GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome March 20, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1 - 25 of 360 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism ▲ GlyTouCan ID
Aflatoxin activation and detoxification
  • ACY1
  • AKR7A2
  • CYP1A2
  • CYP2A19
  • CYP3A22
  • CYP3A227
  • CYP3A29
  • DPEP1
  • DPEP2
  • DPEP3
  • GGT1
  • GGT6
  • GGT7
  • GST12
  • MGST1
  • MGST2
  • MGST3
  • RDP
Sus scrofa (pig)
Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors
  • DEK
  • TFAP2A
Sus scrofa (pig)
RAC1 GTPase cycle
  • ABI1
  • ABI2
  • ABL2
  • ABR
  • ALS2
  • AMIGO2
  • ARAP1
  • ARAP2
  • ARAP3
  • ARHGAP1
  • ARHGAP10
  • ARHGAP12
  • ARHGAP15
  • ARHGAP17
  • ARHGAP20
  • ARHGAP21
  • ARHGAP22
  • ARHGAP23
  • ARHGAP24
  • ARHGAP25
  • ARHGAP26
  • ARHGAP27
  • ARHGAP29
  • ARHGAP30
  • ARHGAP31
  • ARHGAP33
  • ARHGAP35
  • ARHGAP39
  • ARHGAP4
  • ARHGAP44
  • ARHGAP45
  • ARHGAP5
  • ARHGAP9
  • ARHGDIA
  • ARHGEF10
  • ARHGEF11
  • ARHGEF15
  • ARHGEF18
  • ARHGEF19
  • ARHGEF25
  • ARHGEF39
  • ARHGEF5
  • ARHGEF6
  • ARHGEF7
  • BAIAP2
  • BAIAP2L1
  • BCR
  • BRK1
  • CAV1
  • CDC42
  • CDC42BPA
  • CDC42EP1
  • CDC42EP4
  • CHN1
  • CHN2
  • CIT
  • CYBA
  • CYFIP1
  • CYFIP2
  • DEF6
  • DEPDC1B
  • DIAPH3
  • DLC1
  • DOCK1
  • DOCK10
  • DOCK11
  • DOCK2
  • DOCK3
  • DOCK4
  • DOCK5
  • DOCK6
  • DOCK7
  • DOCK8
  • DOCK9
  • ECT2
  • EMD
  • EPHA2
  • ESYT1
  • FAM13A
  • FAM13B
  • FARP1
  • FARP2
  • FERMT2
  • FGD5
  • FMNL1
  • GARRE1
  • GIT1
  • GIT2
  • GMIP
  • GNA13
  • GP91-PHOX
  • IQGAP2
  • IQGAP3
  • ITGB1
  • JAG1
  • KIAA0355
  • KTN1
  • LAMTOR1
  • LBR
  • MCAM
  • MCF2
  • MCF2L
  • MPP7
  • MYO9B
  • NCF1
  • NCF2
  • NCF4
  • NCKAP1
  • NCKAP1L
  • NGEF
  • NHS
  • NISCH
  • NOX1
  • NOX3
  • NOXA1
  • NOXO1
  • OPHN1
  • PAK1
  • PAK2
  • PAK5
  • PAK6
  • PARD6A
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKN1
  • PKN2
  • PLD1
  • PLD2
  • PLEKHG1
  • PLEKHG2
  • PLEKHG3
  • PLEKHG6
  • PREX1
  • PREX2
  • RAB7A
  • RAC1
  • RACGAP1
  • RASGRF2
  • RBM39
  • SH3BP1
  • SLC1A5
  • SNAP23
  • SOS1
  • SOS2
  • SRGAP1
  • SRGAP2
  • SRGAP3
  • SWAP70
  • SYDE2
  • TAGAP
  • TFRC
  • TIAM1
  • TIAM2
  • TRIO
  • VAMP3
  • VANGL1
  • VAV1
  • VAV2
  • WASF2
  • WASF3
  • WASL
  • WIPF1
  • YKT6
Sus scrofa (pig)
MET activates PTK2 signaling
  • HGF
  • MET
  • SRC
Sus scrofa (pig)
NTRK2 activates RAC1
  • BDNF
  • DOCK3
  • FYN
  • RAC1
Sus scrofa (pig)
RND3 GTPase cycle
  • ARHGAP21
  • ARHGAP35
  • ARHGAP5
  • CAV1
  • CCDC88A
  • CKAP4
  • CKB
  • CPD
  • DEPDC1B
  • DLG5
  • DSG1
  • DSP
  • DST
  • EPHA2
  • FAM83B
  • FLOT2
  • KCTD13
  • KTN1
  • LOC100516390
  • MUC13
  • NISCH
  • PICALM
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PKP4
  • PLEKHG5
  • PTPN13
  • RASAL2
  • RBM39
  • RND3
  • ROCK1
  • SCRIB
  • SEMA4F
  • TMOD3
  • TNFAIP1
  • TXNL1
  • UBXN11
  • VANGL1
  • VANGL2
  • WDR6
Sus scrofa (pig)
Atorvastatin ADME
  • ABCC2
  • CYP3A22
  • CYP3A227
  • CYP3A29
  • LOC100522267
  • PON1
  • PON3
  • SLCO1B2
  • SLCO1B3
  • SLCO2B1
  • UGT1A6
Sus scrofa (pig)
TNF signaling
  • ADAM17
  • BAG4
  • RIPK1
  • TNF
  • TNFA
  • TNFRSF1A
  • TNFSF2
  • TRADD
  • TRAF2
Sus scrofa (pig)
Growth hormone receptor signaling
  • GH1
  • JAK2
  • LYN
  • MAPK1
  • MAPK3
  • PRL
  • PRLR
  • PTPN1
  • SH2B1
Sus scrofa (pig)
Estrogen-dependent gene expression
  • CARM1
  • CBFB
  • CCNT1
  • CDK9
  • CITED1
  • CREBBP
  • DDX5
  • EP300
  • ERBB4
  • ESR
  • ESR1
  • FKBP4
  • FOS
  • FOXA1
  • GATA3
  • GREB1
  • GTF2A1
  • GTF2A2
  • GTF2F1
  • H1-2
  • H2AB1
  • H2AB2
  • H2AB3
  • H2AC10
  • H2AC11
  • H2AC17
  • H2AC18
  • H2AC19
  • H2AC20
  • H2AC4
  • H2AC6
  • H2AC7
  • H2AC8
  • H2AX
  • H2AZ2
  • H2BC11
  • H2BC12
  • H2BC19
  • H2BC20
  • H2BC21
  • H2BC5
  • H3-3A
  • H3C12
  • H3C14
  • H3C15
  • H3C4
  • H3C6
  • H3F3A
  • HDAC1
  • HIST1H2BD
  • HIST1H3E
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSPCA
  • JUN
  • KAT2B
  • KAT5
  • KDM1A
  • KDM4B
  • LOC110261482
  • MED1
  • NCOA1
  • NCOA2
  • NCOA3
  • NR3A1
  • NR5A2
  • NRIP1
  • PGR
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2L
  • POU2F1
  • PRMT1
  • PTGES3
  • RUNX1
  • SP1
  • TLE3
  • USF1
  • USF2
  • YY1
  • ZNF217
Sus scrofa (pig)
ABO blood group biosynthesis
  • FUT1
  • FUT2
Sus scrofa (pig)
Cytosolic sulfonation of small molecules
  • ABHD14B
  • BPNT1
  • BPNT2
  • IMPA3
  • IMPAD1
  • PODXL2
  • SULT1A3
  • SULT1B1
  • SULT1C4
  • SULT1E1
  • SULT2A1
  • SULT2B1
  • SULT4A1
  • SULT6B1
  • TPST2
Sus scrofa (pig)
Insulin receptor signalling cascade
  • GRB2
  • Grb10
  • INS
  • INSR
  • SHC1
  • SOS1
Sus scrofa (pig)
PI3K events in ERBB4 signaling
  • BTC
  • DTR
  • ERBB4
  • EREG
  • HBEGF
  • HEGFL
  • NRG1
  • NRG2
  • NRG3
  • PIK3CA
  • PIK3R1
Sus scrofa (pig)
Negative regulation of the PI3K/AKT network
  • PTEN
Sus scrofa (pig)
RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription
  • CBFB
  • ESR
  • ESR1
  • NR3A1
  • RUNX1
Sus scrofa (pig)
Interleukin-10 signaling
  • IL10
  • IL10RA
  • IL10RB
  • JAK1
  • STAT3
  • TYK2
Sus scrofa (pig)
Antimicrobial peptides
  • BPI
  • BPIFA1
  • BPIFA2
  • BPIFB1
  • BPIFB2
  • BPIFB4
  • CHGA
  • CLU
  • EPPIN
  • GNLY
  • LEAP2
  • LOC100154047
  • LOC100520832
  • LOC100624628
  • LOC102163838
  • LOC110255221
  • LOC110260309
  • LTF
  • PGLYRP1
  • PGLYRP2
  • PGLYRP3
  • PGLYRP4
  • PMAP-36
  • PRSS2
  • REG3G
  • try
Sus scrofa (pig)
Calnexin/calreticulin cycle
  • CALR
  • CANX
  • PDIA3
Sus scrofa (pig)
TGF-beta receptor signaling activates SMADs
  • CBL
  • FKBP1A
  • FURIN
  • ITGA8
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • ITGB8
  • LTBP1
  • LTBP3
  • LTBP4
  • MADH3
  • MADH4
  • NEDD8
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFB3
  • TGFBR1
  • TGFBR2
  • TGFBR3
  • UBE2M
  • ZFYVE9
Sus scrofa (pig)
RET signaling
  • ARTN
  • CDC25C
  • DOK1
  • DOK2
  • DOK4
  • DOK5
  • DOK6
  • GAB1
  • GAB2
  • GDNF
  • GFRA1
  • GFRA2
  • GFRA3
  • GFRA4
  • GRB2
  • GRB7
  • Grb10
  • IRS2
  • MAPK7
  • NRTN
  • PDLIM7
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PLCG1
  • PRKCA
  • PSPN
  • PTPN11
  • RAP1GAP
  • RET
  • SHC1
  • SHC3
  • SOS1
  • SRC
Sus scrofa (pig)
Rhesus glycoproteins mediate ammonium transport.
  • RHAG
  • RHBG
  • RHCG
Sus scrofa (pig)
Syndecan interactions
  • FGF2
  • ITGA2
  • ITGA6
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB4
  • ITGB5
  • PRKCA
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • TGFB1
  • VTN
Sus scrofa (pig)
Scavenging by Class H Receptors
  • APOB
  • SPARC
  • STAB1
  • STAB2
Sus scrofa (pig)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
  • CGA
  • CHST10
  • CHST8
  • FUCA1
  • FUT8
  • LHB
  • LOC100513844
  • MAN2A1
  • MAN2A2
  • MGAT2
Sus scrofa (pig)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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Last updated: August 19, 2024