GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 276 - 300 of 557 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▼ Organism GlyTouCan ID
Opsins
  • BCP
  • OPN1LW
  • OPN1SW
  • OPN4
  • OPN5
  • RCP
  • RGR
  • RHO
  • RRH
Bos taurus (cattle)
The retinoid cycle in cones (daylight vision)
  • BCP
  • CRALBP
  • DHRS3
  • OPN1LW
  • OPN1SW
  • RBP3
  • RCP
  • RLBP1
Bos taurus (cattle)
CLEC7A (Dectin-1) signaling
  • BCL10
  • CARD9
  • CDC34
  • CHUK
  • CLEC7A
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PLCG2
  • PRKCD
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SRC
  • SUG1
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TRAF6
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
Activation of NF-kappaB in B cells
  • BCL10
  • CARD11
  • CHUK
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • MALT1
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • NFKBIB
  • NFKBIE
  • PRKCB
  • PRKCB1
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • REL
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
FCERI mediated NF-kB activation
  • BCL10
  • CARD11
  • CDC34
  • CHUK
  • CUL1
  • FBXW11
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • LYN
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PRKCQ
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RELA
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TRAF6
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
Downstream TCR signaling
  • BCL10
  • BLA-DQB
  • BOLA-DQA1
  • BOLA-DQA2
  • BOLA-DQA5
  • BOLA-DRA
  • BOLA-DRB2
  • BOLA-DRB3
  • BOLA-DYA
  • BOLA-DYB
  • BoLA-DIB
  • BoLA-DRA
  • BoLA-DYB
  • CARD11
  • CD247
  • CD3D
  • CD3E
  • CD3G
  • CD4
  • CDC34
  • CHUK
  • CUL1
  • DYB
  • FBXW11
  • HLA-DRA
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • INPP5D
  • LCK
  • LOC100848815
  • MALT1
  • MAP3K7
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKBIA
  • PDPK1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PRKCQ
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • PTEN
  • RELA
  • RIPK2
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • TAB2
  • TRAF6
  • TRAP2
  • TRAT1
  • TRAV29-1
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • bIkBa
Bos taurus (cattle)
Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin
  • BCHE
  • GCG
  • GH1
  • GHRL
  • IGF1
  • INS
  • LEP
  • MBOAT4
  • PCSK1
  • PLA2G7
  • SEC11A
  • SEC11C
  • SEC11L1
  • SPC18
  • SPCS1
  • SPCS2
  • SPCS3
  • ob
Bos taurus (cattle)
Downstream signal transduction
  • BCAR1
  • CRK
  • CRKL
  • GRB2
  • GRB7
  • KRAS
  • MGF
  • NCK1
  • NCK2
  • NRAS
  • PDGFA
  • PDGFB
  • PDGFRA
  • PDGFRB
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLCG1
  • PTPN11
  • RAPGEF1
  • RASA1
  • SOS1
  • SRC
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5A
  • STAT5B
  • STAT6
Bos taurus (cattle)
Apoptotic execution phase
  • BCAP31
  • CASP8
  • DNM1L
  • STK24
Bos taurus (cattle)
Dermatan sulfate biosynthesis
  • BCAN
  • BGN
  • CHST14
  • CSPG2
  • CSPG4
  • CSPG5
  • DCN
  • DSE
  • DSEL
  • NCAN
  • UST
  • VCAN
Bos taurus (cattle)
Chondroitin sulfate biosynthesis
  • BCAN
  • BGN
  • CHPF
  • CHPF2
  • CHST11
  • CHST13
  • CHST15
  • CHST3
  • CHST7
  • CHST9
  • CHSY1
  • CHSY3
  • CSGALNACT1
  • CSGALNACT2
  • CSPG2
  • CSPG4
  • CSPG5
  • DCN
  • NCAN
  • VCAN
Bos taurus (cattle)
Downregulation of TGF-beta receptor signaling
  • BAMBI
  • MTMR4
  • RPS27A
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD7
  • SMURF2
  • STRAP
  • STUB1
  • TGFB1
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Bos taurus (cattle)
Pyroptosis
  • BAK1
  • BAX
  • CASP1
  • CASP13
  • CASP3
  • CHMP2A
  • CHMP2B
  • CHMP3
  • CHMP4A
  • CHMP4B
  • CHMP4C
  • CHMP6
  • CHMP7
  • CYC
  • CYCS
  • ELANE
  • GSDMD
  • GSDME
  • GZMB
  • HMG1
  • HMGB1
  • IGIF
  • IL18
  • IL1A
  • IL1B
  • VPS24
Bos taurus (cattle)
Chromatin modifying enzymes
  • BAF190A
  • BRG1
  • BRWD1
  • PADI1
  • PADI2
  • PADI3
  • PADI4
  • PADI6
  • SMARCA4
  • SNF2B
  • SNF2L4
Bos taurus (cattle)
Interleukin-7 signaling
  • BAF190A
  • BRG1
  • BRWD1
  • IL2RG
  • IL7
  • IL7R
  • IRS1
  • IRS2
  • JAK1
  • JAK3
  • MGF
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PIK3R3
  • SMARCA4
  • SNF2B
  • SNF2L4
  • STAT3
  • STAT5A
  • STAT5B
Bos taurus (cattle)
Lactose synthesis
  • B4GALT1
  • GALT
  • GGTB2
  • GLUT1
  • SLC2A1
Bos taurus (cattle)
N-Glycan antennae elongation
  • B4GALT1
  • B4GALT2
  • B4GALT4
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • GALT
  • GGTB2
  • MGAT4A
  • MGAT4B
  • MGAT4C
  • MGAT5
  • ST3GAL4
  • ST8SIA2
  • ST8SIA3
Bos taurus (cattle)
O-linked glycosylation of mucins
  • B3GNT2
  • B3GNT4
  • B3GNT5
  • B3GNT6
  • B3GNT8
  • B3GNT9
  • B3GNTL1
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • C1GALT1
  • C1GALT1C1
  • CHST4
  • GALNT1
  • GALNT10
  • GALNT11
  • GALNT12
  • GALNT13
  • GALNT14
  • GALNT15
  • GALNT16
  • GALNT17
  • GALNT18
  • GALNT2
  • GALNT3
  • GALNT5
  • GALNT6
  • GALNT7
  • GALNT8
  • GALNTL1
  • GALNTL5
  • GCNT1
  • GCNT3
  • GCNT4
  • LOC789503
  • MUC1
  • MUC15
  • MUC2
  • MUC20
Bos taurus (cattle)
Lewis blood group biosynthesis
  • B3GALT2
  • B3GALT4
  • B4GALNT2
  • FUT10
  • FUT11
  • FUT2
  • FUT4
  • FUT6
  • FUT7
  • FUT9
  • SIAT10
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST3GAL6
  • ST6GALNAC6
Bos taurus (cattle)
Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC
  • B2M
  • BOLA
  • BOLA-NC1
  • CALR
  • CANX
  • ERAP1
  • ERAP2
  • GRP78
  • HSPA5
  • PDIA3
  • SAR1B
  • SEC13
  • SEC13L1
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • TAP1
  • TAP2
  • TAPBP
  • canx
Bos taurus (cattle)
Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters
  • B0AT2
  • NTT73
  • OCT1
  • SLC18A1
  • SLC18A2
  • SLC22A1
  • SLC22A2
  • SLC6A1
  • SLC6A11
  • SLC6A13
  • SLC6A15
  • SLC6A18
  • SLC6A19
  • SLC6A2
  • SLC6A20
  • SLC6A3
  • SLC6A5
  • SLC6A6
  • SLC6A7
  • SLC6A9
Bos taurus (cattle)
Regulation of ornithine decarboxylase (ODC)
  • AZIN1
  • NQO1
  • OAZ1
  • OAZ2
  • ODC
  • ODC1
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • SUG1
  • TRAP2
Bos taurus (cattle)
Degradation of AXIN
  • AXIN1
  • AXIN2
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMA8
  • PSMB1
  • PSMB10
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD4
  • PSMD5
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • PSMD9
  • PSME1
  • PSME2
  • PSME4
  • PSMF1
  • RNF146B
  • RPS27A
  • SMURF2
  • SUG1
  • TNKS
  • TNKS2
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Bos taurus (cattle)
TCF dependent signaling in response to WNT
  • AXIN1
  • AXIN2
  • CTNNB1
  • RNF146B
  • RPS27A
  • TNKS
  • TNKS2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • USP34
  • WNT1
  • WNT3
  • WNT3A
  • WNT5A
Bos taurus (cattle)
Arachidonic acid metabolism
  • AWAT1
  • CPLA2
  • FAAH
  • PLA2G4
  • PLA2G4A
Bos taurus (cattle)

About Release Notes Help Feedback

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: August 19, 2024