GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 601 - 625 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▲
Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA
  • ASF
  • AUF1
  • C1orf199
  • CBP20
  • CBP80
  • CFIM25
  • CLP1
  • CPSF1
  • CPSF100
  • CPSF160
  • CPSF2
  • CPSF25
  • CPSF3
  • CPSF30
  • CPSF4
  • CPSF5
  • CPSF7
  • CPSF73
  • CSTF1
  • CSTF2
  • CSTF2T
  • CSTF3
  • DXS8237E
  • FIP1
  • FIP1L1
  • FTP3
  • FUS
  • FUSIP1
  • FUSIP2
  • GPATC9
  • GPATCH9
  • GTF2F1
  • GTF2F2
  • HEAB
  • HNRNPA1
  • HNRNPA2B1
  • HNRNPA3
  • HNRNPC
  • HNRNPD
  • HNRNPF
  • HNRNPH1
  • HNRNPH2
  • HNRNPK
  • HNRNPL
  • HNRNPM
  • HNRNPR
  • HNRNPU
  • HNRPA1
  • HNRPA2B1
  • HNRPA3
  • HNRPC
  • HNRPD
  • HNRPF
  • HNRPG
  • HNRPH
  • HNRPH1
  • HNRPH2
  • HNRPK
  • HNRPL
  • HNRPM
  • HNRPR
  • HNRPU
  • HRS
  • KIAA0105
  • KIAA0122
  • KIAA0689
  • KIAA0824
  • KIAA1367
  • KIAA1627
  • METTL14
  • METTL3
  • MTA70
  • NAGR1
  • NAR
  • NCBP
  • NCBP1
  • NCBP2
  • NEB1
  • NSEP1
  • NUDT21
  • PAB2
  • PABP2
  • PABPN1
  • PAP
  • PAPOLA
  • PCBP1
  • PCBP2
  • PCF11
  • POLR2
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2C
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2J1
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • PTB
  • PTBP1
  • RAP30
  • RAP74
  • RBM10
  • RBMX
  • RBMXP1
  • RHE
  • RPB7
  • SAFA
  • SF2
  • SF2P33
  • SFRS1
  • SFRS10
  • SFRS11
  • SFRS13A
  • SFRS13B
  • SFRS19
  • SFRS2
  • SFRS2B
  • SFRS3
  • SFRS4
  • SFRS5
  • SFRS6
  • SFRS7
  • SFRS9
  • SPK
  • SRP20
  • SRP30C
  • SRP40
  • SRP46
  • SRP55
  • SRP75
  • SRRP35
  • SRSF1
  • SRSF10
  • SRSF11
  • SRSF12
  • SRSF2
  • SRSF3
  • SRSF4
  • SRSF5
  • SRSF6
  • SRSF7
  • SRSF8
  • SRSF9
  • SYMPK
  • TASR
  • TLS
  • TRA2B
  • U21.1
  • WDC146
  • WDR33
  • WTAP
  • YB1
  • YBX1
Homo sapiens (human)
Signaling by LTK
  • ACK1
  • ALKAL1
  • ALKAL2
  • ASH
  • FAM150A
  • FAM150B
  • GRB1
  • GRB2
  • IRS1
  • LTK
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • SOS1
  • TNK2
  • TYK1
Homo sapiens (human)
Pyrophosphate hydrolysis
  • IOPPP
  • LHPP
  • PP
  • PPA1
  • PPA2
Homo sapiens (human)
SUMOylation of transcription factors
  • BHLHE32
  • CDKN2
  • CDKN2A
  • DDXBP1
  • FOXL2
  • HIC1
  • MDM2
  • MITF
  • MLM
  • MTA1
  • P53
  • PIAS1
  • PIAS3
  • PIAS4
  • PIASG
  • SMT3A
  • SMT3B
  • SMT3C
  • SMT3H1
  • SMT3H2
  • SMT3H3
  • SP3
  • SUMO1
  • SUMO2
  • SUMO3
  • TFAP2B
  • TFAP2C
  • TP53
  • TP53BP1
  • UBC9
  • UBCE9
  • UBE2I
  • UBL1
  • ZBTB29
Homo sapiens (human)
RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter
  • BDP1
  • BN51
  • BN51T
  • BRF
  • BRF1
  • C6orf51
  • CRCP
  • GTF2D1
  • GTF3B
  • GTF3C1
  • GTF3C2
  • GTF3C3
  • GTF3C4
  • GTF3C5
  • GTF3C6
  • KIAA0011
  • KIAA1241
  • KIAA1452
  • KIAA1665
  • KIAA1689
  • POLR1C
  • POLR1D
  • POLR1E
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2H
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLR3A
  • POLR3B
  • POLR3C
  • POLR3D
  • POLR3E
  • POLR3F
  • POLR3G
  • POLR3GL
  • POLR3H
  • POLR3K
  • POLRF
  • RPC11
  • RPC8
  • TAF3B2
  • TAF3C
  • TBP
  • TF2D
  • TFIID
  • TFNR
Homo sapiens (human)
Integration of viral DNA into host genomic DNA
  • BAF
  • BANF1
  • BCRG1
  • DFS70
  • HMGA1
  • HMGIY
  • LEDGF
  • PSIP1
  • PSIP2
  • gag
  • gag-pol
  • rev
  • vif
  • vpr
  • vpu
Homo sapiens (human)
Pre-NOTCH Processing in Golgi
  • ATP2A1
  • ATP2A2
  • ATP2A3
  • ATP2B
  • B4GALT1
  • CGS23
  • FUR
  • FURIN
  • GGTB2
  • INT3
  • LFNG
  • MFNG
  • NANTA3
  • NOTCH1
  • NOTCH2
  • NOTCH3
  • NOTCH4
  • PACE
  • PCSK3
  • RAB6
  • RAB6A
  • RFNG
  • RNP24
  • SEL1L
  • SIAT10
  • SIAT4C
  • SIAT6
  • ST3GAL3
  • ST3GAL4
  • ST3GAL6
  • STZ
  • TAN1
  • TMED2
  • TSA305
Homo sapiens (human)
Alpha-defensins
  • ART1
  • CD4
  • DEF1
  • DEF3
  • DEF4
  • DEF5
  • DEF6
  • DEFA1
  • DEFA1B
  • DEFA2
  • DEFA3
  • DEFA4
  • DEFA5
  • DEFA6
  • MRS
  • PRSS2
  • PRSS3
  • PRSS4
  • TRY2
  • TRY3
  • TRY4
  • TRYP2
  • env
Homo sapiens (human)
HDR through MMEJ (alt-NHEJ)
  • ADPRT
  • ADPRT2
  • ADPRTL2
  • BRCA2
  • CTIP
  • FACD
  • FANCD1
  • FEN1
  • HNGS1
  • LIG3
  • MRE11
  • MRE11A
  • NBN
  • NBS
  • NBS1
  • P95
  • PARP1
  • PARP2
  • POLH
  • POLQ
  • PPOL
  • RAD2
  • RAD50
  • RAD52
  • RBBP8
  • XRCC1
Homo sapiens (human)
Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins
  • ALOX15
  • ALOX5
  • LOG15
  • LOG5
  • LTA4
  • LTA4H
Homo sapiens (human)
Nef and signal transduction
  • DOCK2
  • ELMO1
  • FYN
  • HCK
  • KIAA0209
  • KIAA0281
  • LCK
  • PAK2
  • RAC1
  • TC25
  • nef
Homo sapiens (human)
Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane
  • GJA1
  • GJAL
Homo sapiens (human)
Axonal growth stimulation
  • ARH12
  • ARHA
  • ARHGDIA
  • GDIA1
  • NGF
  • NGFB
  • NGFR
  • RHO12
  • RHOA
  • TNFRSF16
Homo sapiens (human)
Hedgehog 'off' state
  • ADCY1
  • ADCY10
  • ADCY2
  • ADCY3
  • ADCY4
  • ADCY5
  • ADCY6
  • ADCY7
  • ADCY8
  • ADCY9
  • C20orf9
  • CXorf5
  • DERP8
  • DHC1B
  • DHC2
  • DNCH2
  • DYH1B
  • DYNC2H1
  • ESRRBL1
  • FTM
  • FUZ
  • FY
  • GLI
  • GLI1
  • GLI2
  • GLI3
  • GNAS
  • GNAS1
  • GPR161
  • GSP
  • HIPPI
  • IFT121
  • IFT122
  • IFT139
  • IFT140
  • IFT144
  • IFT172
  • IFT52
  • IFT57
  • IFT88
  • INTU
  • KIAA0037
  • KIAA0422
  • KIAA0511
  • KIAA0520
  • KIAA0590
  • KIAA1005
  • KIAA1060
  • KIAA1179
  • KIAA1284
  • KIAA1336
  • KIAA1638
  • KIAA1992
  • KIAA1997
  • KIF3
  • KIF3A
  • KIF7
  • MKS1
  • NGD5
  • NPHP8
  • OFD1
  • PDZD6
  • PDZK6
  • PKACA
  • PKR1
  • PKR2
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PRKACG
  • PRKAR1
  • PRKAR1A
  • PRKAR1B
  • PRKAR2
  • PRKAR2A
  • PRKAR2B
  • PTCH
  • PTCH1
  • RPGRIP1L
  • SAC
  • SMO
  • SMOH
  • SPG
  • SUFU
  • TG737
  • THP
  • TSE1
  • TTC10
  • TTC21B
  • TUBL3
  • TULP3
  • WDR10
  • WDR140
  • WDR19
  • WDR35
  • WDTC2
Homo sapiens (human)
Pyrimidine salvage
  • CDA
  • CDD
  • DCK
  • DXF68S1E
  • ECGF1
  • FAM16AX
  • GS1
  • HDHD1
  • HDHD1A
  • PUDP
  • TK1
  • TK2
  • TYMP
  • UCK1
  • UCK2
  • UCKL1
  • UMPK
  • UP
  • UPP1
  • UPP2
  • URK1
  • URKL1
Homo sapiens (human)
Sensory perception of salty taste
  • CALHM1
  • CALHM3
  • DNACH
  • FAM26A
  • FAM26C
  • SCNN1
  • SCNN1A
  • SCNN1B
  • SCNN1D
  • SCNN1G
Homo sapiens (human)
Beta-oxidation of pristanoyl-CoA
  • ACOT8
  • ACOX2
  • ACOX3
  • ACOXL
  • ACTEIII
  • AMACR
  • BRCOX
  • CAT1
  • COT
  • CRAT
  • CROT
  • EDH17B4
  • HSD17B4
  • PRCOX
  • PTE1
  • SDR8C1
Homo sapiens (human)
IFNG signaling activates MAPKs
  • ERK1
  • ERK2
  • IFNG
  • IFNGR1
  • IFNGR2
  • IFNGT1
  • JAK1
  • JAK1A
  • JAK1B
  • JAK2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • RAF
  • RAF1
Homo sapiens (human)
Condensation of Prophase Chromosomes
  • CAPC
  • CAPD3
  • CAPE
  • CAPH2
  • CCNB
  • CCNB1
  • CDC2
  • CDC28A
  • CDK1
  • CDKN1
  • H2AB1
  • H2AC14
  • H2AC18
  • H2AC19
  • H2AC20
  • H2AC4
  • H2AC6
  • H2AC7
  • H2AC8
  • H2AFA
  • H2AFB1
  • H2AFE
  • H2AFG
  • H2AFJ
  • H2AFL
  • H2AFM
  • H2AFO
  • H2AFQ
  • H2AFV
  • H2AFX
  • H2AJ
  • H2AV
  • H2AX
  • H2AZ2
  • H2BC1
  • H2BC10
  • H2BC11
  • H2BC12
  • H2BC12L
  • H2BC13
  • H2BC14
  • H2BC15
  • H2BC17
  • H2BC21
  • H2BC26
  • H2BC3
  • H2BC4
  • H2BC5
  • H2BC6
  • H2BC7
  • H2BC8
  • H2BC9
  • H2BFA
  • H2BFB
  • H2BFC
  • H2BFD
  • H2BFE
  • H2BFF
  • H2BFG
  • H2BFH
  • H2BFJ
  • H2BFK
  • H2BFL
  • H2BFN
  • H2BFQ
  • H2BFR
  • H2BFS
  • H2BFT
  • H2BS1
  • H2BU1
  • H3-3A
  • H3-3B
  • H3-4
  • H3.3A
  • H3.3B
  • H3C1
  • H3C10
  • H3C11
  • H3C12
  • H3C13
  • H3C14
  • H3C15
  • H3C2
  • H3C3
  • H3C4
  • H3C6
  • H3C7
  • H3C8
  • H3F2
  • H3F3
  • H3F3A
  • H3F3B
  • H3FA
  • H3FB
  • H3FC HIST1H3C
  • H3FD
  • H3FF
  • H3FH
  • H3FI
  • H3FJ
  • H3FK
  • H3FL
  • H3FM
  • H3FT
  • H4-16
  • H4/A
  • H4/B
  • H4/C
  • H4/D
  • H4/E
  • H4/G
  • H4/H
  • H4/I
  • H4/J
  • H4/K
  • H4/M
  • H4/N
  • H4/O
  • H4C1
  • H4C11
  • H4C12
  • H4C13
  • H4C14
  • H4C15
  • H4C16
  • H4C2
  • H4C3
  • H4C4
  • H4C5
  • H4C6
  • H4C8
  • H4C9
  • H4F2
  • H4FA
  • H4FB
  • H4FC
  • H4FD
  • H4FE
  • H4FG
  • H4FH
  • H4FI
  • H4FJ
  • H4FK
  • H4FM
  • H4FN
  • H4FO
  • HIRIP1
  • HIRIP2
  • HIST1H2AB
  • HIST1H2AC
  • HIST1H2AD
  • HIST1H2AE
  • HIST1H2AJ
  • HIST1H2BA
  • HIST1H2BB
  • HIST1H2BC
  • HIST1H2BD
  • HIST1H2BE
  • HIST1H2BF
  • HIST1H2BG
  • HIST1H2BH
  • HIST1H2BI
  • HIST1H2BJ
  • HIST1H2BK
  • HIST1H2BL
  • HIST1H2BM
  • HIST1H2BN
  • HIST1H2BO
  • HIST1H3A
  • HIST1H3B
  • HIST1H3D
  • HIST1H3E
  • HIST1H3F
  • HIST1H3G
  • HIST1H3H
  • HIST1H3I
  • HIST1H3J
  • HIST1H4A
  • HIST1H4B
  • HIST1H4C
  • HIST1H4D
  • HIST1H4E
  • HIST1H4F
  • HIST1H4H
  • HIST1H4I
  • HIST1H4J
  • HIST1H4K
  • HIST1H4L
  • HIST2H2AA
  • HIST2H2AA3
  • HIST2H2AA4
  • HIST2H2AC
  • HIST2H2BE
  • HIST2H3A
  • HIST2H3C
  • HIST2H3D
  • HIST2H4
  • HIST2H4A
  • HIST2H4B
  • HIST3H2BB
  • HIST3H3
  • HIST4H4
  • KIAA0056
  • KMT5A
  • LUZP5
  • MCPH1
  • NCAPD3
  • NCAPG2
  • NCAPH2
  • P34CDC2
  • PLK
  • PLK1
  • PRSET7
  • RB1
  • SET
  • SET07
  • SET8
  • SETD8
  • SMC2
  • SMC2L1
  • SMC4
  • SMC4L1
  • TSH2B
Homo sapiens (human)
OAS antiviral response
  • ABCE1
  • DDX58
  • FLN
  • FLN1
  • FLNA
  • OAS1
  • OAS2
  • OAS3
  • OASL
  • OIAS
  • PDE12
  • RIGI
  • RLI
  • RNASEL
  • RNASEL1
  • RNASELI
  • RNS4
  • RNS4I
  • TRIP14
Homo sapiens (human)
GSD II
  • GAA
  • GYG
  • GYG1
Homo sapiens (human)
Mitochondrial RNA degradation
  • C14orf156
  • GRSF1
  • LRP130
  • LRPPRC
  • PNPASE
  • PNPT1
  • REXO2
  • SFN
  • SLIRP
  • SMFN
  • SUPV3L1
  • SUV3
Homo sapiens (human)
Processive synthesis on the lagging strand
  • KIAA0039
  • LIG1
  • PCNA
  • POLA
  • POLA1
  • POLA2
  • POLD
  • POLD1
  • POLD2
  • POLD3
  • POLD4
  • POLDS
  • PRIM1
  • PRIM2
  • PRIM2A
Homo sapiens (human)
Polymerase switching
  • KIAA0039
  • PCNA
  • POLA
  • POLA1
  • POLA2
  • POLD
  • POLD1
  • POLD2
  • POLD3
  • POLD4
  • POLDS
  • PRIM1
  • PRIM2
  • PRIM2A
  • RFC1
  • RFC140
  • RFC2
  • RFC3
  • RFC4
  • RFC5
Homo sapiens (human)
Defective MUT causes MMAM
  • MMAA
  • MMUT
  • MUT
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: December 9, 2024