GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 801 - 825 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▼ Organism GlyTouCan ID
Frs2-mediated activation
  • BRAF
  • BRAF1
  • CRKL
  • ERK1
  • ERK2
  • FRS2
  • GRF2
  • KREV1
  • MAP2K1
  • MAP2K2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MEK1
  • MEK2
  • MKK2
  • NGF
  • NGFB
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PRKMK1
  • PRKMK2
  • RAFB1
  • RAP1A
  • RAPGEF1
  • YWHAB
Homo sapiens (human)
Spry regulation of FGF signaling
  • BRAF
  • BRAF1
  • CBL
  • CBL2
  • ERK1
  • ERK2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MKNK1
  • MNK1
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PTP2C
  • PTPN11
  • RAFB1
  • RNF55
  • RPS27A
  • SHPTP2
  • SPRY2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Homo sapiens (human)
Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade
  • BPI
  • CD11B
  • CD14
  • CD18
  • CD180
  • CR3A
  • DNM
  • DNM1
  • DNM2
  • DNM3
  • DYN2
  • ESOP1
  • ITGAM
  • ITGB2
  • KIAA0820
  • LBP
  • LY64
  • LY86
  • LY96
  • MD1
  • MD2
  • MFI7
  • PLCG2
  • PTPN4
  • RP105
  • TICAM2
  • TIRAP3
  • TIRP
  • TLR4
  • TRAM
Homo sapiens (human)
Collagen chain trimerization
  • BP180
  • BPAG2
  • C3orf7
  • COL10A1
  • COL11A1
  • COL11A2
  • COL12A1
  • COL12A1L
  • COL13A1
  • COL14A1
  • COL15A1
  • COL16A1
  • COL17A1
  • COL18A1
  • COL19A1
  • COL1A1
  • COL1A2
  • COL1AL
  • COL20A1
  • COL21A1
  • COL22A1
  • COL23A1
  • COL24A1
  • COL25A1
  • COL26A1
  • COL27A1
  • COL28
  • COL28A1
  • COL29A1
  • COL2A1
  • COL3A1
  • COL4A1
  • COL4A2
  • COL4A3
  • COL4A4
  • COL4A5
  • COL4A6
  • COL5A1
  • COL5A2
  • COL5A3
  • COL6A1
  • COL6A2
  • COL6A3
  • COL6A5
  • COL6A6
  • COL7A1
  • COL8A1
  • COL8A2
  • COL9A1
  • COL9A2
  • COL9A3
  • COLL6
  • EMID2
  • EMU2
  • KIAA1510
  • KIAA1870
  • UND
  • VWA4
Homo sapiens (human)
Type I hemidesmosome assembly
  • BP180
  • BP230
  • BP240
  • BPAG1
  • BPAG2
  • CD151
  • COL17A1
  • DMH
  • DST
  • DT
  • ITGA6
  • ITGB4
  • KIAA0728
  • LAMA3
  • LAMB2T
  • LAMB3
  • LAMC2
  • LAMNA
  • LAMNB1
  • LAMNB2
  • PLEC
  • PLEC1
  • TSPAN24
Homo sapiens (human)
Glutathione synthesis and recycling
  • BOTCH
  • C7orf24
  • CHAC1
  • CHAC2
  • CN2
  • CNDP2
  • CPGL
  • CRF21
  • GCLC
  • GCLM
  • GGCT
  • GGT
  • GGT1
  • GGT3
  • GGT3P
  • GGT5
  • GGT6
  • GGT7
  • GGTL3
  • GGTL5
  • GGTLA1
  • GLCL
  • GLCLC
  • GLCLR
  • GSS
  • HEL-S-13
  • OPLAH
  • PEPA
Homo sapiens (human)
Ligand-receptor interactions
  • BOC
  • CDO
  • CDON
  • DHH
  • GAS1
  • HHIP
  • HIP
  • IHH
  • PTCH
  • PTCH1
  • SHH
Homo sapiens (human)
Signaling by PDGF
  • BNSP
  • COL29A1
  • COL4A1
  • COL4A2
  • COL4A3
  • COL4A4
  • COL4A5
  • COL6A1
  • COL6A2
  • COL6A3
  • COL6A5
  • COL6A6
  • COL9A1
  • COL9A2
  • COL9A3
  • FUR
  • FURIN
  • IEGF
  • OPN
  • PACE
  • PCSK3
  • PDGF2
  • PDGFB
  • PDGFD
  • PDGFR
  • PDGFR1
  • PDGFR2
  • PDGFRA
  • PDGFRB
  • PLAT
  • PLG
  • PTPN12
  • RHEPDGFRA
  • SCDGFB
  • SIS
  • SPP1
  • THBS1
  • THBS2
  • THBS3
  • THBS4
  • TSP
  • TSP1
  • TSP2
  • TSP3
  • TSP4
  • VWA4
Homo sapiens (human)
RNA Polymerase III Chain Elongation
  • BN51
  • BN51T
  • CRCP
  • KIAA1452
  • KIAA1665
  • POLR1C
  • POLR1D
  • POLR1E
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2H
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLR3A
  • POLR3B
  • POLR3C
  • POLR3D
  • POLR3E
  • POLR3F
  • POLR3G
  • POLR3GL
  • POLR3H
  • POLR3K
  • POLRF
  • RPC11
  • RPC8
Homo sapiens (human)
RNA Polymerase III Transcription Termination
  • BN51
  • BN51T
  • CRCP
  • KIAA1439
  • KIAA1452
  • KIAA1665
  • NFI
  • NFIA
  • NFIB
  • NFIC
  • NFIX
  • POLR1C
  • POLR1D
  • POLR1E
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2H
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLR3A
  • POLR3B
  • POLR3C
  • POLR3D
  • POLR3E
  • POLR3F
  • POLR3G
  • POLR3GL
  • POLR3H
  • POLR3K
  • POLRF
  • RPC11
  • RPC8
  • SSB
Homo sapiens (human)
Formation of lateral plate mesoderm
  • BMP2B
  • BMP4
  • DVR4
  • FKHL5
  • FOXF1
  • FREAC1
  • GATA4
  • IHH
  • SHH
Homo sapiens (human)
Formation of intermediate mesoderm
  • BMP2B
  • BMP4
  • DVR4
  • FGF2
  • FGFB
  • FKHL14
  • FKHL7
  • FOXC1
  • FOXC2
  • FREAC3
  • LHX1
  • LIM-1
  • LIM1
  • MFH1
  • ODD
  • OSR1
  • PAX2
  • PAX8
Homo sapiens (human)
Primitive streak formation
  • BMP2B
  • BMP4
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DPC4
  • DVR4
  • EOMES
  • FAST1
  • FAST2
  • FOXH1
  • GSC
  • KIAA1113
  • LEF1
  • MADH2
  • MADH3
  • MADH4
  • MADR2
  • MIXL
  • MIXL1
  • NANOG
  • OCT3
  • OCT4
  • OTF3
  • POU5F1
  • RFG7
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • SOX2
  • T
  • TBP2
  • TBPL2
  • TBR2
  • TBXT
  • TCF1
  • TCF7
  • TIF1G
  • TRF3
  • TRIM33
Homo sapiens (human)
Formation of the ureteric bud
  • BMP2B
  • BMP4
  • CDHF12
  • CDHR16
  • CKTSF1B1
  • DAND2
  • DRM
  • DVR4
  • EGFL6L
  • EYA1
  • FKHL14
  • FKHL7
  • FNRB
  • FOXC1
  • FOXC2
  • FREAC3
  • GDNF
  • GDNFRA
  • GFRA1
  • GREM1
  • HOX1I
  • HOX3H
  • HOX4F
  • HOXA11
  • HOXC11
  • HOXD11
  • ITGA8
  • ITGB1
  • KIAA1568
  • MDF2
  • MFH1
  • MSK12
  • NPNT
  • PAX2
  • POEM
  • PTC
  • RET
  • RETL1
  • ROBO2
  • SAL1
  • SALL1
  • SIX1
  • SIX2
  • SLIL3
  • SLIT2
  • TRNR1
  • WNT11
  • ZNF794
Homo sapiens (human)
Molecules associated with elastic fibres
  • BMP10
  • BMP14
  • BMP2
  • BMP2A
  • BMP2B
  • BMP4
  • BMP7
  • C14orf141
  • CDMP1
  • DANCE
  • DVR4
  • EFEMP1
  • EFEMP2
  • FBLN1
  • FBLN2
  • FBLN3
  • FBLN4
  • FBLN5
  • FBNL
  • FNRB
  • GDF5
  • GP3A
  • ITGA8
  • ITGAV
  • ITGB1
  • ITGB3
  • ITGB5
  • ITGB6
  • ITGB8
  • LTBP1
  • LTBP2
  • LTBP3
  • LTBP4
  • MAGP1
  • MAGP2
  • MDF2
  • MFAP2
  • MFAP3
  • MFAP4
  • MFAP5
  • MSK12
  • MSK8
  • OP1
  • TGFB
  • TGFB1
  • TGFB2
  • TGFB3
  • VNRA
  • VTN
  • VTNR
Homo sapiens (human)
Crosslinking of collagen fibrils
  • BMP1
  • KIAA0230
  • KIAA0932
  • LOX
  • LOXC
  • LOXL
  • LOXL1
  • LOXL2
  • LOXL3
  • LOXL4
  • MG50
  • PCOLC
  • PCOLCE
  • PCPE1
  • PRG2
  • PXD01
  • PXDN
  • TLL
  • TLL1
  • TLL2
  • VPO
  • VPO1
Homo sapiens (human)
Anchoring fibril formation
  • BMP1
  • COL7A1
  • KIAA0932
  • LAMA3
  • LAMB2T
  • LAMB3
  • LAMC2
  • LAMNA
  • LAMNB1
  • LAMNB2
  • PCOLC
  • TLL
  • TLL1
  • TLL2
Homo sapiens (human)
Signalling to ERK5
  • BMK1
  • ERK5
  • MAP2K5
  • MAPK7
  • MEK5
  • MKK5
  • PRKM7
  • PRKMK5
Homo sapiens (human)
ERKs are inactivated
  • BMK1
  • DUSP3
  • DUSP4
  • DUSP6
  • DUSP7
  • ERK1
  • ERK2
  • ERK5
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MAPK7
  • MKP2
  • MKP3
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5D
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PRKM7
  • PYST1
  • PYST2
  • VH2
  • VHR
  • VRK3
Homo sapiens (human)
ERK/MAPK targets
  • BMK1
  • CSBP
  • CSBP1
  • CSBP2
  • CSPB1
  • ELK1
  • ERK1
  • ERK2
  • ERK5
  • ISPK1
  • MAPK1
  • MAPK11
  • MAPK14
  • MAPK3
  • MAPK7
  • MAPKAPK1A
  • MAPKAPK1B
  • MAPKAPK1C
  • MEF2
  • MEF2A
  • MEF2C
  • MSK1
  • MXI2
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5D
  • PRKM1
  • PRKM11
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PRKM7
  • RPS6KA1
  • RPS6KA2
  • RPS6KA3
  • RPS6KA5
  • RSK1
  • RSK2
  • RSK3
  • SAPK2
  • SAPK2A
  • SAPK2B
Homo sapiens (human)
Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK
  • BMK1
  • CCKBR
  • CCKRB
  • ERK1
  • ERK2
  • ERK5
  • GAS
  • GAST
  • ISPK1
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MAPK7
  • MAPKAPK1A
  • MAPKAPK1B
  • MAPKAPK1C
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PRKM7
  • RPS6KA1
  • RPS6KA2
  • RPS6KA3
  • RSK1
  • RSK2
  • RSK3
Homo sapiens (human)
The fatty acid cycling model
  • BMCP1
  • SLC25A14
  • SLC25A27
  • SLC25A7
  • SLC25A8
  • SLC25A9
  • UCP
  • UCP1
  • UCP2
  • UCP3
  • UCP4
  • UCP5
Homo sapiens (human)
Switching of origins to a post-replicative state
  • BM28
  • CCNL1
  • CDC21
  • CDC46
  • CDC47
  • CDCL1
  • CDT1
  • GMNN
  • KIAA0030
  • MCM2
  • MCM3
  • MCM4
  • MCM5
  • MCM6
  • MCM7
Homo sapiens (human)
Unwinding of DNA
  • BM28
  • C20orf154
  • CCNL1
  • CDC21
  • CDC45
  • CDC45L
  • CDC45L2
  • CDC46
  • CDC47
  • CDCL1
  • GINS1
  • GINS2
  • GINS3
  • GINS4
  • KIAA0030
  • KIAA0186
  • MCM2
  • MCM3
  • MCM4
  • MCM5
  • MCM6
  • MCM7
  • MCM8
  • PSF1
  • PSF2
  • PSF3
  • SLD5
Homo sapiens (human)
Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization
  • BLZF1
  • CCNB
  • CCNB1
  • CCNB2
  • CDC2
  • CDC28A
  • CDK1
  • CDKN1
  • ERK2
  • GOLGA2
  • GOLPH5
  • GOLPH6
  • GORASP1
  • GORASP2
  • GRASP65
  • JEM1
  • MAPK1
  • P34CDC2
  • PLK
  • PLK1
  • PRKM1
  • PRKM2
  • RAB1
  • RAB1A
  • RAB1B
  • RAB2
  • RAB2A
  • USO1
  • VDP
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Contact: support@glycosmos.org

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Last updated: December 9, 2024