GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 776 - 800 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▲ Organism GlyTouCan ID
RHOT1 GTPase cycle
  • ALS2CR3
  • ARHT1
  • KIAA0549
  • KIAA1042
  • MYO19
  • MYOHD1
  • OIP106
  • RAP1GDS1
  • RHOT1
  • SMGGDS
  • TRAK1
  • TRAK2
Homo sapiens (human)
RHOT2 GTPase cycle
  • ALS2CR3
  • ARHT2
  • C16orf39
  • CPRP1
  • KIAA0214
  • KIAA0549
  • KIAA1042
  • MFN1
  • MFN2
  • MYO19
  • MYOHD1
  • OIP106
  • RAP1GDS1
  • RHOT2
  • SMGGDS
  • TRAK1
  • TRAK2
Homo sapiens (human)
RNA Polymerase II Transcription Termination
  • ALY
  • ALYREF
  • ASF
  • BAT1
  • BEF
  • C1orf77
  • C22orf19
  • CASC3
  • CBP20
  • CBP80
  • CDC40
  • CFIM25
  • CHTOP
  • CLP1
  • COD
  • CPSF1
  • CPSF100
  • CPSF160
  • CPSF2
  • CPSF25
  • CPSF3
  • CPSF30
  • CPSF4
  • CPSF5
  • CPSF7
  • CPSF73
  • CSTF1
  • CSTF2
  • CSTF2T
  • CSTF3
  • CXorf3
  • DDX38
  • DDX39
  • DDX39A
  • DDX39B
  • DDX48
  • DHX38
  • EHB3
  • EIF4A3
  • FIP1
  • FIP1L1
  • FOP
  • FYTTD1
  • HBP
  • HCC1
  • HEAB
  • HPR1
  • HRS
  • KIAA0111
  • KIAA0224
  • KIAA0663
  • KIAA0689
  • KIAA0824
  • KIAA0983
  • KIAA1141
  • KIAA1367
  • KIAA1649
  • LDC2
  • LSM10
  • LSM11
  • LUZP4
  • MAGOH
  • MAGOH2
  • MAGOHA
  • MAGOHB
  • MLN51
  • NAR
  • NCBP
  • NCBP1
  • NCBP2
  • NEB1
  • NIF3L1BP1
  • NUDT21
  • PAB2
  • PABP2
  • PABPN1
  • PAP
  • PAPOLA
  • PBSCF
  • PBSCG
  • PCF11
  • PDIP46
  • POLDIP3
  • PRP16
  • PRP17
  • PRPF17
  • RBM8
  • RBM8A
  • RENT3B
  • RHE
  • RNPS1
  • SARNP
  • SF2
  • SF2P33
  • SFRS1
  • SFRS11
  • SFRS2
  • SFRS3
  • SFRS4
  • SFRS5
  • SFRS6
  • SFRS7
  • SFRS9
  • SLBP
  • SLU7
  • SNRPB
  • SNRPB1
  • SNRPD3
  • SNRPE
  • SNRPF
  • SNRPG
  • SPK
  • SRM160
  • SRP20
  • SRP30C
  • SRP40
  • SRP55
  • SRP75
  • SRRM1
  • SRSF1
  • SRSF11
  • SRSF2
  • SRSF3
  • SRSF4
  • SRSF5
  • SRSF6
  • SRSF7
  • SRSF9
  • SYMPK
  • THOC1
  • THOC2
  • THOC3
  • THOC4
  • THOC5
  • THOC6
  • THOC7
  • U2AF1
  • U2AF1-RS3
  • U2AF1L3
  • U2AF1L4
  • U2AF2
  • U2AF35
  • U2AF65
  • U2AFBP
  • UAP56
  • UIF
  • UPF3B
  • UPF3X
  • WDC146
  • WDR33
  • WDR58
  • ZC3H11A
  • ZC3HDC11A
  • ZFP100
  • ZNF473
Homo sapiens (human)
mRNA 3'-end processing
  • ALY
  • ALYREF
  • ASF
  • BAT1
  • BEF
  • C1orf77
  • C22orf19
  • CASC3
  • CBP20
  • CBP80
  • CDC40
  • CFIM25
  • CHTOP
  • CLP1
  • CPSF1
  • CPSF100
  • CPSF160
  • CPSF2
  • CPSF25
  • CPSF3
  • CPSF30
  • CPSF4
  • CPSF5
  • CPSF7
  • CPSF73
  • CSTF1
  • CSTF2
  • CSTF2T
  • CSTF3
  • CXorf3
  • DDX38
  • DDX39
  • DDX39A
  • DDX39B
  • DDX48
  • DHX38
  • EHB3
  • EIF4A3
  • FIP1
  • FIP1L1
  • FOP
  • FYTTD1
  • HCC1
  • HEAB
  • HPR1
  • HRS
  • KIAA0111
  • KIAA0224
  • KIAA0663
  • KIAA0689
  • KIAA0824
  • KIAA0983
  • KIAA1367
  • KIAA1649
  • LDC2
  • LUZP4
  • MAGOH
  • MAGOH2
  • MAGOHA
  • MAGOHB
  • MLN51
  • NAR
  • NCBP
  • NCBP1
  • NCBP2
  • NEB1
  • NIF3L1BP1
  • NUDT21
  • PAB2
  • PABP2
  • PABPN1
  • PAP
  • PAPOLA
  • PCF11
  • PDIP46
  • POLDIP3
  • PRP16
  • PRP17
  • PRPF17
  • RBM8
  • RBM8A
  • RENT3B
  • RHE
  • RNPS1
  • SARNP
  • SF2
  • SF2P33
  • SFRS1
  • SFRS11
  • SFRS2
  • SFRS3
  • SFRS4
  • SFRS5
  • SFRS6
  • SFRS7
  • SFRS9
  • SLU7
  • SPK
  • SRM160
  • SRP20
  • SRP30C
  • SRP40
  • SRP55
  • SRP75
  • SRRM1
  • SRSF1
  • SRSF11
  • SRSF2
  • SRSF3
  • SRSF4
  • SRSF5
  • SRSF6
  • SRSF7
  • SRSF9
  • SYMPK
  • THOC1
  • THOC2
  • THOC3
  • THOC4
  • THOC5
  • THOC6
  • THOC7
  • U2AF1
  • U2AF1-RS3
  • U2AF1L3
  • U2AF1L4
  • U2AF2
  • U2AF35
  • U2AF65
  • U2AFBP
  • UAP56
  • UIF
  • UPF3B
  • UPF3X
  • WDC146
  • WDR33
  • WDR58
  • ZC3H11A
  • ZC3HDC11A
Homo sapiens (human)
Macroautophagy
  • AMBRA1
  • AMPK
  • AMPK1
  • AMPK2
  • AMPKG3
  • APG10L
  • APG12
  • APG12L
  • APG16L
  • APG3
  • APG3L
  • APG4A
  • APG4B
  • APG4C
  • APG4D
  • APG5L
  • APG7L
  • APG9L1
  • APG9L2
  • ASP
  • ATG10
  • ATG101
  • ATG12
  • ATG13
  • ATG14
  • ATG14L
  • ATG16L1
  • ATG3
  • ATG4A
  • ATG4B
  • ATG4C
  • ATG4D
  • ATG5
  • ATG7
  • ATG9A
  • ATG9B
  • AUTL1
  • AUTL2
  • AUTL3
  • AUTL4
  • BC2
  • BECN1
  • C11orf59
  • C12orf44
  • C14orf123
  • C20orf178
  • C3orf29
  • C7orf59
  • CGI149
  • CHMP2
  • CHMP2A
  • CHMP2B
  • CHMP3
  • CHMP4A
  • CHMP4B
  • CHMP4C
  • CHMP6
  • CHMP7
  • DCAF3
  • DLC1
  • DLC2
  • DNCL1
  • DNCLC1
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • FLC3A
  • FLC3B
  • FRAP
  • FRAP1
  • FRAP2
  • GABARAP
  • GABARAPL1
  • GABARAPL2
  • GABARAPL3
  • GBL
  • GEC1
  • GEF2
  • GT197
  • HBXIP
  • HDLC1
  • KIAA0203
  • KIAA0243
  • KIAA0371
  • KIAA0652
  • KIAA0722
  • KIAA0831
  • KIAA0943
  • KIAA1303
  • KIAA1736
  • LAMTOR1
  • LAMTOR2
  • LAMTOR3
  • LAMTOR4
  • LAMTOR5
  • LST8
  • MAP1ALC3
  • MAP1LC3A
  • MAP1LC3B
  • MAP1LC3C
  • MAP2K1IP1
  • MAPBPIP
  • MAPKSP1
  • MLST8
  • MTMR14
  • MTMR3
  • MTOR
  • NEDF
  • NOS3AS
  • PDRO
  • PIK3C3
  • PIK3R4
  • PRKAA1
  • PRKAA2
  • PRKAB1
  • PRKAB2
  • PRKAG1
  • PRKAG2
  • PRKAG3
  • RAFT1
  • RAPT1
  • RAPTOR
  • RB1CC1
  • RBICC
  • RHEB
  • RHEB2
  • ROBLD3
  • RPTOR
  • RRAGA
  • RRAGB
  • RRAGC
  • RRAGD
  • SHAX1
  • SHAX2
  • SHAX3
  • SLC38A9
  • TSC
  • TSC1
  • TSC2
  • TSC4
  • ULK1
  • URLC11
  • UVRAG
  • VPS15
  • VPS20
  • VPS24
  • VPS34
  • WDR45
  • WDR45B
  • WDR45L
  • WDRX1
  • WDRXI4
  • WIPI1
  • WIPI2
  • WIPI3
  • WIPI4
  • WIPI49
  • XIP
  • ZFYVE10
Homo sapiens (human)
Metabolism of polyamines
  • AMD
  • AMD1
  • ODC1
  • SMS
  • SPS1
  • SRM
  • SRML1
Homo sapiens (human)
Histidine catabolism
  • AMDHD1
  • ATPGD1
  • C9orf41
  • CARNMT1
  • CARNS1
  • FTCD
  • HAL
  • HDC
  • HIS
  • HNMT
  • KIAA1394
  • UROC1
Homo sapiens (human)
Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • C2orf31
  • CAV
  • CAV1
  • CK1G2
  • CSNK1A1
  • CSNK1G2
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • DVL1
  • DVL2
  • DVL3
  • FAM123B
  • FRAT1
  • FRAT2
  • FZD1
  • FZD2
  • FZD5
  • GSK3B
  • INT1
  • KIAA0044
  • KIAA0208
  • LR3
  • LRP5
  • LRP6
  • LRP7
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WNT1
  • WNT3A
  • WNT8A
  • WNT8B
  • WNT8D
  • WTX
Homo sapiens (human)
Beta-catenin phosphorylation cascade
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • FRAT1
  • FRAT2
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
Signaling by GSK3beta mutants
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
APC truncation mutants have impaired AXIN binding
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
AXIN missense mutants destabilize the destruction complex
  • AMER1
  • APC
  • AXIN
  • AXIN1
  • CSNK1A1
  • DP2.5
  • FAM123B
  • GSK3B
  • KIAA0044
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • WTX
Homo sapiens (human)
ER Quality Control Compartment (ERQC)
  • AMFR
  • C1orf22
  • C20orf31
  • C20orf49
  • DER2
  • DERL2
  • EDEM
  • EDEM1
  • EDEM2
  • EDEM3
  • FLANA
  • G16
  • GT
  • HRD1
  • KIAA0212
  • KIAA0597
  • KIAA1810
  • LEU5
  • MAN1B1
  • MARCH6
  • MARCHF6
  • NG2
  • OS9
  • RFP2
  • RMA1
  • RNF103
  • RNF139
  • RNF176
  • RNF185
  • RNF45
  • RNF5
  • RNF77
  • RPS27A
  • SEL1L
  • SYVN1
  • TEB4
  • TRC8
  • TRIM13
  • TSA305
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UGCGL1
  • UGCGL2
  • UGGT
  • UGGT1
  • UGGT2
  • UGT1
  • UGT2
  • UGTR
  • ZFP103
Homo sapiens (human)
N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle
  • AMFR
  • DER1
  • DERL1
  • ENGASE
  • G19P1
  • G2AN
  • GANAB
  • GCS1
  • HEL-220
  • HEL-S-70
  • KIAA0088
  • KIAA0152
  • MLEC
  • MOGS
  • NGLY1
  • PNG1
  • PRKCSH
  • PSMC1
  • RAD23B
  • RNF45
  • RPS27A
  • SAKS1
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBXN1
  • VCP
Homo sapiens (human)
RUNX3 regulates p14-ARF
  • AML1
  • AML2
  • BCL1
  • BRD2
  • CBFA2
  • CBFA3
  • CBFB
  • CCND1
  • EP300
  • HDAC4
  • KIAA0288
  • KIAA9001
  • KRAS
  • KRAS2
  • P300
  • PEBP2A3
  • PRAD1
  • RASK2
  • RING3
  • RUNX1
  • RUNX3
  • TGFB
  • TGFB1
Homo sapiens (human)
RUNX1 regulates expression of components of tight junctions
  • AML1
  • AWAL
  • CBFA2
  • CBFB
  • CLDN5
  • OCLN
  • RUNX1
  • TJP1
  • TMVCF
  • ZO1
Homo sapiens (human)
RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling
  • AML1
  • AXIN
  • AXIN1
  • CBFA2
  • CBFB
  • ESR
  • ESR1
  • FOXP3
  • IPEX
  • NR3A1
  • PWTSR
  • RSPO3
  • RUNX1
  • THSD2
Homo sapiens (human)
RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription
  • AML1
  • AXIN
  • AXIN1
  • CBFA2
  • CBFB
  • ESR
  • ESR1
  • GPAM
  • GPAT1
  • KCTD6
  • KIAA1560
  • NR3A1
  • RUNX1
Homo sapiens (human)
RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling
  • AML1
  • BLK
  • CBFA2
  • CBFB
  • ELF1
  • ELF2
  • NERF
  • PAX5
  • RUNX1
Homo sapiens (human)
Organic cation transport
  • AML1
  • BWR1A
  • BWSCR1A
  • CBFA2
  • EMTH
  • ETT
  • FLIPT1
  • HET
  • IMPT1
  • ITM
  • OCT1
  • OCT2
  • OCT3
  • OCT6
  • OCTN1
  • OCTN2
  • ORCTL2
  • RSC1A1
  • RUNX1
  • SLC22A1
  • SLC22A15
  • SLC22A16
  • SLC22A18
  • SLC22A1L
  • SLC22A2
  • SLC22A3
  • SLC22A4
  • SLC22A5
  • TSSC5
  • UT2H
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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GlyCosmos Portal v4.1.0

Last updated: December 9, 2024