GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 126 - 150 of 360 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▼ Organism GlyTouCan ID
Thyroxine biosynthesis
  • CGA
  • DUOX1
  • DUOX2
  • IYD
  • SLC5A5
  • TPO
  • TSHB
Sus scrofa (pig)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
  • CGA
  • CHST10
  • CHST8
  • FUCA1
  • FUT8
  • LHB
  • LOC100513844
  • MAN2A1
  • MAN2A2
  • MGAT2
Sus scrofa (pig)
Formation of the cornified envelope
  • CDSN
  • CELA2A
  • DSC1
  • DSC2
  • DSC3
  • DSG1
  • DSG2
  • DSG3
  • DSG4
  • DSP
  • ELA2
  • ELA2A
  • EVPL
  • JUP
  • Jup
  • KAZN
  • KLK12
  • KLK14
  • KLK5
  • LOC396866
  • PERP
  • PKP1
  • PKP2
  • PKP3
  • PKP4
  • PPL
  • RPTN
  • SPINK5
  • SPINK9
  • TCHH
  • TGM1
Sus scrofa (pig)
Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins
  • CDH1
  • CTNNB1
  • DSG1
  • DSG2
  • DSG3
  • DSP
  • OCLN
  • PKP1
  • TJP1
  • TJP2
Sus scrofa (pig)
Signal regulatory protein family interactions
  • CD47
  • DAP12
  • FYB1
  • GRB2
  • LOC100736623
  • LOC100739707
  • LOC102161654
  • PTK2B
  • SIRPA
  • SKAP2
  • TYROBP
Sus scrofa (pig)
Hyaluronan uptake and degradation
  • CD44
  • GUSB
  • HEXA
  • HEXB
  • HMMR
  • HYAL1
  • HYAL2
  • LYVE1
  • SLC9A1
  • STAB2
Sus scrofa (pig)
Other interleukin signaling
  • CD4
  • CSF1
  • CSF1R
  • CSF3
  • CSF3R
  • IFNLR1
  • IL10RB
  • IL16
  • IL29
  • IL34
  • JAK1
  • PTPRZ1
  • SDC1
  • STX1A
  • STX3
  • STX4
  • STXBP2
  • TXLNA
  • TYK2
  • VAMP2
Sus scrofa (pig)
TNFs bind their physiological receptors
  • CD27
  • CD70
  • EDA
  • EDAR
  • EDARADD
  • LTA
  • TNFB
  • TNFRSF11B
  • TNFRSF13B
  • TNFRSF17
  • TNFRSF18
  • TNFRSF1A
  • TNFRSF1B
  • TNFRSF25
  • TNFRSF4
  • TNFRSF9
  • TNFSF1
  • TNFSF11
  • TNFSF13
  • TNFSF13B
  • TNFSF15
  • TNFSF18
  • TNFSF4
  • TNFSF9
Sus scrofa (pig)
Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP)
  • CD26
  • DPP4
  • GIP
  • GPR119
Sus scrofa (pig)
Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1)
  • CD26
  • DPP4
  • FFAR4
  • GCG
  • GNB1
  • GNB3
  • GPR119
  • GPR120
  • GRP
  • LEP
  • O3FAR1
  • OB
  • OBS
Sus scrofa (pig)
Role of phospholipids in phagocytosis
  • CD247
  • CD3G
  • FCGR1A
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • IGKV5-2
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLA2G6
  • PLCG1
  • PLCG2
  • PLD1
  • PLD2
  • PLD3
  • PLD4
  • PLPP4
  • PLPP5
  • PRKCD
  • PRKCE
Sus scrofa (pig)
FCGR activation
  • CD247
  • CD3G
  • FCGR1A
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • FYN
  • HCK
  • IGKV5-2
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • LYN
  • SRC
  • YES1
Sus scrofa (pig)
Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • DRA
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100153139
  • PTPN22
  • SLA-DQA
  • SLA-DQA1
  • SLA-DQB1
  • SLA-DR
  • SLA-DRA
  • SLA-DRA1
  • SLA-DRB1
Sus scrofa (pig)
PD-1 signaling
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CSK
  • DRA
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100153139
  • PDCD1
  • PDCD1LG2
  • PTPN11
  • SLA-DQA
  • SLA-DQA1
  • SLA-DQB1
  • SLA-DR
  • SLA-DRA
  • SLA-DRA1
  • SLA-DRB1
Sus scrofa (pig)
Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CSK
  • DRA
  • HLA-DRA
  • LCK
  • LOC100153139
  • PAG1
  • PTPN22
  • PTPRC
  • SLA-DQA
  • SLA-DQA1
  • SLA-DQB1
  • SLA-DR
  • SLA-DRA
  • SLA-DRA1
  • SLA-DRB1
Sus scrofa (pig)
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures
  • CD151
  • COL10A1
  • COL11A1
  • COL11A2
  • COL15A1
  • COL18A1
  • COL1A1
  • COL1A2
  • COL24A1
  • COL27A1
  • COL2A1
  • COL3A1
  • COL4A1
  • COL4A2
  • COL4A3
  • COL4A4
  • COL4A5
  • COL5A1
  • COL5A2
  • COL5A3
  • COL6A1
  • COL6A2
  • COL6A3
  • COL6A5
  • COL6A6
  • COL8A2
  • COL9A1
  • COL9A2
  • COL9A3
  • CTSB
  • CTSL
  • CTSL1
  • DST
  • ITGA6
  • ITGB4
  • LAMA3
  • MEGF6
  • MMP13
  • MMP20
  • MMP3
  • MMP7
  • MMP9
  • PLEC
Sus scrofa (pig)
MyD88-independent TLR4 cascade
  • CD14
  • LY96
  • TICAM1
  • TICAM2
  • TLR4
Sus scrofa (pig)
Generation of second messenger molecules
  • CD101
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • DRA
  • FYB1
  • GRAP2
  • HLA-DRA
  • LAT
  • LCK
  • LCP2
  • LOC100153139
  • NCK1
  • PAK1
  • PAK2
  • PLCG1
  • PLCG2
  • SLA-DQA
  • SLA-DQA1
  • SLA-DQB1
  • SLA-DR
  • SLA-DRA
  • SLA-DRA1
  • SLA-DRB1
Sus scrofa (pig)
RHOBTB1 GTPase cycle
  • CCT2
  • COPS2
  • COPS4
  • CPSF7
  • CUL3
  • GPS1
  • HNRNPC
  • MYO6
  • PDE5A
  • RBBP6
  • RHOBTB1
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SRRM1
  • STK38
  • TRA2B
  • TXNL1
  • VIM
Sus scrofa (pig)
RNA polymerase II transcribes snRNA genes
  • CCNK
  • CCNT1
  • CCNT2
  • CDK7
  • CDK9
  • ELL2
  • ELL3
  • GTF2A1
  • GTF2A2
  • GTF2B
  • GTF2E1
  • GTF2E2
  • GTF2F1
  • ICE1
  • ICE2
  • INTS1
  • INTS10
  • INTS11
  • INTS12
  • INTS13
  • INTS2
  • INTS3
  • INTS4
  • INTS5
  • INTS6
  • INTS7
  • INTS8
  • INTS9
  • NABP2
  • NCBP1
  • NCBP2
  • PCF11
  • PHAX
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2L
  • POU2F1
  • POU2F2
  • RPAP2
  • RPRD1A
  • RPRD2
  • SNAPC1
  • SNAPC2
  • SNAPC3
  • SNAPC4
  • SNAPC5
  • SP1
  • SRRT
  • SSU72
  • SUPT4H1
  • SUPT5H
  • TAF11
  • TAF13
  • TAF5
  • TAF6
  • TAF8
  • TAF9
Sus scrofa (pig)
Generic Transcription Pathway
  • CCNC
  • CDK8
  • CRSP8
  • CRSP9
  • KRBA1
  • LOC100513362
  • LOC100513741
  • LOC100516085
  • LOC100516355
  • LOC100517149
  • LOC100517161
  • LOC100517751
  • LOC100519853
  • LOC100520720
  • LOC100520903
  • LOC100521069
  • LOC100525433
  • LOC100620238
  • LOC100626048
  • LOC100627241
  • LOC100737756
  • LOC100737823
  • LOC100738050
  • LOC100739480
  • LOC102164547
  • LOC102167305
  • LOC102167351
  • LOC110259370
  • LOC110261311
  • LOC110261312
  • LOC110261313
  • LOC110261321
  • MED1
  • MED10
  • MED12
  • MED13
  • MED14
  • MED15
  • MED16
  • MED17
  • MED20
  • MED23
  • MED24
  • MED25
  • MED26
  • MED27
  • MED30
  • MED4
  • MED6
  • MED7
  • MED8
  • PRDM7
  • TRIM28
  • ZBTB41
  • ZBTB48
  • ZFP1
  • ZFP14
  • ZFP2
  • ZFP28
  • ZFP37
  • ZFP69B
  • ZKSCAN1
  • ZKSCAN4
  • ZKSCAN5
  • ZKSCAN7
  • ZKSCAN8
  • ZNF10
  • ZNF112
  • ZNF114
  • ZNF133
  • ZNF140
  • ZNF16
  • ZNF175
  • ZNF18
  • ZNF180
  • ZNF181
  • ZNF184
  • ZNF189
  • ZNF200
  • ZNF202
  • ZNF205
  • ZNF213
  • ZNF23
  • ZNF235
  • ZNF248
  • ZNF25
  • ZNF26
  • ZNF263
  • ZNF274
  • ZNF282
  • ZNF286A
  • ZNF3
  • ZNF300
  • ZNF311
  • ZNF317
  • ZNF333
  • ZNF33B
  • ZNF34
  • ZNF354B
  • ZNF354C
  • ZNF383
  • ZNF394
  • ZNF397
  • ZNF445
  • ZNF446
  • ZNF45
  • ZNF471
  • ZNF483
  • ZNF484
  • ZNF496
  • ZNF529
  • ZNF546
  • ZNF550
  • ZNF555
  • ZNF558
  • ZNF565
  • ZNF566
  • ZNF567
  • ZNF568
  • ZNF569
  • ZNF577
  • ZNF582
  • ZNF583
  • ZNF594
  • ZNF596
  • ZNF599
  • ZNF606
  • ZNF614
  • ZNF619
  • ZNF621
  • ZNF624
  • ZNF658
  • ZNF662
  • ZNF664
  • ZNF668
  • ZNF672
  • ZNF684
  • ZNF688
  • ZNF689
  • ZNF697
  • ZNF70
  • ZNF703
  • ZNF704
  • ZNF706
  • ZNF71
  • ZNF713
  • ZNF74
  • ZNF75D
  • ZNF770
  • ZNF772
  • ZNF782
  • ZNF786
  • ZNF79
  • ZNF791
  • ZNF792
  • ZNF793
  • ZNF804B
  • ZNF839
  • ZNF883
  • ZSCAN25
Sus scrofa (pig)
SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription
  • CCNC
  • CCNK
  • CCNT1
  • CCNT2
  • CDK8
  • CDK9
  • E2F4
  • E2F5
  • FURIN
  • MADH3
  • MADH4
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MEN1
  • RBL1
  • RNF111
  • RPS27A
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • SMAD7
  • SP1
  • Smad7
  • TFDP1
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • WWTR1
Sus scrofa (pig)
TGF-beta receptor signaling activates SMADs
  • CBL
  • FKBP1A
  • FURIN
  • ITGA8
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • ITGB8
  • LTBP1
  • LTBP3
  • LTBP4
  • MADH3
  • MADH4
  • NEDD8
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFB3
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • TGFBR3
  • UBE2M
  • ZFYVE9
Sus scrofa (pig)
Negative regulation of FGFR4 signaling
  • CBL
  • FGF1
  • FGF16
  • FGF18
  • FGF19
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF23
  • FGF4
  • FGF6
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFR4
  • Fgf4
  • GRB2
  • KLB
  • MAPK1
  • MAPK3
  • PTPN11
  • RPS27A
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
Sus scrofa (pig)
Negative regulation of MET activity
  • CBL
  • EPS15
  • GRB2
  • HGF
  • HGS
  • LRIG1
  • MET
  • PTPN1
  • PTPN2
  • RPS27A
  • SH3GL1
  • SH3GL3
  • SH3KBP1
  • STAM
  • STAM2
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • USP8
Sus scrofa (pig)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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Last updated: August 19, 2024