GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 126 - 150 of 361 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Scavenging by Class B Receptors
  • APOA1
  • APOB
  • CD36
  • SCARB1
Sus scrofa (pig)
Cilium Assembly
  • ATAT1
  • HDAC6
  • MEC17
Sus scrofa (pig)
Heme biosynthesis
  • ABCG2
  • ABCG2A
  • ALAD
  • ALAS1
  • ALAS2
  • ALB
  • BMDP
  • COX10
  • COX15
  • CPOX
  • FECH
  • FLVCR1
  • HMBS
  • PPOX
  • UROD
  • UROS
Sus scrofa (pig)
MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane
  • ECSIT
  • MAP3K1
  • TIRAP
  • TRAF6
Sus scrofa (pig)
Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R)
  • CILP
  • IGF1
  • IGF1R
  • IGF2
Sus scrofa (pig)
MHC class II antigen presentation
  • ACTR10
  • ACTR1A
  • ACTR1B
  • AP1B1
  • AP1G1
  • AP1M1
  • AP1M2
  • AP1S1
  • AP1S3
  • AP2A1
  • AP2A2
  • AP2M1
  • AP2S1
  • ARF1
  • ARP11
  • CANX
  • CAPZA1
  • CAPZA2
  • CAPZB
  • CD74
  • CENPE
  • CLTA
  • CLTC
  • CTSA
  • CTSB
  • CTSD
  • CTSF
  • CTSH
  • CTSK
  • CTSL
  • CTSO
  • DCTN1
  • DCTN2
  • DCTN3
  • DCTN4
  • DCTN5
  • DCTN6
  • DNM1
  • DNM2
  • DNM3
  • DRA
  • DYNC1I1
  • DYNC1I2
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • GILT
  • HLA-DOB
  • HLA-DRA
  • IFI30
  • KIF11
  • KIF15
  • KIF18A
  • KIF22
  • KIF23
  • KIF26A
  • KIF2A
  • KIF2B
  • KIF2C
  • KIF3A
  • KIF3C
  • KIF4A
  • KIF5A
  • KIF5B
  • KIFAP3
  • KLC1
  • KLC2
  • KLC3
  • KLC4
  • LAG3
  • LC8
  • LGMN
  • LOC100153139
  • OSBPL1A
  • RAB7A
  • RACGAP1
  • RILP
  • SAR1B
  • SEC13
  • SEC23A
  • SEC24A
  • SEC24B
  • SEC24C
  • SEC24D
  • SEC31A
  • SLA
  • SLA-DMB
  • SLA-DOA
  • SLA-DQA
  • SLA-DQA1
  • SLA-DQB1
  • SLA-DR
  • SLA-DRA
  • SLA-DRA1
  • SLA-DRB1
  • SPTBN2
Sus scrofa (pig)
Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida
  • ADAM2
  • ADAM20
  • ADAM21
  • B4GALT1
  • FTNB
  • OVGP1
  • SPAM-1
  • SPAM1
  • ZP2
  • ZP3
  • ZP3A
  • ZP4
  • ZPA
  • ZPB
Sus scrofa (pig)
HS-GAG biosynthesis
  • AGRN
  • EXT1
  • EXT2
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HS2ST1
  • HS3ST1
  • HS3ST2
  • HS3ST3A1
  • HS3ST3B1
  • HS3ST4
  • HS3ST5
  • HS3ST6
  • HS6ST1
  • HS6ST2
  • HS6ST3
  • NDST1
  • NDST2
  • NDST3
  • NDST4
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLC35D2
Sus scrofa (pig)
PI-3K cascade:FGFR1
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF22
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGF5
  • FGF6
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFR1
  • Fgf4
  • GAB1
  • GRB2
  • KL
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PTPN11
Sus scrofa (pig)
Lewis blood group biosynthesis
  • B3GALT1
  • B3GALT2
  • B3GALT4
  • FUT10
  • FUT11
  • FUT2
  • FUT4
  • FUT7
  • LOC100513844
  • LOC110255214
  • ST3GAL-III
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST3GAL6
  • ST6GALNAC6
Sus scrofa (pig)
Regulation of Complement cascade
  • C1QA
  • C1QB
  • C1QC
  • C1R
  • C1S
  • C2
  • C3
  • C4A
  • C5
  • C5AR1
  • C5AR2
  • C6
  • C7
  • C8A
  • C8B
  • C8G
  • C9
  • CD55
  • CD59
  • CD81
  • CFB
  • CFH
  • CFI
  • CLU
  • CPB2
  • CPN1
  • CPN2
  • F2
  • IGKV5-2
  • LOC100125542
  • LOC100523213
  • SERPING1
  • VTN
Sus scrofa (pig)
Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors
  • DEK
  • TFAP2A
Sus scrofa (pig)
Ion homeostasis
  • AHCYL1
  • ASPH
  • ATP1A2
  • ATP1A3
  • ATP1B1
  • ATP1B2
  • ATP1B3
  • ATP2A1
  • ATP2A2
  • ATP2A3
  • ATP2B1
  • ATP2B2
  • ATP2B3
  • ATP2B4
  • CALM3
  • CAMK2A
  • CAMK2B
  • CAMK2D
  • CAMK2G
  • DMPK
  • FKBP1B
  • FXYD1
  • FXYD6
  • ITPR1
  • ITPR3
  • NOS1
  • PLM
  • PLN
  • RYR2
  • RYR3
  • SLC8A2
  • SLC8A3
  • SRI
  • STIM1
  • TRDN
  • TRPC1
Sus scrofa (pig)
Signaling by BMP
  • ACVR2A
  • ACVR2B
  • ACVRL1
  • AMH
  • AMHR2
  • BMP10
  • BMP2
  • BMPR1A
  • BMPR1B
  • BMPR2
  • CER1
  • CHRDL1
  • FSTL1
  • GDF2
  • GREM2
  • INHA
  • INHBA
  • MADH1
  • MADH4
  • NOG
  • SKI
  • SMAD1
  • SMAD4
  • SMAD5
  • SMAD6
  • SMAD7
  • SMAD9
  • SMURF1
  • SMURF2
  • Smad7
  • TGFBR3
  • UBE2D1
  • UBE2D3
  • ZFYVE16
Sus scrofa (pig)
Scavenging of heme from plasma
  • ALB
  • AMBP
  • APOA1
  • CD163
  • HBB
  • HP
  • HPX
  • IGKV5-2
  • LOC100125542
  • LOC100156062
  • LOC100523213
  • LOC106510284
  • LOC110259958
Sus scrofa (pig)
Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane
  • A4
  • AD1
  • ALDH3A2
  • APP
  • CYB5
  • CYB5A
  • EMD
  • HMOX1
  • PRNP
  • PRP
  • SEC61B
  • SEC61G
  • SERP1
  • SGTA
  • STX1A
  • UBE2J2
  • VAMP2
  • VAPA
Sus scrofa (pig)
GAB1 signalosome
  • AREG
  • BTC
  • CSK
  • DTR
  • EGF
  • EGFR
  • EREG
  • GAB1
  • GRB2
  • HBEGF
  • HEGFL
  • PAG1
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PTPN11
  • PXN
  • SRC
  • TGFA
Sus scrofa (pig)
Pentose phosphate pathway
  • DERA
  • G6PD
  • PGD
  • PGLS
  • PGM2
  • RBKS
  • RPE
  • RPIA
  • SHPK
  • TALDO1
  • TKT
  • tkt
Sus scrofa (pig)
Surfactant metabolism
  • A2AR
  • ABCA3
  • ADA2
  • ADGRF5
  • ADORA2A
  • ADORA2B
  • ADRA2A
  • ADRA2C
  • CCDC59
  • CKAP4
  • CTSH
  • GATA6
  • LMCD1
  • NAPSA
  • P2RY2
  • PGA
  • SFTPB
  • SFTPC
  • SFTPD
  • SLC34A1
  • SLC34A2
  • SP-C
  • TTF1
  • ZDHHC2
Sus scrofa (pig)
Molecules associated with elastic fibres
  • BMP10
  • BMP2
  • BMP4
  • BMP7
  • EFEMP2
  • FBLN5
  • GDF5
  • ITGA8
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • ITGB8
  • LTBP1
  • LTBP3
  • LTBP4
  • MFAP2
  • MFAP4
  • MFAP5
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFB3
  • VTN
  • bmp4
Sus scrofa (pig)
Signaling by EGFR
  • AAMP
  • AREG
  • BTC
  • DTR
  • EGF
  • EGFR
  • EREG
  • FAM83A
  • FAM83B
  • FAM83D
  • HBEGF
  • HEGFL
  • LRIG1
  • SRC
  • TGFA
Sus scrofa (pig)
Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX)
  • ABCC1
  • ALOX15
  • ALOX5
  • CYP4A21
  • CYP4A23
  • CYP4A24
  • CYP4A90
  • CYP4B1
  • CYP4F22
  • CYP4F3
  • CYP4F52
  • DPEP1
  • DPEP2
  • GGT1
  • LOC110255311
  • LOC110259328
  • LOC110259329
  • LTA4H
  • LTC4S
  • MAPKAPK2
  • RDP
Sus scrofa (pig)
RUNX3 regulates CDKN1A transcription
  • MADH3
  • MADH4
  • P53
  • RUNX3
  • SMAD3
  • SMAD4
  • TGFB1
  • TP53
  • ZFHX3
Sus scrofa (pig)
Downregulation of ERBB2 signaling
  • BTC
  • CDC37
  • CUL5
  • DTR
  • EGF
  • EGFR
  • ERBB2
  • ERBB3
  • ERBB4
  • EREG
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPCA
  • MATK
  • NRG1
  • NRG2
  • NRG3
  • PTPN12
  • PTPN18
  • RPS27A
  • STUB1
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
Sus scrofa (pig)
ESR-mediated signaling
  • ESR
  • ESR1
  • ESR2
  • FKBP4
  • FKBP5
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPCA
  • NR3A1
  • PPP5C
  • PTGES3
Sus scrofa (pig)

About Release Notes Help Feedback

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

This work is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International


GlyCosmos Portal v4.1.1

Last updated: February 17, 2025