GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1451 - 1475 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name ▲ UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID
Reelin signalling pathway
  • CIN85
  • DAB1
  • FYN
  • RELN
  • SH3KBP1
  • VLDLR
Homo sapiens (human)
PCP/CE pathway
  • ARH12
  • ARHA
  • DAAM1
  • DVL1
  • DVL2
  • DVL3
  • FZD1
  • FZD3
  • FZD6
  • FZD7
  • INT1
  • JTK5A
  • KIAA0208
  • KIAA0666
  • KIAA1215
  • NTRKR2
  • PFN1
  • RAC1
  • RAC2
  • RAC3
  • RHO12
  • RHOA
  • ROR2
  • RYK
  • STB1
  • TC25
  • VANGL2
  • WNT1
  • WNT11
  • WNT4
  • WNT5A
  • WNT5B
Homo sapiens (human)
LGI-ADAM interactions
  • ADAM11
  • ADAM22
  • ADAM23
  • CACNG2
  • CACNG3
  • CACNG4
  • CACNG6
  • CACNG8
  • DLG4
  • EPT
  • KIAA1916
  • LGI1
  • LGI2
  • LGI3
  • LGI4
  • LGIL2
  • LGIL3
  • LGIL4
  • MDC
  • MDC2
  • MDC3
  • PSD95
  • STX1
  • STX1A
  • STX1B
  • STX1B1
  • STX1B2
Homo sapiens (human)
Invadopodia formation
  • ADAM12
  • ADAM15
  • ADAM19
  • FISH
  • KIAA0418
  • MDC15
  • MLTN
  • MLTNB
  • SH3MD1
  • SH3PXD2A
  • TKS5
Homo sapiens (human)
CD163 mediating an anti-inflammatory response
  • ADAM17
  • CD163
  • CSBP
  • CSBP1
  • CSBP2
  • CSPB1
  • CSVP
  • FUR
  • FURIN
  • IFNB2
  • IL10
  • IL6
  • IRHOM2
  • M130
  • MAPK14
  • MXI2
  • MYH9
  • PACE
  • PCSK3
  • PLK2
  • RHBDF2
  • RHBDL5
  • RHBDL6
  • SAPK2A
  • SNK
  • TACE
Homo sapiens (human)
Regulated proteolysis of p75NTR
  • AD3
  • AD4
  • ADAM17
  • APH1A
  • APH1B
  • CSVP
  • KIAA0253
  • NCSTN
  • NFKB1
  • NFKB3
  • NGFR
  • PEN2
  • PS1
  • PS2
  • PSEN1
  • PSEN2
  • PSENEN
  • PSF
  • PSFL
  • PSNL1
  • PSNL2
  • RELA
  • RNF85
  • STM2
  • TACE
  • TNFRSF16
  • TRAF6
Homo sapiens (human)
Synaptic adhesion-like molecules
  • ASYIP
  • DLG1
  • DLG3
  • DLG4
  • ESA1
  • FLOT1
  • FLOT2
  • GLUA1
  • GLUH1
  • GLUR1
  • GLUR3
  • GLUR4
  • GLURC
  • GRIA1
  • GRIA3
  • GRIA4
  • GRIN1
  • GRIN2A
  • GRIN2B
  • GRIN2C
  • GRIN2D
  • GluA3
  • GluA4
  • GluN2D
  • KIAA1232
  • KIAA1246
  • KIAA1484
  • LAR
  • LRFN1
  • LRFN2
  • LRFN3
  • LRFN4
  • M17S1
  • NMDAR1
  • NMDAR2A
  • NMDAR2B
  • NMDAR2C
  • NMDAR2D
  • NSPL2
  • PSD95
  • PTPRD
  • PTPRF
  • PTPRS
  • RTN3
  • SALM1
  • SALM2
  • SALM3
  • SALM4
Homo sapiens (human)
Signaling by ERBB4
  • BTC
  • DLG4
  • DTR
  • DTS
  • EGF
  • EGFR
  • ERBB
  • ERBB1
  • EREG
  • GABRA1
  • GABRB1
  • GABRB2
  • GABRB3
  • GABRG2
  • GABRG3
  • GABRQ
  • GGF
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HER1
  • HGL
  • HRGA
  • NDF
  • NRG1
  • NRG2
  • NRG3
  • NRG4
  • NTAK
  • PSD95
  • SMDF
Homo sapiens (human)
Viral mRNA Translation
  • BBC1
  • CCG2
  • D11S2243E
  • D6S218E
  • DNAJC3
  • DXS648E
  • EC45
  • FAU
  • FTE1
  • GRSF1
  • HA
  • LAMBR
  • LAMR1
  • M
  • MFTL
  • MPS1
  • NA
  • NEDD6
  • NP
  • NS
  • P58IPK
  • PA
  • PB1
  • PB2
  • PRKRI
  • QM
  • RIG
  • RPL1
  • RPL10
  • RPL10A
  • RPL10L
  • RPL11
  • RPL12
  • RPL13
  • RPL13A
  • RPL14
  • RPL15
  • RPL17
  • RPL18
  • RPL18A
  • RPL19
  • RPL21
  • RPL22
  • RPL22L1
  • RPL23
  • RPL23A
  • RPL24
  • RPL26
  • RPL26L1
  • RPL26P1
  • RPL27
  • RPL27A
  • RPL28
  • RPL29
  • RPL3
  • RPL30
  • RPL31
  • RPL32
  • RPL34
  • RPL35
  • RPL35A
  • RPL36
  • RPL36A
  • RPL36AL
  • RPL37
  • RPL37A
  • RPL38
  • RPL39
  • RPL39L
  • RPL39L1
  • RPL3L
  • RPL4
  • RPL41
  • RPL44
  • RPL5
  • RPL6
  • RPL7
  • RPL7A
  • RPL8
  • RPL9
  • RPL9P7
  • RPL9P8
  • RPL9P9
  • RPLP0
  • RPLP1
  • RPLP2
  • RPP2
  • RPS10
  • RPS11
  • RPS12
  • RPS13
  • RPS14
  • RPS15
  • RPS15A
  • RPS16
  • RPS17
  • RPS17L
  • RPS18
  • RPS19
  • RPS2
  • RPS20
  • RPS21
  • RPS23
  • RPS24
  • RPS25
  • RPS26
  • RPS27
  • RPS27A
  • RPS27L
  • RPS28
  • RPS29
  • RPS3
  • RPS3A
  • RPS4
  • RPS4X
  • RPS4Y
  • RPS4Y1
  • RPS4Y2
  • RPS4Y2P
  • RPS5
  • RPS6
  • RPS7
  • RPS8
  • RPS9
  • RPSA
  • RRP1
  • SCAR
  • SURF-3
  • SURF3
  • TXREB1
  • UBA52
  • UBA80
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Homo sapiens (human)
Defective ALG3 causes CDG-1d
  • ALG3
  • NOT
  • NOT56L
Homo sapiens (human)
Synthesis of dolichyl-phosphate mannose
  • DPM1
  • DPM2
  • DPM3
Homo sapiens (human)
Defective DPM1 causes CDG-1e
  • DPM1
  • DPM2
  • DPM3
Homo sapiens (human)
Defective DPM3 causes CDG-1o
  • DPM1
  • DPM2
  • DPM3
Homo sapiens (human)
Defective DPM2 causes CDG-1u
  • DPM1
  • DPM2
  • DPM3
Homo sapiens (human)
Synthesis of glycosylphosphatidylinositol (GPI)
  • DCRC
  • DPM2
  • DSCR5
  • DSCRC
  • GPI2
  • GPI7
  • MCD4
  • PIGA
  • PIGB
  • PIGC
  • PIGF
  • PIGG
  • PIGH
  • PIGL
  • PIGM
  • PIGN
  • PIGO
  • PIGP
  • PIGV
  • PIGW
  • PIGX
  • PIGY
  • PIGZ
  • SMP3
Homo sapiens (human)
Defective ALG6 causes CDG-1c
  • ALG6
Homo sapiens (human)
SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane
  • BBC1
  • CCG2
  • D11S2243E
  • D6S218E
  • DDOST
  • DXS648E
  • EC45
  • FAU
  • FTE1
  • KIAA0102
  • KIAA0115
  • LAMBR
  • LAMR1
  • MFTL
  • MPS1
  • NEDD6
  • OST48
  • QM
  • RIG
  • RPL1
  • RPL10
  • RPL10A
  • RPL10L
  • RPL11
  • RPL12
  • RPL13
  • RPL13A
  • RPL14
  • RPL15
  • RPL17
  • RPL18
  • RPL18A
  • RPL19
  • RPL21
  • RPL22
  • RPL22L1
  • RPL23
  • RPL23A
  • RPL24
  • RPL26
  • RPL26L1
  • RPL26P1
  • RPL27
  • RPL27A
  • RPL28
  • RPL29
  • RPL3
  • RPL30
  • RPL31
  • RPL32
  • RPL34
  • RPL35
  • RPL35A
  • RPL36
  • RPL36A
  • RPL36AL
  • RPL37
  • RPL37A
  • RPL38
  • RPL39
  • RPL39L
  • RPL39L1
  • RPL3L
  • RPL4
  • RPL41
  • RPL44
  • RPL5
  • RPL6
  • RPL7
  • RPL7A
  • RPL8
  • RPL9
  • RPL9P7
  • RPL9P8
  • RPL9P9
  • RPLP0
  • RPLP1
  • RPLP2
  • RPN1
  • RPN2
  • RPP2
  • RPS10
  • RPS11
  • RPS12
  • RPS13
  • RPS14
  • RPS15
  • RPS15A
  • RPS16
  • RPS17
  • RPS17L
  • RPS18
  • RPS19
  • RPS2
  • RPS20
  • RPS21
  • RPS23
  • RPS24
  • RPS25
  • RPS26
  • RPS27
  • RPS27A
  • RPS27L
  • RPS28
  • RPS29
  • RPS3
  • RPS3A
  • RPS4
  • RPS4X
  • RPS4Y
  • RPS4Y1
  • RPS4Y2
  • RPS4Y2P
  • RPS5
  • RPS6
  • RPS7
  • RPS8
  • RPS9
  • RPSA
  • RRP1
  • SCAR
  • SEC11A
  • SEC11C
  • SEC11L1
  • SEC11L3
  • SEC61A
  • SEC61A1
  • SEC61A2
  • SEC61B
  • SEC61G
  • SPC12
  • SPC18
  • SPC21
  • SPC22
  • SPC25
  • SPCS1
  • SPCS2
  • SPCS3
  • SPCS4A
  • SPCS4C
  • SRP14
  • SRP19
  • SRP54
  • SRP68
  • SRP72
  • SRP9
  • SRPR
  • SRPRA
  • SRPRB
  • SSR1
  • SSR2
  • SSR3
  • SSR4
  • SURF-3
  • SURF3
  • TRAM
  • TRAM1
  • TRAPA
  • TRAPB
  • TRAPD
  • TRAPG
  • TXREB1
  • UBA52
  • UBA80
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Homo sapiens (human)
C6 deamination of adenosine
  • ADAR
  • ADAR1
  • ADAR2
  • ADARB1
  • DRADA2
  • DSRAD
  • G1P1
  • IFI4
  • RED1
Homo sapiens (human)
Formation of editosomes by ADAR proteins
  • ADAR
  • ADAR1
  • ADAR2
  • ADARB1
  • DRADA2
  • DSRAD
  • G1P1
  • IFI4
  • RED1
Homo sapiens (human)
Thyroxine biosynthesis
  • C6orf71
  • CGA
  • DEHAL1
  • DUOX
  • DUOX1
  • DUOX2
  • IYD
  • LNOX1
  • LNOX2
  • NIS
  • SLC5A5
  • THOX1
  • THOX2
  • TPO
  • TSHB
Homo sapiens (human)
Negative feedback regulation of MAPK pathway
  • BRAF
  • BRAF1
  • ERK1
  • ERK2
  • MAP2K1
  • MAP2K2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MEK1
  • MEK2
  • MKK2
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PRKMK1
  • PRKMK2
  • RAF
  • RAF1
  • RAFB1
Homo sapiens (human)
Signaling by MAP2K mutants
  • ERK1
  • ERK2
  • MAP2K1
  • MAP2K2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MEK1
  • MEK2
  • MKK2
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PRKMK1
  • PRKMK2
Homo sapiens (human)
MAPK1 (ERK2) activation
  • ERK2
  • IFNB2
  • IL6
  • IL6R
  • JAK1
  • JAK1A
  • JAK1B
  • JAK2
  • MAP2K2
  • MAPK1
  • MEK2
  • MKK2
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKMK2
  • PTP2C
  • PTPN11
  • SHPTP2
  • TYK2
Homo sapiens (human)
activated TAK1 mediates p38 MAPK activation
  • BLU
  • CARD15
  • CARD4
  • CARDIAK
  • CROC1
  • CSBP
  • CSBP1
  • CSBP2
  • CSPB1
  • FIP3
  • IKBKG
  • IRAK
  • IRAK1
  • IRAK2
  • KIAA0733
  • MAP2K3
  • MAP2K6
  • MAP3K7
  • MAP3K7IP1
  • MAP3K7IP2
  • MAP3K7IP3
  • MAPK11
  • MAPK14
  • MAPKAPK2
  • MAPKAPK3
  • MEK3
  • MEK6
  • MKK3
  • MKK6
  • MXI2
  • NEMO
  • NOD1
  • NOD2
  • PRKM11
  • PRKMK3
  • PRKMK6
  • RICK
  • RIP2
  • RIPK2
  • RNF85
  • SAPK2
  • SAPK2A
  • SAPK2B
  • SKK2
  • SKK3
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TAK1
  • TRAF6
  • UBE2N
  • UBE2V
  • UBE2V1
  • UEV1
Homo sapiens (human)
JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1
  • BLU
  • CARD15
  • CARD4
  • CARDIAK
  • CROC1
  • FIP3
  • IKBKG
  • IRAK
  • IRAK1
  • IRAK2
  • JNK1
  • JNK2
  • JNK3
  • JNK3A
  • JNKK1
  • JNKK2
  • KIAA0733
  • MAP2K4
  • MAP2K7
  • MAP3K7
  • MAP3K7IP1
  • MAP3K7IP2
  • MAP3K7IP3
  • MAPK10
  • MAPK8
  • MAPK9
  • MEK4
  • MEK7
  • MKK4
  • MKK7
  • NEMO
  • NOD1
  • NOD2
  • PRKM10
  • PRKM8
  • PRKM9
  • PRKMK4
  • PRKMK7
  • RICK
  • RIP2
  • RIPK2
  • RNF85
  • SAPK1
  • SAPK1A
  • SAPK1B
  • SAPK1C
  • SEK1
  • SERK1
  • SKK1
  • SKK4
  • TAB1
  • TAB2
  • TAB3
  • TAK1
  • TRAF6
  • UBE2N
  • UBE2V
  • UBE2V1
  • UEV1
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: December 9, 2024