GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 151 - 175 of 360 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▲
Costimulation by the CD28 family
  • ICOSLG
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
Sus scrofa (pig)
MyD88-independent TLR4 cascade
  • CD14
  • LY96
  • TICAM1
  • TICAM2
  • TLR4
Sus scrofa (pig)
MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane
  • ECSIT
  • MAP3K1
  • TIRAP
  • TRAF6
Sus scrofa (pig)
Keratan sulfate biosynthesis
  • ACAN
  • B3GNT2
  • B3GNT4
  • B3GNT7
  • B4GALT1
  • B4GALT2
  • B4GALT3
  • B4GALT4
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • B4GAT1
  • CHST1
  • CHST2
  • FMOD
  • KERA
  • LOC100522551
  • LUM
  • OGN
  • OMD
  • PRELP
  • SLC35D2
  • ST3GAL-III
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST3GAL6
Sus scrofa (pig)
Retinoid metabolism and transport
  • AGRN
  • AKR1C1
  • AKR1C2
  • APOA1
  • APOA2
  • APOA4
  • APOB
  • APOC2
  • APOC3
  • APOE
  • APOM
  • ApoER2
  • BCO1
  • BCO2
  • CLPS
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • LPL
  • LRAT
  • LRP10
  • LRP12
  • LRP8
  • PLB1
  • PNLIP
  • RBP1
  • RBP2
  • RBP4
  • RDH11
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • TTR
Sus scrofa (pig)
Apoptotic execution phase
  • BCAP31
  • CASP8
  • DNM1L
  • STK24
Sus scrofa (pig)
Negative regulation of MET activity
  • CBL
  • EPS15
  • GRB2
  • HGF
  • HGS
  • LRIG1
  • MET
  • PTPN1
  • PTPN2
  • RPS27A
  • SH3GL1
  • SH3GL3
  • SH3KBP1
  • STAM
  • STAM2
  • UBA52
  • UBB
  • UBC
  • USP8
Sus scrofa (pig)
Trafficking and processing of endosomal TLR
  • CNPY3
  • CTSB
  • CTSK
  • CTSL
  • CTSL1
  • HSP90B1
  • LGMN
  • TLR7
  • TLR8
  • TLR9
  • TNRC5
  • UNC93B1
Sus scrofa (pig)
Golgi Associated Vesicle Biogenesis
  • ACBD3
  • AP1B1
  • AP1G1
  • AP1M1
  • AP1M2
  • AP1S1
  • AP1S3
  • AP3B1
  • AP3S1
  • AP4B1
  • AP4E1
  • ARF1
  • ARRB1
  • BLOC1S3
  • BLOC1S6
  • CLTA
  • CLTC
  • CPD
  • DNM2
  • DTNBP1
  • GAK
  • GOLGB1
  • HIP1R
  • IGF2R
  • NAPA
  • NECAP1
  • OCRL
  • PICALM
  • PIK3C2A
  • PLDN
  • SNAPIN
  • SNX2
  • SNX5
  • SNX9
  • SORT1
  • TBC1D8B
  • TFRC
  • TPD52
  • TPD52L1
  • TXNDC5
  • VAMP2
  • VAMP8
  • YIPF6
Sus scrofa (pig)
Signaling by Activin
  • ACVR1B
  • ACVR1C
  • ACVR2A
  • ACVR2B
  • INHA
  • INHBA
  • INHBB
  • MADH3
  • MADH4
  • MAPK1
  • MAPK3
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • TGFBR3
Sus scrofa (pig)
PI Metabolism
  • TNFAIP8L2
Sus scrofa (pig)
GAB1 signalosome
  • AREG
  • BTC
  • CSK
  • DTR
  • EGF
  • EGFR
  • EREG
  • GAB1
  • GRB2
  • HBEGF
  • HEGFL
  • PAG1
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PTPN11
  • PXN
  • SRC
  • TGFA
Sus scrofa (pig)
APAP ADME
  • ABCC1
  • ABCC2
  • ABCC3
  • ABCC4
  • ABCC5
  • ABCG2
  • ABCG2A
  • ACY1
  • BMDP
  • CNDP2
  • CYP2E1
  • GGT1
  • GGT6
  • GGT7
  • GSTT1
  • LOC100153094
  • LOC100511540
  • LOC100515741
  • LOC100516628
  • LOC100623255
  • LOC100623504
  • LOC100739163
  • LOC110262115
  • SULT1A3
  • SULT1C4
  • SULT1E1
  • SULT2A1
  • UGT2B31
Sus scrofa (pig)
Heme biosynthesis
  • ABCG2
  • ABCG2A
  • ALAD
  • ALAS1
  • ALAS2
  • ALB
  • BMDP
  • COX10
  • COX15
  • CPOX
  • FECH
  • FLVCR1
  • HMBS
  • PPOX
  • UROD
  • UROS
Sus scrofa (pig)
VEGFR2 mediated vascular permeability
  • CALM3
  • CAV1
  • CDH5
  • CTNNA1
  • CTNNB1
  • CTNND1
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPCA
  • JUP
  • Jup
  • NOS3
  • PAK1
  • PAK2
  • PDPK1
  • RAC1
  • VAV1
  • VAV2
Sus scrofa (pig)
FRS-mediated FGFR4 signaling
  • FGF1
  • FGF16
  • FGF18
  • FGF19
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF23
  • FGF4
  • FGF6
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFR4
  • FRS3
  • Fgf4
  • GRB2
  • HRAS
  • KLB
  • KRAS
  • NRAS
  • PTPN11
  • SOS1
Sus scrofa (pig)
Passive transport by Aquaporins
  • AQP1
  • AQP10
  • AQP12
  • AQP2
  • AQP3
  • AQP4
  • AQP5
  • AQP7
  • AQP8
  • AQP9
Sus scrofa (pig)
Nuclear Receptor transcription pathway
  • AR
  • ESR
  • ESR1
  • ESR2
  • ESRRA
  • ESRRB
  • ESRRG
  • FTZF1
  • HNF4A
  • HNF4G
  • MED1
  • NCOR1
  • NCOR2
  • NOR-1
  • NR0B1
  • NR0B2
  • NR1A1
  • NR1C3
  • NR1D1
  • NR1D2
  • NR1H2
  • NR1H3
  • NR1H4
  • NR1I1
  • NR1I2
  • NR1I3
  • NR2B3
  • NR2C1
  • NR2E1
  • NR2E3
  • NR2F1
  • NR2F6
  • NR3A1
  • NR3C1
  • NR3C2
  • NR4A1
  • NR4A2
  • NR4A3
  • NR5A1
  • NR5A2
  • NR6A1
  • PGR
  • PPARA
  • PPARD
  • PPARG
  • RARA
  • RORA
  • RORB
  • RXRA
  • RXRB
  • RXRG
  • THRA
  • THRB
  • VDR
Sus scrofa (pig)
Melanin biosynthesis
  • DCT
  • OCA2
  • SLC45A2
  • TYR
  • TYRP1
  • TYRP2
Sus scrofa (pig)
Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling
  • CSF2
  • CSF2RA
  • CSF2RB
  • IL5
  • IL5RA
  • JAK2
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PTPN11
  • SHC1
  • STAT5A
  • STAT5B
  • TEC
  • VAV1
  • YWHAZ
  • stat5B
Sus scrofa (pig)
TNFR1-induced proapoptotic signaling
  • BIRC2
  • CYLD
  • FADD
  • IKBKE
  • MIB2
  • OTUD1
  • OTUD7B
  • PIAP
  • RBCK1
  • RIPK1
  • RNF31
  • SPATA2
  • TBK1
  • TNF
  • TNFA
  • TNFAIP3
  • TNFRSF1A
  • TNFRSF6
  • TNFSF2
  • TRADD
  • TRAF2
  • USP2
  • USP21
  • USP4
Sus scrofa (pig)
Interleukin-12 signaling
  • IL12A
  • IL12B
  • IL12RB1
  • IL12RB2
  • JAK1
  • JAK2
  • LOC100736717
  • P4HB
  • STAT4
  • TYK2
  • stat4
Sus scrofa (pig)
PI-3K cascade:FGFR1
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF22
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGF5
  • FGF6
  • FGF8
  • FGF9
  • FGFR1
  • Fgf4
  • GAB1
  • GRB2
  • KL
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PTPN11
Sus scrofa (pig)
Regulation of IFNG signaling
  • IFNG
  • IFNGR1
  • IFNGR2
  • JAK1
  • JAK2
  • PIAS1
  • PTPN2
  • SOCS1
  • SOCS3
  • STAT1
  • SUMO1
  • socs1
Sus scrofa (pig)
ESR-mediated signaling
  • ESR
  • ESR1
  • ESR2
  • FKBP4
  • FKBP5
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPCA
  • NR3A1
  • PPP5C
  • PTGES3
Sus scrofa (pig)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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Last updated: August 19, 2024