GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1351 - 1375 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▲ Organism GlyTouCan ID
Lipid particle organization
  • C20orf142
  • C7orf68
  • CIDEA
  • CIDEC
  • FIT1
  • FIT2
  • FITM1
  • FITM2
  • FSP27
  • HIG2
  • HILPDA
  • HSD17B13
  • SCDR9
  • SDR16C3
Homo sapiens (human)
E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation
  • C20orf154
  • CCNB
  • CCNB1
  • CDC2
  • CDC28A
  • CDK1
  • CDKN1
  • LATHEO
  • MCM8
  • ORC1
  • ORC1L
  • ORC2
  • ORC2L
  • ORC3
  • ORC3L
  • ORC4
  • ORC4L
  • ORC5
  • ORC5L
  • ORC6
  • ORC6L
  • P34CDC2
  • PARC1
Homo sapiens (human)
CDC6 association with the ORC:origin complex
  • C20orf154
  • CDC18L
  • CDC6
  • LATHEO
  • MCM8
  • ORC1
  • ORC1L
  • ORC2
  • ORC2L
  • ORC3
  • ORC3L
  • ORC4
  • ORC4L
  • ORC5
  • ORC5L
  • ORC6
  • ORC6L
  • PARC1
Homo sapiens (human)
Regulation of FZD by ubiquitination
  • C20orf182
  • C2orf31
  • FZD4
  • FZD5
  • FZD6
  • FZD8
  • GPR48
  • GPR49
  • GPR67
  • KIAA0055
  • KIAA1133
  • LGR4
  • LGR5
  • LGR6
  • LR3
  • LRP5
  • LRP6
  • LRP7
  • PWTSR
  • RNF203
  • RNF43
  • RPS27A
  • RSPO1
  • RSPO2
  • RSPO3
  • RSPO4
  • THSD2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBPY
  • USP8
  • WNT3A
  • ZNRF3
Homo sapiens (human)
RIP-mediated NFkB activation via ZBP1
  • C20orf183
  • CHUK
  • DDX9
  • DHX9
  • DLM1
  • FIP3
  • IKBA
  • IKBB
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKKA
  • IKKB
  • KBRAS1
  • KBRAS2
  • LKP
  • LYT10
  • MAD3
  • MYD88
  • NDH2
  • NEMO
  • NFKB1
  • NFKB2
  • NFKB3
  • NFKBI
  • NFKBIA
  • NFKBIB
  • NKIRAS1
  • NKIRAS2
  • PRVTIRB
  • RELA
  • RIP
  • RIP1
  • RIP3
  • RIPK1
  • RIPK3
  • TCF16
  • TICAM1
  • TLR3
  • TRIF
  • TRIP9
  • ZBP1
Homo sapiens (human)
IRF3 mediated activation of type 1 IFN
  • C20orf183
  • DLM1
  • DTX4
  • IRF3
  • KIAA0937
  • NAK
  • NALP4
  • NLRP4
  • PAN2
  • PYPAF4
  • RNF155
  • RNH2
  • TBK1
  • ZBP1
Homo sapiens (human)
ZBP1(DAI) mediated induction of type I IFNs
  • C20orf183
  • DLM1
  • ZBP1
Homo sapiens (human)
Maturation of spike protein
  • C20orf31
  • C20orf49
  • CANX
  • CGS23
  • CXorf11
  • DAD1
  • DDOST
  • EDEM2
  • FUT8
  • G19P1
  • G2AN
  • GANAB
  • GCP16
  • GCS1
  • GGNT1
  • GGNT5
  • GLCT1
  • GLYT1
  • GOLGA7
  • IAG2
  • ITM1
  • KIAA0088
  • KIAA0115
  • KIAA1292
  • KIAA1748
  • MAGT1
  • MAN1B1
  • MAN2A1
  • MANA2
  • MGAT
  • MGAT1
  • MGAT2
  • MGAT4A
  • MGAT4B
  • MGAT4C
  • MGAT5
  • MOGS
  • N33
  • NANTA3
  • OST48
  • PRKCSH
  • REAM
  • REC
  • RPN1
  • RPN2
  • S
  • SIAT1
  • SIAT3C
  • SIAT4
  • SIAT4A
  • SIAT4B
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • SIAT7B
  • SIAT7C
  • SIAT7D
  • SIATL1
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST6GAL1
  • ST6GALNAC2
  • ST6GALNAC3
  • ST6GALNAC4
  • STHM
  • STT3A
  • STZ
  • TMC
  • TUSC3
  • ZDHHC10
  • ZDHHC11
  • ZDHHC2
  • ZDHHC20
  • ZDHHC3
  • ZDHHC5
  • ZDHHC8
  • ZDHHC9
  • ZDHHCL1
  • ZNF372
  • ZNF375
  • ZNF378
  • ZNF379
  • ZNF380
  • ZNF399
Homo sapiens (human)
Coenzyme A biosynthesis
  • C20orf48
  • COAB
  • COAC
  • COASY
  • DCAKD
  • PANK
  • PANK1
  • PANK2
  • PANK3
  • PPCDC
  • PPCS
Homo sapiens (human)
Cobalamin (Cbl) metabolism
  • C2orf25
  • CL25022
  • MMAA
  • MMAB
  • MMACHC
  • MMADHC
  • MMUT
  • MTR
  • MTRR
  • MUT
Homo sapiens (human)
Deadenylation of mRNA
  • C2orf29
  • CAF1
  • CALIF
  • CCR4
  • CCR4B
  • CCR4a
  • CDC36
  • CDC39
  • CNOT1
  • CNOT10
  • CNOT11
  • CNOT2
  • CNOT3
  • CNOT4
  • CNOT6
  • CNOT6L
  • CNOT7
  • CNOT8
  • CNOT9
  • DAN
  • DDX2A
  • DDX2B
  • DDX48
  • EIF4A
  • EIF4A1
  • EIF4A2
  • EIF4A3
  • EIF4B
  • EIF4E
  • EIF4EL1
  • EIF4F
  • EIF4G
  • EIF4G1
  • EIF4GI
  • HS2
  • KIAA0111
  • KIAA0191
  • KIAA0691
  • KIAA0710
  • KIAA1007
  • KIAA1194
  • KIAA1711
  • KIAA1741
  • LENG2
  • NOT1
  • NOT2
  • NOT3
  • NOT4
  • PAB1
  • PABP
  • PABP1
  • PABPC1
  • PABPC2
  • PAIP1
  • PAN2
  • PAN3
  • PARN
  • POP2
  • RCD1
  • RQCD1
  • TAB182
  • TNKS1BP1
  • TUT4
  • TUT7
  • USP52
  • ZCCHC11
  • ZCCHC6
Homo sapiens (human)
Signaling by RNF43 mutants
  • C2orf31
  • FZD4
  • FZD5
  • FZD6
  • FZD8
  • LR3
  • LRP5
  • LRP6
  • LRP7
  • RNF43
  • WNT3A
Homo sapiens (human)
Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade
  • C2orf34
  • C6orf131
  • CALM
  • CALM1
  • CAM
  • CAM1
  • CAMKMT
  • CLNMT
  • CNCG
  • CNCG1
  • CNCG2
  • CNCG3L
  • CNCG4
  • CNGA1
  • CNGB1
  • CORD6
  • FNTA
  • FNTB
  • GCAP
  • GCAP1
  • GCAP2
  • GCAP3
  • GNAT1
  • GNATR
  • GNB1
  • GNGT1
  • GPRK7
  • GRK1
  • GRK7
  • GUC1A4
  • GUC2D
  • GUC2F
  • GUCA1
  • GUCA1A
  • GUCA1B
  • GUCA1C
  • GUCY2D
  • GUCY2F
  • KIAA0094
  • METAP1
  • METAP2
  • MNPEP
  • NMT
  • NMT1
  • NMT2
  • OPN2
  • P67EIF2
  • PDE6A
  • PDE6B
  • PDE6G
  • PDEA
  • PDEB
  • PDEG
  • PKCA
  • PPEF
  • PPEF1
  • PPP7C
  • PRKACA
  • PRKCA
  • PRKCQ
  • PRKCT
  • R9AP
  • RCNC2
  • RCV1
  • RCVRN
  • RETGC
  • RETGC1
  • RETGC2
  • RGS9BP
  • RHO
  • RHOK
  • SAG
Homo sapiens (human)
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures
  • C3orf7
  • CATL2
  • CD151
  • CLG4B
  • COL10A1
  • COL11A1
  • COL11A2
  • COL15A1
  • COL18A1
  • COL1A1
  • COL1A2
  • COL24A1
  • COL27A1
  • COL29A1
  • COL2A1
  • COL3A1
  • COL4A1
  • COL4A2
  • COL4A3
  • COL4A4
  • COL4A5
  • COL5A1
  • COL5A2
  • COL5A3
  • COL6A1
  • COL6A2
  • COL6A3
  • COL6A5
  • COL6A6
  • COL8A1
  • COL8A2
  • COL9A1
  • COL9A2
  • COL9A3
  • COLL6
  • CPSB
  • CTSB
  • CTSL
  • CTSL1
  • CTSL2
  • CTSS
  • CTSU
  • CTSV
  • ITGA6
  • ITGB4
  • KIAA1870
  • LAMA3
  • LAMB2T
  • LAMB3
  • LAMC2
  • LAMNA
  • LAMNB1
  • LAMNB2
  • MMP13
  • MMP20
  • MMP3
  • MMP7
  • MMP9
  • MPSL1
  • PLEC
  • PLEC1
  • PUMP1
  • STMY1
  • TSPAN24
  • VWA4
Homo sapiens (human)
Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum
  • C3orf9
  • CLP46
  • FUT12
  • INT3
  • KIAA0180
  • KTELC1
  • MDSRP
  • NOTCH1
  • NOTCH2
  • NOTCH3
  • NOTCH4
  • POFUT1
  • POGLUT1
  • TAN1
Homo sapiens (human)
Serine biosynthesis
  • C5orf12
  • DIFF33
  • KIAA1253
  • PGDH3
  • PHGDH
  • PSA
  • PSAT1
  • PSPH
  • SERINC1
  • SERINC2
  • SERINC3
  • SERINC4
  • SERINC5
  • SRR
  • TDE1
  • TDE1L
  • TDE2
  • TDE2L
Homo sapiens (human)
Transport of nucleotide sugars
  • C6orf196
  • FUCT1
  • HFRC
  • KIAA0260
  • PAPST1
  • PAPST2
  • SLC35A1
  • SLC35A2
  • SLC35A3
  • SLC35B2
  • SLC35B3
  • SLC35B4
  • SLC35C1
  • SLC35D1
  • SLC35D2
  • UGALT
  • UGT
  • UGTL
  • UGTREL7
  • UGTREL8
  • YEA4
Homo sapiens (human)
Termination of O-glycan biosynthesis
  • C6orf205
  • CA125
  • CGS23
  • DRCC1
  • KIAA1359
  • MG2
  • MUC1
  • MUC11
  • MUC12
  • MUC13
  • MUC15
  • MUC16
  • MUC17
  • MUC19
  • MUC2
  • MUC20
  • MUC21
  • MUC3
  • MUC3A
  • MUC3B
  • MUC4
  • MUC5
  • MUC5AC
  • MUC5B
  • MUC6
  • MUC7
  • MUCL1
  • NANTA3
  • PUM
  • RECC
  • SBEM
  • SIAT1
  • SIAT3C
  • SIAT4
  • SIAT4A
  • SIAT4B
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • SIAT7B
  • SIAT7C
  • SIAT7D
  • SIATL1
  • SMUC
  • ST3GAL1
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST6GAL1
  • ST6GALNAC2
  • ST6GALNAC3
  • ST6GALNAC4
  • STHM
  • STZ
Homo sapiens (human)
Defective GALNT12 causes CRCS1
  • C6orf205
  • CA125
  • DRCC1
  • GALNT12
  • KIAA1359
  • MG2
  • MUC1
  • MUC11
  • MUC12
  • MUC13
  • MUC15
  • MUC16
  • MUC17
  • MUC19
  • MUC2
  • MUC20
  • MUC21
  • MUC3
  • MUC3A
  • MUC3B
  • MUC4
  • MUC5
  • MUC5AC
  • MUC5B
  • MUC6
  • MUC7
  • MUCL1
  • PUM
  • RECC
  • SBEM
  • SMUC
Homo sapiens (human)
Defective GALNT3 causes HFTC
  • C6orf205
  • CA125
  • DRCC1
  • GALNT3
  • KIAA1359
  • MG2
  • MUC1
  • MUC11
  • MUC12
  • MUC13
  • MUC15
  • MUC16
  • MUC17
  • MUC19
  • MUC2
  • MUC20
  • MUC21
  • MUC3
  • MUC3A
  • MUC3B
  • MUC4
  • MUC5
  • MUC5AC
  • MUC5B
  • MUC6
  • MUC7
  • MUCL1
  • PUM
  • RECC
  • SBEM
  • SMUC
Homo sapiens (human)
mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease
  • C6orf28
  • CASM
  • DCP1A
  • DCP1B
  • DCP2
  • DDX6
  • EDC3
  • EDC4
  • G7B
  • HEDLS
  • HLR2
  • LSM1
  • LSM16
  • LSM2
  • LSM3
  • LSM4
  • LSM5
  • LSM6
  • LSM7
  • NUDT20
  • PATL1
  • RCK
  • SEP1
  • SMIF
  • XRN1
  • YJDC
  • YJEFN2
Homo sapiens (human)
Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds
  • C6orf29
  • CD92
  • CDW92
  • CHT1
  • CTL1
  • CTL2
  • CTL3
  • CTL4
  • CTL5
  • HUT11
  • HUT2
  • JK
  • MATE1
  • MATE2
  • NG22
  • RACH1
  • SLC10A6
  • SLC14A1
  • SLC14A2
  • SLC44A1
  • SLC44A2
  • SLC44A3
  • SLC44A4
  • SLC44A5
  • SLC47A1
  • SLC47A2
  • SLC5A7
  • SOAT
  • TPPT1
  • UT1
  • UT2
  • UTE
Homo sapiens (human)
Synthesis of Dolichyl-phosphate
  • C6orf68
  • DHDDS
  • DOLK
  • DOLPP1
  • HDS
  • KIAA1094
  • LSFR2
  • MPD
  • MVD
  • NGBR
  • NUS1
  • SRD5A2L
  • SRD5A3
  • TMEM15
Homo sapiens (human)
Defective DHDDS causes RP59
  • C6orf68
  • DHDDS
  • HDS
  • NGBR
  • NUS1
Homo sapiens (human)
Thyroxine biosynthesis
  • C6orf71
  • CGA
  • DEHAL1
  • DUOX
  • DUOX1
  • DUOX2
  • IYD
  • LNOX1
  • LNOX2
  • NIS
  • SLC5A5
  • THOX1
  • THOX2
  • TPO
  • TSHB
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: December 9, 2024