GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1276 - 1300 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism GlyTouCan ID ▲
Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity
  • ADPRT
  • ATP1B4
  • CTG26
  • DFFRX
  • DPC4
  • ERK1
  • ERK2
  • FAM
  • HDAC1
  • KIAA0439
  • KIAA1047
  • KIAA1113
  • MADH2
  • MADH3
  • MADH4
  • MADH7
  • MADH8
  • MADR2
  • MAPK1
  • MAPK3
  • NCOR1
  • NCOR2
  • NEDD4L
  • NEDL3
  • PARP1
  • PPM1A
  • PPOL
  • PPPM1A
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • RFG7
  • RNF111
  • RPD3L1
  • RPS27A
  • SFT
  • SKI
  • SKIIP
  • SKIL
  • SKIP
  • SMAD2
  • SMAD3
  • SMAD4
  • SMAD7
  • SMURF2
  • SNO
  • SNW1
  • TAZ
  • TGIF
  • TGIF1
  • TGIF2
  • TIF1G
  • TRIM33
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC5A
  • UBC5C
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH5
  • UBCH5A
  • UBCH5C
  • UBE2D1
  • UBE2D3
  • USP9
  • USP9X
  • WWTR1
Homo sapiens (human)
ERBB2 Regulates Cell Motility
  • ARH12
  • ARHA
  • BTC
  • C2orf4
  • DIAP1
  • DIAPH1
  • DTR
  • DTS
  • EGF
  • EGFR
  • ERBB
  • ERBB1
  • ERBB2
  • EREG
  • GGF
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HER1
  • HER2
  • HGL
  • HRGA
  • MEMO
  • MEMO1
  • MLN19
  • NDF
  • NEU
  • NGL
  • NRG1
  • NRG2
  • NRG3
  • NRG4
  • NS5ATP7
  • NTAK
  • RHO12
  • RHOA
  • SMDF
Homo sapiens (human)
Amino acids regulate mTORC1
  • ATP6A1
  • ATP6B1
  • ATP6B2
  • ATP6C
  • ATP6D
  • ATP6E
  • ATP6E1
  • ATP6E2
  • ATP6EL2
  • ATP6F
  • ATP6G
  • ATP6G1
  • ATP6G2
  • ATP6G3
  • ATP6H
  • ATP6J
  • ATP6L
  • ATP6M
  • ATP6N1C
  • ATP6S14
  • ATP6V0A3
  • ATP6V0B
  • ATP6V0C
  • ATP6V0D1
  • ATP6V0D2
  • ATP6V0E
  • ATP6V0E1
  • ATP6V0E2
  • ATP6V0E2L
  • ATP6V1A
  • ATP6V1A1
  • ATP6V1B1
  • ATP6V1B2
  • ATP6V1C1
  • ATP6V1C2
  • ATP6V1D
  • ATP6V1E1
  • ATP6V1E2
  • ATP6V1EL2
  • ATP6V1F
  • ATP6V1G1
  • ATP6V1G2
  • ATP6V1G3
  • ATP6V1H
  • ATPL
  • BHD
  • BMT2
  • BOG25
  • C11orf59
  • C12orf66
  • C16orf21
  • C16orf35
  • C1orf84
  • C7orf32
  • C7orf59
  • C7orf60
  • CASTOR1
  • CASTOR2
  • CGTHBA
  • D3S1231E
  • DEPDC5
  • EHB10
  • FLCN
  • FNIP1
  • FNIP2
  • FNIPL
  • FRAP
  • FRAP1
  • FRAP2
  • GATSL1
  • GATSL2
  • GATSL3
  • GBL
  • HBXIP
  • Hi95
  • ITFG2
  • KIAA0467
  • KIAA0645
  • KIAA1303
  • KIAA1450
  • KIAA1923
  • KIAA1961
  • KICS2
  • KPTN
  • LAMTOR1
  • LAMTOR2
  • LAMTOR3
  • LAMTOR4
  • LAMTOR5
  • LST8
  • MAP2K1IP1
  • MAPBPIP
  • MAPKSP1
  • MAPO1
  • MARE
  • MIOS
  • MLST8
  • MTOR
  • NG38
  • NPRL2
  • NPRL3
  • PA26
  • PDRO
  • RAFT1
  • RAPT1
  • RAPTOR
  • RHEB
  • RHEB2
  • ROBLD3
  • RPTOR
  • RRAGA
  • RRAGB
  • RRAGC
  • RRAGD
  • SAMTOR
  • SEC13
  • SEC13A
  • SEC13L
  • SEC13L1
  • SEC13R
  • SEH1
  • SEH1L
  • SESN1
  • SESN2
  • SEST1
  • SEST2
  • SH3BP4
  • SLC38A9
  • SZT2
  • TCIRG1
  • TTP
  • TUSC4
  • URLC11
  • VATB
  • VATC
  • VATD
  • VATF
  • VPATPD
  • VPP2
  • VPP3
  • WDR24
  • WDR59
  • XIP
Homo sapiens (human)
RNA Polymerase I Transcription Initiation
  • ASE1
  • BAT8
  • BTF2
  • BTF2P44
  • C6orf175
  • C6orf30
  • CAK
  • CAK1
  • CAP35
  • CAST
  • CCNH
  • CD3EAP
  • CDK7
  • CDKN7
  • CHD3
  • CHD4
  • CSB
  • EHMT2
  • ERCC2
  • ERCC3
  • ERCC6
  • G9A
  • GATAD2A
  • GATAD2B
  • GCN5
  • GCN5L2
  • GTF2D1
  • GTF2H1
  • GTF2H2
  • GTF2H3
  • GTF2H4
  • GTF2H5
  • HDAC1
  • HDAC2
  • JOSD3
  • KAT2A
  • KAT2B
  • KIAA1150
  • KIAA1266
  • KMT1C
  • MAT1
  • MBD3
  • MNAT1
  • MO15
  • MTA1
  • MTA1L1
  • MTA2
  • MTA3
  • NG36
  • PAF49
  • PAF53
  • PCAF
  • PID
  • POLR1A
  • POLR1B
  • POLR1C
  • POLR1D
  • POLR1E
  • POLR1F
  • POLR1G
  • POLR1H
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2H
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • PRAF1
  • RBAP46
  • RBAP48
  • RBBP4
  • RBBP7
  • RNF66
  • RPA12
  • RPD3L1
  • RRN3
  • STK1
  • TAF1A
  • TAF1B
  • TAF1C
  • TAF1D
  • TBP
  • TF2D
  • TFIID
  • TIFIA
  • TTDA
  • TTF1
  • TWISTNB
  • UBF
  • UBF1
  • UBTF
  • XPB
  • XPBC
  • XPD
  • XPDC
  • ZNRD1
Homo sapiens (human)
SHC1 events in ERBB4 signaling
  • BTC
  • DTR
  • DTS
  • EREG
  • GGF
  • HBEGF
  • HEGFL
  • HGL
  • HRAS
  • HRAS1
  • HRGA
  • NDF
  • NRAS
  • NRG1
  • NRG2
  • NRG3
  • NRG4
  • NTAK
  • SHC
  • SHC1
  • SHCA
  • SMDF
  • SOS1
Homo sapiens (human)
Protein hydroxylation
  • ASPH
  • BAH
  • C14orf169
  • DFRP1
  • DFRP2
  • DRG1
  • DRG2
  • ERF1
  • ETF1
  • F9
  • JMJD4
  • JMJD5
  • JMJD6
  • JMJD7
  • KDM8
  • KIAA0585
  • KIAA1612
  • LEREPO4
  • MAPJD
  • MDIG
  • MINA
  • MINA53
  • NEDD3
  • NO52
  • NO66
  • OGFOD1
  • PSR
  • PTDSR
  • RCCD1
  • RF1
  • RIOX1
  • RIOX2
  • RPL27A
  • RPL8
  • RPS23
  • RPS6
  • RWDD1
  • SUP45L1
  • TPA1
  • U2AF2
  • U2AF65
  • ZC3H15
Homo sapiens (human)
IRS-related events triggered by IGF1R
  • IBP1
  • IGF1
  • IGF1R
  • IGF2
  • IRS1
  • IRS2
  • IRS4
Homo sapiens (human)
L1CAM interactions
  • ALCAM
  • APT2
  • AXT
  • CAML1
  • CD24
  • CD24A
  • CNTN1
  • CNTN2
  • CSPG3
  • DRT
  • EPHB2
  • EPHT3
  • EPTH3
  • ERK
  • GAP43
  • HEK5
  • L1CAM
  • LAMA
  • LAMA1
  • LAMB1
  • LAMB2
  • LAMC1
  • LYPLA2
  • MEMD
  • MIC5
  • NCAN
  • NEUR
  • RANBP9
  • RANBPM
  • TAG1
  • TAX1
  • TYRO5
Homo sapiens (human)
SUMOylation of nuclear envelope proteins
  • KIAA1835
  • RANGAP1
  • SD
  • SMT3C
  • SMT3H3
  • SUMO1
  • UBC9
  • UBCE9
  • UBE2I
  • UBL1
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through RAS
  • BDNF
  • HRAS
  • HRAS1
  • NRAS
  • NTF4
  • NTF5
  • NTRK2
  • SOS1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
MET activates PTPN11
  • GAB1
  • HGF
  • HPTA
  • MET
  • PTP2C
  • PTPN11
  • SHPTP2
Homo sapiens (human)
Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions
  • BAG4
  • BFGFR
  • C8orf2
  • CEK
  • ERLIN2
  • FGFBR
  • FGFR1
  • FLG
  • FLT2
  • HBGFR
  • SODD
  • SPFH2
Homo sapiens (human)
Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta)
  • COCA2
  • DUC1
  • DUG
  • EXO1
  • EXOI
  • HEX1
  • KIAA0039
  • LIG1
  • MLH1
  • MSH2
  • MSH3
  • PCNA
  • PMS2
  • PMSL2
  • POLD
  • POLD1
  • POLD2
  • POLD3
  • POLD4
  • POLDS
  • REPA1
  • REPA2
  • REPA3
  • RPA1
  • RPA14
  • RPA2
  • RPA3
  • RPA32
  • RPA34
  • RPA70
Homo sapiens (human)
RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling
  • AML1
  • AXIN
  • AXIN1
  • CBFA2
  • CBFB
  • ESR
  • ESR1
  • FOXP3
  • IPEX
  • NR3A1
  • PWTSR
  • RSPO3
  • RUNX1
  • THSD2
Homo sapiens (human)
Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex
  • CCNB
  • CCNB1
  • CDC2
  • CDC25C
  • CDC28A
  • CDK1
  • CDKN1
  • CDS1
  • CHEK1
  • CHEK2
  • CHK1
  • CHK2
  • HME1
  • P34CDC2
  • RAD53
  • SFN
  • WEE1
  • YWHA1
  • YWHAB
  • YWHAE
  • YWHAG
  • YWHAH
  • YWHAQ
  • YWHAZ
Homo sapiens (human)
Transcription of the HIV genome
  • BA2R
  • BTF2
  • BTF2P44
  • C6orf175
  • CAK
  • CAK1
  • CAP35
  • CCG1
  • CCGS
  • CCNH
  • CDK7
  • CDKN7
  • CIF150
  • ERCC2
  • ERCC3
  • GTF2A1
  • GTF2A2
  • GTF2B
  • GTF2D1
  • GTF2E1
  • GTF2E2
  • GTF2F1
  • GTF2F2
  • GTF2H1
  • GTF2H2
  • GTF2H3
  • GTF2H4
  • GTF2H5
  • MAT1
  • MNAT1
  • MO15
  • POLR2
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2C
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2J1
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • RAP30
  • RAP74
  • RBP56
  • RNF66
  • RPB7
  • STK1
  • TAF1
  • TAF10
  • TAF11
  • TAF12
  • TAF13
  • TAF15
  • TAF1L
  • TAF2
  • TAF2A
  • TAF2B
  • TAF2C
  • TAF2C1
  • TAF2C2
  • TAF2D
  • TAF2E
  • TAF2F
  • TAF2G
  • TAF2H
  • TAF2I
  • TAF2J
  • TAF2K
  • TAF2N
  • TAF2Q
  • TAF3
  • TAF4
  • TAF4A
  • TAF4B
  • TAF5
  • TAF6
  • TAF7
  • TAF7L
  • TAF9
  • TAF9B
  • TAF9L
  • TAFII105
  • TAFII130
  • TAFII135
  • TAFII18
  • TAFII20
  • TAFII30
  • TAFII31
  • TAFII55
  • TAFII70
  • TBP
  • TF2A1
  • TF2A2
  • TF2B
  • TF2D
  • TF2E1
  • TF2E2
  • TFIIB
  • TFIID
  • TTDA
  • XPB
  • XPBC
  • XPD
  • XPDC
Homo sapiens (human)
Regorafenib-resistant KIT mutants
  • KIT
  • SCFR
Homo sapiens (human)
Regulation of NF-kappa B signaling
  • CASP8
  • CHUK
  • FIP3
  • IKBIP
  • IKBKB
  • IKBKG
  • IKIP
  • IKKA
  • IKKB
  • ISG43
  • KIAA0014
  • KIAA0615
  • LRRC14
  • MCH5
  • N4BP1
  • NEMO
  • NLRC5
  • NLRX1
  • NOD27
  • NOD4
  • NOD5
  • NOD9
  • P53
  • RNF85
  • RPS27A
  • TCF16
  • TGT
  • TP53
  • TRAF2
  • TRAF6
  • TRAP3
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • USP14
  • USP18
Homo sapiens (human)
Defective SLC12A1 causes Bartter syndrome 1 (BS1)
  • NKCC2
  • SLC12A1
Homo sapiens (human)
Chylomicron assembly
  • APC2
  • APOA1
  • APOA2
  • APOA4
  • APOB
  • APOC2
  • APOC3
  • APOE
  • ERBA2L
  • MTP
  • MTTP
  • P4HB
  • PDI
  • PDIA1
  • PO4DB
  • SAR1B
  • SARA2
  • SARB
Homo sapiens (human)
Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13
  • ADAMTS13
  • C9orf8
  • F8VWF
  • VWF
Homo sapiens (human)
EPH-Ephrin signaling
  • BSK
  • DRT
  • ECK
  • EEK
  • EFL2
  • EFL3
  • EFNA1
  • EFNA2
  • EFNA3
  • EFNA4
  • EFNA5
  • EFNB1
  • EFNB2
  • EFNB3
  • EHK1
  • EHK2
  • EHK3
  • ELK
  • EPH
  • EPHA1
  • EPHA10
  • EPHA2
  • EPHA3
  • EPHA4
  • EPHA5
  • EPHA6
  • EPHA7
  • EPHA8
  • EPHB1
  • EPHB2
  • EPHB3
  • EPHB4
  • EPHB6
  • EPHT
  • EPHT1
  • EPHT2
  • EPHT3
  • EPLG1
  • EPLG2
  • EPLG3
  • EPLG4
  • EPLG5
  • EPLG6
  • EPLG7
  • EPLG8
  • EPTH3
  • ERK
  • ETK
  • ETK1
  • ETK2
  • FYN
  • HEK
  • HEK11
  • HEK12
  • HEK2
  • HEK3
  • HEK5
  • HEK6
  • HEK7
  • HEK8
  • HTK
  • HTKL
  • JTK8
  • KIAA1459
  • LERK1
  • LERK2
  • LERK3
  • LERK4
  • LERK5
  • LERK6
  • LERK7
  • LERK8
  • LYN
  • MYK1
  • NET
  • SEK
  • TNFAIP4
  • TYRO1
  • TYRO11
  • TYRO4
  • TYRO5
  • TYRO6
  • YES
  • YES1
Homo sapiens (human)
Drug-mediated inhibition of MET activation
  • HGF
  • HPTA
  • MET
Homo sapiens (human)
Collagen biosynthesis and modifying enzymes
  • ADAMTS14
  • ADAMTS2
  • ADAMTS3
  • BMP1
  • BP180
  • BPAG2
  • C1orf17
  • C3orf7
  • CASP
  • CBP1
  • CBP2
  • COL10A1
  • COL11A1
  • COL11A2
  • COL12A1
  • COL12A1L
  • COL13A1
  • COL14A1
  • COL15A1
  • COL16A1
  • COL17A1
  • COL18A1
  • COL19A1
  • COL1A1
  • COL1A2
  • COL1AL
  • COL20A1
  • COL21A1
  • COL22A1
  • COL23A1
  • COL24A1
  • COL25A1
  • COL26A1
  • COL27A1
  • COL28
  • COL28A1
  • COL29A1
  • COL2A1
  • COL3A1
  • COL4A1
  • COL4A2
  • COL4A3
  • COL4A4
  • COL4A5
  • COL4A6
  • COL5A1
  • COL5A2
  • COL5A3
  • COL6A1
  • COL6A2
  • COL6A3
  • COL6A5
  • COL6A6
  • COL7A1
  • COL8A1
  • COL8A2
  • COL9A1
  • COL9A2
  • COL9A3
  • COLGALT1
  • COLGALT2
  • COLL6
  • CRTAP
  • CYPB
  • EMID2
  • EMU2
  • ERBA2L
  • GLT25D1
  • GLT25D2
  • GROS1
  • HSP47
  • KIAA0366
  • KIAA0584
  • KIAA0932
  • KIAA1510
  • KIAA1870
  • LEPRE1
  • LEPREL1
  • LEPREL2
  • LLH
  • MLAT4
  • P3H1
  • P3H2
  • P3H3
  • P4HA
  • P4HA1
  • P4HA2
  • P4HA3
  • P4HB
  • PCINP
  • PCOLC
  • PCOLCE
  • PCOLCE2
  • PCPE1
  • PCPE2
  • PCPNI
  • PDI
  • PDIA1
  • PLOD
  • PLOD1
  • PLOD2
  • PLOD3
  • PO4DB
  • PPIB
  • SERPINH1
  • SERPINH2
  • TLL
  • TLL1
  • TLL2
  • UND
  • VWA4
Homo sapiens (human)
Iron uptake and transport
  • ABCG2
  • ABCP
  • ACO1
  • BCRP
  • BCRP1
  • BOCT
  • BOIT
  • CAND1
  • CP
  • CUL1
  • CYBRD1
  • DCT1
  • DCYTB
  • DMT1
  • EMC19
  • FBL4
  • FBL5
  • FBXL5
  • FLR1
  • FPN
  • FPN1
  • FRRS3
  • FTH
  • FTH1
  • FTHL6
  • FTL
  • FTMT
  • G21
  • GLRX3
  • HCP1
  • HEPH
  • HMOX1
  • HMOX2
  • HNL
  • HO
  • HO1
  • HO2
  • IREB1
  • IREB2
  • IREG1
  • KIAA0698
  • KIAA0829
  • LCN2
  • MXR
  • NEDD8
  • NGAL
  • NRAMP2
  • OCP2
  • PCFT
  • PICOT
  • RPS27A
  • SKP1
  • SKP1A
  • SLC11A2
  • SLC11A3
  • SLC22A17
  • SLC40A1
  • SLC46A1
  • TCEB1L
  • TF
  • TIP120
  • TIP120A
  • TXNL2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: December 9, 2024