GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1 - 25 of 270 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▲ Organism GlyTouCan ID
N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi
Gallus gallus (chicken)
Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway
Gallus gallus (chicken)
Digestion of dietary carbohydrate
Gallus gallus (chicken)
Lysosomal oligosaccharide catabolism
Gallus gallus (chicken)
Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface
Gallus gallus (chicken)
Asparagine N-linked glycosylation
Gallus gallus (chicken)
Signaling by EGFR
  • AAMP
  • AREG
  • BTC
  • EGFR
  • EPGN
  • EREG
  • HBEGF
  • HEGFL
  • SRC
Gallus gallus (chicken)
Aspirin ADME
  • ABCC3
  • ALB
  • CYP2D6
  • RCJMB04_4e8
Gallus gallus (chicken)
Platelet degranulation
  • ABCC4
  • ACTG1
  • ACTN1
  • ACTN2
  • ALB
  • ANX5
  • ANXA5
  • APLP2
  • APOA1
  • CD9
  • CDC37L1
  • CLEC3B
  • F13A1
  • FAM3C
  • FAM49B
  • FN1
  • GTPBP2
  • HABP4
  • IGF1
  • IGF2
  • IMP-3
  • ITGB3
  • LHFPL2
  • OGCHI
  • OLA1
  • ORM1
  • PDGF-A (L)
  • PDGFA
  • PLG
  • QSCN6
  • QSOX
  • QSOX1
  • RARRES2
  • RCJMB04_1m12
  • SOX
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TIMP3
  • TOR4A
  • VCL
  • VEGFD
  • VINC1
  • VTI1B
  • mage
  • ogchi
Gallus gallus (chicken)
Interferon alpha/beta signaling
  • ABCE1
  • IFN-gamma
  • IFN2
  • IFNA
  • IFNA1
  • IFNA2
  • IFNA3
  • IFNB
  • JAK1
  • KPNB1
  • LOC100857947
  • LOC100858506
  • LOC100859414
  • LOC768614
  • RCJMB04_17i9
  • RPS27A
  • SOCS1
  • SOCS3
  • UBA80
  • UBB
Gallus gallus (chicken)
Arachidonate production from DAG
  • ABHD12
  • ABHD6
Gallus gallus (chicken)
Synthesis of PC
  • ABHD3
  • CEPT1
  • CHAT
  • CHKA
  • CHPT1
  • MFSD2A
  • NLS1
  • SLC44A5
Gallus gallus (chicken)
Stimuli-sensing channels
  • ACCN2
  • ANO10
  • ASIC1
  • BEST3
  • BEST4
  • CATSPER4
  • CLCN4
  • MIL
  • NALCN
  • OSTM1
  • RAF1
  • RCJMB04_16g8
  • RPS27A
  • SCNN1G
  • SGK
  • SGK1
  • SGK2
  • STOM
  • STOML3
  • UBA80
  • UBB
  • WWP1
Gallus gallus (chicken)
Neutrophil degranulation
  • ACLY
  • ACTR10
  • ACTR2
  • AGA
  • ALDOC
  • AMPD3
  • ANG
  • ANPEP
  • ANX2
  • ANXA2
  • AP1M1
  • AP2A2
  • APDE
  • APG7L
  • ARL8A
  • ARMC8
  • ARP2
  • ARPC5
  • ASAH1
  • ATG7
  • ATP6V0A1
  • ATP6V0C
  • ATP8A1
  • B-FIV
  • B2M
  • BF1
  • BF2
  • BFIV21
  • BST1
  • C1R
  • C1orf35
  • C6orf120
  • CAB39
  • CAND1
  • CAP1
  • CATH
  • CATHB1
  • CATHL1
  • CATHL2
  • CATHL3
  • CCT2
  • CD300LG
  • CD47
  • CEF4
  • CHRNB4
  • CL2
  • CMAP27
  • CMTM6
  • CNN2
  • COMMD3
  • COPB
  • COPB1
  • COTL1
  • CPPED1
  • CREG1
  • CRISP2
  • CST3
  • CSTB
  • CTSD
  • CXCL8
  • CXCR1
  • CYFIP1
  • CYSTM1
  • DEGS1
  • DES1
  • DNAJC3
  • DNCLI1
  • DYNC1H1
  • DYNC1LI1
  • Dsn1/Q9H410
  • EEF1A
  • EEF2
  • EMF1
  • FABP5
  • FTH
  • FUCA2
  • GALNS
  • GNS
  • GPI
  • GUSB
  • GYG1
  • HBB
  • HBE1
  • HEXB
  • HMG1
  • HMGB1
  • HSPA8
  • IL8
  • IMPDH
  • IMPDH2
  • IQGAP3
  • JUP
  • KPNB1
  • KRABZFP
  • LAMP1
  • LGALS3
  • LOC107054567
  • LOC121107389
  • LOC431003
  • LYZ
  • MAPK14
  • MIF
  • MME
  • MMP1
  • NDUFC2
  • NFAM1
  • NFKB1
  • NRAMP1
  • NRAS
  • OGCHI
  • ORM1
  • ORMDL3
  • P2RX1
  • P2X1
  • PA2G4
  • PADI2
  • PFKL
  • PGAM1
  • PGM1
  • PGRMC1
  • PKM
  • PLD1
  • PRCP
  • PRDX4
  • PRKCD
  • PSEN1
  • PSMB1
  • PSMB7
  • PSMC2
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD7
  • PTAFR
  • PYGB
  • QSCN6
  • QSOX
  • QSOX1
  • RAB14
  • RAB18
  • RAB31
  • RAB5B
  • RAB5C
  • RAB6A
  • RAB7A
  • RAP1A
  • RAP1B
  • RCJMB04_11h1
  • RCJMB04_14i9
  • RCJMB04_16g14
  • RCJMB04_23k2
  • RCJMB04_2a4
  • RCJMB04_35e13
  • RCJMB04_9e23
  • RHOA
  • RHOG
  • Rab27a
  • S100A10
  • S100A11
  • SERPINB14
  • SLC11A1
  • SLC2A14
  • SLC2A5
  • SLCO4C1
  • SNAP
  • SNAP23
  • SNAP25
  • SNAP29
  • SOX
  • SRP14
  • STBD1
  • STING
  • STING1
  • STK10
  • STOM
  • SURF4
  • SVIP
  • TIMP2
  • TMEM173
  • TMEM30A
  • TMEM63A
  • TNFAIP6
  • TNFIP6
  • TNFRSF1B
  • TOM1
  • TSPAN14
  • TTR
  • VCL
  • VCP
  • VINC1
  • YPEL5
  • YRK
  • cPAD2
  • cRac1A
  • cRhoA
  • cpsmb7
  • k60
  • ogchi
  • rhoA
  • vcp
Gallus gallus (chicken)
Iron uptake and transport
  • ACO1
  • CAND1
  • CUL1
  • CYBRD1
  • FTH
  • IREB2
  • PCFT
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SLC40A1
  • SLC46A1
  • UBA80
  • UBB
Gallus gallus (chicken)
B-WICH complex positively regulates rRNA expression
  • ACTB
  • DEK
  • H2A-IX
  • H2AF
  • H2AFX
  • H2AZ2
  • H2B-I
  • H2B-II
  • H2B-III
  • H2B-IV
  • H2B-V
  • H2B-VI
  • H2B-VII
  • H2B-VIII
  • H3-I
  • H3-II
  • H3-III
  • H3-IV
  • H3-IX
  • H3-V
  • H3-VI
  • H3-VII
  • H3-VIII
  • H3-X
  • H4-I
  • H4-II
  • H4-III
  • H4-IV
  • H4-V
  • H4-VI
  • H4-VII
  • HIST1H2B5L
  • LOC100859381
  • LOC426037
  • POLR1B
  • POLR2E
  • POLR2L
  • RPB6
  • SF3B1
  • TAF1B
  • TBP
Gallus gallus (chicken)
RAF/MAP kinase cascade
  • ACTN2
  • ANGPT1
  • AREG
  • BTC
  • CAMK2A
  • CEK1
  • CEK2
  • CEK3
  • CSF2RA
  • DLG3
  • EGFR
  • EPGN
  • EREG
  • FAK
  • FAK1
  • FGF-18
  • FGF-3
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF18
  • FGF19
  • FGF2
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGF6
  • FGF7
  • FGF8
  • FGFR1
  • FGFR2
  • FGFR3
  • FGFR4
  • FRS2
  • FYN
  • Fgf16
  • Fgf7
  • GDNFRA
  • GFRA1
  • GRB2
  • GRIN1
  • GRIN2B
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HRAS
  • HRAS1
  • IL5
  • IL5RA
  • KIT
  • KITLG
  • KRAS
  • LOC107049501
  • NRAS
  • NRG2
  • PDGF-A (L)
  • PDGFA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PTK2
  • PTPRA
  • RASGEF1A
  • RASGRP3
  • RCJMB04_6d2
  • SCF
  • SHC1
  • SOS1
  • SPTBN1
  • TEK
Gallus gallus (chicken)
Clathrin-mediated endocytosis
  • ACTR2
  • ACTR3
  • AGFG1
  • AP2A2
  • AP2M1
  • AREG
  • ARP2
  • ARP3
  • ARPC1A
  • ARPC3
  • ARPC5
  • BIN1
  • BTC
  • CLTA
  • CLTB
  • EGFR
  • EPGN
  • EPN2
  • EREG
  • GAPVD1
  • GRB2
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HSPA8
  • IL7R
  • M6PR
  • NECAP2
  • PACSIN2
  • PACSIN3
  • PIK3C2A
  • PIP5K1C
  • RAB5A
  • RAB5B
  • RAB5C
  • RCJMB04_1g20
  • RPS27A
  • SCARB2
  • SH3GL2
  • SH3GL3
  • SH3P4
  • SLC2A8
  • SNX18
  • SNX9
  • SYBL1
  • SYT1
  • UBA80
  • UBB
  • VAMP3
  • VAMP7
  • WASL
Gallus gallus (chicken)
Signaling by Activin
  • ACVR1C
  • ACVR2A
  • INHBB
  • LOC769000
  • MADH2
  • MADH3
  • SMAD3
  • TGFBR3
Gallus gallus (chicken)
Signaling by BMP
  • ACVR2A
  • BMP10
  • BMPR1A
  • BMPR1B
  • BRK-3
  • CER1
  • DSL1
  • GREM2
  • MADH5
  • SMAD1
  • SMAD5
  • SMAD6
  • SMAD7
  • TGFBR3
Gallus gallus (chicken)
TGFBR3 regulates activin signaling
  • ACVR2A
  • TGFBR3
Gallus gallus (chicken)
Regulated proteolysis of p75NTR
  • ADAM17
  • NFKB1
  • NGFR
  • PSEN1
  • PSEN2
  • TNFRSF16
  • TRAF6
Gallus gallus (chicken)
O-glycosylation of TSR domain-containing proteins
  • ADAMTS10
  • ADAMTS15
  • ADAMTS3
  • ADAMTS5
  • ADAMTS6
  • SEMA5A
Gallus gallus (chicken)
Collagen biosynthesis and modifying enzymes
  • ADAMTS3
  • BP180
  • BPAG2
  • COL12A1
  • COL17A1
  • COL1A1
  • COL1A2
  • COL3A1
  • COL4A1
  • COL6A2
  • HSP47
  • LEPREL1
  • P3H2
  • SERPINH1
Gallus gallus (chicken)
Degradation of the extracellular matrix
  • ADAMTS5
  • CTSV
  • DCN
  • MMP1
  • MMP10
  • MMP2
  • RCJMB04_11h1
Gallus gallus (chicken)

About Release Notes Help Feedback

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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GlyCosmos Portal v4.1.1

Last updated: February 17, 2025