GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1 - 25 of 252 in total
Pathway Name ▲ Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis
  • DC
  • Gpc2
  • Gpc5a
  • Gpc6a
  • SDC4
  • b3galt6
  • b3gat2
  • bcan
  • bgn
  • bgna
  • cb440
  • chunp6920
  • cspg2b
  • dcan
  • dcn
  • decorin
  • fb99b07
  • fc47a08
  • fe05f10
  • fi32a12
  • gal3st4
  • gpc1
  • gpc2
  • gpc3
  • gpc4
  • gpc4/6
  • gpc5
  • gpc5a
  • gpc6
  • gpc6a
  • gpc6l
  • im:6970974
  • kny
  • knypek
  • ncanb
  • sdc2
  • sdc4
  • sdc4l
  • si:ch1073-86a3.1
  • vcanb
  • wu:fb99b07
  • wu:fc47a08
  • wu:fc47g09
  • wu:fe05f10
  • wu:fi32a12
  • xylt1
  • zgc:103676
  • zgc:194854
  • zgc:91925
  • zgc:91989
Danio rerio (zebrafish)
ABC-family proteins mediated transport
  • CH211-265P12.8
  • LMP7
  • MRP
  • PA28-gamma
  • PSMA5
  • PSMB9A
  • PSMD10
  • Psma2
  • Psmb11b
  • Y
  • abcb9
  • abcc2
  • abcc4
  • abcc5
  • abcf1
  • beta1
  • beta1ia
  • beta2i
  • beta5
  • beta5ia
  • beta5tb
  • cb1019
  • cdc48
  • cftr
  • dZ52I16.4
  • derl2
  • eif2
  • eif2s1
  • eif2s1b
  • eif2s2
  • eif2s3
  • erlec1
  • erlin1
  • erlin2
  • etID309919.2
  • fa93g07
  • fb17c09
  • fb19d01
  • fb20g04
  • fb49a10
  • fc34f08
  • fj42d12
  • fj51h02
  • fk89d05
  • gankyrin
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • im:6909944
  • lmp2
  • lmp7
  • macropain
  • os9
  • prosome
  • psma1
  • psma2
  • psma2a
  • psma2b
  • psma3
  • psma4
  • psma5
  • psma6b
  • psma7
  • psma8
  • psmb1
  • psmb10
  • psmb11b
  • psmb12
  • psmb13a
  • psmb2
  • psmb3
  • psmb5
  • psmb6
  • psmb8
  • psmb8a
  • psmb9
  • psmb9a
  • psmc1
  • psmc1a
  • psmc1b
  • psmc2
  • psmc4
  • psmc5
  • psmc6
  • psmd1
  • psmd10
  • psmd11b
  • psmd12
  • psmd13
  • psmd14
  • psmd3
  • psmd4
  • psmd4a
  • psmd6
  • psmd7
  • psmd8
  • psme1
  • psme2
  • psme3
  • psme4b
  • rnf185
  • rps27a
  • sb:cb309
  • si:busm1-52i16.4
  • si:ch1073-183g13.2
  • si:dkey-21k4.3
  • si:dz202l16.5
  • si:dz52i16.4
  • si:rp71-45k5.4
  • si:zc14a17.13
  • tdsubc_1f2
  • uba52
  • unp309
  • unp310
  • vcp
  • wu:fa14g03
  • wu:fa66f04
  • wu:fa91f08
  • wu:fa93g07
  • wu:faa49c06
  • wu:fb05d04
  • wu:fb11d10
  • wu:fb17c09
  • wu:fb19c08
  • wu:fb19d01
  • wu:fb20g04
  • wu:fb23a11
  • wu:fb38a06
  • wu:fb49a10
  • wu:fb59c07
  • wu:fb79c06
  • wu:fb98h03
  • wu:fc26g03
  • wu:fc34f08
  • wu:fc39a05
  • wu:fc49f02
  • wu:fc85c10
  • wu:fe05d10
  • wu:fe38b10
  • wu:fi03c01
  • wu:fi15g10
  • wu:fj14c10
  • wu:fj22d05
  • wu:fj42d12
  • wu:fj51h02
  • wu:fj94a08
  • wu:fk28c01
  • wu:fk89d05
  • wu:fu10f07
  • wu:fu88b08
  • x
  • xx:tdsubc_1f2
  • y
  • zgc:109707
  • zgc:109823
  • zgc:110363
  • zgc:110436
  • zgc:110710
  • zgc:114044
  • zgc:123344
  • zgc:153838
  • zgc:162272
  • zgc:55284
  • zgc:55818
  • zgc:56176
  • zgc:56374
  • zgc:56377
  • zgc:56471
  • zgc:56516
  • zgc:63709
  • zgc:63995
  • zgc:65867
  • zgc:66072
  • zgc:66168
  • zgc:77084
  • zgc:77139
  • zgc:77369
  • zgc:77482
  • zgc:85667
  • zgc:86762
  • zgc:86820
  • zgc:86833
  • zgc:86851
  • zgc:86923
  • zgc:91842
  • zgc:92282
  • zgc:92464
  • zgc:92596
  • zgc:92716
  • zgc:92726
  • zgc:92791
Danio rerio (zebrafish)
ARMS-mediated activation
  • arms
  • crk
  • fb34h10
  • fc05a01
  • fi19g05
  • kidins220
  • kidins220b
  • ngf
  • ngfb
  • rap1a
  • rap1aa
  • wu:fb34h10
  • wu:fc05a01
  • wu:fc54a04
  • wu:fc66g06
  • wu:fi19g05
  • zgc:100936
  • zgc:86676
Danio rerio (zebrafish)
Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle
  • chat
  • rab3a
  • rab3ab
  • si:ch211-255d18.4
  • slc18a3a
  • syt1
  • syt1a
  • vamp2
  • wu:fj41c01
  • wu:fj61c06
  • wu:fk56d05
  • zgc:112516
  • zgc:73302
  • zgc:92899
Danio rerio (zebrafish)
Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3
  • LOC100150038
  • LOC100329358
  • LOC100331412
  • LOC100332229
  • LOC103908680
  • LOC108181627
  • LOC562770
  • LOC570661
  • LOC794549
  • NR3C4
  • ar
  • grip1
  • h2af1al
  • h2afvb
  • h2afvl
  • h2afx1
  • h2afza
  • h2av
  • h2ax1
  • h2az2a
  • h2az2b
  • h3-5
  • h3f3a
  • h3f3b.1
  • h3f3c
  • h3f3d
  • hist2h2l
  • im:6896397
  • jmjd2c
  • kdm4c
  • ncoa2
  • pkn1b
  • si:ch211-113a14.17
  • si:ch211-113a14.29
  • si:ch211-113a14.6
  • si:ch73-36p18.4
  • si:dkey-108k21.12
  • si:dkey-108k21.18
  • si:dkey-108k21.28
  • si:dkey-23a13.7
  • src2
  • tif2
  • wu:fd55d07
  • zgc:112234
  • zgc:113984
  • zgc:173585
  • zgc:173587
  • zgc:194998
  • zgc:56685
Danio rerio (zebrafish)
Activation of the phototransduction cascade
  • GNB1x
  • fb39f01
  • fk56e06
  • gnat1
  • gnb1b
  • gnb1l
  • gng1
  • gngt1
  • rho
  • wu:fb39f01
  • wu:fb98e06
  • wu:fj09d12
  • wu:fk53d06
  • wu:fk56e06
  • zfo2
  • zgc:55774
  • zgc:73318
Danio rerio (zebrafish)
Acyl chain remodelling of PC
  • aytl1
  • aytl2
  • cpla2
  • im:7137034
  • im:7138859
  • lpcat1
  • lpcat2
  • pla2g10
  • pla2g12a
  • pla2g3
  • pla2g4
  • pla2g4a
  • plbd1
  • plbd1a
  • rarres3l
  • tmem86a
  • tmem86b
  • zgc:101699
  • zgc:113571
  • zgc:153124
  • zgc:162119
Danio rerio (zebrafish)
Acyl chain remodelling of PG
  • aytl2
  • cpla2
  • crls1
  • fc21c12
  • fj66b10
  • lpcat1
  • lpgat1
  • pla2g10
  • pla2g12a
  • pla2g3
  • pla2g4
  • pla2g4a
  • si:dkey-30h14.2
  • wu:fc21c12
  • wu:fj66b10
  • zgc:112278
  • zgc:162119
  • zgc:85909
Danio rerio (zebrafish)
Acyl chain remodelling of PI
  • cpla2
  • im:7138859
  • leng4
  • mboat7
  • oact7
  • pla2g10
  • pla2g12a
  • pla2g4
  • pla2g4a
  • plbd1
  • plbd1a
  • rarres3l
  • zgc:101699
  • zgc:162119
Danio rerio (zebrafish)
Acyl chain remodelling of PS
  • cpla2
  • pla1a
  • pla2g10
  • pla2g12a
  • pla2g4
  • pla2g4a
  • rarres3l
  • zgc:162119
Danio rerio (zebrafish)
Adherens junctions interactions
  • E-cad
  • R-cadherin
  • cadm1b
  • cb903
  • cdh1
  • cdh10
  • cdh10a
  • cdh11
  • cdh17
  • cdh2
  • cdh4
  • cdh5
  • cdh6
  • cdhvn
  • fb65d02
  • nectin1b
  • nectin3
  • pac
  • pvrl1b
  • pvrl3l
  • rcad
  • rnasel2
  • rnasel3
  • rnasel4
  • sc:d0664
  • si:ch211-139g14.6
  • vnc
  • wu:fb65d02
  • zgc:103673
  • zgc:136316
Danio rerio (zebrafish)
Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor
  • adra2a
  • adra2b
  • adra2c
Danio rerio (zebrafish)
Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion
  • GNB1x
  • GNG5
  • [g]3
  • adcy5
  • adra2a
  • adra2c
  • fb39f01
  • fi21e06
  • gnai1
  • gnai2
  • gnai2b
  • gnb1b
  • gnb1l
  • gnb3a
  • gnb3l
  • gnb5a
  • gng1
  • gng12b
  • gng13b
  • gng3
  • gng5
  • gng7
  • gng8
  • gngt1
  • gngt2
  • gngt2a
  • id:ibd1139
  • ik:tdsubc_2c12
  • si:dkey-178j17.2
  • si:dkey-44g17.6
  • si:dkeyp-60a7.2
  • wu:fb39f01
  • wu:fb98e06
  • wu:fi21e06
  • wu:fj09d12
  • wu:fj56b02
  • wu:fk53d05
  • wu:fk53d06
  • xx:tdsubc_2c12
  • zgc:100880
  • zgc:110316
  • zgc:55774
  • zgc:56690
  • zgc:63957
  • zgc:73318
  • zgc:92641
  • zgc:92704
  • zgc:92709
  • zgc:92852
Danio rerio (zebrafish)
Adrenoceptors
  • adra1bb
  • adra2a
  • adra2b
  • adra2c
  • adrb1
  • adrb2b
  • zgc:103685
  • zgc:162188
  • zgc:194728
  • zgc:194731
Danio rerio (zebrafish)
Aggrephagy
  • arl13b
  • arl2l1
  • cb741
  • cftr
  • dj1
  • dlc-1
  • dncli2
  • dnl2
  • dnl2l
  • dync1i2a
  • dync1li1
  • dynll2a
  • dynll2b
  • fc73a07
  • hdac6
  • hm:zeh0386
  • ik:tdsubc_1f2
  • im:7136154
  • park2
  • park7
  • prkn
  • rps27a
  • si:ch211-123f21.1
  • si:dkey-63j1.8
  • tdsubc_1f2
  • uba52
  • ube2n
  • ube2na
  • ube2v1
  • wu:fa91f08
  • wu:fb11b03
  • wu:fc08b06
  • wu:fc73a07
  • xx:tdsubc_1f2
  • zgc:110812
  • zgc:112390
  • zgc:123326
  • zgc:123344
  • zgc:55726
  • zgc:66081
  • zgc:66168
Danio rerio (zebrafish)
Amine ligand-binding receptors
  • si:ch211-119b12.1
  • si:ch211-119b12.3
  • si:dkey-7c18.1
  • si:dkey-7c18.17
  • si:dkey-7c18.19
  • si:dkey-7c18.20
  • si:dkey-7c18.21
  • si:dkey-7c18.7
  • si:dkey-7c18.9
  • ta66
  • taar10a
  • taar12b
  • taar12e
  • taar12f
  • taar12g
  • taar13c
  • taar13e
  • taar14e
  • taar14f
  • taar15
  • taar66
  • taar69
  • taar72
  • zgc:194718
Danio rerio (zebrafish)
Amino acid transport across the plasma membrane
  • fa11f11
  • fc26e12
  • fc51c07
  • id:ibd1327
  • sb:cb519
  • si:ch211-132b12.1
  • si:ch211-154h20.4
  • si:zc101n13.5
  • slc16a10
  • slc1a4
  • slc1a5
  • slc25a29
  • slc36a4
  • slc38a2
  • slc38a3
  • slc38a5b
  • slc3a2b
  • slc43a1b
  • slc6a11
  • slc6a11a
  • slc6a15
  • slc6a18
  • slc6a19
  • slc6a19b
  • slc6a6
  • slc6a6b
  • slc7a1
  • slc7a1a
  • slc7a2
  • slc7a6
  • slc7a7
  • snat2
  • tau
  • taut
  • wu:fa01a01
  • wu:fa11f11
  • wu:fc26e12
  • wu:fc31c02
  • wu:fc48a10
  • wu:fc51c07
  • wu:fd58f10
  • wu:fe14a07
  • wu:fq18d12
  • zgc:114094
  • zgc:123300
  • zgc:158383
  • zgc:158423
  • zgc:172267
  • zgc:55813
  • zgc:66050
  • zgc:92015
  • zgc:92817
Danio rerio (zebrafish)
Amino acids regulate mTORC1
  • RRAGB
  • atp6e
  • atp6v0cb
  • atp6v0d1
  • atp6v1ab
  • atp6v1ba
  • atp6v1c1
  • atp6v1c1a
  • atp6v1d
  • atp6v1e1
  • atp6v1e1b
  • atp6v1f
  • atp6v1g1
  • atp6v1h
  • atpv0e2
  • cb927
  • chunp6890
  • chunp6932
  • cto
  • fb52g11
  • fj35f08
  • frap1
  • gbl
  • lamtor2
  • lamtor3
  • lamtor4
  • lamtor5
  • lst8
  • mapksp1
  • mlst8
  • mtor
  • rheb
  • rptor
  • rraga
  • rragc
  • rragca
  • sh3bp4
  • sh3bp4a
  • si:dkey-176g4.2
  • slc38a9
  • tcirg1
  • tcirg1b
  • tor
  • vatB1
  • wu:fa12a02
  • wu:fb44e06
  • wu:fb52g11
  • wu:fc22h08
  • wu:fc68h09
  • wu:fc74d11
  • wu:fi46h07
  • wu:fj35f08
  • wu:fq38h02
  • zgc:109987
  • zgc:111904
  • zgc:111971
  • zgc:55524
  • zgc:56499
  • zgc:73144
  • zgc:73282
  • zgc:77708
  • zgc:92923
Danio rerio (zebrafish)
Antagonism of Activin by Follistatin
  • actbb
  • actbetaB
  • fst
  • fst1
  • fsta
  • fstl3
  • inhbab
  • inhbal
  • inhbb
  • si:dkey-28h18.3
  • zgc:114170
  • zgc:158348
Danio rerio (zebrafish)
Antimicrobial peptides
  • INTL1
  • INTL2
  • INTL3
  • LOC793075
  • PGRP-SC1a
  • im:7150573
  • intl2
  • intl3
  • itln1
  • itln2
  • itln3
  • leap2
  • lys-C
  • lyz
  • nkl.4
  • nkld
  • pglyrp2
  • pglyrp5
  • pgrp-l
  • rnasel2
  • rnasel3
  • rnasel4
  • si:ch211-139g14.6
  • si:ch211-194p6.4
  • si:ch211-202c21.3
  • si:dkey-113g17.4
  • si:rp71-40n14.1
  • wu:fj22b05
  • zgc:136734
  • zgc:153267
  • zgc:194626
  • zgc:194647
Danio rerio (zebrafish)
Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins
  • E-cad
  • casp3
  • casp3a
  • cdh1
  • ctnnb1
  • dsg2
  • dsg2.1
  • dsga
  • dspa
  • ocln
  • oclna
  • wu:fd23h10
  • wu:fi13c01
  • zgc:100890
  • zgc:113992
  • zgc:56359
Danio rerio (zebrafish)
Apoptotic cleavage of cellular proteins
  • IAP1
  • bcap31
  • birc2
  • birc3
  • casp10
  • casp3
  • casp3a
  • casp6
  • casp6a
  • casp7
  • casp8l2
  • fb09d10
  • fnta
  • fv43b11
  • im:6909421
  • mst4
  • prkcd
  • prkcda
  • satb1a
  • sb:cb955
  • si:bz30i22.4
  • si:ch211-195k18.2
  • si:rp71-30i22.4
  • stk24a
  • stk26
  • wu:fb09d10
  • wu:fb51d12
  • wu:fv43b11
  • wu:fz92f09
  • zgc:100890
  • zgc:110595
  • zgc:112960
  • zgc:158397
  • zgc:163071
  • zgc:175288
  • zgc:56389
  • zgc:56558
Danio rerio (zebrafish)
Apoptotic execution phase
  • bcap31
  • casp10
  • casp8l2
  • dnm1l
  • si:bz30i22.4
  • si:rp71-30i22.4
  • stk24a
  • zgc:163071
  • zgc:56389
Danio rerio (zebrafish)
Arachidonate production from DAG
  • MGLL
  • abhd12
  • cb909
  • dagla
  • mgll
  • wu:fc66g01
  • zgc:56561
Danio rerio (zebrafish)
Arachidonic acid metabolism
  • cpla2
  • dgat2
  • faah2a
  • pla2g4
  • pla2g4a
Danio rerio (zebrafish)

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Last updated: August 19, 2024