GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 276 - 300 of 360 in total
Pathway Name Protein Name ▼ UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation
  • ABI1
  • ABI2
  • ABL1
  • ACTB
  • ACTG1
  • ACTR3
  • ARPC1A
  • ARPC1B
  • ARPC2
  • ARPC3
  • ARPC5
  • BAIAP2
  • BRK1
  • CD247
  • CD3G
  • CDC42
  • CRK
  • CYFIP1
  • CYFIP2
  • DOCK1
  • ELMO2
  • FCGR1A
  • FCGR2B
  • FCGR3A
  • GRB2
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPCA
  • IGKV5-2
  • LIMK1
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MYH9
  • MYO10
  • MYO1C
  • MYO9B
  • NCK1
  • NCKAP1
  • NCKAP1L
  • NCKIPSD
  • NF2
  • PAK1
  • RAC1
  • VAV1
  • VAV2
  • WASF2
  • WASF3
  • WASL
  • WIPF1
Sus scrofa (pig)
Synthesis of PC
  • ABHD3
  • ACHE
  • CEPT1
  • CHAT
  • CHKA
  • CHKB
  • CHPT1
  • CK2N
  • CSNK2A1
  • CSNK2A2
  • CSNK2B
  • CTL2
  • CTL4
  • LPCAT1
  • LPIN1
  • LPIN2
  • LPIN3
  • MFSD2A
  • PCTP
  • PCYT1A
  • PCYT1B
  • PEMT
  • PHOSPHO1
  • SLC44A1
  • SLC44A2
  • SLC44A3
  • SLC44A4
  • STARD10
  • STARD7
  • TPPT1
Sus scrofa (pig)
TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors
  • ATAD2
  • CGA
  • ESR
  • ESR1
  • LHB
  • NR3A1
Sus scrofa (pig)
Ion homeostasis
  • AHCYL1
  • ASPH
  • ATP1A2
  • ATP1A3
  • ATP1B1
  • ATP1B2
  • ATP1B3
  • ATP2A1
  • ATP2A2
  • ATP2A3
  • ATP2B1
  • ATP2B2
  • ATP2B3
  • ATP2B4
  • CALM3
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • DMPK
  • FKBP1B
  • FXYD1
  • FXYD6
  • ITPR1
  • ITPR3
  • NOS1
  • PLM
  • PLN
  • RYR2
  • RYR3
  • SLC8A2
  • SLC8A3
  • SRI
  • STIM1
  • TRDN
  • TRPC1
Sus scrofa (pig)
Ion channel transport
  • ATP6AP1
  • ATP6G2
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E2
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1H
  • TCIRG1
Sus scrofa (pig)
Transferrin endocytosis and recycling
  • ATP6AP1
  • ATP6G2
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E2
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1H
  • HFE
  • MCOLN1
  • STEAP3
  • STEAP4
  • TCIRG1
  • TF
  • TFR2
  • TFRC
Sus scrofa (pig)
Insulin receptor recycling
  • ATP6AP1
  • ATP6G2
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E2
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1H
  • CTSD
  • IDE
  • INS
  • INSR
  • PTPN1
  • PTPRF
  • TCIRG1
Sus scrofa (pig)
Ion transport by P-type ATPases
  • ATP10A
  • ATP10B
  • ATP10D
  • ATP11A
  • ATP11B
  • ATP11C
  • ATP12A
  • ATP13A1
  • ATP13A2
  • ATP13A4
  • ATP13A5
  • ATP1A2
  • ATP1A3
  • ATP1B1
  • ATP1B2
  • ATP1B3
  • ATP2A1
  • ATP2A2
  • ATP2A3
  • ATP2B1
  • ATP2B2
  • ATP2B3
  • ATP2B4
  • ATP2C1
  • ATP2C2
  • ATP4A
  • ATP4B
  • ATP7A
  • ATP8A1
  • ATP8A2
  • ATP8B1
  • ATP8B2
  • ATP8B3
  • ATP8B4
  • ATP9A
  • ATP9B
  • CALM3
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • FXYD1
  • FXYD6
  • PDZD11
  • PDZK11
  • PLM
  • PLN
  • SRI
Sus scrofa (pig)
Phase 4 - resting membrane potential
  • IRK1
  • KCNJ12
  • KCNJ14
  • KCNJ2
  • KCNJ4
  • KCNK1
  • KCNK10
  • KCNK12
  • KCNK13
  • KCNK15
  • KCNK16
  • KCNK17
  • KCNK3
  • KCNK4
  • KCNK5
  • KCNK6
  • KCNK7
  • KCNK9
Sus scrofa (pig)
Formation of ATP by chemiosmotic coupling
  • ATP5A1
  • ATP5A2
  • ATP5F1A
  • ATP5F1B
  • ATP5F1C
  • ATP5F1E
  • ATP5I
  • ATP5J2
  • ATP5MC2
  • ATP5MC3
  • ATP5ME
  • ATP5MF
  • ATP5O
  • ATP5PO
  • ATP6
  • ATP8
  • ATPASE6
  • ATPASE8
  • DMAC2L
  • LOC100519871
  • MT-ATP6
  • MT-ATP8
  • MTATP6
  • MTATP8
Sus scrofa (pig)
Cristae formation
  • ATP5A1
  • ATP5A2
  • ATP5F1A
  • ATP5F1B
  • ATP5F1C
  • ATP5F1E
  • ATP5I
  • ATP5J2
  • ATP5MC2
  • ATP5MC3
  • ATP5ME
  • ATP5MF
  • ATP5O
  • ATP5PO
  • ATP6
  • ATP8
  • ATPASE6
  • ATPASE8
  • DMAC2L
  • LOC100519871
  • MT-ATP6
  • MT-ATP8
  • MTATP6
  • MTATP8
Sus scrofa (pig)
Regulation of insulin secretion
  • ABCC8
  • CACNA1D
  • CACNA1E
  • CACNA2D2
  • CACNB2
  • CACNB3
  • GLUT1
  • GLUT2
  • RAPGEF3
  • RAPGEF4
  • SLC2A1
  • SLC2A2
Sus scrofa (pig)
Hyaluronan biosynthesis and export
  • ABCC5
  • CEMIP
  • HAS1
  • HAS3
  • SHAS2
  • shas3
Sus scrofa (pig)
The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision)
  • ABCA4
  • CYP4V2
  • LOC100626199
  • LRAT
  • RBP1
  • RBP3
  • RBP4
  • RDH10
  • RDH11
  • RDH12
  • RDH5
  • RHO
  • RHO1
  • SDR9C7
  • STRA6
  • TTR
Sus scrofa (pig)
Surfactant metabolism
  • A2AR
  • ABCA3
  • ADA2
  • ADGRF5
  • ADORA2A
  • ADORA2B
  • ADRA2A
  • ADRA2C
  • CCDC59
  • CKAP4
  • CTSH
  • GATA6
  • LMCD1
  • NAPSA
  • P2RY2
  • PGA
  • SFTPB
  • SFTPC
  • SFTPD
  • SLC34A1
  • SLC34A2
  • SP-C
  • TTF1
  • ZDHHC2
Sus scrofa (pig)
Ovarian tumor domain proteases
  • APC
  • CDK1
  • ESR
  • ESR1
  • NR3A1
  • OTUB1
  • OTUB2
  • OTUD3
  • OTUD7A
  • OTUD7B
  • P53
  • PTEN
  • RHOA
  • RIPK1
  • RNF128
  • RPS27A
  • TNFAIP3
  • TNIP1
  • TNIP2
  • TNIP3
  • TP53
  • TRAF3
  • TRAF6
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • UBE2D1
  • VCPIP1
  • YOD1
  • ZRANB1
Sus scrofa (pig)
Apoptotic cleavage of cellular proteins
  • ACIN1
  • APC
  • BCAP31
  • BIRC2
  • BMX
  • CASP6
  • CASP7
  • CASP8
  • CLSPN
  • PRKCD
  • ROCK1
  • SATB1
  • STK24
Sus scrofa (pig)
LDL clearance
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2M1
  • AP2S1
  • APOB
  • CES3
  • CLTA
  • CLTC
  • LDLR
  • LDLRAP1
  • LIPA
  • NCEH1
  • NPC1
  • NPC2
  • PCSK9
  • SOAT1
  • SOAT2
Sus scrofa (pig)
Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis
  • AAK1
  • ADRB2
  • AGTR1
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2M1
  • AP2S1
  • APOB
  • AREG
  • ARRB1
  • ARRB2
  • AVP
  • AVPR2
  • BTC
  • CBL
  • CD3D
  • CD3G
  • CD4
  • CFTR
  • CHRM2
  • CLTA
  • CLTB
  • CLTC
  • COPS2
  • COPS3
  • COPS4
  • COPS5
  • COPS6
  • COPS7A
  • COPS7B
  • DTR
  • DVL2
  • DYT1
  • EGF
  • EGFR
  • EPN1
  • EPN2
  • EPS15
  • EPS15L1
  • EREG
  • FCHO1
  • FCHO2
  • FZD4
  • GPS1
  • GRB2
  • GRK2
  • GRK3
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HGS
  • IGF2R
  • IL7R
  • ITSN1
  • ITSN2
  • KIAA0319
  • LDLR
  • LDLRAP1
  • M6PR
  • NECAP1
  • NECAP2
  • NEDD8
  • PICALM
  • REPS1
  • REPS2
  • RPS27A
  • SCARB2
  • SH3GL1
  • SH3GL3
  • SH3KBP1
  • SLC18A3
  • SLC2A8
  • SNAP91
  • STAM
  • STAM2
  • STON1
  • SYT1
  • SYT2
  • SYT8
  • SYT9
  • TACR1
  • TF
  • TFRC
  • TGFA
  • TOR1A
  • TOR1B
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • UBQLN1
  • UBQLN2
  • VAMP2
  • VAMP3
  • VAMP4
  • VAMP8
  • WNT5A
Sus scrofa (pig)
Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein
  • ALG1
  • ALG12
  • ALG14
  • ALG2
  • ALG3
  • ALG8
  • ALG9
  • DPAGT1
  • MPDU1
Sus scrofa (pig)
HSF1-dependent transactivation
  • AKT1S1
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • CRYAB
  • HSBP1
  • HSF1
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPA1B
  • HSPA1L
  • HSPA8
  • HSPB8
  • HSPCA
  • MLST8
  • MTOR
  • RPTOR
Sus scrofa (pig)
VxPx cargo-targeting to cilium
  • ARF4
  • ASAP1
  • CNGA4
  • CNGB1
  • EXOC1
  • EXOC2
  • EXOC3
  • EXOC5
  • EXOC6
  • EXOC7
  • EXOC8
  • GBF1
  • PKD1
  • PKD2
  • RAB11
  • RAB11A
  • RAB11FIP3
  • RAB3IP
  • RAB8A
  • RHO
  • RHO1
Sus scrofa (pig)
CDC42 GTPase cycle
  • ABR
  • ARAP1
  • ARAP2
  • ARAP3
  • ARFGAP2
  • ARFGAP3
  • ARHGAP1
  • ARHGAP10
  • ARHGAP17
  • ARHGAP20
  • ARHGAP21
  • ARHGAP22
  • ARHGAP24
  • ARHGAP26
  • ARHGAP27
  • ARHGAP29
  • ARHGAP30
  • ARHGAP31
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP4
  • ARHGAP44
  • ARHGAP45
  • ARHGAP5
  • ARHGAP9
  • ARHGDIA
  • ARHGDIG
  • ARHGEF10
  • ARHGEF11
  • ARHGEF12
  • ARHGEF15
  • ARHGEF16
  • ARHGEF19
  • ARHGEF25
  • ARHGEF26
  • ARHGEF5
  • ARHGEF6
  • ARHGEF7
  • ARHGEF9
  • BAIAP2
  • BCR
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPA
  • CDC42BPB
  • CDC42EP1
  • CDC42EP2
  • CDC42EP3
  • CDC42EP4
  • CDC42EP5
  • CDC42SE2
  • CHN1
  • CPNE8
  • DAAM1
  • DEF6
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • DNMBP
  • DOCK10
  • DOCK11
  • DOCK6
  • DOCK7
  • DOCK8
  • DOCK9
  • ECT2
  • FAM13B
  • FARP1
  • FGD1
  • FGD2
  • FGD3
  • FGD4
  • FMNL1
  • FMNL2
  • FMNL3
  • FNBP1
  • FNBP1L
  • GIT1
  • GIT2
  • GMIP
  • GNA13
  • GOLGA2
  • IQGAP2
  • IQGAP3
  • ITSN1
  • JUP
  • Jup
  • KCTD3
  • KTN1
  • LAMTOR1
  • LBR
  • MAP3K11
  • MCF2
  • MCF2L
  • MYO9B
  • NGEF
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK5
  • PAK6
  • PARD6A
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLD1
  • PLEKHG1
  • PLEKHG2
  • PLEKHG3
  • PREX1
  • PREX2
  • RAB7A
  • RACGAP1
  • RASGRF2
  • SCRIB
  • SH3PXD2A
  • SHKBP1
  • SNAP23
  • SRGAP1
  • SRGAP2
  • SRGAP3
  • STARD8
  • STEAP3
  • STOM
  • SYDE1
  • TAGAP
  • TFRC
  • TIAM1
  • TRIO
  • VAMP3
  • VANGL1
  • VAV2
  • WASL
  • WDR81
  • WDR91
  • WIPF1
  • YKT6
Sus scrofa (pig)
MET receptor recycling
  • ARF6
  • CRK
  • GAB1
  • GGA3
  • GRB2
  • HGF
  • MET
  • RAB4A
  • RAB4B
Sus scrofa (pig)
trans-Golgi Network Vesicle Budding
  • ARF1
  • GBF1
  • SNAP23
  • STX4
  • VAMP2
  • VAMP8
Sus scrofa (pig)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: August 19, 2024