GlyCosmos Pathways

Integrated of pathway data, containing glycoproteins and glycans obtained from Reactome and the Metabolism of carbohydrates in Escherichia coli O-antigens obtained from ECODAB. Search by pathway name, species, and protein name.

Source Last Updated
Reactome November 12, 2024
ECODAB April 1, 2019
Displaying entries 1151 - 1175 of 2074 in total
Pathway Name Protein Name UniProt ID Gene Symbol Organism ▼ GlyTouCan ID
Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1)
  • ADCP2
  • AN2
  • CD26
  • CDX2
  • CDX3
  • CTNNB
  • CTNNB1
  • DPP4
  • FFAR1
  • FFAR4
  • GCG
  • GNAT3
  • GNB1
  • GNB3
  • GNG13
  • GPR119
  • GPR120
  • GPR129
  • GPR40
  • GRP
  • KIAA0102
  • LEP
  • NEC1
  • O3FAR1
  • OB
  • OBS
  • PAX6
  • PCSK1
  • PGR4
  • SEC11A
  • SEC11C
  • SEC11L1
  • SEC11L3
  • SPC12
  • SPC18
  • SPC21
  • SPC22
  • SPC25
  • SPCS1
  • SPCS2
  • SPCS3
  • SPCS4A
  • SPCS4C
  • TCF4
  • TCF7L2
Homo sapiens (human)
Activated NTRK3 signals through PLCG1
  • NTF3
  • NTRK3
  • PLC1
  • PLCG1
  • TRKC
Homo sapiens (human)
Hyaluronan uptake and degradation
  • APNH1
  • CD44
  • CHP
  • CHP1
  • CRSBP1
  • FEEL2
  • FELL
  • FEX2
  • GUSB
  • HAR
  • HARE
  • HEXA
  • HEXB
  • HMMR
  • HYAL1
  • HYAL2
  • HYAL3
  • IHABP
  • LHR
  • LUCA1
  • LUCA2
  • LUCA3
  • LYVE1
  • MDU2
  • MDU3
  • MIC4
  • NHE1
  • RHAMM
  • SLC9A1
  • STAB2
  • XLKD1
Homo sapiens (human)
Interleukin-18 signaling
  • ALOX5
  • FIL1Z
  • IGIF
  • IL13
  • IL18
  • IL18BP
  • IL18R1
  • IL18RAP
  • IL1F4
  • IL1F7
  • IL1H4
  • IL1R7
  • IL1RP1
  • IL1RRP
  • IL37
  • IL4
  • LOG5
  • NC30
Homo sapiens (human)
STAT6-mediated induction of chemokines
  • ERIS
  • MITA
  • NAK
  • STAT6
  • STING
  • STING1
  • TBK1
  • TMEM173
Homo sapiens (human)
Endosomal/Vacuolar pathway
  • B2M
  • CATL2
  • CTSL
  • CTSL1
  • CTSL2
  • CTSS
  • CTSU
  • CTSV
  • HLA-5.4
  • HLA-6.0
  • HLA-6.2
  • HLA-A
  • HLA-B
  • HLA-C
  • HLA-E
  • HLA-F
  • HLA-G
  • HLA-H
  • HLAA
  • HLAB
  • HLAC
  • HLAE
  • HLAF
  • HLAG
  • HLAH
  • LNPEP
  • OTASE
Homo sapiens (human)
Activated NTRK2 signals through CDK5
  • BDNF
  • CDK5
  • CDK5R
  • CDK5R1
  • CDKN5
  • NCK5A
  • NTRK2
  • PSSALRE
  • RAC1
  • TC25
  • TIAM1
  • TRKB
Homo sapiens (human)
FLT3 signaling by CBL mutants
  • CBL
  • CBL2
  • CD135
  • FLK2
  • FLT3
  • FLT3LG
  • RNF55
  • RPS27A
  • STK1
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Homo sapiens (human)
Reversible hydration of carbon dioxide
  • CA1
  • CA12
  • CA13
  • CA14
  • CA2
  • CA3
  • CA4
  • CA5
  • CA5A
  • CA5B
  • CA6
  • CA7
  • CA9
  • G250
  • MN
Homo sapiens (human)
Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation
  • ABI1
  • ABI2
  • ABL
  • ABL1
  • ACTB
  • ACTG
  • ACTG1
  • ACTR2
  • ACTR3
  • AF3P21
  • AGMX1
  • ARC16
  • ARC20
  • ARC21
  • ARC34
  • ARC41
  • ARGBPIA
  • ARP2
  • ARP3
  • ARPC1A
  • ARPC1B
  • ARPC2
  • ARPC3
  • ARPC4
  • ARPC5
  • ATK
  • BAIAP2
  • BPK
  • BRK1
  • BTK
  • C3orf10
  • CD16A
  • CD32
  • CD3G
  • CDC42
  • CED12A
  • CFL
  • CFL1
  • CR16
  • CRK
  • CYFIP1
  • CYFIP2
  • DOCK1
  • ELMO1
  • ELMO2
  • ERK1
  • ERK2
  • FAK
  • FAK1
  • FCG1
  • FCG2
  • FCG3
  • FCGR1
  • FCGR1A
  • FCGR2A
  • FCGR2A1
  • FCGR3
  • FCGR3A
  • HEM1
  • HEM2
  • HSP90A
  • HSP90AA1
  • HSP90AB1
  • HSP90B
  • HSPC1
  • HSPC2
  • HSPC3
  • HSPCA
  • HSPCB
  • IGFR1
  • IGFR2
  • IGFR3
  • IGHG1
  • IGHG2
  • IGHG3
  • IGHG4
  • IGHV
  • IGHV1-2
  • IGHV1-46
  • IGHV1-69
  • IGHV2-5
  • IGHV2-70
  • IGHV3-11
  • IGHV3-13
  • IGHV3-23
  • IGHV3-30
  • IGHV3-33
  • IGHV3-48
  • IGHV3-53
  • IGHV3-7
  • IGHV3-9
  • IGHV4-34
  • IGHV4-39
  • IGHV4-59
  • IGHV7-81
  • IGKC
  • IGKV1-12
  • IGKV1-16
  • IGKV1-17
  • IGKV1-33
  • IGKV1-39
  • IGKV1-5
  • IGKV1D-12
  • IGKV1D-16
  • IGKV1D-33
  • IGKV1D-39
  • IGKV2-28
  • IGKV2-29
  • IGKV2-30
  • IGKV2D-28
  • IGKV2D-30
  • IGKV2D-40
  • IGKV3-11
  • IGKV3-15
  • IGKV3-20
  • IGKV3D-20
  • IGKV4-1
  • IGKV5-2
  • IGLC1
  • IGLC2
  • IGLC3
  • IGLC6
  • IGLC7
  • IGLV
  • IGLV1-40
  • IGLV1-44
  • IGLV1-47
  • IGLV1-51
  • IGLV2-11
  • IGLV2-14
  • IGLV2-23
  • IGLV2-8
  • IGLV3-1
  • IGLV3-19
  • IGLV3-21
  • IGLV3-25
  • IGLV3-27
  • IGLV6-57
  • IGLV7-43
  • IMD2
  • JTK7
  • KIAA0068
  • KIAA0269
  • KIAA0281
  • KIAA0587
  • KIAA0799
  • KIAA0900
  • KIAA1168
  • KIAA1834
  • LIMK
  • LIMK1
  • MAPK1
  • MAPK3
  • MYH12
  • MYH2
  • MYH9
  • MYHSA2
  • MYO10
  • MYO1C
  • MYO5A
  • MYO9B
  • MYR5
  • NAP1
  • NCK
  • NCK1
  • NCKAP1
  • NCKAP1L
  • NCKIPSD
  • NF2
  • PAK1
  • PIR121
  • PRKM1
  • PRKM2
  • PRKM3
  • PTK2
  • RAC1
  • SCAR1
  • SCAR3
  • SCH
  • SOP2L
  • SPIN90
  • SSH3BP1
  • SYK
  • T3G
  • TC25
  • V1-11
  • V1-13
  • V1-16
  • V1-20
  • V1-3
  • V1-5
  • V1-7
  • V1-9
  • V2-11
  • V2-15
  • V2-17
  • V2-19
  • V2-8
  • V3-2
  • V3-3
  • V3-4
  • V4-1
  • V4-2
  • V4-6
  • V5-1
  • V5-4
  • V5-6
  • VAV
  • VAV1
  • VAV2
  • VAV3
  • WAS
  • WASF1
  • WASF2
  • WASF3
  • WASL
  • WASPIP
  • WAVE1
  • WAVE2
  • WAVE3
  • WICH
  • WIP
  • WIPF1
  • WIPF2
  • WIPF3
  • WIRE
Homo sapiens (human)
Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE)
  • CAP-1
  • CD14
  • CRAF1
  • ESOP1
  • FIP2
  • GLC1E
  • HIP7
  • HYPL
  • IKBKE
  • IKKE
  • IKKI
  • IRF3
  • IRF7
  • ITRAF
  • KIAA0151
  • LY96
  • MD2
  • NAK
  • NRP
  • OPTN
  • PRVTIRB
  • PTP2C
  • PTPN11
  • RPS27A
  • SHPTP2
  • TANK
  • TBK1
  • TICAM1
  • TICAM2
  • TIRAP3
  • TIRP
  • TLR4
  • TRAF2
  • TRAF3
  • TRAFAMN
  • TRAM
  • TRIF
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
Homo sapiens (human)
Fructose biosynthesis
  • AKR1B1
  • ALDR1
  • ALR2
  • SORD
Homo sapiens (human)
Defective CSF2RB causes SMDP5
  • COLEC4
  • COLEC5
  • COLEC7
  • CSF2R
  • CSF2RA
  • CSF2RB
  • CSF2RY
  • IL3RB
  • IL5RB
  • PSAP
  • PSPD
  • SFTA3
  • SFTP1
  • SFTP2
  • SFTP3
  • SFTP4
  • SFTPA
  • SFTPA1
  • SFTPA1B
  • SFTPA2
  • SFTPA2B
  • SFTPB
  • SFTPC
  • SFTPD
  • SFTPH
Homo sapiens (human)
Atorvastatin ADME
  • ABCB1
  • ABCC2
  • CMOAT
  • CMOAT1
  • CMRP
  • CYP3A3
  • CYP3A4
  • GNT1
  • LST1
  • LST2
  • MDR1
  • MRP2
  • OATP1B1
  • OATP1B3
  • OATP2
  • OATP8
  • OATPC
  • PGY1
  • PON
  • PON1
  • PON3
  • SLC21A6
  • SLC21A8
  • SLCO1B1
  • SLCO1B3
  • UGT1
  • UGT1A3
Homo sapiens (human)
Defective BTD causes biotidinase deficiency
  • BTD
Homo sapiens (human)
Methylation
  • AHCY
  • AMS1
  • AMS2
  • AS3MT
  • C21orf127
  • COMT
  • CYP1A2
  • CYT19
  • GSTO1
  • GSTTLP28
  • HEMK2
  • KMT9
  • MAT1A
  • MAT2A
  • MAT2B
  • MATA1
  • MATA2
  • MTR
  • MTRR
  • N6AMT1
  • NNMT
  • PRED28
  • SAHH
  • TGR
  • TPMT
  • TRMT112
Homo sapiens (human)
Defective F8 binding to the cell membrane
  • F8
  • F8C
Homo sapiens (human)
Glycosphingolipid biosynthesis
  • A14GALT
  • A4GALT
  • A4GALT1
  • B3GALNT1
  • B3GALT3
  • B3GALT4
  • B3GNT5
  • B4GALNT1
  • B4GALT5
  • B4GALT6
  • CERK
  • CGT
  • CST
  • FUT1
  • FUT2
  • GAL3ST1
  • GALGT
  • GALT4
  • H
  • HSC
  • KIAA1646
  • SEC2
  • SIAT2
  • SIAT4B
  • SIAT6
  • SIAT7E
  • SIAT7F
  • SIAT8E
  • SIAT9
  • ST3GAL2
  • ST3GAL3
  • ST3GAL5
  • ST6GALNAC5
  • ST6GALNAC6
  • ST8SIA5
  • UGCG
  • UGT4
  • UGT8
Homo sapiens (human)
Regulation of Apoptosis
  • KIAA0567
  • MPRP1
  • OMA1
  • OPA1
Homo sapiens (human)
Type I hemidesmosome assembly
  • BP180
  • BP230
  • BP240
  • BPAG1
  • BPAG2
  • CD151
  • COL17A1
  • DMH
  • DST
  • DT
  • ITGA6
  • ITGB4
  • KIAA0728
  • LAMA3
  • LAMB2T
  • LAMB3
  • LAMC2
  • LAMNA
  • LAMNB1
  • LAMNB2
  • PLEC
  • PLEC1
  • TSPAN24
Homo sapiens (human)
Vpu mediated degradation of CD4
  • ADRM1
  • BTRC
  • BTRCP
  • C7orf76
  • CD4
  • DSS1
  • EMC19
  • FBW1A
  • FBXW1A
  • GP110
  • HC2
  • HC3
  • HC8
  • HC9
  • HSPC
  • KIAA0107
  • LMPX
  • LMPY
  • MB1
  • MIP224
  • MOV34L
  • MSS1
  • NU
  • OCP2
  • PFAAP4
  • POH1
  • PROS26
  • PROS27
  • PROS30
  • PSC2
  • PSC3
  • PSC5
  • PSC8
  • PSC9
  • PSMA1
  • PSMA2
  • PSMA3
  • PSMA4
  • PSMA5
  • PSMA6
  • PSMA7
  • PSMB1
  • PSMB2
  • PSMB3
  • PSMB4
  • PSMB5
  • PSMB6
  • PSMB7
  • PSMC1
  • PSMC2
  • PSMC3
  • PSMC4
  • PSMC5
  • PSMC6
  • PSMD1
  • PSMD11
  • PSMD12
  • PSMD13
  • PSMD14
  • PSMD2
  • PSMD3
  • PSMD6
  • PSMD7
  • PSMD8
  • RPS27A
  • SEM1
  • SHFDG1
  • SHFM1
  • SKP1
  • SKP1A
  • SUG1
  • SUG2
  • TBP1
  • TBP7
  • TCEB1L
  • TRAP2
  • UBA52
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • X
  • Y
  • Z
  • vpu
Homo sapiens (human)
Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle
  • ACAT
  • ACAT1
  • ACN9
  • ACO2
  • C11orf79
  • C6orf149
  • C6orf57
  • CS
  • CSKMT
  • CYB560
  • FRDA
  • FXN
  • HBLD1
  • HBLD2
  • IDH2
  • ISCA1
  • ISCA2
  • ISD11
  • LYRM4
  • LYRM8
  • MAT
  • METTL12
  • PGL2
  • SDH
  • SDH1
  • SDH2
  • SDH3
  • SDH4
  • SDH5
  • SDHA
  • SDHAF1
  • SDHAF2
  • SDHAF3
  • SDHAF4
  • SDHB
  • SDHC
  • SDHD
  • SDHF
  • SIR2L3
  • SIRT3
  • X25
Homo sapiens (human)
Negative regulators of RIG-I/MDA5 signaling
  • APG12
  • APG12L
  • APG5L
  • ASP
  • ATG12
  • ATG5
  • CAP-1
  • CEB1
  • CEBP1
  • CRAF1
  • CYLD
  • CYLD1
  • DDX58
  • EFP
  • G1P2
  • HERC5
  • HIP2
  • IFIH1
  • IKBKE
  • IKKE
  • IKKI
  • IPS1
  • IRF3
  • ISG15
  • ITCH
  • KIAA0151
  • KIAA0849
  • KIAA1271
  • LIG
  • MAVS
  • MDA5
  • NAK
  • NLRC5
  • NLRX1
  • NOD27
  • NOD4
  • NOD5
  • NOD9
  • OTUD5
  • OTUD7C
  • PCBP2
  • PIN1
  • PUBC1
  • RH116
  • RIGI
  • RNF125
  • RNF135
  • RNF147
  • RNF216
  • RNF87
  • RPS27A
  • SFT
  • T6BP
  • TAX1BP1
  • TBK1
  • TNFAIP3
  • TRAF3
  • TRAFAMN
  • TRIAD3
  • TRIM25
  • TRIM4
  • UBA52
  • UBA7
  • UBA80
  • UBB
  • UBC
  • UBC4
  • UBC5A
  • UBC5B
  • UBC5C
  • UBCE7IP1
  • UBCEP1
  • UBCEP2
  • UBCH4
  • UBCH5
  • UBCH5A
  • UBCH5B
  • UBCH5C
  • UBCH8
  • UBE1L
  • UBE2
  • UBE2D1
  • UBE2D2
  • UBE2D3
  • UBE2K
  • UBE2L6
  • UCRP
  • VISA
  • ZIN
  • ZNF147
Homo sapiens (human)
RET signaling
  • ARTN
  • BMK1
  • C20orf180
  • CDHF12
  • CDHR16
  • DOK1
  • DOK2
  • DOK4
  • DOK5
  • DOK5L
  • DOK6
  • ENIGMA
  • ERK5
  • EVN
  • FRS2
  • GAB1
  • GAB2
  • GDNF
  • GDNFRA
  • GDNFRB
  • GFRA1
  • GFRA2
  • GFRA3
  • GFRA4
  • GRB1
  • GRB10
  • GRB7
  • GRBIR
  • IRS2
  • KIAA0207
  • KIAA0474
  • KIAA0571
  • KIAA1650
  • MAPK7
  • NRTN
  • NSHC
  • PDLIM7
  • PIK3C1
  • PIK3CA
  • PIK3CB
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PIK3R2
  • PIK3R3
  • PKACA
  • PKCA
  • PLC1
  • PLCG1
  • PRKACA
  • PRKACB
  • PRKACG
  • PRKCA
  • PRKM7
  • PROSAP2
  • PSAP2
  • PSPN
  • PTC
  • PTP2C
  • PTPN11
  • RAP1GA1
  • RAP1GAP
  • RET
  • RETL1
  • RETL2
  • SHANK3
  • SHC
  • SHC1
  • SHC3
  • SHCA
  • SHCC
  • SHPTP2
  • SOS1
  • TRNR1
  • TRNR2
Homo sapiens (human)
PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing
  • BRK
  • KHDRBS1
  • KHDRBS2
  • KHDRBS3
  • PSF
  • PTK6
  • SALP
  • SAM68
  • SFPQ
  • SLM1
  • SLM2
Homo sapiens (human)

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International Collaboration

GlyCosmos is a member of the GlySpace Alliance together with GlyGen and Glycomics@ExPASy.

Acknowledgements

Supported by JST NBDC Grant Number JPMJND2204

Partly supported by NIH Common Fund Grant #1U01GM125267-01


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Last updated: December 9, 2024