GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 926 - 950 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism ▲ GlyTouCan ID
A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis
  • AGRIN
  • AGRN
  • B3GALT6
  • B3GAT1
  • B3GAT2
  • B3GAT3
  • B4GALT7
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • CALEB
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • DCN
  • GLCATP
  • GLCATS
  • GPC1
  • GPC2
  • GPC3
  • GPC4
  • GPC5
  • GPC6
  • HSPG1
  • HSPG2
  • KIAA0468
  • KIAA1963
  • MCSP
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • OCI5
  • SDC
  • SDC1
  • SDC2
  • SDC3
  • SDC4
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • VCAN
  • XGALT1
  • XT1
  • XT2
  • XYLT1
  • XYLT2
Homo sapiens (human)
Defensins
  • BD1
  • BD3
  • BD5
  • BD6
  • C20orf63
  • C20orf73
  • C20orf8
  • C20orf87
  • DEF1
  • DEF3
  • DEF4
  • DEF5
  • DEF6
  • DEFA1
  • DEFA1B
  • DEFA2
  • DEFA3
  • DEFA4
  • DEFA5
  • DEFA6
  • DEFB1
  • DEFB10
  • DEFB102
  • DEFB103
  • DEFB103A
  • DEFB103B
  • DEFB104
  • DEFB104A
  • DEFB104B
  • DEFB105
  • DEFB105A
  • DEFB105B
  • DEFB106
  • DEFB106A
  • DEFB106B
  • DEFB107
  • DEFB107A
  • DEFB107B
  • DEFB108
  • DEFB108B
  • DEFB11
  • DEFB110
  • DEFB111
  • DEFB112
  • DEFB113
  • DEFB114
  • DEFB115
  • DEFB116
  • DEFB117
  • DEFB118
  • DEFB119
  • DEFB12
  • DEFB120
  • DEFB121
  • DEFB123
  • DEFB124
  • DEFB125
  • DEFB126
  • DEFB127
  • DEFB128
  • DEFB129
  • DEFB13
  • DEFB130
  • DEFB130A
  • DEFB130B
  • DEFB131
  • DEFB131A
  • DEFB132
  • DEFB133
  • DEFB134
  • DEFB135
  • DEFB136
  • DEFB14
  • DEFB15
  • DEFB16
  • DEFB18
  • DEFB19
  • DEFB2
  • DEFB20
  • DEFB21
  • DEFB23
  • DEFB24
  • DEFB25
  • DEFB26
  • DEFB27
  • DEFB28
  • DEFB29
  • DEFB3
  • DEFB30
  • DEFB31
  • DEFB32
  • DEFB4
  • DEFB4A
  • DEFB4B
  • DEFB5
  • DEFB6
  • DEFB7
  • DEFB8
  • ESC42
  • HBD1
  • MRS
Homo sapiens (human)
Interleukin-9 signaling
  • APRF
  • IL2RG
  • IL9
  • IL9R
  • JAK1
  • JAK1A
  • JAK1B
  • JAK3
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5
  • STAT5A
  • STAT5B
Homo sapiens (human)
P2Y receptors
  • GPR105
  • GPR17
  • GPR23
  • GPR86
  • GPR94
  • HORK3
  • KIAA0001
  • LPA4
  • LPAR4
  • LPAR6
  • NRU
  • P2RU1
  • P2RY1
  • P2RY10
  • P2RY11
  • P2RY12
  • P2RY13
  • P2RY14
  • P2RY2
  • P2RY4
  • P2RY5
  • P2RY6
  • P2RY9
Homo sapiens (human)
Biosynthesis of Lipoxins (LX)
  • 12LO
  • ALOX12
  • ALOX5
  • ALOX5AP
  • FLAP
  • HPGD
  • LOG12
  • LOG5
  • LTB4DH
  • LTC4S
  • PGDH1
  • PTGR1
  • SDR36C1
Homo sapiens (human)
U12 Dependent Splicing
  • ASCC3L1
  • ASF
  • BRR2
  • C16orf33
  • C20orf14
  • C6orf151
  • CBP20
  • CBP80
  • COD
  • DDX23
  • DDX42
  • DIM1
  • EFTUD2
  • GTF2F1
  • GTF2F2
  • HELIC2
  • HM1
  • KIAA0017
  • KIAA0031
  • KIAA0788
  • KIAA1839
  • NCBP
  • NCBP1
  • NCBP2
  • NSEP1
  • PBSCF
  • PBSCG
  • PDCD7
  • POLR2
  • POLR2A
  • POLR2B
  • POLR2C
  • POLR2D
  • POLR2E
  • POLR2F
  • POLR2G
  • POLR2H
  • POLR2I
  • POLR2J
  • POLR2J1
  • POLR2K
  • POLR2L
  • POLRF
  • PRP8BP
  • PRPC8
  • PRPF6
  • PRPF8
  • RAP30
  • RAP74
  • RBM40
  • RNP
  • RNPC3
  • RPB7
  • SAP130
  • SAP14
  • SAP145
  • SAP155
  • SAP49
  • SF2
  • SF2P33
  • SF3B1
  • SF3B10
  • SF3B14
  • SF3B14A
  • SF3B2
  • SF3B3
  • SF3B4
  • SF3B5
  • SF3B6
  • SFP38
  • SFRS1
  • SFRS2
  • SFRS6
  • SFRS7
  • SNRNP200
  • SNRNP25
  • SNRNP35
  • SNRNP40
  • SNRNP48
  • SNRNP65
  • SNRP116
  • SNRPB
  • SNRPB1
  • SNRPD1
  • SNRPD2
  • SNRPD3
  • SNRPE
  • SNRPF
  • SNRPG
  • SRP55
  • SRSF1
  • SRSF2
  • SRSF6
  • SRSF7
  • TXNL4
  • TXNL4A
  • U1SNRNPBP
  • U2AF1-RS2
  • U2AF1L2
  • U2AF1RS2
  • URP
  • WDR57
  • YB1
  • YBX1
  • ZCRB1
  • ZMAT5
  • ZRSR2
Homo sapiens (human)
Biotin transport and metabolism
  • ACAC
  • ACACA
  • ACACB
  • ACC1
  • ACC2
  • ACCA
  • ACCB
  • AIPP1
  • BTD
  • HLCS
  • MCCA
  • MCCB
  • MCCC1
  • MCCC2
  • PC
  • PCCA
  • PCCB
  • PDZD11
  • PDZK11
  • PISP
  • SLC5A6
  • SMVT
Homo sapiens (human)
NIK-->noncanonical NF-kB signaling
  • ADRM1
  • BTRC
  • BTRCP
  • BTRCP2
  • C7orf76
  • CHUK
  • CUL1
  • DSS1
  • EMC19
  • FBW1A
  • FBW1B
  • FBXW11
  • FBXW1A
  • FBXW1B
  • GP110
  • HC2
  • HC3
  • HC8
  • HC9
  • HSPC
  • IKKA
  • KIAA0107
  • KIAA0696
  • LMPX
  • LMPY
  • LYT10
  • MAP3K14
  • MB1
  • MIP224
  • MOV34L
  • MSS1
  • NFKB2
  • NIK
  • NU
  • OCP2
  • PFAAP4
  • POH1
  • PROS26
  • PROS27
  • PROS30
  • PSC2
  • PSC3
  • PSC5
  • PSC8
  • PSC9
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMB1
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMC1
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • RELB
  • RPS27A
  • SEM1
  • SHFDG1
  • SHFM1
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • SUG2
  • TBP1
  • TBP7
  • TCEB1L
  • TCF16
  • TRAP2
  • UBA3
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC12
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBE1C
  • UBE2M
  • X
  • Y
  • Z
Homo sapiens (human)
Dermatan sulfate biosynthesis
  • BCAN
  • BEHAB
  • BGN
  • C18orf4
  • CALEB
  • CHST14
  • CSPG2
  • CSPG3
  • CSPG4
  • CSPG5
  • CSPG7
  • D4ST1
  • DCN
  • DS2ST
  • DSE
  • DSEL
  • MCSP
  • NCAG1
  • NCAN
  • NEUR
  • NGC
  • SART2
  • SLRR1A
  • SLRR1B
  • UST
  • VCAN
Homo sapiens (human)
IRAK4 deficiency (TLR2/4)
  • AGMX1
  • ATK
  • BPK
  • BTK
  • CAGA
  • CAGB
  • CD14
  • CD36
  • CFAG
  • ESOP1
  • FGA
  • FGB
  • FGG
  • GP3B
  • GP4
  • HMG1
  • HMGB1
  • IRAK4
  • KIAA0012
  • LY96
  • MAL
  • MD2
  • MRP14
  • MRP8
  • MYD88
  • S100A
  • S100A1
  • S100A8
  • S100A9
  • TIL4
  • TIRAP
  • TLR1
  • TLR2
  • TLR4
  • TLR6
  • mip
  • porB
Homo sapiens (human)
Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function
  • BARD1
  • BRCA1
  • RNF53
Homo sapiens (human)
Uptake and function of anthrax toxins
  • AIP1
  • ALIX
  • CALM
  • CALM1
  • CAM
  • CAM1
  • FUR
  • FURIN
  • JNKK1
  • JNKK2
  • KIAA1375
  • MAP2K1
  • MAP2K2
  • MAP2K4
  • MAP2K7
  • MEK1
  • MEK2
  • MEK4
  • MEK7
  • MKK2
  • MKK4
  • MKK7
  • PACE
  • PCSK3
  • PDCD6IP
  • PRKMK1
  • PRKMK2
  • PRKMK4
  • PRKMK7
  • SEK1
  • SERK1
  • SKK1
  • SKK4
  • cya
  • lef
  • pag
  • pagA
Homo sapiens (human)
Mitotic Prometaphase
  • AHCTF1
  • AIK2
  • AIM1
  • AIRK2
  • API4
  • APITD1
  • ARK2
  • AURKB
  • B9D2
  • BIRC5
  • BUB1
  • BUB1B
  • BUB1L
  • BUB3
  • BUBR1
  • C16orf56
  • C16orf60
  • C18orf24
  • C1orf155
  • C1orf48
  • C20orf172
  • C22orf18
  • C6orf139
  • CASC5
  • CCDC99
  • CDC20
  • CDCA1
  • CDCA8
  • CENPA
  • CENPC
  • CENPC1
  • CENPE
  • CENPF
  • CENPH
  • CENPI
  • CENPK
  • CENPL
  • CENPM
  • CENPN
  • CENPO
  • CENPP
  • CENPQ
  • CENPR
  • CENPS
  • CENPT
  • CENPU
  • CKAP5
  • CLASP1
  • CLASP2
  • CLIP1
  • CRM1
  • CYLN1
  • D3S1231E
  • DHC1
  • DLC1
  • DLC2
  • DNCH1
  • DNCI1
  • DNCI2
  • DNCIC1
  • DNCIC2
  • DNCL
  • DNCL1
  • DNCLC1
  • DNCLI1
  • DNCLI2
  • DNECL
  • DSN1
  • DYHC
  • DYNC1H1
  • DYNC1I1
  • DYNC1I2
  • DYNC1LI1
  • DYNC1LI2
  • DYNLL1
  • DYNLL2
  • ELYS
  • EOPA
  • ERCC6L
  • FAAP16
  • FAM33A
  • FSHPRH1
  • HDLC1
  • HEC
  • HEC1
  • IAP4
  • ICEN19
  • ICEN22
  • ICEN24
  • ICEN32
  • ICEN33
  • ICEN35
  • ICEN36
  • ICEN37
  • ICEN39
  • ICEN7
  • INCENP
  • ITGB3BP
  • KIAA0044
  • KIAA0097
  • KIAA0166
  • KIAA0197
  • KIAA0325
  • KIAA0622
  • KIAA0627
  • KIAA1361
  • KIAA1470
  • KIAA1570
  • KIAA1835
  • KIF18A
  • KIF2
  • KIF2A
  • KIF2B
  • KIF2C
  • KLIP1
  • KNL1
  • KNS2
  • KNSL6
  • KNTC1
  • KNTC2
  • LIC2
  • LIS1
  • LRPR1
  • MAD1
  • MAD1L1
  • MAD2
  • MAD2L1
  • MAD3L
  • MAP3K16
  • MAPRE1
  • MARKK
  • MAST1
  • MCM21R
  • MDCR
  • MDS
  • MHF1
  • MIS12
  • MIS13
  • MITAP1
  • MKSR2
  • MLF1IP
  • MPS1
  • NDC80
  • NDE1
  • NDEL1
  • NRIF3
  • NSL1
  • NUDC
  • NUDE
  • NUDEL
  • NUF2
  • NUF2R
  • NUP107
  • NUP120
  • NUP133
  • NUP160
  • NUP358
  • NUP37
  • NUP43
  • NUP75
  • NUP85
  • PAFAH1B1
  • PAFAHA
  • PANE1
  • PBIP1
  • PCNT1
  • PESCRG3
  • PICH
  • PLK
  • PLK1
  • PMF1
  • PPP1CC
  • PPP2CA
  • PPP2CB
  • PPP2R1A
  • PPP2R1B
  • PPP2R5A
  • PPP2R5B
  • PPP2R5C
  • PPP2R5D
  • PPP2R5E
  • RANBP2
  • RANGAP1
  • RCC2
  • ROD
  • RPS27
  • RSN
  • SD
  • SEC13
  • SEC13A
  • SEC13L1
  • SEC13R
  • SGO1
  • SGO2
  • SGOL1
  • SGOL2
  • SKA1
  • SKA2
  • SPBC24
  • SPBC25
  • SPC24
  • SPC25
  • SPDL1
  • SSK1
  • STK1
  • STK12
  • STK5
  • TAOK1
  • TD60
  • TMBS62
  • TXBP181
  • XPO1
  • ZW10
  • ZWILCH
  • ZWINT
Homo sapiens (human)
Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis
  • ADE2
  • ADSL
  • ADSS
  • ADSS1
  • ADSS2
  • ADSSL1
  • AIRC
  • AMPS
  • ATIC
  • GART
  • GMPS
  • GPAT
  • IMPD1
  • IMPD2
  • IMPDH1
  • IMPDH2
  • KIAA0361
  • PAICS
  • PAIS
  • PFAS
  • PGFT
  • PPAT
  • PRGS
  • PURH
Homo sapiens (human)
Early Phase of HIV Life Cycle
  • CYPA
  • FEN1
  • LIG1
  • PPIA
  • RAD2
  • gag
  • gag-pol
  • rev
  • vif
  • vpr
  • vpu
Homo sapiens (human)
PI-3K cascade:FGFR2
  • FGF1
  • FGF10
  • FGF16
  • FGF18
  • FGF2
  • FGF20
  • FGF22
  • FGF23
  • FGF3
  • FGF4
  • FGF6
  • FGF7
  • FGF9
  • FGFA
  • FGFB
  • FRS2
  • GAB1
  • GRB1
  • HST
  • HST2
  • HSTF1
  • HSTF2
  • HYPF
  • INT2
  • KGF
  • KS3
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PTP2C
  • PTPN11
  • SHPTP2
Homo sapiens (human)
MyD88 dependent cascade initiated on endosome
  • IRAK
  • IRAK1
  • IRAK2
  • IRAK4
  • MYD88
  • RNF85
  • TLR7
  • TLR9
  • TRAF6
Homo sapiens (human)
Plasmalogen biosynthesis
  • AGPS
  • DAPAT
  • DHAPAT
  • DHRS7B
  • GNPAT
  • SDR32C1
Homo sapiens (human)
LXRs regulate gene expression linked to lipogenesis
  • ANGPT5
  • ANGPTL3
  • FADS5
  • FAS
  • FASN
  • LXRA
  • LXRB
  • NER
  • NR1H2
  • NR1H3
  • NR2B1
  • NR2B2
  • NRIP1
  • RXRA
  • RXRB
  • SCD
  • SCD1
  • SCDOS
  • UNR
Homo sapiens (human)
Attachment of GPI anchor to uPAR
  • CDC91L1
  • GAA1
  • GPAA1
  • GPI8
  • MO3
  • PGAP1
  • PIGK
  • PIGS
  • PIGT
  • PIGU
  • PLAUR
  • UPAR
Homo sapiens (human)
FGFR4 mutant receptor activation
  • FGFR4
  • JTK2
  • TKF
Homo sapiens (human)
Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG)
  • EPO
  • EPOR
  • IRS2
  • JAK2
  • JTK8
  • LYN
  • PLC1
  • PLCG1
  • PLCG2
Homo sapiens (human)
Mitotic Prophase
  • CCNB
  • CCNB1
  • CDC2
  • CDC28A
  • CDK1
  • CDKN1
  • NMP22
  • NUMA
  • NUMA1
  • P34CDC2
Homo sapiens (human)
Constitutive Signaling by EGFRvIII
  • CBL
  • CBL2
  • CDC37
  • CDC37A
  • EGF
  • EGFR
  • ERBB
  • ERBB1
  • GAB1
  • GRB1
  • HER1
  • HRAS
  • HRAS1
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSPC1
  • HSPCA
  • NRAS
  • PIK3CA
  • PIK3R1
  • PLC1
  • PLCG1
  • RNF55
  • SHC
  • SHC1
  • SHCA
  • SOS1
Homo sapiens (human)
Inositol transporters
  • KST1
  • SLC2A13
  • SLC5A11
  • SLC5A3
  • SLGTX
  • SMIT2
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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GlyCosmos Portal v4.1.0

Last updated: December 9, 2024