GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 201 - 225 of 360 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▼ Organism GlyTouCan ID
ER-Phagosome pathway
  • B2M
  • CALR
  • LOC100513601
  • PDIA3
  • SLA-2
  • SLA-3
  • SLA-6
  • SLA-7
  • SLA-8
  • SNAP23
  • STX4
  • TAP1
  • TAP2
  • VAMP3
  • VAMP8
Sus scrofa (pig)
Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC
  • B2M
  • CALR
  • CANX
  • ERAP1
  • ERAP2
  • HSPA5
  • LOC100513601
  • PDIA3
  • SAR1B
  • SEC13
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • SLA-2
  • SLA-3
  • SLA-6
  • SLA-7
  • SLA-8
  • TAP1
  • TAP2
Sus scrofa (pig)
Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell
  • B2M
  • C3
  • CD1.1
  • CD1B
  • CD1D
  • CD200
  • CD200R1
  • CD22
  • CD226
  • CD247
  • CD300A
  • CD300C
  • CD300LF
  • CD300LG
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD40
  • CD40LG
  • CD81
  • CD8A
  • CD8B
  • CD96
  • CLEC2B
  • CLEC4G
  • CRTAM
  • CXADR
  • DAP10
  • DAP12
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • HCST
  • ICAM1
  • ICAM2
  • ICAM4
  • ICAM5
  • IFITM1
  • IFITM3
  • IGKV5-2
  • ITGA4
  • ITGAL
  • ITGB1
  • ITGB2
  • ITGB7
  • JAML
  • KIR2DL1
  • KLRB1
  • KLRF1
  • KLRK1
  • LOC100125542
  • LOC100513601
  • LOC100513863
  • LOC100515551
  • LOC100515837
  • LOC100515852
  • LOC100519082
  • LOC100521998
  • LOC100523213
  • LOC100626247
  • LOC102161418
  • LOC110260307
  • LOC110261034
  • MADCAM1
  • NCR2
  • NECTIN2
  • NPDC1
  • OSCAR
  • PIANP
  • PILRA
  • PVR
  • SIGLEC1
  • SIGLEC5
  • SLA-2
  • SLA-3
  • SLA-6
  • SLA-7
  • SLA-8
  • SLAMF7
  • TNFRSF5
  • TREM1
  • TREM2
  • TREML2
  • TYROBP
  • ULBP1
  • VCAM1
  • cd1d
  • pCD1A
Sus scrofa (pig)
Transport of organic anions
  • AVP
  • SLC16A2
  • SLCO1A2
  • SLCO1B2
  • SLCO1B3
  • SLCO1C1
  • SLCO2A1
  • SLCO2B1
  • SLCO3A1
  • SLCO4A1
  • SLCO4C1
Sus scrofa (pig)
Vasopressin-like receptors
  • AVP
  • AVPR1A
  • AVPR1B
  • AVPR2
  • OXT
  • OXTR
Sus scrofa (pig)
SUMOylation of DNA replication proteins
  • AURKB
  • BIRC5
  • CDCA8
  • CEP192
  • INCENP
  • LOC100627016
  • LOC110258677
  • MRNP41
  • NDC1
  • NUP107
  • NUP133
  • NUP153
  • NUP155
  • NUP160
  • NUP188
  • NUP205
  • NUP210
  • NUP214
  • NUP35
  • NUP37
  • NUP42
  • NUP43
  • NUP50
  • NUP58
  • NUP62
  • NUP85
  • NUP88
  • NUP93
  • NUP98
  • PCNA
  • PIAS3
  • PIAS4
  • POM121C
  • RAE1
  • RANBP2
  • RANGAP1
  • SEH1L
  • SMT3A
  • SMT3H2
  • SUMO1
  • SUMO2
  • SUMO3
  • TOP1
  • TOP2A
  • TOP2B
  • TPR
  • UBE2I
Sus scrofa (pig)
Ion channel transport
  • ATP6AP1
  • ATP6G2
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E2
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1H
  • TCIRG1
Sus scrofa (pig)
Transferrin endocytosis and recycling
  • ATP6AP1
  • ATP6G2
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E2
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1H
  • HFE
  • MCOLN1
  • STEAP3
  • STEAP4
  • TCIRG1
  • TF
  • TFR2
  • TFRC
Sus scrofa (pig)
Insulin receptor recycling
  • ATP6AP1
  • ATP6G2
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E2
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1H
  • CTSD
  • IDE
  • INS
  • INSR
  • PTPN1
  • PTPRF
  • TCIRG1
Sus scrofa (pig)
Formation of ATP by chemiosmotic coupling
  • ATP5A1
  • ATP5A2
  • ATP5F1A
  • ATP5F1B
  • ATP5F1C
  • ATP5F1E
  • ATP5I
  • ATP5J2
  • ATP5MC2
  • ATP5MC3
  • ATP5ME
  • ATP5MF
  • ATP5O
  • ATP5PO
  • ATP6
  • ATP8
  • ATPASE6
  • ATPASE8
  • DMAC2L
  • LOC100519871
  • MT-ATP6
  • MT-ATP8
  • MTATP6
  • MTATP8
Sus scrofa (pig)
Cristae formation
  • ATP5A1
  • ATP5A2
  • ATP5F1A
  • ATP5F1B
  • ATP5F1C
  • ATP5F1E
  • ATP5I
  • ATP5J2
  • ATP5MC2
  • ATP5MC3
  • ATP5ME
  • ATP5MF
  • ATP5O
  • ATP5PO
  • ATP6
  • ATP8
  • ATPASE6
  • ATPASE8
  • DMAC2L
  • LOC100519871
  • MT-ATP6
  • MT-ATP8
  • MTATP6
  • MTATP8
Sus scrofa (pig)
Basigin interactions
  • ATP1B1
  • ATP1B2
  • ATP1B3
  • BSG
  • CAV1
  • ITGA3
  • ITGA6
  • ITGB1
  • MAG
  • MMP1
  • PPIA
  • PPIL2
  • SLC16A3
  • SLC16A8
  • SLC3A2
  • SLC7A10
  • SLC7A11
  • SLC7A5
  • SLC7A7
  • SLC7A8
  • SLC7A9
  • SPN
Sus scrofa (pig)
Ion transport by P-type ATPases
  • ATP10A
  • ATP10B
  • ATP10D
  • ATP11A
  • ATP11B
  • ATP11C
  • ATP12A
  • ATP13A1
  • ATP13A2
  • ATP13A4
  • ATP13A5
  • ATP1A2
  • ATP1A3
  • ATP1B1
  • ATP1B2
  • ATP1B3
  • ATP2A1
  • ATP2A2
  • ATP2A3
  • ATP2B1
  • ATP2B2
  • ATP2B3
  • ATP2B4
  • ATP2C1
  • ATP2C2
  • ATP4A
  • ATP4B
  • ATP7A
  • ATP8A1
  • ATP8A2
  • ATP8B1
  • ATP8B2
  • ATP8B3
  • ATP8B4
  • ATP9A
  • ATP9B
  • CALM3
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • FXYD1
  • FXYD6
  • PDZD11
  • PDZK11
  • PLM
  • PLN
  • SRI
Sus scrofa (pig)
Cilium Assembly
  • ATAT1
  • HDAC6
  • MEC17
Sus scrofa (pig)
TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors
  • ATAD2
  • CGA
  • ESR
  • ESR1
  • LHB
  • NR3A1
Sus scrofa (pig)
Asparagine N-linked glycosylation
  • ASGR1
  • ASGR2
  • LOC110255214
  • UMOD
Sus scrofa (pig)
RET signaling
  • ARTN
  • CDC25C
  • DOK1
  • DOK2
  • DOK4
  • DOK5
  • DOK6
  • GAB1
  • GAB2
  • GDNF
  • GFRA1
  • GFRA2
  • GFRA3
  • GFRA4
  • GRB2
  • GRB7
  • Grb10
  • IRS2
  • MAPK7
  • NRTN
  • PDLIM7
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLCG1
  • PRKCA
  • PSPN
  • PTPN11
  • RAP1GAP
  • RET
  • SHC1
  • SHC3
  • SOS1
  • SRC
Sus scrofa (pig)
CS/DS degradation
  • ARSB
  • BCAN
  • BGN
  • CSPG4
  • CSPG5
  • DCN
  • HEXA
  • HEXB
  • HYAL1
  • IDS
  • IDUA
  • NCAN
  • VCAN
Sus scrofa (pig)
Glycosphingolipid catabolism
  • ARSA
  • ARSB
  • ARSD
  • ARSG
  • ARSI
  • ARSJ
  • ARSK
  • ARSL
  • ASAH1
  • ASAH2
  • CTSA
  • ENPP7
  • GALC
  • GBA2
  • GBA3
  • GLA
  • GLB1
  • GLB1L
  • GLB1L2
  • GLB1L3
  • GM2A
  • HEXA
  • HEXB
  • LOC100621771
  • M6PR
  • NEU1
  • NEU2
  • NEU3
  • NEU4
  • PSAP
  • SMPD1
  • SMPD2
  • SMPD3
  • SMPD4
  • STS
  • SUMF1
  • SUMF2
Sus scrofa (pig)
TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition)
  • ARHGEF18
  • CGN
  • F11R
  • PARD3
  • PARD6A
  • PRKCZ
  • RHOA
  • RPS27A
  • SMURF1
  • TGFB1
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
Sus scrofa (pig)
RHOH GTPase cycle
  • ARHGDIA
  • ARHGDIG
  • CAV1
  • CSK
  • DBT
  • FAM91A1
  • JUP
  • Jup
  • LAMTOR1
  • LCK
  • MTR
  • NIPSNAP2
  • NSFL1C
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK5
  • PAK6
  • RAB7A
  • RALGAPA1
  • RHOH
  • ROCK1
  • ROCK2
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • STOM
  • TFRC
  • TMEM59
  • TUBA1B
  • UACA
  • VAMP3
  • VANGL1
  • WDR11
Sus scrofa (pig)
Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration
  • ARHGAP35
  • MET
  • PLXNB1
  • RAC1
  • RHOA
  • RRAS
  • SEMA4D
Sus scrofa (pig)
RND3 GTPase cycle
  • ARHGAP21
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • CAV1
  • CCDC88A
  • CKAP4
  • CKB
  • CPD
  • DEPDC1B
  • DLG5
  • DSG1
  • DSP
  • DST
  • EPHA2
  • FAM83B
  • FLOT2
  • KCTD13
  • KTN1
  • LOC100516390
  • MUC13
  • NISCH
  • PICALM
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKP4
  • PLEKHG5
  • PTPN13
  • RASAL2
  • RBM39
  • RND3
  • ROCK1
  • SCRIB
  • SEMA4F
  • TMOD3
  • TNFAIP1
  • TXNL1
  • UBXN11
  • VANGL1
  • VANGL2
  • WDR6
Sus scrofa (pig)
RHOQ GTPase cycle
  • ARHGAP1
  • ARHGAP17
  • ARHGAP21
  • ARHGAP26
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • ARL13B
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPA
  • CDC42BPB
  • CDC42EP1
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP4
  • CFTR
  • CPNE8
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • FNBP1
  • GFOD1
  • GIT1
  • GIT2
  • GJA1
  • GOPC
  • IQGAP3
  • ITSN1
  • JUP
  • Jup
  • LAMTOR1
  • MPP7
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • RAB7A
  • RHOQ
  • SCRIB
  • SLC1A5
  • SLC4A7
  • SNAP23
  • SRGAP2
  • STEAP3
  • STOM
  • SYDE1
  • TFRC
  • TRIP10
  • VAMP3
  • VANGL1
  • WASL
  • WWP2
Sus scrofa (pig)
MET receptor recycling
  • ARF6
  • CRK
  • GAB1
  • GGA3
  • GRB2
  • HGF
  • MET
  • RAB4A
  • RAB4B
Sus scrofa (pig)

About Release Notes Help Feedback

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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Last updated: August 19, 2024