GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1176 - 1200 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol ▲ Organism GlyTouCan ID
Defective CHST3 causes SEDCJD
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CHST3
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • DCN
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
Homo sapiens (human)
Defective CHSY1 causes TPBS
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CHSY
  • CHSY1
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • CSS1
  • DCN
  • KIAA0990
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
Homo sapiens (human)
Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase deficiency
  • BCATE2
  • BCKDHA
  • BCKDHB
  • BCKDHE2
  • BCKDK
  • DBT
  • DLD
  • GCSL
  • LAD
  • PHE3
Homo sapiens (human)
H139Hfs13* PPM1K causes a mild variant of MSUD
  • BCATE2
  • BCKDHA
  • BCKDHB
  • BCKDHE2
  • DBT
  • DLD
  • GCSL
  • LAD
  • PHE3
  • PP2CM
  • PPM1K
Homo sapiens (human)
BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV
  • BCATE2
  • BCKDHA
  • BCKDHB
  • BCKDHE2
  • DBT
  • DLD
  • GCSL
  • LAD
  • PHE3
Homo sapiens (human)
Loss-of-function mutations in DBT cause MSUD2
  • BCATE2
  • BCKDHA
  • BCKDHB
  • BCKDHE2
  • DBT
  • DLD
  • GCSL
  • LAD
  • PHE3
Homo sapiens (human)
Loss-of-function mutations in DLD cause MSUD3/DLDD
  • BCATE2
  • BCKDHA
  • BCKDHB
  • BCKDHE2
  • DBT
  • DLD
  • GCSL
  • LAD
  • PHE3
Homo sapiens (human)
PTK6 Regulates Cell Cycle
  • BCL1
  • BRK
  • CCND1
  • CCNE
  • CCNE1
  • CDK2
  • CDK4
  • CDKN1B
  • CDKN2
  • KIP1
  • PRAD1
  • PTK6
  • p27
Homo sapiens (human)
Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation
  • BCL1
  • CAP20
  • CCNB
  • CCNB1
  • CCND1
  • CDK2
  • CDKN1
  • CDKN1A
  • CDKN2
  • CDKN2A
  • CIP1
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • HDAC1
  • HINT
  • HINT1
  • LEF1
  • MDA6
  • MET
  • MTS1
  • PIC1
  • PKCI1
  • PLK
  • PLK1
  • PRAD1
  • PRKCNH1
  • RPD3L1
  • SDI1
  • SIN3A
  • TBX2
  • TCF1
  • TCF3
  • TCF4
  • TCF7
  • TCF7L1
  • TCF7L2
  • WAF1
Homo sapiens (human)
Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3)
  • BCL1
  • CAP20
  • CCND1
  • CCND2
  • CCND3
  • CCNE
  • CCNE1
  • CCNE2
  • CDK2
  • CDK4
  • CDK6
  • CDKN1
  • CDKN1A
  • CDKN1B
  • CDKN1C
  • CDKN2
  • CDKN6
  • CIP1
  • DP1
  • DP2
  • E2F1
  • E2F2
  • E2F3
  • KIAA0075
  • KIP1
  • KIP2
  • MDA6
  • PIC1
  • PRAD1
  • RB1
  • RBBP3
  • SDI1
  • TFDP1
  • TFDP2
  • WAF1
  • p27
Homo sapiens (human)
E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins
  • BCL10
  • BLU
  • BRE1A
  • BRE1B
  • C1orf28
  • CDC73
  • CIPER
  • CLAP
  • CTR9
  • DER1
  • DERL1
  • H2BC1
  • H2BC10
  • H2BC11
  • H2BC12
  • H2BC13
  • H2BC14
  • H2BC15
  • H2BC17
  • H2BC3
  • H2BC4
  • H2BC5
  • H2BC6
  • H2BC7
  • H2BC8
  • H2BC9
  • H2BFA
  • H2BFB
  • H2BFC
  • H2BFD
  • H2BFE
  • H2BFF
  • H2BFG
  • H2BFH
  • H2BFJ
  • H2BFK
  • H2BFL
  • H2BFN
  • H2BFR
  • H2BFT
  • HEL-220
  • HEL-S-70
  • HIP116A
  • HIRIP1
  • HIRIP2
  • HIST1H2BA
  • HIST1H2BB
  • HIST1H2BC
  • HIST1H2BD
  • HIST1H2BE
  • HIST1H2BF
  • HIST1H2BG
  • HIST1H2BH
  • HIST1H2BI
  • HIST1H2BJ
  • HIST1H2BK
  • HIST1H2BL
  • HIST1H2BM
  • HIST1H2BN
  • HIST1H2BO
  • HLA-A
  • HLA-B
  • HLAA
  • HLTF
  • HRPT2
  • HYRC
  • HYRC1
  • KIAA0155
  • KIAA0161
  • KIAA0252
  • KIAA0661
  • KIAA1844
  • KIAA2023
  • LEO1
  • MMS2
  • NCUBE2
  • PAF1
  • PAF3
  • PCNA
  • PD2
  • PEX10
  • PEX12
  • PEX13
  • PEX14
  • PEX2
  • PMP3
  • PMP35
  • PRKDC
  • PUBC1
  • PXMP3
  • RAD18
  • RAD6A
  • RAD6B
  • RDL
  • RNF144
  • RNF144A
  • RNF152
  • RNF181
  • RNF20
  • RNF40
  • RNF69
  • RNF72
  • RNF73
  • RNF80
  • RPS27A
  • RRAGA
  • RTF1
  • SELENOS
  • SELS
  • SFT
  • SH2BP1
  • SHPRH
  • SKIC8
  • SMARCA3
  • SNF2L3
  • TMEM129
  • TSH2B
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBC5A
  • UBC5B
  • UBC5C
  • UBCE7
  • UBCE7IP4
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH1
  • UBCH4
  • UBCH5
  • UBCH5A
  • UBCH5B
  • UBCH5C
  • UBCH6
  • UBCH7
  • UBE2A
  • UBE2B
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • UBE2D3
  • UBE2E1
  • UBE2J2
  • UBE2L3
  • UBE2N
  • UBE2V2
  • UEV2
  • US11
  • VCP
  • VIMP
  • WAC
  • WDR61
  • ZBU1
Homo sapiens (human)
NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription
  • BCL8B
  • BHLHB31
  • BHLHB32
  • BHLHB33
  • BHLHB38
  • BHLHB39
  • BHLHE39
  • BHLHE78
  • CBP
  • CCNC
  • CDK8
  • CG1
  • CHF1
  • CHF2
  • CREBBP
  • CTG26
  • CUL1
  • CXorf6
  • EMC19
  • EP300
  • GCN5
  • GCN5L2
  • GRG4
  • GRL
  • HDAC1
  • HDAC10
  • HDAC11
  • HDAC2
  • HDAC3
  • HDAC4
  • HDAC5
  • HDAC6
  • HDAC7
  • HDAC7A
  • HDAC7B
  • HDAC8
  • HDAC9
  • HDACL1
  • HDRP
  • HERP
  • HERP1
  • HERP2
  • HES1
  • HES5
  • HESR1
  • HEY1
  • HEY2
  • HEYL
  • HIF1A
  • HL
  • HRT1
  • HRT2
  • HRT3
  • HRY
  • IGKJRB
  • IGKJRB1
  • IRA1
  • KAT2A
  • KAT2B
  • KIAA0200
  • KIAA0288
  • KIAA0600
  • KIAA0744
  • KIAA0901
  • KIAA1047
  • KIAA1261
  • KIAA1544
  • KIAA1816
  • KIAA1819
  • LYST2
  • MAML1
  • MAML2
  • MAML3
  • MAMLD1
  • MITR
  • MOP1
  • MYC
  • NBEA
  • NCOR1
  • NCOR2
  • NOTCH1
  • OCP2
  • P300
  • PASD8
  • PCAF
  • RBPJ
  • RBPJK
  • RBPSUH
  • RBX1
  • RNF75
  • ROC1
  • RPD3L1
  • RPS27A
  • SKIIP
  • SKIP
  • SKP1
  • SKP1A
  • SNW1
  • TAN1
  • TBL1
  • TBL1X
  • TBL1XR1
  • TBLR1
  • TCEB1L
  • TLE1
  • TLE2
  • TLE4
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Homo sapiens (human)
HCN channels
  • BCNG1
  • BCNG2
  • HCN1
  • HCN2
  • HCN3
  • HCN4
  • KIAA1535
Homo sapiens (human)
Opsins
  • BCP
  • ECPN
  • GCP
  • GPR136
  • MOP
  • OPN1LW
  • OPN1MW
  • OPN1SW
  • OPN2
  • OPN3
  • OPN4
  • OPN5
  • PGR12
  • RCP
  • RGR
  • RHO
  • RRH
  • TMEM13
Homo sapiens (human)
Defective visual phototransduction due to OPN1SW loss of function
  • BCP
  • OPN1SW
Homo sapiens (human)
Complex III assembly
  • BCS1
  • BCS1L
  • BR
  • BRAWNIN
  • BZFB
  • C11orf83
  • C12orf73
  • C20orf44
  • C3orf78
  • C5orf31
  • C6orf125
  • C6orf149
  • COB
  • CYC1
  • CYTB
  • DNAJC20
  • FRDA
  • FXN
  • GRP75
  • HSC20
  • HSCB
  • HSPA9
  • HSPA9B
  • ISD11
  • LETM1
  • LYRM4
  • LYRM7
  • MNF1
  • MT-CYB
  • MTCYB
  • MZM1L
  • SMIM4
  • TTC19
  • UCRC
  • UQBP
  • UQCC
  • UQCC1
  • UQCC2
  • UQCC3
  • UQCC5
  • UQCC6
  • UQCR
  • UQCR10
  • UQCR11
  • UQCRB
  • UQCRC1
  • UQCRC2
  • UQCRFS1
  • UQCRH
  • UQCRQ
  • X25
  • mt-HSP70
Homo sapiens (human)
Beta defensins
  • BD1
  • BD3
  • BD5
  • BD6
  • C20orf63
  • C20orf73
  • C20orf8
  • C20orf87
  • CCR2
  • CCR6
  • CKRL3
  • CMKBR2
  • CMKBR6
  • DEFB1
  • DEFB10
  • DEFB102
  • DEFB103
  • DEFB103A
  • DEFB103B
  • DEFB104
  • DEFB104A
  • DEFB104B
  • DEFB105
  • DEFB105A
  • DEFB105B
  • DEFB106
  • DEFB106A
  • DEFB106B
  • DEFB107
  • DEFB107A
  • DEFB107B
  • DEFB108
  • DEFB108A
  • DEFB108B
  • DEFB108C
  • DEFB108P1
  • DEFB108P2
  • DEFB109B
  • DEFB109P1B
  • DEFB11
  • DEFB110
  • DEFB111
  • DEFB112
  • DEFB113
  • DEFB114
  • DEFB115
  • DEFB116
  • DEFB117
  • DEFB118
  • DEFB119
  • DEFB12
  • DEFB120
  • DEFB121
  • DEFB123
  • DEFB124
  • DEFB125
  • DEFB126
  • DEFB127
  • DEFB128
  • DEFB129
  • DEFB13
  • DEFB130
  • DEFB130A
  • DEFB130B
  • DEFB131
  • DEFB131A
  • DEFB132
  • DEFB133
  • DEFB134
  • DEFB135
  • DEFB136
  • DEFB14
  • DEFB15
  • DEFB16
  • DEFB18
  • DEFB19
  • DEFB2
  • DEFB20
  • DEFB21
  • DEFB23
  • DEFB24
  • DEFB25
  • DEFB26
  • DEFB27
  • DEFB28
  • DEFB29
  • DEFB3
  • DEFB30
  • DEFB31
  • DEFB32
  • DEFB4
  • DEFB4A
  • DEFB4B
  • DEFB5
  • DEFB6
  • DEFB7
  • DEFB8
  • ESC42
  • GPR29
  • HBD1
  • KIAA0012
  • STRL22
  • TIL4
  • TLR1
  • TLR2
Homo sapiens (human)
Defensins
  • BD1
  • BD3
  • BD5
  • BD6
  • C20orf63
  • C20orf73
  • C20orf8
  • C20orf87
  • DEF1
  • DEF3
  • DEF4
  • DEF5
  • DEF6
  • DEFA1
  • DEFA1B
  • DEFA2
  • DEFA3
  • DEFA4
  • DEFA5
  • DEFA6
  • DEFB1
  • DEFB10
  • DEFB102
  • DEFB103
  • DEFB103A
  • DEFB103B
  • DEFB104
  • DEFB104A
  • DEFB104B
  • DEFB105
  • DEFB105A
  • DEFB105B
  • DEFB106
  • DEFB106A
  • DEFB106B
  • DEFB107
  • DEFB107A
  • DEFB107B
  • DEFB108
  • DEFB108B
  • DEFB11
  • DEFB110
  • DEFB111
  • DEFB112
  • DEFB113
  • DEFB114
  • DEFB115
  • DEFB116
  • DEFB117
  • DEFB118
  • DEFB119
  • DEFB12
  • DEFB120
  • DEFB121
  • DEFB123
  • DEFB124
  • DEFB125
  • DEFB126
  • DEFB127
  • DEFB128
  • DEFB129
  • DEFB13
  • DEFB130
  • DEFB130A
  • DEFB130B
  • DEFB131
  • DEFB131A
  • DEFB132
  • DEFB133
  • DEFB134
  • DEFB135
  • DEFB136
  • DEFB14
  • DEFB15
  • DEFB16
  • DEFB18
  • DEFB19
  • DEFB2
  • DEFB20
  • DEFB21
  • DEFB23
  • DEFB24
  • DEFB25
  • DEFB26
  • DEFB27
  • DEFB28
  • DEFB29
  • DEFB3
  • DEFB30
  • DEFB31
  • DEFB32
  • DEFB4
  • DEFB4A
  • DEFB4B
  • DEFB5
  • DEFB6
  • DEFB7
  • DEFB8
  • ESC42
  • HBD1
  • MRS
Homo sapiens (human)
Dectin-2 family
  • BDCA2
  • C6orf205
  • CA125
  • CLEC10A
  • CLEC4A
  • CLEC4C
  • CLEC4D
  • CLEC4E
  • CLEC6A
  • CLECSF10
  • CLECSF11
  • CLECSF13
  • CLECSF14
  • CLECSF6
  • CLECSF7
  • CLECSF8
  • CLECSF9
  • DCIR
  • DECTIN2
  • DLEC
  • DRCC1
  • FCER1G
  • FYN
  • HECL
  • HML
  • JTK8
  • KIAA1359
  • LLIR
  • LYN
  • MCL
  • MG2
  • MINCLE
  • MUC1
  • MUC11
  • MUC12
  • MUC13
  • MUC15
  • MUC16
  • MUC17
  • MUC19
  • MUC2
  • MUC20
  • MUC21
  • MUC3
  • MUC3A
  • MUC3B
  • MUC4
  • MUC5
  • MUC5AC
  • MUC5B
  • MUC6
  • MUC7
  • MUCL1
  • PLCG2
  • PUM
  • RECC
  • SBEM
  • SMUC
  • SYK
  • env
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through CDK5
  • BDNF
  • CDK5
  • CDK5R
  • CDK5R1
  • CDKN5
  • NCK5A
  • NTRK2
  • PSSALRE
  • RAC1
  • TC25
  • TIAM1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
MECP2 regulates transcription of neuronal ligands
  • BDNF
  • CRH
  • DLL1
  • HDAC1
  • RPD3L1
  • SIN3A
  • SST
Homo sapiens (human)
NTRK2 activates RAC1
  • BDNF
  • DOCK3
  • KIAA0299
  • MOCA
  • NTRK2
  • RAC1
  • TC25
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3
  • BDNF
  • FRS2
  • FRS3
  • HRAS
  • HRAS1
  • NRAS
  • NTF4
  • NTF5
  • NTRK2
  • PTP2C
  • PTPN11
  • SHPTP2
  • SOS1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through PI3K
  • BDNF
  • GAB1
  • GRB1
  • NTF4
  • NTF5
  • NTRK2
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through FYN
  • BDNF
  • GRIN2B
  • NMDAR2B
  • NTRK2
  • SRC
  • SRC1
  • TRKB
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: December 9, 2024