GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1 - 25 of 270 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID ▲ Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi
Gallus gallus (chicken)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
Gallus gallus (chicken)
Digestion of dietary carbohydrate
Gallus gallus (chicken)
Lysosomal oligosaccharide catabolism
Gallus gallus (chicken)
Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface
Gallus gallus (chicken)
Elastic fibre formation
  • FURIN
  • ITGB3
  • LOXL2
Gallus gallus (chicken)
G alpha (i) signalling events
  • ADORA1
  • ADRA2A
  • ADRA2C
  • APLN
  • APLNR
  • APLNR1
  • BDKRB1
  • CCL19
  • CCL20
  • CCL26
  • CCL4
  • CCLL4
  • CCLi10
  • CCLi6
  • CCLi7
  • CCLi8
  • CCLi9
  • CCR5
  • CCR7
  • CCR8
  • CCRa
  • CEF4
  • CHRM2
  • CM2
  • CX3CL1
  • CX3CR1
  • CXCL13
  • CXCL8
  • CXCR1
  • CXCR4
  • CXCR5
  • DRD3
  • DRD4
  • EMF1
  • EP3
  • GABBR2
  • GAL
  • GALR
  • GNAI1
  • GNAI2
  • GNAI3
  • GNAT2
  • GNAT3
  • GNB1
  • GNB3
  • GNB4
  • GNG10
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG5
  • GNGT2
  • GPER1
  • GPR1
  • GPR18
  • GPR37L1
  • GPR55
  • GPSM2
  • GRM3
  • Galphai3
  • HTR1B
  • HTR1D
  • HTR1E
  • HTR1F
  • IL8
  • LOC100857191
  • LOC101747503
  • LOC428525
  • LPAR1
  • LPAR3
  • MIP-3alpha
  • MTNR1B
  • NMS
  • NMU
  • NMUR1
  • NMUR2
  • NPBWR1
  • NPW
  • NPY
  • NPY1R
  • NPY2R
  • NPY4R
  • NPY5R
  • OPN3
  • OPN5
  • OPRK1
  • OPRL1
  • OPRM1
  • PENK
  • PMCH
  • PNOC
  • PPY
  • PTGER3
  • PYY
  • RGR
  • RGS17
  • RGS18
  • RGS20
  • RGS4
  • RGS5
  • RGS7
  • RGS8
  • RHO
  • RRH
  • S1PR2
  • SCYA4
  • SRC
  • SS1R
  • SS2
  • SS2R
  • SS3R
  • SST
  • SSTR1
  • SSTR2
  • SSTR4
  • SSTR5
  • SUCNR1
  • TAS2R1
  • TAS2R40
  • TAS2R7
  • UTS2R
  • XCL1
  • cOpn3m
  • k60
  • scyc1
Gallus gallus (chicken)
Class A/1 (Rhodopsin-like receptors)
  • CMKLR1
  • GPR132
  • GPR18
  • GPR39
  • GPR55
  • GPR65
  • MTNR1B
  • PTAFR
  • SUCNR1
Gallus gallus (chicken)
RET signaling
  • DOK1
  • FRS2
  • GDNFRA
  • GFRA1
  • GRB10
  • GRB2
  • PDLIM7
  • PIK3CB
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PRKCA
  • PTPN11
  • SHC1
  • SOS1
  • SRC
Gallus gallus (chicken)
Platelet degranulation
  • ABCC4
  • ACTG1
  • ACTN1
  • ACTN2
  • ALB
  • ANX5
  • ANXA5
  • APLP2
  • APOA1
  • CD9
  • CDC37L1
  • CLEC3B
  • F13A1
  • FAM3C
  • FAM49B
  • FN1
  • GTPBP2
  • HABP4
  • IGF1
  • IGF2
  • IMP-3
  • ITGB3
  • LHFPL2
  • OGCHI
  • OLA1
  • ORM1
  • PDGF-A (L)
  • PDGFA
  • PLG
  • QSCN6
  • QSOX
  • QSOX1
  • RARRES2
  • RCJMB04_1m12
  • SOX
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TIMP3
  • TOR4A
  • VCL
  • VEGFD
  • VINC1
  • VTI1B
  • mage
  • ogchi
Gallus gallus (chicken)
Peptide ligand-binding receptors
  • AGTR1
  • APLN
  • APLNR
  • APLNR1
  • BDKRB1
  • BRS3.5
  • CCK1R
  • CCKAR
  • ECE-1
  • EDN2
  • EDNRA
  • F2RL1
  • F2RL2
  • GAL
  • GALR
  • GPER1
  • GPR37L1
  • GRP
  • MC1R
  • MC4R
  • MC5R
  • MLNR
  • Mc1r
  • NMB
  • NMBR
  • NMS
  • NMU
  • NMUR1
  • NMUR2
  • NPBWR1
  • NPSR1
  • NPW
  • NPY
  • NPY1R
  • NPY2R
  • NPY4R
  • NPY5R
  • NTSR1
  • OPRK1
  • OPRL1
  • OPRM1
  • PENK
  • PMCH
  • PNOC
  • PPY
  • PROK2
  • PYY
  • SS1R
  • SS2
  • SS2R
  • SS3R
  • SST
  • SSTR1
  • SSTR2
  • SSTR4
  • SSTR5
  • TRH
  • TRHR
  • UTS2
  • UTS2R
  • XK
Gallus gallus (chicken)
Ub-specific processing proteases
  • ADRB2
  • ADRM1
  • AR
  • AXIN1
  • AXIN2
  • CCNA1
  • CCNA2
  • CDC20
  • ChALK5
  • DDB2
  • H2A-IX
  • H2AFX
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • HIST1H2B5L
  • LOC426037
  • LOC769000
  • MADH2
  • MADH3
  • MDM2
  • MYC
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMB1
  • PSMB2
  • PSMB7
  • PSMC2
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD7
  • PTRH2
  • RCJMB04_14i9
  • RCJMB04_23k2
  • RPS27A
  • RUVBL1
  • SIAH2
  • SKP2
  • SMAD1
  • SMAD3
  • SMAD7
  • SNX3
  • TGFBR1
  • TOMM20
  • TOMM70
  • TRAF6
  • UAF1
  • UBA80
  • UBB
  • USP12
  • USP15
  • USP34
  • USP44
  • Ufd1l
  • WDR20
  • WDR48
  • cpsmb7
Gallus gallus (chicken)
Assembly of the pre-replicative complex
  • ADRM1
  • CDC26
  • FZR1
  • MCM3
  • MCM4
  • MCM5
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMB1
  • PSMB2
  • PSMB7
  • PSMC2
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD7
  • RCJMB04_12e16
  • RCJMB04_14i9
  • RCJMB04_23k2
  • RCJMB04_9i8
  • RPS27A
  • UBA80
  • UBB
  • UBE2U
  • cpsmb7
Gallus gallus (chicken)
TNFR2 non-canonical NF-kB pathway
  • ADRM1
  • BAFF
  • CD40L
  • CD40LG
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMB1
  • PSMB2
  • PSMB7
  • PSMC2
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD7
  • RCJMB04_14i9
  • RCJMB04_23k2
  • TNFRSF1B
  • TNFSF13B
  • TNFSF5
  • TRAF3
  • cpsmb7
Gallus gallus (chicken)
WNT ligand biogenesis and trafficking
  • SNX3
  • TMED5
  • WLS
  • WNT-11
  • WNT-4
  • WNT10A
  • WNT11
  • WNT2
  • WNT3
  • WNT3A
  • WNT4
  • WNT5A
  • WNT7A
  • WNT7B
  • Wnt10a
  • Wnt3
  • Wnt6
  • Wnt8c
Gallus gallus (chicken)
Ca2+ pathway
  • CAMK2A
  • CTNNB1
  • FZ4
  • FZD3
  • FZD4
  • GNAO1
  • GNAT2
  • GNB1
  • GNB3
  • GNB4
  • GNG10
  • GNG12
  • GNG13
  • GNG2
  • GNG5
  • GNGT2
  • KRAS
  • LEF1
  • OXLD1
  • PDE6B
  • PDE6b
  • PLCB1
  • RCJMB04_23k16
  • WNT-11
  • WNT11
  • WNT5A
Gallus gallus (chicken)
PRC2 methylates histones and DNA
  • AEBP2
  • DNMT3A
  • Dnmt3a
  • EED
  • H2A-IX
  • H2AF
  • H2AFX
  • H2AZ2
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • H3-I
  • H3-II
  • H3-III
  • H3-IV
  • H3-IX
  • H3-V
  • H3-VI
  • H3-VII
  • H3-VIII
  • H3-X
  • H4-I
  • H4-II
  • H4-III
  • H4-IV
  • H4-V
  • H4-VI
  • H4-VII
  • HIST1H2B5L
  • LOC100859381
  • LOC426037
  • RBBP4
Gallus gallus (chicken)
Keratan sulfate biosynthesis
  • B3GNT2
  • B4GALT2
  • B4GALT6
  • CHST2
  • FMOD
  • KERA
  • LDC
  • LUM
  • OGN
  • SIAT4A
  • ST3GAL1
Gallus gallus (chicken)
Keratan sulfate degradation
  • FMOD
  • GNS
  • HEXB
  • KERA
  • LDC
  • LUM
  • OGN
Gallus gallus (chicken)
MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis
  • CCNC
  • H2A-IX
  • H2AF
  • H2AFX
  • H2AZ2
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • H3-I
  • H3-II
  • H3-III
  • H3-IV
  • H3-IX
  • H3-V
  • H3-VI
  • H3-VII
  • H3-VIII
  • H3-X
  • H4-I
  • H4-II
  • H4-III
  • H4-IV
  • H4-V
  • H4-VI
  • H4-VII
  • HIST1H2B5L
  • LOC100859381
  • LOC426037
  • MED1
  • MED17
  • MED20
  • MED30
  • MED31
  • MED4
  • MED7
  • NCOA1
  • RB1
  • RCJMB04_2k10
  • RXRA
  • TBL1XR1
  • TRFP
Gallus gallus (chicken)
Generic Transcription Pathway
  • CCNC
  • LOC101747670
  • MED1
  • MED17
  • MED20
  • MED30
  • MED31
  • MED4
  • MED7
  • TRFP
  • ZNF704
  • ZNF706
Gallus gallus (chicken)
Downregulation of TGF-beta receptor signaling
  • BAMBI
  • ChALK5
  • LOC769000
  • MADH2
  • MADH3
  • PMEPA1
  • RPS27A
  • SMAD3
  • SMAD7
  • STRAP
  • STUB1
  • TGFB1
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • UBA80
  • UBB
Gallus gallus (chicken)
Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity
  • ATP1B4
  • LOC769000
  • MADH2
  • MADH3
  • RPS27A
  • SKI
  • SKIL
  • SMAD3
  • UBA80
  • UBB
Gallus gallus (chicken)
Signaling by Activin
  • ACVR1C
  • ACVR2A
  • INHBB
  • LOC769000
  • MADH2
  • MADH3
  • SMAD3
  • TGFBR3
Gallus gallus (chicken)
TGF-beta receptor signaling activates SMADs
  • ChALK5
  • FKBP12
  • FURIN
  • ITGB3
  • LOC769000
  • MADH2
  • MADH3
  • SMAD3
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • TGFBR3
  • ZFYVE9
Gallus gallus (chicken)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


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Last updated: February 17, 2025