • col27a1b
  • col2a1
  • col2a1a
  • col5a3
  • col5a3a
  • coll2a1
  • fb38c06
  • fc10c01
  • fj59a10
  • hm:zeh0348
  • hm:zehn2357
  • si:dkey-87l9.2
  • wu:fa95h05
  • wu:fa98d05
  • wu:fa99g10
  • wu:fb04c08
  • wu:fb11d06
  • wu:fb38c06
  • wu:fb54e07
  • wu:fc10c01
  • wu:fd02a10
  • wu:fj59a10
  • zehn2357
Danio rerio (zebrafish)
Collagen biosynthesis and modifying enzymes
  • COL11A1b
  • COL5A3a
  • LOC100003546x
  • LOC794872
  • alpha2(I)
  • alpha3(I)
  • bmp1a
  • cb216
  • cb479
  • cb816
  • col11a1
  • col11a1b
  • col1a1b
  • col1a2
  • col1a3
  • col27a1
  • col27a1b
  • col28a1
  • col28a1a
  • col28a1b
  • col28a1c
  • col28a1d
  • col2a1
  • col2a1a
  • col5a3
  • col5a3a
  • col8a1b
  • colgalt1
  • colgalt2
  • colgalt2b
  • coll2a1
  • diwanka
  • fb38c06
  • fb72h05
  • fc10c01
  • fc56b02
  • fj59a10
  • glt25d1
  • glt25d2
  • hm:zeh0348
  • hm:zehn2357
  • hsp
  • hsp47
  • id:ibd5060
  • im:6912725
  • lh2
  • mfn
  • p4ha1
  • p4ha1b
  • p4hb
  • pcolce2b
  • pcolceb
  • plod2
  • plod3
  • psmb3
  • serpinh1b
  • si:ch211-174d12.1
  • si:ch211-174d12.4
  • si:dkey-87l9.2
  • slc35c2
  • tld
  • tll1
  • tolloid
  • wu:fa95h05
  • wu:fa98d05
  • wu:fa99g10
  • wu:fb04c08
  • wu:fb11d06
  • wu:fb38c06
  • wu:fb54e07
  • wu:fb72f10
  • wu:fb72h05
  • wu:fb99e07
  • wu:fc10c01
  • wu:fc49g11
  • wu:fc56b02
  • wu:fc69d06
  • wu:fd02a10
  • wu:fi09e02
  • wu:fi27h11
  • wu:fj59a10
  • zehn2357
  • zgc:101868
  • zgc:194993
  • zgc:195010
  • zgc:55285
  • zgc:56058
  • zgc:63590
  • zgc:77328
  • zgc:92596
Danio rerio (zebrafish)
Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida
  • CHIA
  • ZP3
  • ZPC
  • b4galt1l
  • chia.1
  • chia.2
  • chia.3
  • chia.4
  • chia.5
  • chia.6
  • chioIIa
  • chioIa
  • chioIb
  • chit1
  • fa55e05
  • fe16c11
  • fi20d05
  • fj87h02
  • im:6902904
  • si:dkey-202n12.1
  • si:dkey-51e6none
  • spam1
  • wu:fa55e05
  • wu:fa55g10
  • wu:fb57c11
  • wu:fb61c11
  • wu:fb66f12
  • wu:fd61a02
  • wu:fe16c11
  • wu:fi13f01
  • wu:fi20d05
  • wu:fj87h02
  • zfZPC
  • zgc:114017
  • zgc:153827
  • zgc:154116
  • zgc:158668
  • zgc:162961
  • zgc:173556
  • zgc:55406
  • zgc:55941
  • zgc:56053
  • zgc:63792
  • zgc:77889
  • zgc:77912
  • zp2
  • zp2.2
  • zp2a
  • zp2l1
  • zp2l2
  • zp2v2
  • zp3
  • zp3.2
  • zp3.3
  • zp3a.2
  • zp3al
  • zp3b
  • zp3d.1
  • zp3e
  • zpb2b
  • zpb2c
  • zpc1-2
  • zpc2
  • zpc3
  • zpc4a-1
  • zpc6
Danio rerio (zebrafish)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
  • CH73-301C19.1
  • chst10
  • fuca1.2
  • fut8a
  • mgat2
  • wu:fb02a09
  • zgc:162268
Danio rerio (zebrafish)
Hedgehog 'on' state
  • CH211-265P12.8
  • LMP7
  • PA28-gamma
  • PSMA5
  • PSMB9A
  • PSMD10
  • Psma2
  • Su(fu)
  • Y
  • beta1
  • beta1ia
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  • pyk2
  • rac1
  • rac1a
  • rhoac
  • rock2
  • rock2a
  • rok2
  • sb:cb660
  • si:ch211-147g19.3
  • si:dkey-14d8.5
  • si:dz198m22.1
  • src
  • vegf
  • vegfa
  • vegfaa
  • wu:fb07d08
  • wu:fb30e10
  • wu:fb65b05
  • wu:fb71h01
  • wu:fc56c10
  • wu:fd16e02
  • wu:fd20h08
  • wu:fi03a01
  • wu:fj62g06
  • zgc:103437
  • zgc:136222
  • zgc:158342
  • zgc:158405
  • zgc:55823
  • zgc:55917
  • zgc:63918
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  • zgc:64144
  • zgc:66077
  • zgc:86905
  • zgc:86934
  • zgc:91798
  • zgc:91856
  • zgc:92024
Danio rerio (zebrafish)
Synthesis of PC
  • CH1073-272H17.1
  • LOC566726
  • PEMT
  • abhd3
  • aytl2
  • cbe
  • cept1
  • cept1b
  • ces2
  • ces2a
  • chat
  • chkb
  • chpt1
  • ctl2
  • ctl4
  • fc21g05
  • im:6908784
  • lpcat1
  • mfsd2ab
  • nls1b
  • pctp
  • pcyt1aa
  • pcyt1b
  • pcyt1ba
  • pemt
  • phospho1
  • si:ch211-218c17.2
  • si:dkey-38l12.2
  • slc44a2
  • slc44a4
  • stard10
  • wu:fc21g05
  • zgc:110237
  • zgc:123305
  • zgc:153863
  • zgc:195139
  • zgc:195150
  • zgc:55479
  • zgc:92800
Danio rerio (zebrafish)
N-Glycan antennae elongation
  • CH1073-177A15.1
  • b4galt1l
  • b4galt2
  • b4galt4
  • b4galt5
  • b4galt6
  • cb394
  • fk70b01
  • id:ibd5161
  • im:7151092
  • mgat4bQ9UQ53
  • mgat5
  • mgat5a
  • si:ch211-261p7.4
  • si:dkeyp-4h4.2
  • siat 8C
  • siat4c
  • siat8
  • st3gal4
  • st8sia2
  • st8sia3
  • wu:fk70b01
  • zgc:101780
  • zgc:136939
  • zgc:154116
  • zgc:158162
  • zgc:55730
Danio rerio (zebrafish)
Class A/1 (Rhodopsin-like receptors)
  • CB1R
  • cb1
  • cb2a
  • cb2b
  • cnr1
  • cnr2
  • gpr183
  • gpr183a
  • gpr35.1
  • gpr39
  • hcar1-4
  • mel1ar
  • mel1br
  • mtnr1aa
  • mtnr1ar
  • mtnr1bb
  • mtnr1br
  • mtnr1br-2
  • oxgr1a.1
  • ptafr
  • zgc:136854
  • zgc:64187
Danio rerio (zebrafish)
Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane
  • CAV1
  • LRP6
  • ZG06
  • Zfz8b
  • Zwnt[a]
  • axin
  • axin1
  • cav1
  • cb383
  • dvl2
  • fz10
  • fz2
  • fz3
  • fz5
  • fz6
  • fz8
  • fz8a
  • fz8b
  • fz8c
  • fzA
  • fzc
  • fzd1
  • fzd2
  • fzd5
  • fzd8a
  • fzd8b
  • fzd8c
  • ik:tdsubc_1e1
  • int-1
  • lrp5
  • lrp6
  • sb:eu471
  • wnt-1
  • wnt-8
  • wnt-8b
  • wnt1
  • wnt3
  • wnt3 l
  • wnt3a
  • wnt3l
  • wnt8
  • wnt8a
  • wnt8b
  • wnt[a]
  • wu:fb70g09
  • wu:fc05d12
  • wu:fc07c04
  • wu:fd02c05
  • wu:fo71e09
  • wu:fp54a02
  • xx:tdsubc_1e1
  • zfz2
  • zfzA
  • zg02
  • zg03
  • zg05
  • zg08
  • zg10
  • zgc:194774
  • zgc:55372
Danio rerio (zebrafish)

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Last updated: August 19, 2024